На другой день Послы Новогородские были с дарами у брата Иоаннова, Андрея Меньшего, требуя его заступления. Иоанн приказал говорить с ними Боярину, Князю Ивану Юрьевичу. Посадник Яков Короб сказал: «Желаем, чтобы Государь принял в милость Великий Новгород, мужей вольных, и меч свой унял». — Феофилакт Посадник: «Желаем освобождения Бояр Новогородских». — Лука Посадник: «Желаем, чтобы Государь всякие четыре года ездил в свою отчину, Великий Новгород, и брал с нас по тысяче рублей; чтобы Наместник его судил с Посадником в городе; а чего они не управят, то решит сам Великий Князь, приехав к нам на четвертый год; но в Москву да не зовет судящихся!» — Яков Федоров: «Да не велит Государь вступаться своему Наместнику в особенные суды Архиепископа и Посадника!» — Житые люди сказали, что подданные Великокняжеские зовут их на суд к Наместнику и Посаднику в Новегороде, а сами хотят судиться единственно на Городище; что сие несправедливо и что они просят Великого Князя подчинить тех и других суду Новогородскому. — Посадник Яков Короб заключил сими словами: «Челобитье наше пред Государем: да сделает, что ему Бог положит на сердце!»
Иоанн в тот же день велел Холмскому, Боярину Феодору Давидовичу, Князю Оболенскому-Стриге и другим Воеводам под главным начальством брата его, Андрея Меньшего, идти из Бронниц к Городищу и занять монастыри, чтобы Новогородцы не выжгли оных. Воеводы перешли озеро Ильмень по льду и в одну ночь заняли все окрестности Новогородские.
25 ноября Бояре Великокняжеские, Иван Юрьевич, Василий и Иван Борисовичи, дали ответ Послам. Первый сказал: «Князь Великий Иоанн Василиевич всея Руси тебе, своему богомольцу Владыке, Посадникам и Житым людям так ответствует на ваше челобитье». — Боярин Василий Борисович продолжал: «Ведаете сами, что вы предлагали нам, мне и сыну моему, чрез сановника Назария и Дьяка Вечевого, Захарию, быть вашими Государями; а мы послали Бояр своих в Новгород узнать, что разумеется под сим именем? Но вы заперлися, укоряя нас, Великих Князей, насилием и ложью; сверх того делали нам и многие иные досады. Мы терпели, ожидая вашего исправления; но вы более и более лукавствовали, и мы обнажили меч, по слову Господню: аще согрешит к тебе брат твой, обличи его наедине; аще не послушает, поими с собою два или три свидетеля: аще ли и тех не послушает, повеждь Церкви; аще ли и о Церкви нерадети начнет, будете яко же язычник и мытарь. Мы посылали к вам и говорили: уймитесь, и будем вас жаловать. но вы не захотели того и сделались нам как бы чужды. И так, возложив упование на Бога и на молитву наших предков, Великих Князей Русских, идем наказать дерзость». — Боярин Иван Борисович говорил далее именем Великого Князя: «Вы хотите свободы Бояр ваших, мною осужденных; но ведаете, что весь Новгород жаловался мне на их беззакония, грабежи, убийства: ты сам, Лука Исаков, находился в числе истцов; и ты, Григорий Киприанов, от имени Никитиной улицы; и ты, владыка, и вы, Посадники, были свидетелями их уличения. Я мыслил казнить преступников, но даровал им жизнь, ибо вы молили меня о том. Пристойно ли вам ныне упоминать о сих людях?» — Князь Иван Юрьевич заключил сими словами ответ Государев: «Буде Новгород действительно желает нашей милости, то ему известны условия».
Архиепископ и Посадники отправились назад с Великокняжеским приставом для их безопасности. — 27 ноября Иоанн, подступив к Новугороду с братом Андреем Меньшим и с юным Верейским Князем, Василием Михайловичем, расположился у Троицы Паозерской на берегу Волхова, в трех верстах от города, в селе Лошинского, где был некогда дом Ярослава Великого, именуемый Ракомлею; велел брату стать в монастыре Благовещения, Князю Ивану Юрьевичу в Юрьеве, Холмскому в Аркадьевском, Сабурову у Св. Пантелеймона, Александру Оболенскому у Николы на Мостищах, Борису Оболенскому на Сокове у Богоявления. Ряполовскому на Пидьбе, Князю Василию Верейскому на Лисьей Горке, а Боярину Феодору Давидовичу и Князю Ивану Стриге на Городище. 29 ноября пришел с полком брат Иоаннов, Князь Борис Васильевич, и стал на берегу Волхова в Кречневе, селе Архиепископа. — 30 ноября Государь велел Воеводам отпускать половину людей для собрания съестных припасов до 10 декабря, а 11 число быть всем налицо, каждому на своем месте; и в тот же день послал гонца сказать Наместнику Псковскому, Князю Василию Шуйскому, чтобы он спешил к Новугороду с огнестрельным снарядом.
Новогородцы хотели сперва изъявлять неустрашимость; дозволили всем купцам иноземным выехать во Псков с товарами: укрепились деревянною стеною по обеим сторонам Волхова; заградили сию реку судами; избрали Князя Василия Шуйского-Гребенку в военачальники и, не имея друзей, ни союзников, не ожидая ниоткуда помощи, обязались между собою клятвенною грамотою быть единодушными, показывая, что надеются в крайности на самое отчаяние и готовы отразить приступ, как некогда предки их отразили сильную рать Андрея Боголюбского. Но Иоанн не хотел кровопролития, в надежде, что они покорятся, и взял меры для доставления всего нужного многочисленной рати своей. Исполняя его повеление, богатые Псковитяне отправили к нему обоз с хлебом, пшеничною мукою, калачами, рыбою, медом и разными товарами для вольной продажи: прислали также и мостников. Великокняжеский стан имел вид шумного торжища, изобилия; а Новгород, окруженный полками Московскими, был лишен всякого сообщения. Окрестности также представляли жалкое зрелище: воины Иоанновы не щадили бедных жителей, которые в 1471 году безопасно скрывались от них в лесах и болотах, но в сие время умирали там от морозов и голода.
Декабря 4 вторично прибыл к Государю Архиепископ Феофил с теми же чиновниками и молил его только о мире, не упоминая ни о чем ином. Бояре Московские, Князь Иван Юрьевич, Феодор Давидович и Князь Иван Стрига отпустили их с прежним ответом, что Новогородцы знают, как надобно бить челом Великому Князю. — В сей день пришли к городу Царевич Данияр с Воеводою, Василием Образцом, и брат Великого Князя, Андрей Старший, с Тверским Воеводою: они расположились в монастырях Кириллове, Андрееве, Ковалевском, Болотове, На Деревенице и у Св. Николы на Островке.
Видя умножение сил и непреклонность Великого Князя — не имея ни смелости отважиться на решительную битву, ни запасов для выдержания осады долговременной — угрожаемые и мечом и голодом, Новогородцы чувствовали необходимость уступить, желали единственно длить время и без надежды спасти вольность надеялись переговорами сохранить хотя некоторые из ее прав. Декабря 5 Владыка Феофил с Посадниками и с людьми Житыми, ударив челом Великому Князю в присутствии его трех братьев, именем Новагорода сказал: «Государь! Мы, виновные, ожидаем твоей милости: признаем истину Посольства Назариева и Дьяка Захарии; но какую власть желаешь иметь над нами?» Иоанн ответствовал им чрез Бояр: «Я доволен, что вы признаете вину свою и сами на себя свидетельствуете. Хочу властвовать в Новегороде, как властвую в Москве». — Архиепископ и Посадники требовали времени для размышления. Он отпустил их с повелением дать решительный ответ в третий день. — Между тем пришло войско Псковское, и Великий Князь, расположив его в Бискупицах, в селе Федотине, в монастыре Троицком на Варяжи, приказал знаменитому своему художнику, Аристотелю, строить мост под Городищем, как бы для приступа. Сей мост, с удивительною скоростию сделанный на судах через реку Волхов, своею твердостию и красою заслужил похвалу Иоаннову.
7 Декабря Феофил возвратился в стан Великокняжеский с Посадниками и с выборными от пяти Концов Новогородских. Иоанн выслал к ним Бояр. Архиепископ молчал: говорили только Посадники. Яков Короб сказал: «Желаем, чтобы Государь велел Наместнику своему судить вместе с нашим Степенным Посадником». — Феофилакт: «Предлагаем Государю ежегодную дань со всех волостей Новогордских, с двух сох гривну». — Лука: «Пусть Государь держит Наместников в наших пригородах; но суд да будет по старине». — Яков Федоров бил челом, чтобы Великий Князь не выводил людей из владений Новогородских, не вступался в отчины и земли Боярские, не звал никого на суд в Москву. Наконец все просили, чтобы Государь не требовал Новогородцев к себе на службу и поручил им единственно оберегать северо-западные пределы России. Бояре донесли о том Великому Князю и вышли от него с следующим ответом: «Ты, богомолец наш, и весь Новгород признали меня Государем; а теперь хотите мне указывать, как править вами?» — Феофил и Посадники били челом и сказали: «Не смеем указывать, но только желаем ведать, как Государь намерен властвовать в своей Новогородской отчине: ибо Московских обыкновений не знаем». Великий Князь велел своему Боярину, Ивану Юрьевичу ответствовать так: «Знайте же, что в Новегороде не быть ни Вечевому колоколу, ни Посаднику, а будет одна власть Государева: что как в стране Московской, так и здесь хочу иметь волости и села; что древние земли Великокняжеские, вами отнятые, суть отныне моя собственность. Но снисходя на ваше моление, обещаю не выводить людей из Новагорода, не вступаться в отчины Бояр и суд оставить по старине».