Хотя организация материального обеспечения Советской Армии и Военно-Морского Флота к началу Великой Отечественной войны в основном соответствовала требованиям военного времени, все же особые военные условия вызвали необходимость внесения в нее определенных изменений. Большое значение имело введение лимитов отпуска и норм расхода материальных средств, что позволило добиться бережливого их использования и способствовало повышению устойчивости материального обеспечения Вооруженных Сил. Возникла потребность в изменении сроков и порядка планирования материального обеспечения войск и сил флота. В центральном звене управления тылом, например, оправдала себя практика перехода от разработки месячных планов обеспечения фронтов и флотов к планированию по выполняемым ими оперативным задачам, а иногда и к подекадному планированию. В народнохозяйственных органах вместо годовых и квартальных планов производства и поставок материальных средств были введены месячные и даже декадные планы. Это обеспечило более оперативное влияние на нужды войск (сил) и позволило учитывать конкретные условия работы промышленных предприятий.
В условиях частых и резких изменений обстановки, неравномерного расхода материальных средств и активного воздействия противника по складам, базам и транспортным коммуникациям в ходе войны постоянно возникала потребность в широком маневре материальными средствами во всех звеньях тыла. Основными формами такого маневра были: использование материальных резервов, специально выделяемых из запасов, содержащихся на складах, базах и арсеналах; переадресовка транспортов с материальными средствами, находящимися в пути следования; перераспределение запасов между театрами военных действий, видами Вооруженных Сил и оперативными объединениями (соединениями, частями, подразделениями); изменение источников материального обеспечения.
Великая Отечественная война показала исключительно важную роль непрерывного подвоза материальных средств для успешного материального обеспечения действующей армии. Любые запасы материальных средств и производимая в ходе войны военная продукция могут остаться мертвым грузом на арсеналах, базах, складах и народнохозяйственных предприятиях, если их вовремя не подвезти по назначению. В Великой Отечественной войне подвоз составил свыше 50 процентов в общем объеме воинских перевозок. Только на железных дорогах из 19,7 млн. вагонов, использованных для обеспечения воинских перевозок, более 9,9 млн. было с материальными средствами.
В ходе военных действий для подвоза материальных средств использовались в комплексе все имевшиеся виды транспорта. Главную же роль играл тот из них, который в конкретных условиях обеспечивал своевременное выполнение основного объема подвоза. Так, в войсковом звене подвоз осуществлялся главным образом автомобильным и частично гужевым транспортом. В оперативном и центральном звеньях ведущее место в подвозе принадлежало железнодорожному (на флотах — водному) транспорту. Но уже тогда четко наметилась тенденция к замене этого вида транспорта в армиях и во фронтах более маневренными — автомобильным, воздушным и частично трубопроводным. Для подачи материальных средств по морю использовались в основном надводные суда, а в критических ситуациях — и боевые подводные лодки.
Большое значение в успешном решении огромных транспортных задач в ходе войны имело возложение ответственности за подвоз материальных средств войскам и силам флота на старших начальников тыла. Им предоставлялось право использовать по единому плану не только непосредственно подчиненный транспорт, но и транспорт нижестоящих звеньев. Это в полной мере соответствовало принятой в Советских Вооруженных Силах системе тылового обеспечения, способствовало более эффективному использованию транспорта и давало возможность вышестоящему командующему (командиру), ставя задачи подчиненным, реально обеспечивать их в материальном отношении.
В связи с насыщением Советской Армии и Военно-Морского Флота большим количеством разнообразных и сложных образцов вооружения и техники и значительным выходом их из строя по причине боевых повреждений в ходе войны намного повысилась роль технического обеспечения войск и сил флота. Оно стало одним из важнейших видов тылового обеспечения, непосредственно влияющим на боеготовность и боеспособность Вооруженных Сил.
В Великую Отечественную войну окончательно сложилась четкая система технического обеспечения действующей армии. Она основывалась на ответственности командующих (командиров), начальников родов войск, специальных войск и служб за состояние и готовность к применению соответствующих видов вооружения и техники; максимальном сохранении моторесурсов и других боевых качеств вооружения и техники; обслуживании и восстановлении их в ходе операций в объеме, необходимом для выполнения войсками (силами) оперативных задач; приближении ремонтных и эвакуационных органов к объектам ремонта; первоочередном восстановлении вооружения и техники, требующих меньшего объема ремонтных работ; осуществлении ремонта агрегатным методом; широком использовании местной производственно-технической базы. Большое значение для успешного технического обеспечения войск (сил) в ходе операций имело поддержание тесного взаимодействия органов управления служб технического обеспечения между собой, с другими органами управления тылом и особенно со штабами тыла.
Организация медицинского обеспечения Советской Армии и Военно-Морского Флота в Великой Отечественной войне, выраженная в системе этапного лечения с эвакуацией по назначению и в комплексе санитарно-гигиенических и противоэпидемических мероприятий, была вполне целесообразной и полностью себя оправдала. Она соответствовала уровню развития медицинской науки того времени, средствам, имевшимся в распоряжении военно-медицинской службы, характеру операций и условиям их ведения. Большое значение имело широкое использование в интересах Вооруженных Сил местной лечебно-эвакуационной базы.
Эвакуация раненых и больных осуществлялась по планам вышестоящих инстанций военно-медицинской службы. Для этого использовались как специальные санитарно-транспортные средства, так и транспорт общего назначения.
Санитарно-гигиенические и противоэпидемические мероприятия в Вооруженных Силах базировались на систематическом проведении медицинского контроля за всеми сторонами жизни и быта личного состава в любых условиях его деятельности, на непрерывной санитарно-эпидемической разведке, своевременном выявлении и изоляции инфекционных больных с последующей их госпитализацией в специализированных инфекционных лечебных учреждениях. Большое значение имел полностью оформившийся научно обоснованный комплекс мероприятий по ликвидации эпидемических очагов.
Успешное ветеринарное обеспечение Советской Армии и Военно-Морского Флота в Великой Отечественной войне подтвердило правильность разработанных в довоенное время организационной структуры и принципов работы военно-ветеринарной службы, которые в ходе военных действий были лишь в некоторой степени уточнены и дополнены. Опыт войны показал важность ветеринарно-санитарного контроля за обеспечением войск продовольствием. Осуществление этих мероприятий и сохранение эпизоотического благополучия Советских Вооруженных Сил на всем протяжении войны способствовали поддержанию эпидемического благополучия войск и сил флота. Опыт Великой Отечественной войны опроверг взгляды ряда буржуазных ученых на эпизоотию как на непременный спутник всех войн, разрастающийся в военное время и нередко превращающийся в национальное бедствие.
В годы Великой Отечественной войны получили дальнейшее развитие принципы и методы управления Тылом Вооруженных Сил. Они складывались и совершенствовались вместе с принципами и методами управления войсками и силами флота как их составные части. Важнейшими принципами управления Тылом Советской Армии и Военно-Морского Флота в ходе войны являлись: партийность, единоначалие, централизация, научность и предвидение.
Принцип партийности в управлении тылом вытекал из классового характера войны, руководящей роли Коммунистической партии в военном деле и решающего значения морально-политического состояния личного состава для выполнения стоящих перед ним задач. Применение этого принципа в Тылу Вооруженных Сил в ходе войны заключалось в строгом и точном выполнении требований ЦК партии по всем вопросам, связанным с тыловым обеспечением войск и сил флота. Проведение политики Коммунистической партии среди личного состава Тыла Вооруженных Сил, воспитание у него высоких морально-политических, боевых и деловых качеств достигались активной политической и организаторской работой командования, политических органов и органов управления тылом, командиров (начальников) и политических работников всех тыловых соединений, частей и учреждений.