Никто, достигший того возраста, в котором, по мнению Церкви, он был ответственен за свои поступки, не мог отказаться от обязанности давать показания перед инквизитором. Соборы Тулузы, Безье и Альби, предписывая требовать клятву отречения от всего населения, определили этот возраст в четырнадцать лет для мужчин и в двенадцать для женщин; другие считали, что дети должны быть достаточно развиты, чтобы понимать значение присяги; третьи считали ответственными их, начиная с семилетнего возраста; некоторые определяли предельный возраст в девять с половиной лет для девочек и в десять с половиной для мальчиков. Правда, в латинских землях, где законное совершеннолетие наступало только в двадцать пять лет, никто моложе этого возраста не мог быть вызван на суд; но это препятствие обходили легко: назначали опекуна, под прикрытием которого несовершеннолетнего пытали и казнили уже с четырнадцати лет, когда человек делался ответственным по обвинению его в ереси.
Отсутствие считалось неявкой и только увеличивало заранее предполагаемую виновность новым прегрешением; неявка считалась равной признанию. Уже до учреждения инквизиции розыск вошел в судебную практику духовных судов. В каноническое право было внесено положение, что в случаях неявки, показаний, добытых розыском, достаточно для обвинения без прений обвинения и защиты. Если обвиняемый не являлся на суд до истечения установленного срока после объявления вызова в его приходской церкви, то выносили обвинительный приговор в его отсутствие; отсутствие обвиняемого замещалось «присутствием Бога и Евангелия» в момент, когда читался приговор. Фридрих II в своем эдикте 1220 г. объявил, следуя Латеранскому собору 1215 г., что всякий подозреваемый, который не докажет своей невиновности в течение года, должен быть осужден как еретик; это постановление было распространено и на отсутствующих, которые подлежали осуждению через год после отлучения их от Церкви, безразлично, были ли собраны или нет доказательства против них. Человек остававшийся год отлученным от Церкви, не стараясь снять с себя отлучения, считался еретиком, отрицающим таинства и не признающим за Церковью права вязать и разрешать. Инквизиция приговаривала к пожизненной тюрьме тех, кого нельзя было обвинить в каком-либо другом преступлении, кроме уклонения от суда, даже если они и соглашались покориться инквизиции и дать отречение.
Даже в могиле нельзя было скрыться. Если осужденный приговаривался к тюрьме или другому легкому наказаянию, то вырывали и выбрасывали его кости; если же его ересь заслуживала костра, то останки его торжественно сжигались. Его потомкам и наследникам, которые подвергались конфискации всего имущества и ограничению личных прав, предоставлялось какое-то подобие защиты. В суде инквизиции обвинитель был одновременно и судьей.
Церковь проповедовала учение, что инквизитор был духовный и беспристрастный отец, который в своих заботах о спасении душ не должен быть стеснен никакими правилами; Разрешали «в интересах веры» всякий сомнительный вопрос. Инквизитор был уполномочен и подготовлен к тому, чтобы суд его был короток; он не стеснялся формой, не позволял, чтобы ему мешали юридические правила и хитросплетения адвокатов; он сокращал судопроизводство, лишая обвиняемого самой обыкновенной возможности сказать слово в свою защиту, он не давал ему права на апелляции и отсрочки. Ни на одной стадии судебного процесса невозможно было достигнуть законного заключения путем учета процессуальных формальностей, которые выработал вековой опыт, чтобы помешать беззаконию и чтобы дать судье почувствовать всю тяжесть ответственности. Инквизиция облекала дело глубокою тайною даже после произнесения приговора. Если не приходилось делать объявления об отсутствующем, то даже вызов на суд человека, только подозреваемого в ереси, делался тайно. О том, что происходило после явки обвиняемого в суд, знали немногие «скромные» люди, избранные судьей и давшие присягу хранить все в тайне; даже сведущие люди, призванные дать свое заключение о судьбе обвиненного, были обязаны сохранять молчание. Выдержки из протоколов могли сообщаться только в исключительных случаях и с крайней осторожностью.
Инквизиционный суд не подлежал контролю, следствие велось тайно, с применением жестоких, изощренных пыток
Обычно ход инквизиционного процесса был следующим. Указывали инквизитору на отдельное лицо как на подозреваемое в ереси или его имя было произнесено каким-либо задержанным при его признаниях; приступали к негласному расследованию и собирали все возможные свидетельства на его счет; затем его тайно требовали явиться в суд в такой-то день и час и брали с него поручительство; если казалось, что он намеревается бежать, его неожиданно арестовывали и держали под арестом до дня явки на суд. По закону вызов в суд должен был повториться до трех раз, но это правило не соблюдалось. Когда преследование было основано на народной молве, то в качестве свидетелей вызывали первых попавшихся, и когда количество догадок и пустых слухов, распространенных этими свидетелями, боявшимися навлечь на себя обвинение в сочувствии к ереси, казалось достаточным для возбуждения мотивированного дела, то неожиданно наносили удар. Таким образом, обвиняемого осуждали уже заранее; на него смотрели как на виновного уже по одному тому, что его вызывали на суд. Единственным средством спастись было для него признать все собранные против него обвинения, отречься от ереси и согласиться на всякую епитимью, которую могли бы наложить на него. Если же при наличии свидетельств против него он упорно отрицал свою виновность и настаивал на своей верности католичеству, то он превращался в не раскаявшегося, закоренелого еретика, который должен быть выдан светской власти и сожжен живым.
Инквизитор старался добиться признания. Признание сопровождалось всегда изъявлением обращения и раскаяния. Инквизиция считала выдачу единомышленников доказательством чистосердечного обращения. Отказ кающегося еретика выдать своих друзей и близких принимался как доказательство того, что он не раскаялся, и его немедленно выдавали в руки светской власти. Один инквизитор XV в. настаивал, что ни в коем случае обвиняемого не следует отпускать на свободу, взяв с него поручительство; если он раскаивается, то его следует подвергнуть пожизненному тюремному заключению. Доносы были так важны для инквизиции, что она требовала их и обещаниями и угрозами. Наиболее простым способом добиться признания был допрос обвиняемого. Инквизитор подготавливался к нему, сопоставляя и изучая все противоречивые показания, тогда как узник оставался в полном неведении о собранных против него уликах. Уменье вести допрос было главным достоинством инквизитора. Были составлены руководства, в которых содержатся длинные ряды вопросов для еретиков различных сект. Развивалось особого рода тонкое искусство, состоявшее в умении расставлять сети обвиняемым, ставить их в тупик и в противоречие с самим собой. Случалось, однако, что невиновность или хитрость обвиняемого торжествовала над всеми усилиями инквизитора; но в этом случае инквизитор прибегал к обману и пытке. Чтобы вырвать признание у обвиняемого, инквизитор считал уже установленным тот факт, который ему следовало еще доказать, и расспрашивал о разных мелких подробностях. При этом инквизитору рекомендовалось во время допроса перелистывать дело, как будто он справляется в нем, а потом резко объявить обвиняемому, что он говорит неправду, что дело было так-то; взять первую попавшуюся бумагу и сделать вид, что читает в ней «все, что может ввести обвиняемого в обман». Чтобы сделать эту ложь более действенной, тюремщикам было приказано входить в доверие к заключенным, убеждать их скорее сознаться, так как инквизитор человек мягкий и отнесется к ним снисходительно. Затем инквизитор должен был заявить, что у него есть неоспоримые доказательства и что если бы обвиняемый пожелал сознаться и назвать тех, кто ввел его в заблуждение, то его тотчас освободили бы. Более хитрая уловка состояла в том, что с заключенным обращались мягко, подсылали к нему в камеру испытанных агентов снискать его доверие и побудить его к признанию обещаниями снисхождения и заступничества. В удобный момент являлся лично сам инквизитор и подтверждал эти обещания, говоря, что все, что делается для обращения еретиков, есть акт милосердия, что епитимья есть проявление любви к ближнему и духовное лекарство. Когда несчастный просил снисхождения за свои разоблачения, то его успокаивали, говоря, что для него будет сделано гораздо больше, чем он просит.
При такой организации шпионы играли видную роль. Испытанным агентам, проникавшим в камеру заключенного, было приказано вести его от признания к признанию, пока они не получат достаточно материала для его обвинения, но чтобы он этого не заметил. Обычно это поручали обращенным еретикам. Один из них говорил обвиняемому, что его обращение было притворное; после ряда бесед он приходил к нему позднее обычного, и дверь за ним запиралась. Завязывался откровенный разговор, а за дверью скрывались свидетели и нотариус, которые подслушивали все слова жертвы. Всегда, когда это было возможно, пользовались услугами товарищей по заключению, которые получали известное воздаяние за эти услуги. Но применялись также и жестокие меры. Уличенный или только подозреваемый в ереси лишался прав. Его тело отдавалось на усмотрение Церкви, и если самое мучительное физическое страдание могло принудить его сознаться в ереси, то не останавливались ни перед каким мучением, чтобы «спасти его душу».