Гудович воспринял действия Глазенапа как подрыв авторитета высшего командования. Он немедленно приказал прекратить наступательные действия, а затем добился отзыва инициативного генерала с Кавказа.
Новый главнокомандующий решил начать новую политику по отношению к Кавказу. Он потребовал от дагестанских правителей подтверждения присяги на верность России, обещая им большие блага. Наиболее благонадежные правители награждались воинскими чинами и соответствующим им денежным жалованьем. Так, карабахский Мехти-Кули-хан был произведен в генерал-майоры, шакинский Джапар-Кули-хан, ширванский Мустафа-хан, дербентский Меди-шамхал, талышский Мир-Мустафа-хан — в генерал-лейтенанты.
Гораздо труднее было достичь компромисса с чеченцами, не подчинявшимися единому правителю и постоянно тревоживших русские войска своими набегами. В конце ноября 1806 года Гудович приказал командующему войсками Кавказской линии генералу от инфантерии С.А. Булгакову совершить поход в Чечню для «наказания» непокорных горцев. Ему предписывалось щадить аулы, которые признали власть России и представили заложников, другие же «строго наказывать без всякой пощады». Для этого следовало, предварительно отрезать мятежные аулы от гор, «наказание простирать до того времени, пока они не дадут самых знатнейших аманатов и не дадут присяги на верноподданство его императорскому величеству».
Наступление на чеченцев началось 13 февраля 1807 года и велось одновременно по двум направлениям. Первый отряд численностью 4000 человек при 10 орудиях под командой Булгакова наступал со стороны Кизляра. Второй отряд генерал-лейтенанта Мусина-Пушкина, состоявший из 2600 солдат и казаков при 10 орудиях, от крепости Моздок двинулся вверх по реке Сунже. Третий отряд генерал-майора Ивелича, состоявший их 709 человек пехоты и казаков с 4 орудиями, выйдя из Владикавказа, 14 февраля соединился с отрядом Мусина-Пушкина. Соединенные отряды «после многих перестрелок и семи сражений в лесах и на полях, где карабулаки отчаянно защищались, за несколько дней наказали и совершенно покорили сии народы, положив на месте до 300 человек…»
После этого отряд Ивелича вернулся во Владикавказ, а Мусина-Пушкина в начале марта соединился с отрядом Булгакова. Переправившись через Аргун, русские войска подошли к деревне Шали, жители которой дали заложников и приняли присягу. Но жители окрестных горных аулов от присяги отказались. Для их усмирения был послан отряд из 750 солдат и 1500 казаков под командой генерал-майора Лихачева. Ему удалось вытеснить горцев из лесов и вынудить отступить в деревню Гребенчук. Там произошел кровопролитный бой, в котором чеченцы потеряли более 200 человек убитыми. Потери наступавшей стороны составили 59 человек убитыми и 105 ранеными.
При организации этой экспедиции Гудович попытался также использовать и кабардинцев. В Российском государственном военно-историческом архиве (фонд 846, опись 16, дело 6164) находится его письмо императору, в котором генерал писал: «имея целью поссорить между собой сии два народа, дабы через вражду их они могли сами себя со временем ослабить и сделать менее вредными без употребления против них силы оружия Вашего и.в.».
Кабардинцы с готовностью откликнулись на предложение Гудовича и составили конный отряд численностью в три тысячи человек, который присоединился на Сунже к отряду Мусина-Пушкина. Но когда дошло до дела, применять оружие против чеченцев кабардинцы отказались, «поставив главным того предлогом единоверие с ними». После этого туземное ополчение по приказу русского командования было распущено.
28 апреля 1807 года к Анапе подошла русская эскадра под командой контр-адмирала Пустошкина. Турецкому гарнизону был предъявлен ультиматум с требованием сдать крепость без боя. Их командующий, видя бесперспективность сопротивления, воспользовался двухчасовым сроком и скрытно увел турецкий гарнизон в горы. Узнав об этом, местные черкесы бросились на грабеж крепости. Но взрыв порохового погреба предупредил русское командование и отогнал грабителей. 29 апреля русские войска без сопротивления заняли крепость. Правда, затем она была опять возвращена Турции по условиям мира, заключенного 16 мая 1812 года.
В последующие два года Гудович продолжил завоевание Юго-Восточного Кавказа. Его войска закрепились в Дербенте и Баку, восстановили русскую власть в Шехинском ханстве. Однако осада и штурм крепостей Ахалкалаки в мае 1807 года и Эривани в октябре — ноябре 1808 года закончились неудачно. Под их стенами Гудович напрасно потерял около 600 человек убитыми и более 1500 ранеными. Тем не менее в 1808 году указом императора он был произведен в генерал-фельдмаршалы. Правда, уже в начале следующего года Гудович был отозван с Кавказа, и был назначен главнокомандующим в Москву. В 1812 году он был уволен с военной службы в отставку. Он умер в январе 1820 года в 79-летнем возрасте и по завещанию был похоронен в киевском Софийском соборе. После его смерти наследникам, кроме прочих богатств, досталось около тридцати сел и деревень с 13 тысячами крепостных.
Новым командующим русскими войсками на Кавказе стал 57-летний генерал от кавалерии Александр Петрович Тормасов. Начав военную службу в юном возрасте вначале пажом императора Петра III, а затем личным адъютантом графа Я.В. Брюса, Александр Петрович к 30 годам достиг чина полковника. Лишь после этого он получил первое боевое «крещение» при усмирении крымских татар, принесшее ему генеральский чин и орден Св. Георгия 4-й степени. В последующем Тормасов участвовал в войнах с турками и поляками, заслужил репутацию умелого военачальника, но, как и многие другие, был уволен Павлом I с военной службы.
Александр I вернул Тормасова в строй, а в день коронации произвел в генералы от кавалерии и назначил генерал-губернатором вначале Киевской, а затем — Рижской губерний. Однако административная деятельность не пришлась по душе генералу. В 1807 году он попросился в отставку и, получив ее, уехал в деревню. Спустя год ему была предложена должность командующего русскими войсками в Грузии.
К моменту приезда Александра Петровича в Тифлис численность Кавказского корпуса возросла до 43 тысяч человек, на вооружении которых находилось 100 артиллерийских орудий. Большая часть этих войск располагалась на Северном Кавказе, где по-прежнему волновались мусульманские племена. Остальные были разбросаны вдоль границ с Персией, а также с Турцией, которая с 1806 года находилась в состоянии войны с Россией.
К тому времени военные неудачи персов в Закавказье заставили их предъявить более жесткие требования к французам по выполнению ими союзнических обещаний. Наполеон нашел возможным услышать мольбы шахских послов. В 1807 году он приказал подготовить к отправке в Персию соединение из 10 тысяч пехотинцев при 50 орудиях. Первые полторы тысячи французов должны были прибыть туда в октябре того же года и стать ядром смешанного франко-персидского корпуса в 12 тысяч человек. Но данное решение выполнено не было. После заключения в декабре 1807 года Тильзитского договора с Россией Наполеон отказался от своих обещаний.
Обманутые французами, персы вновь начали искать поддержки у англичан, которые втайне всячески стремились помешать усилению влияния России на Кавказе. 14 февраля 1809 года английское посольство прибыло в Тегеран. В подарок шаху из Лондона был привезен бриллиант стоимостью 25 тысяч туманов, а вместе с ним 30 тысяч ружей и 30 английских офицеров-инструкторов для обучения персидских войск. Кроме того, в знак особого расположения шаху было установлено ежегодное пособие в размере 160 тысяч туманов, которое в случае подписания англо-персидского договора должно было увеличиться до 200 тысяч туманов. Однако только этого было недостаточно для победы над Россией.
Пока плелись англо-персидские интриги, пользуясь относительным затишьем на Закавказским фронте, Тормасов попытался укрепить позиции России на Черноморском побережье Кавказского края. Этому способствовало также и то, что в связи с победами русских войск над турками на Дунае, положение Порты на Кавказе стало весьма шатким. Воспользовавшись этим, Тормасов летом 1810 года десантами с моря овладел турецкими крепостями Поти и Сухум. Под влиянием этих побед в июне присягнул России правитель Гурии князь Мамий Гуриель, а правителем Абхазии стал российский ставленник князь Георгий Шервашидзе. В результате турки были вытеснены с Черноморского побережья от Керченского пролива до Поти.
Хуже обстояло дело в Имеретин, где под давлением турков волнения горцев переросли в восстание. Обстановка осложнялась тем, что Имеретия, официально состоявшая в русском подданстве с 1804 года, реально находилась под властью ее царя Соломона II, усиленно интриговавшего против России с турками. Желая покончить с тайными и явными врагами, Тормасов в феврале 1810 года направил в Имеретию отряд полковника П.А. Симоновича. С его приближением Соломон вначале бежал из Кутаиса в Вар-Цихе, а затем в Ахалцих. Симонович, преследуя царя, занял несколько городов и привел их население к присяге.
