В 1288 г. Николай IV предписал все суммы, получаемые от штрафов и конфискаций, передавать людям, избранным с согласия епископа и инквизитора, и поставил, что они могут расходоваться только с разрешения епископа, которому должен представляться подробный отчет о расходах. Это было серьезным ограничением независимости инквизиторов; но Бенедикт XI в 1304 г. запретил епископам требовать отчеты; отныне инквизиторы должны были представлять их только в папскую канцелярию или особым уполномоченным папы.
Если были колебания в упорядочении отношений между церковными судебными властями, то в отношениях инквизиции со светской властью не было неопределенности. Уже в самые первые годы инквизиция оказывала услуги властям, подчиняя ересь светским законам. Поэтому и светские, и церковные власти стремились дать ей прочную организацию, чтобы она могла еще деятельнее помогать раскрытию и наказанию религиозных преступлений. Папство присвоило и подтвердило к своей выгоде суровые эдикты императора Фридриха. Иннокентий IV 15 мая 1252 г. разослал ко всем владетельным лицам Италии буллу «Об истреблении», устанавливавшую систематическое преследование как существенный элемент социального строя каждого государства и каждого города, хотя плохо определенный круг действий епископов, инквизиторов и монахов свидетельствует, насколько области их компетенции были еще слабо разграничены. Исполнительной власти было приказано изгонять еретиков, приравненных к колдунам. Всякий открывший еретика мог завладеть его личностью и его имуществом. Всякий главный магистрат через три дня после вступления в свои служебные обязанности должен был избрать по указанию своего епископа и двух монахов от каждого нищенствующего ордена двенадцать добрых католиков при двух нотариусах и двух или более служащих, обязанность которых заключалась в задержании еретиков, в конфискации их имущества и в выдаче их епископу или его викариям. Их содержание и расходы по их поездкам должны были оплачиваться государством; их свидетельство принималось без присяги; никакое свидетельство не имело силы против единогласного свидетельства троих из них. Они несли свои обязанности в течение шести месяцев; их полномочия могли быть продлены на следующий срок; в любое всякое время они могли быть смещены по просьбе епископа и монахов. Третья часть поступлений от штрафов и конфискаций причиталась им. Они были освобождены от всякой службы, несовместимой с их обязанностями; никакой закон, существующий или могущий выйти, не должен мешать их деятельности. Глава светской власти должен был командировать к ним, по их просьбе, своего заседателя или рыцаря; всякий житель должен был под угрозой крупного штрафа оказывать им содействие по первой просьбе. Когда эти следователи или инквизиторы посещали часть области, подчиненной их юрисдикции, их должен был сопровождать уполномоченный монарха, избранный ими самими или епископом. Прибыв в город или деревню, этот уполномоченный должен был принудить трех людей, пользовавшихся хорошей репутацией, или даже всех жителей под присягой указать всех еретиков, или указать их имущество, или лиц, у которых происходят тайные сборища или которые живут не так, как все верные католики. Государство должно было задерживать всех подозреваемых, заключать их в тюрьмы, препровождать их под надежным конвоем к епископу или инквизитору и в течение пятнадцати дней приводить в исполнение всякое решение, вынесенное по обвинению в ереси. Светская власть была обязана по первому требованию применять пытку к тем, кто откажется выдать всех известных ему еретиков. Если при задержании оказывалось какое-либо сопротивление, то община должна была платить огромный штраф, если в течение трех дней не выдаст всех принимавших участие в возмущении. Исполнительная власть должна была составить четыре списка тех, кто был объявлен обесчещенным или приговорен к изгнанию за ересь; один из списков должен был три раза в год читаться публично, второй передан епископу, третий – доминиканцам, а четвертый – францисканцам. Власть также должна была наблюдать за тем, чтобы дома еретиков или укрывавших их были разрушены через десять дней после объявления решения, и следить за поступлением штрафов в течение трех месяцев. Те, кто был не в состоянии уплатить, заключались в тюрьму и держались там, пока за них не вносили наложенного штрафа. Доход от штрафов, от смягчений наказаний и от конфискаций разделялся на три части: одна – городу, другая – лицам, которым было поручено следствие, третья – епископу и инквизиторам, которые должны были употреблять ее на преследование еретиков.
Эти предписания должны быть внесены навсегда во все сборники местных статутов, равно как и все законы, которые папа опубликует впоследствии; отлучение от Церкви грозило чиновникам, которые отказались бы это сделать, и наложение интердикта – городу. Владетели, власти и их чиновники должны были давать присягу соблюдать эти законы под страхом отлучения от должности. Всякая попытка изменить эти законы была преступлением, виновный карался вечным лишением доброго имени, штрафом и изгнанием; всякая небрежность в их исполнении наказывалась, как клятвопреступление, вечным позором, штрафом в двести марок и подозрением в ереси, что влекло за собой потерю должности и лишение навсегда права на какое-либо другое место. Всякое лицо, облеченное властью, в продолжение десяти дней со дня вступления в свои обязанности должно было избрать по указанию епископа или нищенствующих трех добрых католиков, которые под присягой были обязаны расследовать деятельность его предшественника и возбудить против него преследование за всякое уклонение от повиновения. Всякий подестат в начале и в конце своего правления должен был распорядиться о чтении булл в публичных местах, указанных епископом и инквизиторами, и изъять из книги статутов все законы, которые могли противоречить папским буллам. Иннокентий разослал инструкции инквизиторам, приказывая им под страхом отлучения от Церкви настоять на внесении этой буллы и эдиктов Фридриха в статуты всех городов и государств. Немного позднее он предоставил инквизиторам совместно с епископом привилегию толковать все пункты местных законов, относящиеся к ереси.
В 1255, 1256 и 1257 гг. Александр IV пересмотрел буллу, разрешил некоторые возникшие сомнения и повелел назначить повсюду следователей для расследования действий уходящих со службы магистратов. В 1265 г. Климент V снова опубликовал ее и прибавил слово «инквизиторы» там, где Иннокентий указывал только на епископов и монахов, так как к этому времени инквизиция стала главным орудием преследования еретиков. В следующем году он подтвердил указ Иннокентия инквизиторам внести во все сборники статутов, под страхом отлучения и интердикта, его узаконения, а также узаконения его предшественников. Указы папы точно исполнялись более ста лет как часть привилегий итальянских инквизиторов. В Италии эти меры доставили инквизиции прекрасно организованный и оплачиваемый государством состав служащих для выполнения ее задач. По ту сторону Альп эти предписания пап никогда не имели силы. Однако во Франции все государственные чиновники были обязаны содействовать инквизиции и задерживать еретиков; все мужчины старше четырнадцати лет, все девушки и женщины старше двенадцати лет должны были приносить присягу, что будут доносить епископам на виновных. Нарбоннский собор 1229 г. потребовал исполнения всех этих решений. Собор в Альби в 1264 г. обязал католиков доносить на еретиков инквизиторам и угрожал отлучением всем светским сеньорам, которые пренебрегли бы обязанностью помогать инквизиции и приводить в исполнение ее приговоры к смертной казни или к конфискации. Всякий инквизитор имел при себе королевские грамоты, уполномочивавшие его обращаться ко всем государственным чиновникам, чтобы они содействовали ему, сопровождали его и помогали ему во время его поездок. В Арагоне инквизитор по получении полномочия представлял его королю и главному начальнику и просил у него открытые листы, заявляя при этом, что они, согласно канонам, должны ему дать таковые, если желают избежать многочисленных наказаний, налагаемых буллами «Об истреблении» и «Как расследовать». Затем он должен представить эти листы чиновникам и заставить их поклясться, что они будут во всем повиноваться его приказаниям.
Таким образом, частные лица и государство становились помощниками инквизиции под угрозой наказаний вплоть до обвинений в ереси. Инквизиция становилась настоящей хозяйкой законодательства всех стран, которое она могла изменить по своему усмотрению.
К северу от Альп не было принято, как в Италии, что расходы инквизиции должны были падать на государство, но король заботился об этом; к тому же расходы на инквизицию не были велики. Доминиканские монастыри давали ей у себя место для заседаний, а государственные чиновники были обязаны оказывать ей все услуги. Если епископы не строили и не содержали тюрьмы, то монарх взял эти обязанности на себя. Инквизиторы имели право пригласить в помощь себе экспертов, которые не могли отказать им в освещении дела. Все научные силы королевства были обязаны прежде всего бороться против ереси и бесплатно предоставлять услуги инквизиции; ей должны были повиноваться и миряне, и прелаты.