Макдональд собрал свою армию на Требию и 7 июня принял на левом ее берегу новую атаку Суворова, во время которой Багратион был ранен. Однако и вторая рана Багратиона в эту кампанию не вывела его из строя.
4 августа у Нови Суворов возложил на Багратиона решительный удар. Затем последовал легендарный поход суворовских войск через Швейцарию. Багратион шел то во главе их, первым принимая на себя все удары противника, первым преодолевая все преграды, которые ставила им дикая природа гор, то в арьергарде- сдерживая натиск французов, и когда наконец русские войска выбрались благополучно из той западни, в которую заманил их не только противник, но и союзник, в полку Багратиона оставалось всего лишь 16 офицеров и 300 нижних чинов. Сам он был в третий раз за эту войну ранен в сражении при Кл°нтале. По возвращении в Россию Багратион был назначен шефом лейб-егерского батальона, переформированного впоследствии в полк, и оставался им до своей смерти.
С началом первой войны России с Наполеоном, в 1805 г., Багратиону вверен был авангард армии Кутузова, но едва войска вступили в пределы Австрии, как, благодаря капитуляции союзной австрийской армии под Ульмом, 40-тысячный русский корпус очутился перед семью французскими корпусами, имея в тылу Дунай. Кутузов начал поспешное отступление к русским границам, и авангард Багратиона обратился в арьергард, который на протяжении 400 верст рядом упорных боев - при Ламбахе, Энее, Амштеттене и Кремсе - сдержал противника и дал армии возможность выбраться из этой западни. Но едва она перешла у Кремса на левый берег Дуная, как Вена сдалась Наполеону, и последний, в свою очередь, перейдя Дунай, бросился к Цнайму наперерез пути отступления Кутузова от Кремса к Брюнну. На этот раз положение русской армии стало еще более критическим. И второй раз она была спасена Багратионом, которому Кутузов приказал во что бы то ни стало задержать французов, хотя бы для этого ему пришлось пожертвовать всем своим отрядом да последнего человека. Прощаясь с Багратионом, Кутузов перекрестил его, как обреченного на смерть; так смотрели на Багратиона и его отряд, и вся армия, зная, что от его стойкости зависит ее участь.
Багратион поклялся Кутузову устоять, "не выдать". У Шенграбена (Голлабрюна) он выдержал 4 ноября яростный натиск двух французских корпусов (30 тыс. человек) в течение 8 часов. Он не покинул позиции даже тогда, когда дивизия Леграна зашла ему в тыл... Когда же он получил известие, что Кутузов миновал с главными силами Цнайм и находится вне опасности, Багратион во главе 6-го егерского полка штыками проложил себе путь через кольцо французских войск и горевшие селения Шенграбен и Грунд и присоединился к армии, приведя с собой даже пленных и принеся одно французское знамя.
За этот блистательный подвиг Багратион был произведен в генерал-лейтенанты, а 6-й егерский полк, первый из полков русской армии, получил в награду серебряные трубы с Георгиевскими лентами.
По соединении Кутузова с корпусом графа Буксгевдена русская армия перешла в наступление и Багратионовский отряд снова стал авангардом. На пути к Аустерлицу Багратион разбил французов у Вишау и Раусница. 2 декабря на Аустерлицком поле авангард Багратиона составил крайний правый фланг боевого расположения союзной армии и, когда колонны ее центра были рассеяны, подвергся жестокому натиску победоносного противника, но устоял и прикрыл отступление разбитой армии, снова стай ее арьергардом. За Аустерлиц Багратион был пожалован орденом Св. Георгия 2-го класса.
В кампанию 1806-1807 гг. Багратион опять является начальником то авангарда, то арьергарда, смотря по тому, наступала или отступала русская армия. Так, с непрерывным в течение 3 дней боем на протяжении 70 верст, он прикрывает отступление русской армии от Яшма к Прейсиш-Эйлау и принимает участие в сражении у этого местечка (26 и 27 января), 27-го числа он руководит действиями не только своего отряда, но и корпуса Дохтурова, контуженного и выбывшего из строя.
Получив приказание главнокомандующего генерала Беннигсена во что бы то ни стало выбить французов из Прейсиш-Эйлау, Багратион, спешившись, со знаменем в руке становится во главе 4-й дивизии и овладевает местечком. Однако русская армия все же вынуждена была отступить к Кенигсбергу, и это движение совершается под прикрытием Багратионовского отряда.
Так как Наполеон, не развив своего успеха, также отошел за Пассаргу, то Беннигсен снова переходит в наступление. Багратион, идя в авангарде, занимает Гутштадт и, продолжая марш свой далее, атакует 24 мая неприятельские войска у Альткирхена, сбивает их после шестичасового боя с весьма выгодной позиции, обращает в бегство, преследует и довершает победу новым поражением их на следующий день у села Анкендорф.
Атакованный 28 мая всей неприятельской конницей, Багратион упорно обороняется у Гутштадта, чем задерживает переправу французов через Алле и дает русской армии время укрепить позиции у Гейльсберга.
Затем Багратион прикрыл как отход ее с них, оставаясь в Гейльсберге до утра 31 мая, так и само отступление ее к Бартенштейну. В сражении у Фридланда отряд Багратиона составлял левый фланг расположения русской армии. Когда войска не выдержали и в расстройстве начали отступать, Багратион со шпагой в руках стал ободрять Московский гренадерский полк, остатки которого окружили его лошадь, напоминая солдатам их подвиги в Италии с Суворовым, но все было напрасно. Даже Семеновны и павловцы дрогнули и осадили назад. Тогда Багратион, желая хоть сколько-нибудь сдержать натиск французов, приказал полковнику Ермолову привести из резерва какую-нибудь артиллерийскую роту...
16 часов пробыл Багратион в самом пекле этого жестокого боя и затем еще 5 суток сдерживал противника, преследовавшего русскую разбитую армию, шедшую к Тильзиту. За Фридланд Багратион был награжден золотой шпагой, украшенной алмазами, с надписью "За храбрость".
Несмотря на чрезвычайное напряжение своих сил в течение кампании 1805-1807 гг., Багратион, не колеблясь, принял назначение на театр войны со Швецией (1808-1809 гг.) и явился деятельным участником и героем этой войны. Назначенный начальником 21-й пехотной дивизии, он разбил в ночь с 15 на 16 февраля генерала Адлеркрейца у Артчио, 28-го - занял Тамерфорс, 4 марта нанес поражение шведскому главнокомандующему генералу Клингспору у Бьернеборга и, преследуя его в течение 8 дней на протяжении 200 верст по отвратительным дорогам, занял 10 марта А6о, 12-го Христианштадт, 26-го - Вазу, 31 марта - Аландские острова.
Нездоровье, вызванное усиленными непрерывными трудами, вынудило Багратиона покинуть временно армию. Восстановив свои силы, он осенью 1808 г. вернулся в Финляндию и 16 сентября разбил генералов Бойе и Лантинсгаузена у Гельсинга.
Чтобы нанести шведам решительный удар, император Александр составил план зимнего похода русской армии по льду Ботнического залива к Стокгольму. Не только большинство генералов в армии, но и главнокомандующие, сперва граф Буксгевден, а потом генерал Кнорринг, высказывались против такой операции и медлили с началом ее. И только один Багратион, не рассуждая по существу, ответил графу Аракчееву, присланному государем организовать этот поход: "Прикажите-пойдем".
Назначенный начальником одной из трех колонн, он должен был перейти из Або в Швецию через Аландские острова. Последние были заняты в течение 6 суток, а авангард под командой Кульнева достиг шведского берега и захватил м. Гриссельгам в окрестностях Стокгольма.
В начале августа 1809 г. Багратион был назначен командовать Молдавской армией, действовавшей против Турции.
Историк эпохи конца 18 и начала 19 вв. Е. Шумигорский полагает, что такое быстрое перемещение Багратиона из Финляндии, где война уже кончилась, в Турцию, где она тянулась безрезультатно уже третий год, было, в сущности, для него почетной ссылкой. Его не желали более видеть в Санкт-Петербурге по причинам интимного характера.
Среднего роста, худощавый, мускулистый брюнет с типичным грузинским лицом, на котором сильно выдавался орлиный нос, дававший повод к ряду острот, шуток и анекдотов, Багратион был некрасив, но всей своей фигурой производил сильное впечатление: солдаты называли его "Орлом". Но еще более сильное впечатление производил он на окружающих славой своих подвигов и репутацией суворовского любимца и ученика.
На этой почве, вероятно, произошло увлечение им великой княжны Екатерины Павловны, которой в ту пору было 18-20 лет. Чтобы положить ему конец, великую княжну в апреле 1809 г. выдали замуж за принца Георга Ольденбургского.
Но так как Багратион не хотел примириться с этим фактом, то его произвели в генералы от инфантерии и направили в Молдавию. Прибыв сюда, Багратион повел военные действия с обычной своей суворовской быстротой и решительностью. Имея в армии всего лишь 20 тыс. человек, он, не снимая блокады Измаила, взял 18 августа Мачин, 22-го-Гирсово, 29-го-Кюстенджи, 4 сентября разбил наголову под Россеватом 12-тысячный корпус отборных турецких войск, 11-го - осадил Силистрию, 14-го взял Измаил, 27-го - Браилов. На выручку Силистрии поспешил великий визирь с войсками, численность которых равнялась силе русского осадного корпуса. Багратион встретил его 10 октября у Татарицы и нанес ему поражение. Но когда стало известно, что к Силистрии спешат остальные войска великого визиря, то Багратион решил снять осаду и 14 октября отвел свои войска на левый берег Дуная, намереваясь возобновить военные действия весной и с более значительными силами. Но в Санкт-Петербурге всем этим остались очень недовольны, и в марте 1810 г. на смену Багратиону был прислан граф Н. М. Каменский.
