В августе — сентябре 1807 г. британский флот атаковал датский флот у Копенгагена, подвергнув его жестокой трехдневной бомбардировке. Британский десант высадился на Зеландии. Лишь 20 октября англичане оставили Зеландию, уведя с собой полностью оснащенный датский флот. 31 октября 1807 г. в Фонтенбло был подписан датско-французский союзный договор, по которому Наполеон гарантировал целостность владений датской короны. Дания присоединялась к континентальной блокаде и обязалась вместе с Францией и Россией объявить войну Швеции, если Густав IV Адольф (1792–1809) откажется присоединиться к Наполеону и Александру I. 31 октября 1807 г. Россия, протестуя против нападения на Данию, объявила войну Великобритании.
23 ноября 1807 г. декретом, подписанным в Милане, Наполеон ужесточил континентальную блокаду: каждое нейтральное судно, подчинившееся британским приказам, будет рассматриваться как английское со всеми вытекающими из этого последствиями — оно может быть захвачено в открытом море, а в случае захода во французские или союзные порты его груз подлежит конфискации. В 1810 г. был подписан Трианонский декрет, запрещавший ввоз колониальных товаров под видом товаров из нейтральных стран. Были введены очень высокие ввозные тарифы. Это была попытка закрыть европейский рынок не только для английских, но и для любых колониальных товаров вообще.
Континентальная система по сути была продолжением столетней экономической войны Англии и Франции, борьбой за экономическую гегемонию, за господство на европейском континенте, в Северной Америке и Индии. Континентальная блокада повлекла различные сложности для самой Франции: население лишилось многих продуктов, таких, как сахар, чай, кофе, исчез хлопок и красители. Открытие способа получения сахара из свеклы стало в Европе одним из полезных результатов континентальной системы.
Для эффективного функционирования континентальной системы нужно было обеспечить полный контроль на всех берегах Европы. Слабым звеньями оставались Испания, ее король уже давно являлся союзником Франции, но выполнять правила континентальной системы был не в состоянии, и Португалия. В 1807 г. по тайному соглашению с главой испанского правительства Годоем в Португалию вошли французские войска, однако и они не смогли гарантировать там строгий контроль. Тогда Наполеон решил радикально изменить положение в Испании, использовав конфликт между королем Карлом IV и его сыном Фердинандом. Под давлением императора Фердинанд вернул корону отцу, Карл IV отрекся от нее в пользу Наполеона, после чего все члены семьи отрекшегося короля были принудительно удержаны во Франции. На испанский трон был возведен Жозеф Бонапарт, который для этого оставил трон Неаполя. В Испании начались реформы, однако испанский народ отказался подчиниться навязанным извне благодеяниям. Еще в мае 1808 г. началось восстание, подавить которое французам не удалось. 20–23 июля повстанцы окружили и принудили к капитуляции два французских корпуса под Байленом. Восстание охватило и Португалию, 6 августа там высадились британские войска под командованием А. Уэлсли, будущего герцога Веллингтона (1769–1852). 21 августа он разбил французов при Вимейро, 30 августа А. Жюно подписал в Синтре акт о почетной капитуляции, его армия была эвакуирована во Францию.
Это были фактически первые серьезные поражения французов. Наполеон продолжал экспансию и в других районах Европы. В феврале 1808 г. французы снова заняли Рим, папское государство было присоединено к Франции, а сам папа Пий VII (1800–1823) оказался под домашним арестом.
27 сентября — 14 октября 1808 г. при участии десятков немецких государей состоялась встреча Наполеона с Александром в Эрфурте, итогом которой стала конвенция, возобновлявшая заключенный в Тильзите союз. Наполеон признал права России на завоеванную Финляндию, а также Дунайские княжества — Молдавию и Валахию. Конвенция предусматривала, что российский император начнет переговоры с Турцией, чтобы та добровольно согласилась на переход этих княжеств к России. Если из-за этого на Россию нападет Австрия или какое-либо другое государство, то Франция окажет России вооруженную поддержку. Александр дал уклончивое обещание, что поддержит Францию, если на нее нападет Австрия. Наполеон и Александр договорились обратиться к Великобритании с предложением переговоров на основе uti possidetis при условии признания ею присоединения к России Финляндии, Молдавии и Валахии и перехода испанского трона к династии Бонапартов. В случае же отказа Лондона начать переговоры, обе стороны договорились разработать совместные действия против Великобритании.
В ноябре 1808 г. Наполеон решил лично разрешить испанскую проблему. В декабре армия под его командованием вступила в Мадрид. Маршал Ланн осадил один из оплотов повстанцев — Сарагоссу. Если французы громили регулярные испанские войска, то справиться с гверильей, партизанским движением, они оказались не в состоянии. Столицей антинаполеоновского сопротивления стал город-порт Кадис на юге страны.
Тем временем Австрия решила воспользоваться затруднениями Наполеона в Испании и стала при финансовой поддержке Великобритании активно готовиться к новой войне. В январе 1809 г. Наполеону пришлось покинуть Испанию, оставив здесь почти 300-тысячную армию. Уже к марту 1809 г. Наполеон сформировал новую армию, которая большей частью состояла из итальянцев и немцев. Инициативу взяли на себя австрийцы. 9 апреля 1809 г. переходом австрийской армии через р. Инн и вступлением австрийцев в Мюнхен началась новая война. Наполеон узнал об этом 12 апреля 1809 г, быстро нанес контрудар и 12 мая снова занял Вену. Однако кампания затянулась, австрийцы оказывали жесткое сопротивление. 21 мая 1809 г. состоялось сражение под Эсслингом (при Лобау), которое закончилось для Наполеона неудачно. Это было первое серьезное поражение полководца. Положение французов осложнилось началом в ряде германских земель и Тироле антинаполеоновских выступлений. Исход этого витка войны решился генеральным сражением при Эсслинге 6 июля 1809 г., где Наполеон одержал решающую победу. Формально на стороне Наполеона был и Александр I, но фактически война между Россией и Австрией велась в основном на бумаге.
Война между Наполеоном и Австрией была завершена 14 октября 1809 г. подписанием в Шенбруннском дворце в Вене мирного договора. Австрия уступала Франции графство Герц (Горица), Триест и Крайну, часть Каринтии и Хорватии, Истрию, Фиуме (Риека). Кроме того, отобранные у Австрии Зальцбург и часть Верхней Австрии Наполеон передал Баварии, Западную Галицию — Варшавскому герцогству, а небольшой Тарнопольский округ — России. Франция обязывалась не препятствовать транзитной торговле Австрии через порт Фиуме, однако Австрия должна была присоединиться к континентальной блокаде, не вмешиваться в дела Испании, Португалии и итальянских государств, заранее признав все изменения, которые Наполеон проведет в этих странах. Наполеон со своей стороны дал обязательство амнистировать восставших жителей Тироля. Кроме того, Наполеон гарантировал Австрии целостность оставшихся у нее владений. Согласно приложенным к трактату отдельным статьям предусматривалось сокращение австрийской армии и уплата Австрией Франции значительной контрибуции.
После войны отношения между Наполеоном и Александром стали осложняться, и основным поводом стал польский вопрос. В польских легионах Наполеона насчитывалось около 80 тыс. поляков. Созданное Наполеоном Варшавское герцогство поддерживало надежды поляков на восстановление независимости Польши. Однако часть поляков рассчитывала на то, что инициативу в этом возьмет на себя российский император. Ухудшение отношений с Россией проявилось и в «австрийском браке» Наполеона: он развелся с Жозефиной и в апреле 1810 г. женился на дочери австрийского императора Марии-Луизе. Этот брак был заключен после неудачных попыток сватовства к сестрам императора Александра I.
К началу 1811 г. становилось все яснее, что не за горами новая война с Россией. Главной причиной этого была продолжающаяся наполеоновская экспансия. Пытаясь укрепить и расширить континентальную систему и не полагаясь больше на своих родственников и союзников, Наполеон стал все больше включать новые территории в состав Французской империи. Летом 1810 г. он присоединил к Франции Голландское королевство, изгнав оттуда своего брата Людовика. В декабре 1810 г. в состав Франции были включены так называемые ганзейские города: Бремен, Любек, Гамбург. В январе 1811 г. французы заняли владения герцога Ольденбургского, близкого родственника императора Александра. Расширялись непосредственные владения Наполеона на Адриатике и в Италии. Последним актом территориальной экспансии Франции стало включение декретом 26 января 1812 г. в состав империи части Каталонии. Одновременно французские войска оккупировали Шведскую Померанию, остававшуюся фактически вне контроля наполеоновских таможенных служб. Накануне вторжения в Россию почти вся Европа, за исключением Северной, была под прямым или косвенным контролем императора французов.
