В день встречи Тутолмина с Наполеоном в Воспитательный дом прибыли 300 жандармов во главе с полковником. Расходы на содержание жандармов Тутолмин взял на себя. Кроме того, жандармы реквизировали несколько лошадей, находившихся при Воспитательном доме, для строевой службы и обоза. Однако все эти расходы стоили того. За все время пребывания 300 жандармов в Воспитательном доме со стороны мародеров (будь то из числа наполеоновских солдат или «своих» грабителей) не было сделано ни одной попытки грабежа или другого насилия. 4 (16) ноября 1812 года. Тутолмин специально доносил Марии Федоровне о том, что «взрослые девицы, учительницы из воспитанниц, молодые женщины и девицы» пребывают в добром здравии и что «ни одна ни малейшего от неприятелей не имела грубого расположения, а о похабстве даже никак от них не было замечено».
8 (20) сентября в Воспитательный дом приехал Дюма и внимательно его осмотрел. Он потребовал от Тутолмина план Дома и взял его с собой. На другой день он прислал этот план обратно с архитектором Жилярди. На плане Дюма карандашом разделил «квадрат» на равные половины и приказал одну из них вместе с окружающими строениями занять французскими ранеными и больными. Тутолмин не на шутку испугался за порядок в Воспитательном доме и, особенно, на счет возможности распространения заразных болезней.
10 (22) сентября он решился обратиться прямо к Наполеону с просьбой отменить это решение. Главный надзиратель указал в письме, прежде всего, на опасность заразных болезней и через Лелорнь д’Идевиля передал письмо французскому императору. Никакого письменного ответа на эту просьбу-мольбу Тутолмин не получил. Вместо ответа на письмо Тутолмина Наполеон 12 (24) сентября прислал в Воспитательный дом двух сирот – Алексея Михайлова и Василия Михайлова, получивших фамилию Наполеоновы. В последующие дни было прислано от французских властей еще 20 детей, оставшихся без родителей. Многие из них были грудными, старшей из присланных – Елизавете Николаевой, присланной от Мортье и ставшей Тревизской, было 9 лет.
Помимо детей, присланных от французского начальства, служители Воспитательного дома в течение всего периода оккупации и сами все время находили «близ дверей Крестовой, близ церкви, по коридорам и другим местам» многочисленных подкидышей. Все они были подобраны и выхожены. Для кормления «рожковых детей» служители Воспитательного дома «с большим трудом сберегли 6 коров», укрыв их «в садах и в погребном этаже».
13 (25) сентября французы начали свозить раненых и больных солдат в те строения Воспитательного дома, которые окружали «квадрат». Согласно приказу Наполеона, в «квадрате» французы должны были разместить раненых офицеров (как полагаем, и часть раненых солдат), а больные (вероятно, из-за опасения заразных болезней) должны были быть сосредоточены исключительно в окружающих «квадрат» строениях. Кроме того, Наполеон приказал отделить те помещения, где были французы, от детей Воспитательного дома забором и сделать отдельные выезды.
С 15 (27) сентября французы начали заполнять «квадрат» ранеными, «коих содержали от себя». Всего в «квадрате» и соседних строениях ежедневно содержалось не менее 3 000 раненых и больных, всего же за период оккупации через строения Воспитательного дома прошло более 8 тысяч! По данным Тутолмина, ежедневно в «квадрате» умирало от 20 до 50 человек (всего умерло 1 500 человек!). Тела умерших хоронили на пустыре за «квадратом», возле «городовой стены» Китай-города на территории, отведенной для Воспитательного дома. В окружавших «квадрат» строениях умирало чуть меньше – от 15 до 30 человек ежедневно (всего умерли до 1 тысячи человек!). Их хоронили за чертой Воспитательного дома, присыпая известью, которой, однако, было не очень много. Караульные французские солдаты располагались в Крестовой и Докторской комнатах.
На следующий день после начала «заселения» французскими больными и ранеными «квадрата» Тутолмин решил обратиться к оккупантам с просьбой выделить на нужды воспитанников съестные припасы. Хотя в Воспитательном доме припасов было вполне достаточно, мудрый и лукавый старик решил скрыть это от французов. Кроме того, он рассчитывал на то, что французы разрешат его людям ездить по деревням для закупки хлеба, и он сможет «уведомить наши войска о неприятеле». В ответ на просьбу Тутолмина Дюма немедленно распорядился отпустить Воспитательному дому 100 центнеров пшеницы и 20 центнеров гречневых круп из магазинов Великой армии.
Дней через 10 после первого обращения с просьбой о снабжении Воспитательного дома продовольствием Тутолмин вновь обратился к Дюма, на этот раз с просьбой позволить покупать хлеб внутри «своих форпостов», то есть в окрестностях Москвы, занятой французами. 2 (14) октября Тутолмин наконец-то отправил своих подчиненных по деревням, дабы те под предлогом закупки продовольствия установили контакт с нашими войсками. 10 (22) октября, когда основная масса французских войск уже несколько дней как покинула город, и маршал Мортье с остатками гарнизона также собирался, предварительно взорвав Кремль, эвакуироваться, Тутолмин вновь отправил людей и в 12 верстах от Москвы они узнали от казаков, что Винценгероде был взят неприятелем в Москве в плен.
Между тем, французские власти, как могли, пытались снабжать Воспитательный дом продовольствием. Хотя перед самым выходом главных сил французов из Москвы оказалось, что они сами чрезвычайно нуждаются в продовольствии. 5 (17) октября «комиссары», посланные от французского начальства, обратились к Тутолмину с просьбой занять немного хлеба «для печения хлебов на их армию». В тот же день началась эвакуация из Воспитательного дома легкораненых и выздоравливающих. На их место в строения Дома французы переводили раненых и больных из других госпиталей.
6 (18) – 7 (19) октября французская армия выступила по Калужской дороге, одновременно отправив «тяжелые обозы» в направлении Смоленска. Жандармам, охранявшим Воспитательный дом, также было приказано выйти в поход. 10 (22) октября, ближе к ночи, французский караул при Воспитательном доме был снят.
Без сомнения, Тутолмин был уведомлен французами о подготовке Мортье к уничтожению Кремля. Поэтому главный надзиратель заблаговременно приказал открыть в Воспитательном доме все окна. Наконец во 2-м часу ночи прогремел первый взрыв, затем раздалось еще 5 сильных ударов. Был разрушен Арсенал, пристройки к Ивановской колокольне, некоторые башни и часть кремлевской стены. Однако, как ясно из текста донесения Тутолмина Марии Федоровне от 12 (24) октября, план полного разрушения Кремля не осуществился из-за сильного дождя, который, нарастая, лил всю ночь.
Теперь на попечении Тутолмина, хотел он этого или нет, помимо воспитанников и служителей Дома, оказалось еще более 1 тысячи раненых и больных неприятельских солдат и 16 офицеров. У них, оставленных на милость русских, не было никакого караула, не было пищи и не было лекарств. В помещениях, где они лежали, стоял смрад. Раненые «испражнялись в тех же комнатах, в которых лежали».
11 (23) октября в Москву вступили войска Иловайского 4-го. Тутолмин немедленно сообщил ему, что в Воспитательном доме имеются многочисленные французские раненые и просил о выделении караула. Однако еще до того, как Иловайский успел отправить отряд в Воспитательный дом, туда ворвались русские казаки, сопровождаемые толпой крестьян, которые грабили все подряд и, попутно, безжалостно расправлялись с отставшими и ранеными французскими солдатами.
К радости Тутолмина, уже к 25 октября (6 ноября) возвратившиеся русские власти поспешили вывести из зданий Воспитательного дома всех раненых и больных неприятельских солдат, оставив там только 10 человек офицеров. Взору русских служителей Воспитательного дома предстала тягостная картина некогда образцовых помещений – окна были выбиты, двери сняты с петель, перегородки разобраны, всюду были следы человеческих испражнений. Ситуация усугублялась тем, что здоровье многих воспитанников и служителей Воспитательного дома было расстроено, все мучились поносами, часто кровавыми, испытывали слабость. 2 (14) ноября пришлось созывать медицинский совет. Медики пришли к выводу, что главными причинами заболеваний были: 1. Испытанный страх от сильных взрывов в московском Кремле. 2. Воздействие испарений гниющих трупов (только рядом с Воспитательным домом было небрежно погребено до 2 500 тел). 3. «Употребление, по недостатку кваса, сырой воды». 4. Наличие в Москве-реке множества трупов. 5. Скудная пища.
Для устранения болезней были предложены простые, но действенные меры, которые принесли ожидаемый эффект.
Так завершились для Воспитательного дома и его начальника Тутолмина тяжелые испытания, выпавшие на их долю в 1812 году. Но что стало с мальчиками и девочками, получившими фамилии Наполеоновы, Тревизские и Милиевы?
11 (23) ноября 1812 года Тутолмин отправил список этих детей к Марии Федоровне с просьбой «означить фамилиями приславших оных», либо же «уничтожить оные» фамилии. На этом списке в Петербурге была сделана надпись: «Прозвищами, данными питомцам по фамилии господ, оставивших их в Воспитательном доме, М[ария] Ф[едоровна] Высочайше повелеть соизволила не именовать».