Вскоре молодой стряпчий становится зятем знаменитого Малюты Скуратова-Бельского. Некоторые историки считают, что шеф оп-ричной контрразведки искал покровительства постельничего, но, скорее всего, Годуновы были заинтересованы в Малюте не меньше, чем он в них. Дядя с племянником готовились к тяжелым политическим битвам и нуждались в сильных союзниках. В течение нескольких последующих лет положение Годуновых сильно укрепилось. Летом 1570 г. были казнены замешанные в новгородской измене А. Вяземский и А. Басманов. Из старого опричного руководства на плаву остались Годуновы и Скуратовы-Бельские. А осенью 1571 г. состоялась двойная свадьба. Царевич Иван женился на Евдокии Сабуровой и род Годуновых вновь породнился с царским домом. Сам Грозный царь взял в жены Марфу Собакину. Свахами царицы были жена Бориса Мария Скуратова и его теща, а сам Борис и Малюта стали дружками царской невесты. Однако, нити, связавшие семью Годуновых с престолом, оборвались неожиданно быстро: через две недели после свадьбы царица Марфа умерла, а через год оказалась в монастыре и царевна. Труды Годуновых пропали втуне. К тому же геройски погиб на войне верный союзник - Малюта. Но неудачи не сломили Годуновых. Они уже разрабатывали новые планы, не уступающие по широте размаха предыдущим. Грозный решил женить младшего сына, Феодора. Царевной стала Ирина, сестра Бориса.
Примерно в это же время царь Иоанн распустил опричнину и заменил ее так называемым "двором". Новое правительство возглавили Василий Колычев и Борис Тулупов. Дмитрий Годунов получил повышение но службе - думный чин окольничего. Такая расстановка сил не удовлетворила честолюбие царских родственников, рассчитывавших на большее. Годуновы посчитали себя достаточно сильными для открытой схватки и начали местнический спор с боярами, заступившими им путь к власти. Предмет спора для тех времен был очень серьезен: от того, кто займет более высокую должность, зависела не только личная карьера боярина, но и служебный успех всего рода на многие десятилетия вперед. Никогда уже потомки проигравшего не смогли бы подняться по служебной лестнице выше, чем потомки победителя. В свою очередь, на победу в споре мог рассчитывать только тот, чьи предки хотя бы раз имели в подчинении кого-либо из предков соперника. Необоснованные претензии на чужое служебное место карались весьма строго. Борьба шла буквально не на жизнь, а на смерть. Противники Годуновых были выданы им головой и казнены. Вотчины местничавшегося с Годуновым князя Тулупова достались победителю в виде трофеев, а место на политическом Олимпе занял триумвират Годуновых-Бельских-Нагих. Они не успокоились, пока не смели всех своих политических противников. Дмитрий Годунов получил боярский чин, не полагавшийся ему по худородству, Борис Годунов - думный чин кравчего, а его свояк Богдан Бельский стал оружничим. Это правительство оставалось у власти почти 10 лет - до смерти Грозного.
В ноябре 1581 г. погиб царевич Иван. Рас-сказ о том, как Грозный царь убил своего сына, давно стал хрестоматийной историей. Однако, современные исследователи уже не столь уверены в причинах смерти царевича. Р. Г. Скрынников пишет, что наряду с побоями, здоровье Ивана пострадало от нервного потрясения. Знаток русской истории митрополит Иоанн Ладожский вообще утверждал, что смерть царевича была естественной. Об этом же упоминают и некоторые современники события, например, служивший в охране Бориса Годунова наемник Яков (Жак) Маржерет. Существует версия и об отравлении царевича, и это не удивительно, если учесть, что он умер не сразу, а болел около двух недель. Как бы то ни было, смерть наследника престола оказалась исключительно выгодной клану Годуновых. Более того, народная молва обвинила их в смерти царевича. Источником для этих слухов послужила перемена в отношениях между Грозным и Борисом: царь стал все чаще проявлять к недавнему любимцу недоверие и неприязнь.
Еще при жизни старшего сына Грозный выделил младшему огромный удел, превосходящий по размеру любое европейское государство. Заботу о благочестивом Федоре, ко-торого подданные считали блаженным (существовала икона царя Феодора, его имя входило в XVII в. в святцы), царь поручил Годуновым. Работа была почетная и несложная, оставлявшая много времени для совершенствования тактики придворных интриг. К тому же, Годуновы сдружились с Федором и приобрели на него огромное влияние. Пока был жив царевич Иван, Грозного это вполне устраивало. Смерть старшего сына все изменила. Федор оставался единственным наследником (царевич Дмитрий еще не родился) и близкие ему Годуновы слишком усилились. У Федора и Ирины не было детей, да и здоровье нового наследника внушало опасения. Это грозило пресечением династии Ивана Калиты. В таких обстоятельствах Грозный потребовал от сына развода и заключения Ирины Годуновой в монастырь. Но Федор, не желая нарушать церковных установлений, запрещающих развод, воспротивился воле отца. Стоит ли говорить, что и Годуновы всеми силами старались не допустить удаления царевны Ирины. Это вызвало гнев царя, но, вопреки приписываемой ему жестокости, привело лишь к еще большему охлаждению между Иоанном и Борисом. Царь заменил Годунова другим любимцем - Богданом Бельским.
Позиции Бориса поколебало не удаление от трона, а рождение у царя еще одного сына - царевича Дмитрия. Через полгода Грозный слег от "горячки". В течение десяти дней положение царя то улучшалось, то ухудшалось, пока не наступила странная смерть во время шахматной партии… в присутствии Бориса Годунова. Англичанин Д. Горсей, очевидец событий, писал, что царь был удушен. Народ приписал смерть Иоанна Грозного отраве, положенной в лекарство рукой то ли Годунова, то ли Бельского, которые совместно подхватили выпавшую из царских рук власть. В сопровождении неожиданно появившейся свиты и охраны, такой многочисленной, что, по словам Горсея, странно было это видеть, Борис и Бельский привели к присяге знать, опечатали казну, расставили на кремлевских стенах верные им отряды. Уже через шесть часов все было в их руках.
Грозный завещал группе бояр заботиться о царе Фёдоре и государстве. Долгое время считалось аксиомой членство Годунова в этом своеобразном опекунском совете. Но Р. Г. Скрынникову удалось убедительно доказать, что в царском завещании упоминались четверо опекунов: Иван Мстиславский, Иван Шуйский, дядя царя Никита Романов-Юрьев и любимец Грозного Богдан Бельский. Го-дунов не вошел в четверку сильнейших, более того, не получил никакой должности. Почти достигнутая власть ускользала из рук. По свидетельству австрийского посла, такой оборот дел очень задел Бориса в душе. Мириться с создавшимся положением он не собирался.
Уже в ночь смерти Грозного началась смута. В Кремле схватили Нагих, родственников царевича Дмитрия по матери. В городе ввели военное положение, прошли массовые аресты. Многочисленная толпа посадских людей волновалась у закрытых кремлевских ворот. Одни кричали, что Бельский, отравив царя Ивана, злоумышляет на Федора и хочет посадить на престол Годунова; другие - что бояре побивают Годуновых; третьи - что Годуновы решили извести всех бояр. Когда в толпе появились служилые дворяне со своими боевыми холопами, дело приняло серьезный оборот. Восставшие захватили пушки и повернули их на Спасские ворота. В схватке погибло 20 человек и около 100 было ранено. Правительство пошло на переговоры. Но среди бояр не было единства: Мстиславский, Романов и Шуйский поддержали казначея П. Головина в борьбе с Б. Бельским, за которым стояли Годуновы и Щелкаловы - "новые русские" XVI века, пробившиеся на вершину власти при Грозном. Результат оказался плачевным для Бельского: сам он был сослан в почетную ссылку, а царевич Дмитрий и Нагие отправились в Углич.
Неизвестно, что произошло в течение трех следующих недель, но Борис совершил головокружительный прыжок к высшему в России придворному званию конюшего. Этот чин делал его главой Боярской Думы. Но, главное, по неписаному закону, в случае прекращения царствующей династии Годунову принадлежало решающее слово при выборе нового царя.
Во время венчания на царство Федора Ивановича новоиспеченный конюший стоял рядом с царем и утомившийся Федор отдал Борису "подержать" знак верховной власти - тяжелый золотой шар-державу. Это произвело на присутствующих неизгладимое впечатление.
Вскоре всеми делами в стране заправляли Никита Романов, Борис Годунов и дьяк Щелкалов. Их худородство действовало на московский бомонд как красная тряпка на быка. Столкновение было неизбежно. Борьба развернулась за контроль над министерством финансов - Казенным приказом. Казначей Петр Головин, победитель Богдана Бельского, только и ждал случая разделаться с ненавистными выскочками. Борис нанес ему упреждающий удар: поднял на заседании правительства вопрос о ревизии казны. Ход оказался беспроигрышный. Хищения были так велики, что Петра суд приговорил к смерти, а его брата Владимира - к ссылке и конфискации имущества. Это настолько ухудшило позиции представителей аристократии в правительстве, что Н. Романов осмелился выступить против высокородного Ивана Мстиславского. Схватка закончилась для Мстиславского монастырской кельей, а для Романова - тяжелым смертельным недугом. Власть же досталась Годунову и его союзникам, братьям Щелкаловым.
