Организаторские таланты Франциска и Доминика сказались еще в создании терциариев (братств мирян при монашеских орденах). Франциск выработал устав, который дозволял лицам обоего пола, не выходя из мира, присоединиться к ордену, который им покровительствовал. Устав запрещал прибегать к оружию, за исключением случаев защиты римской Церкви, христианской веры и своих собственных земель. Проект был одобрен папой в 1221 г.; официальным названием нового установления было «Братья и Сестры Покаяния», но оно известно как Третий Орден Миноритов, или францисканцев. Подобную же общину создал Доминик, дав ей более вызывающее название – «Милиция Иисуса Христа». Нищенствующим орденам были предоставлены всевозможные привилегии и льготы. Григорий IX, Иннокентий IV, Бонифаций VIII в течение 1240-1244 и 1295-1296 гг. сделали их совершенно независимыми от местных церковных властей, освободили нищенствующих монахов от подсудности суду епископа; одни только статуты ордена должны были быть применяемы к ним, несмотря ни на какие положения канонического права.
Отныне Святой Престол имел в своем распоряжении собственную армию, набираемую и содержимую верными, защищенную от нападений даже самого духовенства и всецело преданную интересам Рима. В 1241 г. Григорий IX дал братьям право свободно жить среди отлученных, таким образом, они могли проникать всюду и служить тайными лазутчиками даже во владениях тех, кто был враждебно настроен против папства. Никогда до этого не было более грозной армии, ибо монахи были полны ревности и глубоко убеждены в правоте своего дела; окружавший их ореол святости обеспечивал им расположение и поддержку народа и давал им большое преимущество в их постоянных стычках с местными церквями.
Сила новой армии в борьбе Святого Престола с его светскими врагами подверглась испытанию в борьбе пап с Фридрихом II. В 1229 г. всех францисканцев изгнали из Неаполитанского королевства, как папских лазутчиков, возмущавших подданных императора. В 1234 г. в Англии они собирали деньги для папы на продолжение борьбы с Фридрихом. Когда Григорий на Пасху 1239 г. отлучил императора от Церкви, он поручил францисканцам читать свой эдикт народу. Когда Лионский собор в 1244г. низложил его, то огласить это решение было поручено доминиканцам. Фридрих всегда утверждал, что заговор на его жизнь в 1244 г. был делом францисканцев, которые проповедовали тайно крестовый поход против него в его же собственных землях. Когда папе разными интригами удалось в 1246 г. избрать вместо Фридриха римским королем Генриха Распа Тюрингенского, Иннокентий IV повелел францисканцам всемерно защищать его интересы. В 1248 г. братья обоих орденов были снова посланы сеять смуты среди подданных Фридриха. Император ответил на это повелением не изгонять, как прежде, а сжигать нищенствующих. Однако нищенствующие монахи продолжали проповедовать крестовый поход против Фридриха, а после его смерти против его сына Конрада.
Со временем нищенствующие монахи начали вместо епископов сообщать народу папские распоряжения или приводить их в исполнение. Они представляли сеть невидимой полиции, охватившую всю Европу. Раньше, когда поступала в Рим жалоба на злоупотребления какого-либо прелата, составляли комиссию из двух-трех епископов или местных аббатов и поручали ей произвести следствие и представить отчет или реформировать ту церковь или тот монастырь, где было обнаружено злоупотребление. Вскоре эти важные обязанности стали поручаться одним только нищенствующим монахам, через которых папская власть давала себя чувствовать во всех епископских дворцах и во всех аббатствах Европы.
Роль следователей, навязанная нищенствующим монахам, вызвала столкновение между новыми орденами и старым строем Церкви, который они стремились изменить. Гораздо более серьезной причиной к несогласиям было предоставление нищенствующим монахам права проповеди и исповеди. Епископы тщательно охраняли свое право проповедовать, но дело проповеди находилось в полном забросе.
В уставе доминиканцев 1228 г. было обусловлено, что никто из братии не может проповедовать в епархии без согласия местного епископа и что проповедник не должен обличать пороки духовенства. В уставе св. Франциска это было также предусмотрено.
Папа Гонорий III обратился к епископам с просьбой разрешить доминиканцам проповедовать и принять меры к подготовке проповедников из среды белого духовенства и к поднятию среди него богословского образования. В 1227 г. Григорий IX ознаменовал свое вступление на папский престол предоставлением обоим орденам права проповедовать, исповедовать и отпускать грехи повсеместно; странствующие монахи, вопреки своим уставам, постепенно захватили все приходы и взяли на себя все заботы о душах людей к великому неудовольствию местного духовенства, которое из-за этого теряло свои главные доходы и влияние.
Еще более увеличивало поводы к столкновениям то обстоятельство, что миряне повсюду предпочитали нищенствующих своим священникам.
Белое духовенство постепенно теряло паству. Иннокентий IV неожиданно в ноябре 1254 г. буллой поддержал белое духовенство и резко ограничил права нищенствующих в приходах. Орденам грозил упадок.
Смерть Иннокентия 7 декабря 1254 г. была спасением для нищенствующих орденов. Новый папа Александр IV, избранный уже через две недели после смерти Иннокентия, был всецело на стороне нищенствующих. Назначение им доминиканца и францисканца папскими капелланами показало это. 31 декабря, через десять дней после своего избрания, папа энцикликой отменил буллу Иннокентия, направленную против нищенствующих.
14 апреля 1255 г. вышла булла «Жизнь подобна дереву», которая решала в пользу доминиканцев их спор с Парижским университетом, выступив против привилегий орденов. Но профессора Сорбонны начали громить нищенствующих со своих кафедр.
Фома Аквинский и францисканец Бонавентура возражали на эти нападки. Первый в трактате «Против осквернения религии» доказал, что братья имели право поучать, проповедовать, исповедовать и жить, не работая; он опроверг обвинения, направленные против их нравственности. Он доказывал, что они имели право бороться с клевещущими на них, искать защиту в судах и даже охранять себя оружием и карать своих преследователей. Бонавентура в своем трактате «О чистоте христианства» утверждал, что пример Христа является решительным доказательством в пользу бедности и нищеты, а в своих «Апологетическом памфлете» и «Рассуждениях о том, как отзываются о младших братьях» он откровенно и энергично раскрыл недостатки, пороки, грехи, разврат и упадок белого духовенства.
Булла «Римский епископ» объявила 5 октября 1256 г., что книга лидера университета Вильгельма де Сент-Амура «Об опасностях нового времени» полна лжи, обмана и соблазна, гнусна и зла. Было приказано сжечь ее перед курией и перед университетом; все экземпляры должны были быть доставлены и уничтожены в течение недели, и всякий, кто стал бы защищать изложенное в книге, приравнивался к мятежникам. Посланные Людовиком Святым и университетом делегаты были принуждены подписаться под этим решением и признать за нищенствующими право проповедовать, исповедовать и жить милостыней на счет других. Отказался подписаться один только Вильгельм. Александр предложил всем профессорам и проповедникам воздерживаться от нападок на нищенствующих под угрозой потери своих бенефиций.
Победа нищенствующих монахов была полная. Университет смирился перед папой, и только один Вильгельм де Сент-Амур ни в чем не уступал, ни от чего не отказывался. В августе 1257 г. папа Александр запретил ему возвращаться во Францию из Рима и навсегда запретил проповедовать. Папа просил Людовика Святого закрыть мятежному богослову въезд в пределы королевства. Последним актом этой ссоры было послание папы Александра от 3 декабря 1260 г., уполномочивавшее парижского епископа дать отпущение всем, у кого имелись сочинения Вильгельма, с условием, чтобы они выдали их на сожжение. Вильгельм умер в 1272 г. и был погребен в своей родной деревне Сент-Амур.
Захват нищенствующими монахами всего в свои руки возбудил против них общую и глубокую вражду всего духовенства, которое боялось не только за свои привилегии, за свои богатства и за свой авторитет, но понимало также, что новая папская милиция окончательно подчинит его Риму и лишит его последней независимости. Если уж сам Парижский университет, опирающийся на симпатии прелатов всего христианского мира, потерпел неудачу, то другим нечего было рассчитывать на успех; надо было склониться перед этими пришельцами, о которых папа говорил, что они – «золотые фиалы, наполненные сладким благоуханием».
Однако булла Климента IV от 1268 г., запрещающая архиепископам и епископам рассуждать о привилегиях, предоставленных нищенствующим, показывает, что вражда не угасла. В Леоне и в Галисии собрание епископов и аббатов отмечает в 1283 г. как одну из обязанностей их союза борьбу против усиления доминиканцев и францисканцев и против несправедливостей, наносимых ими монастырям и белому духовенству.
