Провозглашение в мае 1804 г. империи во Франции означало, что Наполеона больше не устраивают «естественные границы» Франции. Еще в сентябре 1802 г. французы оккупировали Пьемонт; подчинили Швейцарию, где была упразднена унитарная Гельветическая республика и восстановлено конфедеративное устройство, Наполеон Бонапарт стал при этом «медиатором» (посредником) в делах конфедерации. Первый консул продолжал активно вмешиваться и в дела Германии. В 1801 — начале 1803 г. здесь шли интенсивные переговоры о территориальном переустройстве. В феврале 1803 г. был подписан многосторонний акт о рецессии в Германии, где шла речь о признании перехода ряда западногерманских территорий под власть Парижа, об уничтожении мелких княжеских и конфессиональных владений и об округлении владений южногерманских курфюрстов — Баварии, Вюртемберга, Бадена и ряда других, которые стали теперь союзниками Франции.
Политика Франции в колониях в период Консульства и Империи, несмотря на декларировавшиеся первоначально республиканские ценности и гуманизм, отличалась приверженностью принципам колониальной политики Старого порядка. Французская колония Сан-Доминго (занимавшая западную часть о. Эспаньола, другая его часть принадлежала до 1795 г. испанской короне) в конце XVIII в. являлась наиболее процветающей из всех заморских владений королевства, производила до сорока процентов сахарного тростника в мире. Под влиянием революционных событий во Франции в 1790–1791 гг. здесь произошли восстания мулатов и негров-рабов. Ситуация осложнилась тем, что в 1792 г. началась война Франции с Испанией, в Сан-Доминго вторглись англичане, лидеры чернокожих перешли на сторону Испании и французы де-факто утратили контроль над колонией. Тем временем численность армии чернокожих под командованием Ф.Д. Туссен-Лувертюра (1743–1803) все больше возрастала. Только отмена рабства декретом Национального Конвента Франции в феврале 1794 г. изменила положение. Туссен-Лувертюр перешел на сторону Франции, а его армия начала боевые действия против испанских и английских войск. По Базельскому миру 1795 г. Испания передавала Франции свои владения на острове. Британские войска покинули остров позднее, в 1798 г.
Туссен-Лувертюр был популярен среди чернокожих, своей политикой он устраивал белых и мулатов, поскольку прилагал усилия для восстановления экономики. Он разрешил многим эмигрировавшим плантаторам вернуться на остров, возвращал ранее отобранные земли и использовал армейскую дисциплину, чтобы заставить бывших рабов работать на восстановленных плантациях. Конфликт на расовой почве был ненадолго погашен. Находясь под властью Туссен-Лувертюра, французская колония не разрывала полностью отношений с метрополией, однако существовала в качестве государственного образования с элементами реальной независимости. Так, власть французских комиссаров и губернаторов носила исключительно номинальный характер. Сан-Доминго в последние годы XVIII в. самостоятельно осуществлял торговлю с Великобританией и США. В 1799 г. южная часть острова, остававшаяся под контролем мулатов, в результате кровопролитной военной операции была присоединена к владениям, подконтрольным Туссену и его сторонникам. В 1801 г. Туссеном была провозглашена новая конституция и подтверждена отмена рабства, и хотя Сан-Доминго объявлялся колонией Франции, однако провозглашалась его самостоятельность под властью Туссен-Лувертюра в качестве пожизненного правителя.
Тем не менее Бонапарт полагал необходимым восстановить на острове прежние порядки. Экспедиция французского корпуса под командованием генерала Леклерка, высадившегося на острове в феврале 1802 г., в самом начале казалась успешной: большинство офицеров и генералов Туссен-Лувертюра (белых и мулатов) присоединились к французским силам, сам предводитель восстания был арестован и депортирован во Францию. Реставрация довоенных порядков, однако, обернулась военной катастрофой, не только в связи с эпидемией желтой лихорадки, быстро сокращавшей французские войска, но и по причине восстановления французами рабства и работорговли. Декрет Наполеона от 20 мая 1802 г., содержавший норму о восстановлении рабства, погрузил о-ва Гваделупу и Эспаньолу в пучину кровавых эксцессов. Применение жестоких мер по отношению к населению Гваделупы позволило восстановить контроль французов, однако, аналогичные действия генерала Рошамбо в Сан-Доминго не привели к желаемому результату. Напротив, остатки французских войск понесли сокрушительное поражение от сил восставших в ноябре 1803 г., а британская морская блокада лишала французов возможности доставить новые войска на остров. Негры и мулаты продолжили упорное сопротивление, и в январе 1804 г. соратник Туссена — Ж.-Ж. Дессалин (1758–1806) провозгласил независимость Гаити, как с этого момента начинают официально именовать государство (восток острова вернулся под контроль Испании). Это было не только первое военно-политическое поражение Бонапарта, но и уникальный в своем роде и для своей эпохи пример деколонизации, которой добились бывшие рабы африканского происхождения перед лицом противника, в роли которого выступали власти постреволюционной Франции.
В 1804 г. Дессалин, объявивший себя императором Гаити, обнародовал конституцию, подтвердившую отмену рабства и запрещавшую белым иметь недвижимость на территории Гаити, конфисковал земли, принадлежавшие французам, и начал раздавать ее мелкими участками населению, включая и бывших рабов. Период правления Дессалина был отмечен массовым и беспощадным уничтожением всего белого местного населения (креолов) на подвластных ему территориях. После убийства Дессалина страна распалась на государство Гаити (север острова и долина р. Артибонит) и Республику Гаити (южные и западные части острова), которые воссоединились только к 1821 г. Признание независимости Гаити Францией состоялось только в 1825 г.
По мнению современных исследователей, Бонапарт в своей колониальной политике демонстрировал упрямую приверженность французской дореволюционной модели. Так, восстановление института рабства в 1802 г., казавшееся в Париже оправданным, в Сан-Доминго воспринималось как противоречившее самой сути всех восстаний и войн на острове, обернулось для Франции в конечном итоге потерей Сан-Доминго и положило конец колониальным амбициям Наполеона в районе Антилл, а по самой идее французской колониальной империи был нанесен ощутимый удар.
Вместе с тем влияние метрополии удалось полностью восстановить в другой французской колонии — Гвиане, что стало возможным благодаря жесткой, но эффективной политике французского губернатора этой территории — Виктора Юга (1762–1826). Юг использовал те же методы, что и Туссен-Лувертюр в Сан-Доминго, законодательно установив практику принудительного труда, а с декабря 1802 г. восстанавливая рабство. Однако слабость французского колониализма проявилась и здесь: в 1809 г. в Гвиану, при поддержке Англии, вторглась военная экспедиция португальцев, и Париж на некоторое время утратил контроль над этой территорией.
В начале 1803 г. произошло еще одно важное событие в истории международных отношений. Полагая войну с Англией неизбежной, что существенно осложнило бы контакты с Луизианой, а также исходя из неудач в деле восстановления власти метрополии в Сан-Доминго, Бонапарт сумел договориться с США о продаже территории Луизианы за 15 млн долл.
Европа наслаждалась миром недолго. Отношения между двумя ведущими державами отнюдь не улучшались. Амьенский мир оказался перемирием: британцы не собирались оставлять Мальту, а французы освобождать от своего присутствия Италию и Нидерланды. 16 мая 1803 г. началась новая франко-английская война, которой суждено будет продлиться до 1814–1815 гг.
Первоначально Наполеон стал готовить высадку французской армии в Англии, для чего им в конце 1803 г. был создан военный лагерь в Булони. В 1803–1804 гг. у Великобритании еще не было союзников, и британская дипломатия стала активно склонять крупнейшие европейские государства к выступлению против Наполеона. В марте 1804 г. в приграничном немецком государстве был схвачен представитель дома Бурбонов, герцог Энгиенский, которого в Париже считали возможным участником антинаполеоновского заговора. После спешного военного трибунала герцог был расстрелян во рву Венсеннского замка, что вызвало негативную реакцию всех дворов и ускорило создание новой антифранцузской коалиции.
В мае 1804 г. Сенат провозгласил Наполеона императором французов, в ноябре этого же года сенатус-консульт был ратифицирован решением плебисцита, и 2 декабря 1804 г. в Париже была проведена церемония коронации. Изменение государственных институтов неизбежно должно было отразиться на всех векторах внешней политики Парижа. 28 мая 1805 г. Наполеон был провозглашен в Милане итальянским королем.