Вяло велись работы и по укреплению обороноспособности морской крепости Владивосток, особенно на острове Русском, который хорошо прикрывал вход в бухту Золотой Рог. Город, обладавший хорошо защищенной глубоководной внутренней гаванью, имел большую перспективу в будущем. Так, по переписи 1897 года во Владивостоке, кроме военных, проживала 21 тысяча человек, не считая одной тысячи корейцев и японцев, пяти тысяч китайцев.
Владивостокский крепостной район разделялся на две обособленные части: обширный полуостров Муравьева-Амурского, вытянутый с северо-востока на юго-запад, и остров Русский, отделенный от материка проливом Босфор Восточный. Глубоководная бухта Золотой Рог, хотя и небольшая по акватории, являлась удобнейшей стоянкой для военных кораблей, в том числе броненосных всех классов.
В крепости имелось семь деревоземляных укреплений с двойными валами, построенными в 1878-1880 годах. Четыре из них расплагались на высотах, непосредственно примыкающих к городу с севера, и два на полуострове Саперном острова Русский. Со временем эти временные городские укрепления из-за частых сильных ливней, ветров обветшали и были заброшены гарнизонным начальством.
Накануне войны Владивостокская крепость находилась явно в неудовлетворительном состоянии, особенно это касалось ее артиллерийской вооруженности и наличия долговременных крепостных сооружений, причалов морского порта. Военный министр А.Н. Куропаткин после посещения Владивостока со всей откровенностью записал в своем дневнике следующее впечатление:
"Общее впечатление неблагоприятное - не вижу идеи в применении к местности. Садили батареи и укрепления там, где по местности это было выгодно, не связывая общей идеей то, что делали... Артиллерийское вооружение в общем устарелых образцов".
Однако посещение военным министром Владивостока имело позитивный результат. Принимается ряд мер по усилению крепости, однако намеченные фортификационные работы к началу русско-японской войны не были завершены. Главная линия обороны, проходившая в 3-5 километрах от города и состоявшая из северного и южного фронтов, имела ряд укреплений, соединенных непрерывной оградой. С суши и со стороны Японского моря оборона города-крепости опиралась на пять фортов, три люнета, два редута, два временных укрепления и 11 открытых артиллерийских батарей. Эти владивостокские укрепления находились на материке. Во время русско-японской войны в крепости сооружено было много окопов, блиндажей и других сооружений полевой фортификации.
Сильным от природы форпостом Владивостокской крепости был остров Русский, с крутыми, обрывистыми берегами и с несколькими удобными, защищенными со стороны моря бухточками. В северной части острова Русский были сооружены два форта и пять открытых батарейных позиций. Близость к городу позволяла в трудную минуту усиливать гарнизон острова, а созданная система наблюдения и оповещения гарантировала безопасность от внезапного появления вражеского флота перед морской крепостью.
Главная линия крепостной обороны по своей дальности не обеспечивала защиту города Владивостока от артиллерийского обстрела японцами с моря. На вооружении крепости состояло 400 орудий, из них крепостных, крупнокалиберных было только 80.
Опасность состояла в том, что в случае японского десанта на юге Приморского края и осады Владивостокской крепости ее защитникам крайне трудно было бы вести с неприятелем контрбатарейную борьбу. Японская армия имела большой парк тяжелых осадных орудий, который насчитывал от 120 до 180 орудий.
Оставались нерешенными и многочисленные проблемы тылового обеспечения русских военных сил на Дальнем Востоке. Там не создавались предприятия оборонной промышленности, которые могли бы хотя бы частично обеспечивать действующую армию боеприпасами, снаряжением, производить ремонт вооружения и судовых механизмов. Потребность в военно-промышленной базе на Тихоокеанской окраине Российской империи обусловливалась и наличием всего одной Сибирской железной дороги, связывавшей Дальний Восток с центром страны.
Сибирская железная дорога, возводившаяся в крайне тяжелых географических условиях, еще не была достроена и обустроена. В силу этого она обладала крайне низкой пропускной способностью: в начале войны всего три пары воинских поездов в сутки. Лишь через пять месяцев количество поездов увеличилось до 7-8, а к концу войны оно достигло 14 пар в сутки. От Челябинска до Ляояна эшелон с войсками шел более 20 суток, из российской столицы до столицы КВЖД города Мукдена - около 50 суток. Русское командование при организации тыла Маньчжурской армии "забыло" использовать судоходные реки Амур и Сунгари.
Поэтому сосредоточить в кратчайшие сроки в Маньчжурии полумиллионную русскую армию, снабженную всем необходимым для ведения боевых действий, как предполагало высшее военное командование России, было практически невозможно. Война со всей убедительностью доказала это.
Железнодорожные перевозки требовали постоянной охраны. Во всех районах Маньчжурии действовали многочисленные банды хунгузов, которые помимо грабежа китайских деревень регулярно нападали на КВЖД, и особенно часто на русские обозы, когда тыловые грузы перевозились на гужевом транспорте погонщиками-китайцами. Хунгузы старались в первую очередь захватить продовольствие. Слабость местной китайской администрации потребовала от русского командования усиленной охраны армейских тылов и коммуникаций.
Между тем отношения России с Японией ухудшались с каждым месяцем. Различные милитаристские и шовинистические организации раздували на Японских островах антироссийскую пропаганду. В августе 1903 года русский агент в Токио доносил, что императорское правительство уже во многом открыто ведет подготовку к войне и что общественное мнение страны стоит за это. Столичные и провинциальные газеты пестрели статьями, в которых читателям старательно доказывалось, что Япония легко выиграет войну с Россией. Так, в газете "Ниппон Симбун" от 18 сентября 1903 года анонимный автор писал:
"Я как военный стою за войну. Экономические соображения не должны играть роли, раз затронута честь государства... Нынешние отношения с Россией должны окончиться войной. Театром войны будет пространство от корейской границы до Ляодунского полуострова включительно. Наша армия знает эти поля... Напрасно думают, что война будет продолжаться 3-5 лет. Русская армия уйдет из Маньчжурии, как только флот русский будет разбит".
С целью еще более обострить обстановку на Дальнем Востоке Токио летом 1903 года возобновило переговоры с Санкт-Петербургом. Помимо признания преобладающего влияния и фактического протектората Японии в Корее японцы требовали от России согласия на продолжение корейской железной дороги до соединения с китайской линией. Российское правительство на это не шло, все время настаивая на том, что маньчжурский вопрос касается исключительно России и Китая и что Япония вообще не должна вмешиваться в маньчжурские дела.
В телеграмме императору Николаю II царский наместник на Дальнем Востоке в те дни писал: "Для нас единственным основанием для соглашения могло бы служить только признание Японией Маньчжурии, стоящей всецело "вне сферы ее интересов"... Ожидать успеха переговоров с Японией возможно лишь при условии, если посланнику будет предоставлено с полной ясностью дать понять японскому правительству, что права и интересы свои в Маньчжурии Россия намерена отстаивать вооруженною рукою".
В Токио спешно готовились к разрешению противоречий с Россией силой "уже отточенного" оружия. Кроме протектората над Кореей японцы с провокационной целью потребовали доступ в Южную Маньчжурию. Российское правительство, естественно, отвергло такое требование. Если протекторат над Кореей оно и готово было признать с некоторыми оговорками, то взамен потребовало полного отказа японской стороны от других притязаний.
23 декабря 1903 года со стороны Японии уже в ультимативной форме последовали новые предложения относительно Южной Маньчжурии. Нота подкреплялась бряцанием оружия: начались спешные перевозки боеприпасов в военно-морские порты, прекратились занятия в морской академии, артиллерийской и минной школах, был объявлен призыв резервистов в армию, отменены все пароходные рейсы в Австралию и Америку, в экстренном порядки стали мобилизовывать гражданские суда для перевозки войск, началась подготовка к отправке в Корею трех пехотных бригад...
Правительство России, ощущая собственную неготовность к большой войне на Дальнем Востоке, согласилось признать интересы Японии в Маньчжурии. Но только в той мере, в какой их имели Великобритания, Франция и Германия. Японская сторона отвергла такое предложение, и в Токио начался новый всплеск националистической агитации за немедленную войну.
