В Авиньоне в 1209 г. собор под председательством папского легата Гуго принял ряд мер, в сущности подтверждавших декреталий папы Луция III. Кроме того, приходских священников обязали присоединиться к мирянам, священным свидетелям или к местным расследователям ереси. Эта система, утвержденная в 1215 г. собором в Монпелье, вызвала многочисленные преследования и костры. В 1215 г. Латеранский собор также подтвердил инструкции Луция III. Собор решил, что все епископы, которые будут небрежно исполнять свои обязанности в этом отношении, будут смещены и замещены более способными бороться против ереси.
Нарбоннский собор 1227 г. предписал всем епископам назначить в каждой епархии священных свидетелей, чтобы разыскивать еретиков и других отпавших и доносить о них епископским чиновникам. Собор в Безье 1234г. Приказал приходским священникам составлять списки подозреваемых и строго наблюдать за ними.
Папы образовывали по временам нечто вроде инквизиции легатов, своих прямых полномочных представителей. По мере расширения юрисдикции пап легат сделался полезным орудием вмешательства папы в дела епархий; было неизбежно их решающее участие в преследовании еретиков. В сентябре 1209 г. собор в Тулузе принял канон, предписывавший всем архиепископам, епископам и независимым аббатам привлекать к борьбе с ересью священных свидетелей.
В последующие годы необходимость священных свидетелей подтверждали соборы в Арле в 1234 г., в Туре в 1239 г., в Безье в 1246 г. и в Альби в 1254 г. Альфонс де Пуатье в 1257 г. убеждал епископов учредить этих свидетелей согласно канонам Тулузского собора. В эти же годы были и отдельные случаи инквизиции легатов. В 1237 г. инквизиторы Тулузы действовали с полномочиями легатов. В 1239 г. Григорий IX предписал тулузским инквизиторам следовать указаниям его легата, в обход прав епископов.
При отсутствии проявлений открытой вражды к Церкви было трудно раскрыть тайные мысли сектантов; для этого нужны были люди, специально и лучше подготовленные к исследованию чужих убеждений, чем епископы, легаты или консисторские судьи. Необходимость в этом становилась все более настоятельной.
Нищенствующие ордена были особенно пригодны для работы, которая была не под силу епископским судам. Необходимы были специальные и постоянные суды исключительно для подавления ереси, совершенно изъятые из-под влияния местных страстей и личных счетов. Следователями и судьями должны были стать люди, специально подготовленные для раскрытия и обращения еретиков, бесповоротно отрекшиеся от мира. Огромная популярность нищенствующих монахов обеспечивала усердное содействие населения, на какое не могли рассчитывать епископы, обычно находившиеся во враждебных отношениях со своими духовными чадами, а также и с могущественными баронами и сеньорами, поддержка которых в борьбе с ересью была необходима. Нищенствующие ордена были особенно преданы папству, и они сделали из инквизиции могущественное орудие для увеличения влияния Рима и для уничтожения последних остатков независимости местных церквей. В XIII в. устройство инквизиции, врученной доминиканцам и францисканцам, казалось наиболее действенным средством против ереси.
Способствовало успехам Церкви в предпринятом преследовании светское законодательство против ереси. В Англии и в Арагоне уже в XII в. появлялись эдикты против ереси. Фридрих Барбаросса в 1184 г. санкционировал веронские декреталии Луция III. В 1194 г. император Генрих VI предписал конфисковать имущество еретиков, накладывать на них суровые наказания, разрушать их дома и подвергать крупным штрафам общины и отдельных лиц, если они не будут содействовать их задержанию; в 1210 г. эти предписания были подтверждены Отгоном IV. В 1217 г. граф Русельона объявил еретиков вне закона; в 1228 г. король Арагонский последовал его примеру. Французский король Людовик VIII предписал за ересь конфискацию имущества и лишение всех прав, а государственные чиновники получили приказание карать всех, кто будет уличен в ереси. По действовавшим в 1227 г. статутам Флоренции епископ во всех случаях преследования ереси должен был действовать совместно с подестатом. В Милане в 1228 г. были приняты новые законы по настоянию папского легата Готфрида; еретики должны были быть поставлены вне закона и изгнаны из пределов республики, дома их должны быть разрушены, имущество конфисковано; крупному штрафу подвергался давший им пристанище. Для розыска еретиков, которых должны были допрашивать и судить архиепископ и подестат, была учреждена полусветская, полудуховная инквизиция; подестат должен был в десятидневный срок предавать смертной казни всех, кто будет уличен в ереси. Иннокентий III на Латеранском соборе 1215 г. рядом суровых постановлений определил отношение Церкви к еретикам, а также обязанности светской власти, которая должна была уничтожать их под угрозой обвинения в вероломстве. В ряде указов с 1220 по 1239 г. Фридрих II опубликовал подробный и безжалостный кодекс преследования, основанный на канонах Латеранского собора. Те, которых только подозревали в ереси, должны были по распоряжению Церкви подвергнуться искуплению вины – под страхом лишения гражданских прав и изгнания из Империи; если они находились в этом положении в течение года, их осуждали как еретиков. Все еретики, без различия их учений, объявлялись вне закона; если они были осуждены Церковью, их следовало выдать светским властям для сожжения живыми. Если из страха смерти они отступали от своих верований, их следовало заключить в тюрьму на всю остальную жизнь и наложить на них епитимью; если же они снова впадали в свои заблуждения, их нужно было предать смерти, так как их обращение было неискренне. Все имущество еретиков подлежало конфискации, и их законные наследники лишались права наследования, Их потомки до второго поколения лишались права занимать какую-либо должность, если они не заслуживали прощения, сделав донос на своего деда или отца или на какого-либо еретика. Все католики-соумышленники, покровители, защитники или ходатаи еретиков подлежали вечному изгнанию, их имущество подлежало конфискации, а их дети разделяли участь детей еретиков. Защищавшие заблуждения еретиков рассматривались как еретики, если только они не меняли свое поведение после предупреждения. Дома еретиков и тех, кто давал им пристанище, должны быть разрушены и более не возобновляемы.
Хотя свидетельство еретика не принималось в судах, но было сделано исключение, если его показания были направлены против другого еретика. Облеченный государственной властью чиновник или магистрат должен был давать присягу, что он под страхом потери власти будет работать на уничтожение тех, кого Церковь признает еретиками. Если светский сеньор, призванный Церковью изгнать еретиков из своих владений, не исполнит этого в течение более чем одного года, то его земли может занять всякий верный католик, который, после того как изгонит из них еретиков, может владеть ими, не нарушая прав сюзерена.
Когда была учреждена папская инквизиция, Фридрих в 1232 г. предоставил в распоряжение инквизиторов все силы государства; они имели право требовать вмешательства чиновников, чтобы схватить тех, кого они признавали еретиками, и держать их под арестом до произнесения приговора, по которому виновных следовало предать смерти.
Коронационный эдикт 1220 г. был послан Гонорием в Болонский университет, чтобы его читали и объясняли при изучении права. Он был внесен в сборник феодального права, и его самые суровые предписания стали частью гражданского кодекса. Ряд последующих эдиктов Фридриха папы приказывали всем государствам и всем городам внести в их местные кодексы. Инквизиторы должны были брать с чиновников и магистратов присягу, что они будут руководствоваться этими эдиктами, и отлучать их в случае отказа дать присягу. Законы Фридриха были внесены в Corpus juris (Собрание законов) как основные положения канонического права и номинально не отменены до XIX в.
В 1315 г. Людовик Сварливый распространил действие эдиктов Фридриха на всю Францию. В Арагоне Яков 1 в 1226 г. эдиктом запретил всем еретикам проникать в его владения. В 1234 г. он совместно со своими прелатами учредил епископскую инквизицию при поддержке королевских чиновников.
В Италии в начале XIII в. были многочисленные попытки основания светской инквизиции. В Риме в 1231 г. Григорий IX составил ряд правил, которые были опубликованы от имени римского народа сенатом. На сенаторов возлагалась обязанность арестовывать всех тех, на кого укажут ему как на еретиков; наказание должно было быть приведено в исполнение через восемь дней после осуждения. Из их имущества, подвергавшегося конфискации, треть следовала свидетелю, треть сенатору и треть на восстановление городских стен. Дом, где им дали приют, должен быть разрушен, а его место обращено в свалку нечистот. Католики-соумышленники, покровители и т. п. лишались третьей части своего имущества. Всякий, кто не доносил на известного ему еретика, подвергался штрафу; сенатор, который небрежно исполнял закон, подвергался штрафу в двести марок и лишался права занимать государственные должности. Григорий IX разослал копии этих правил всем архиепископам и владетельным князьям Европы с приказанием применять их в своих владениях для судопроизводства инквизиции. Папа издал декреталий, легший в основание всего последующего инквизиционного законодательства, в силу которого осужденные еретики должны были передаваться в руки светской власти для наказания; те, кто возвращался в лоно Церкви, подвергался пожизненному тюремному заключению, и всякой, узнавши о малейшем проявлении ереси, должен был доносить о нем духовным властям под страхом отлучения от Церкви.
