Вопрос о начале русско-персидской войны представителями правительств Персии и Франции был решен окончательно в мае 1804 года. После этого персидская армия под командованием наследника Аббас-Мирзы начала сосредоточение в Карабахском ханстве. В июне ее передовые части появились также и в пределах Нахичеванского и Эриванского ханств. Война России с Персией стала неизбежной.
Цицианов решил упредить противника и захватить Эриванское ханство до подхода основных сил армии Аббаса-Мирзы. Для решения этой задачи было выделено соединение из 3600 человек пехоты, нескольких сотен конницы при 12 орудиях, которое в начале лета двинулось из Грузии на юг. 20 июня русские войска встретили и опрокинули авангард персов в бою у монастыря Эчмиадзин, после чего начали осаду Эривани.
Тем временем персидский командующий, дождавшись резервов, довел численность своей армии до 40 тысяч человек. Этими силами 16 июля он вступил в сражение с русскими под Эриванью. Части Цицианова одиннадцать часов отражали непрерывные атаки противника. Но силы были слишком неравны. Хоть персы и отступили, но при этом окружили русское соединение со всех сторон, перерезав его коммуникации. Продолжать осаду в таких условиях становилось бессмысленно. К тому же сказывался недостаток материальных средств. Цицианов принял решение отвести войска в Грузию. Персы не посмели мешать ему в этом. Неудачная осада Эривани и сражение с персидской армией у ее стен обошлось русским в 76 человек убитыми, 261 раненым и 22 пленными. Урон противника только убитыми превысил три тысячи человек.
Император был опечален неудачным исходом эриванской экспедиции, но узнав о соотношении потерь, наградил Цицианова орденом Св. Владимира 1-й степени.
В следующем году Павел Дмитриевич развернул планомерные военные действия по вытеснению персидских войск из территорий закавказских ханств. Наступление с территории Грузии велось в общем направлении на Карабах и Баку.
Восьмидесятилетний владелец Карабаха хан Ибрагим решил добровольно вступить в подданство России. Еще до подхода основных русских войск он направил свой отряд навстречу персам и наголову разбил их отряды при Дизане. После этого столица Карабахского ханства крепость Шуша, находившаяся всего в 80 километрах от персидской границы, стала основным пунктом управления всеми действиями русских войск и размещения их командования. 6 февраля 1805 года карабахский хан лично дал присягу на верность России. Хан обязался платить подать России в размере 8 тысяч червонцев в год, но за это ему было обещано сохранение всех его владений и прав, а его внук был принят на русскую службу с годовым содержанием в 10 тысяч рублей.
После этого 29 мая присягу на верность России принял шекинский хан Селим — зять карабахского хана. Правда, позже выяснилось, что главной причиной этого были не родственные связи и любовь к русскому царю, а угроза со стороны ширванского хана, войска которого приближались к шекинской границе. Цицианов был вынужден отправить большой отряд для защиты Нухи и предъявить ультиматум ширвинскому хану. Таким образом в южной части Кавказа был образован большой русский плацдарм, который мог им послужить в случае войны с Персией.
Одновременно с этим по решению русского командования на персидском побережье Каспийского моря в районе Энзели был высажен полуторатысячный десантный отряд генерала Иринарха Ивановича Завалишина, который овладел городом Пери-Базар и начал наступление на Решт.
Персы вновь направили в Закавказье 40-тысячную армию с задачей уничтожить находившиеся там русские войска и захватить Грузию. Ее передовой отряд численностью около десяти тысяч человек 24 июня был встречен на речке Аскарани отрядом полковника Карягина, состоявшим всего из 493 егерей при двух орудиях. В течение трех дней русские воины упорно отбивали атаки превосходящих сил противника, а затем дерзким маневром овладели укреплением Шах-Булах, охранявшимся гарнизоном из 150 человек. За его ветхими стенами уцелевшие герои мужественно сражались еще десять дней, после чего небольшой группе оставшихся в живых удалось незаметно для противника уйти в крепость Мухрат. Самоотверженные действия отряда Карягина почти на полмесяца задержали противника, чем фактически спасли Грузию от вторжения. Но за этот подвиг мужественный полковник получил Золотое оружие и умер спустя два года в прежнем чине.
Цицианов успел собрать силы и достойно встретил противника. Во второй половине июля его войска нанесли несколько поражений главной персидской армии, заставив ее отступить за Араке. Тем временем отряд Завалишина, совершив переход морем, 15 августа начал бомбардировку Баку, вслед за тем осадил крепость и с суши. Но бакинский хан обратился за помощью к кубинскому хану, многочисленные отряды которого вскоре появились в тылу русских войск. Это заставило Завалишина снять осаду Баку и уйти в море.
Цицианов был очень огорчен этой неудачей. В конце 1805 года он с отрядом в 1600 штыков с 10 орудиями выступил в поход на Баку из Тифлиса. По пути следования, 25 декабря генерал принял присягу на верность России от ширванского хана Мустафы. В середине января русский отряд подошел к Баку, и Цицианов через посланца потребовал от его правителя Гуссейн-Кули-хана немедленной присяги России.
Начались переговоры. Хан их умышленно затягивал, выдвигая все новые условия. Наконец был назначен день сдачи Баку и присяги ее правителя России. Для церемонии хан пригласил генерала встретиться с ним у городских ворот для передачи символичных ключей от города. Доверившись его слову, 8 февраля 1806 года Цицианов с небольшой личной охраной поехал на встречу, во время которой и был предательски убит двоюродным братом хана Ибрагим-беком, который был завербован персами. Согласно легенде, в разгар переговоров он с двумя нукерами незаметно приблизился к генералу и сразил его ружейным выстрелом. Со стен крепости также по русским войскам раздались орудийные залпы. После этого стало понятно, что ни о какой мирной сдаче речи идти не может.
Генерал-майор И.И. Завалишин, принявший командование отрядом, не решился на ответные меры и отвел войска от Баку, посадил их на суда и вывез в Дагестан. Вскоре за свои нерешительные действия он был уволен из армии и назначен по гражданской части.
Тело Цицианова досталось врагам, которые над ним гнусно надругались. Голова и руки генерала были отсечены и отправлены к шаху в Тегеран, а само тело зарыто у ворот Бакинской крепости на утешение правоверных, которые могли плюнуть на его могилу проходя мимо. (В последующем, когда Баку было взято русскими, прах генерала Цицианова был предан погребению в местной армянской церкви, а спустя шесть лет перевезен в Тифлис и похоронен в Сионском соборе.) На надгробии были высечены слова: «Под сим монументом скрыты тленные останки Цицианова, коего слава переживет прах его».
Роль Цицианова в покорении Россией Южного Кавказа очень велика. К его приезду этот край состоял из раздробленных, «независимых», вассальных от Персии ханств, которые полукольцом охватывали с юга грузинские земли. Мингрелия и Имеретия тоже враждовали между собой и с Грузией, которую раздирали распри царевичей. Всего за три года Цицианов не только подчинил России эти земли, но и навел на них относительный порядок. При нем началось строительство Военно-Грузинской дороги с Кавказской линии в Грузию, возродился Владикавказ, учреждено регулярное почтовое сообщение по Военно-Грузинской дороге. Цицианов открыл первую в Тифлисе гимназию, в которой было начато обучение грамоте грузинских юношей.
Русские не простили коварства хану и летом вернулись под стены Баку. 8 июня части генерала С.А. Булгакова без боя заняли город, а через две недели перед войсками генерала Г.И. Глазенапа открылись ворота Дербента. В результате этого большая часть Юго-Восточного Кавказа оказалась занятой русскими войсками.
Политика «кнута и пряника»
К лету 1806 года на Кавказе создалась «интересная» обстановка. При отсутствии главнокомандующего русские войска одерживали одну победу за другой. В Петербурге начали думать о том, кому следует повесить лавры. Но в связи с подготовкой к войне с Наполеоном выделить на Кавказ кого-либо из действующих военачальников оказалось сложно. Поэтому император принял решение «укрепить» Кавказский театр военных действий мудрым командующим — ранее уже известным нам генералом И.В. Гудовичем, который ради этого был вызван из отставки.
Пока Иван Васильевич совершал неблизкий путь из Петербурга в Тифлис, временное командование войсками Кавказского корпуса принял генерал-лейтенант Г.И. Глазенап. Он организовал торжественный прием нового командующего. При въезде в Тифлис того встретили лезгинские вожди, которые стояли на коленях и повешенными в знак покорности на шеях саблями.
