В декабре 1904 г. пал Порт-Артур. Японский флот приобрел безраздельное господство на море. Главные силы русской Тихоокеанской эскадры были уничтожены, и теперь утрачивалась опорная база прибывшей из Европы 2-й Тихоокеанской эскадры. В феврале 1905 г. поражением закончилось сражение под Мукденом. 13-14 мая русская эскадра вошла в Корейский пролив, где ее поджидал японский флот. Вице-адмирал Рожественский не верил в возможность победы над японским флотом. Он заранее уступил инициативу противнику. Планы японцев разгадать не удалось, и японский адмирал Того сумел навязать русской эскадре бой на выгодных для себя условиях. Мужество русских моряков не спасло положение. Разгром был ужасным, и это нанесло сильнейший удар по престижу царизма. Портсмутский мир зафиксировал перераспределение сфер влияния на Дальнем Востоке в пользу Японии.
Русско-японская война закончилась бесславным поражением России. Однако тайное противоборство российских и японских спецслужб не завершилось. Оно продолжалось, и нередко представители спецслужб находили следы деятельности своих противников даже через несколько лет после окончания военных действий. В России это было связано с деятельностью революционных политических партий и сепаратистских националистических движений, избравших основой своей деятельности вооруженную борьбу против властей. В ходе декабрьского вооруженного восстания в Москве защитники баррикад на Пресне были вооружены револьверами и винтовками, приобретенными в Бельгии и Швейцарии на японские деньги. Через Финляндию продолжал осуществляться транзит взрывчатки для изготовления бомб и адских машин, конструируемых по чертежам японских специалистов по диверсиям. В лесах Прибалтики и в горах Кавказа действовали отряды маузеристов, сформированные из националистов на японские деньги. Японские офицеры-разведчики и диверсанты капитан Тано и майор Уеда выступали в роли авторов наставлений и инструкций по изготовлению адских машин, а также их практическому применению. Мотодзиро Акаси встречался и вел переговоры с руководителем Боевой организации ЦК партии эсеров Евно Азефом, а также с руководителями Боевой технической группы Львом Красиным и Николаем Бурениным.
В частности, они серьезно обсуждали вопрос о возможных диверсиях на Транссибирской железной дороге, чтобы помешать переброске войск из Маньчжурии в Россию для подавления революционных выступлений в Чите, Иркутске, Красноярске, Омске и других городах. Однако попытка организовать взрывы тоннелей на Кругобайкальской железной дороге оказалась неудачной. Также неудачей завершилась транспортировка большой партии оружия для боевых дружин Читы, Иркутска и Красноярска. 1 января 1906 г. на станции Мысовая транспорт с оружием, доставку которого осуществлял видный революционер И. В. Бабушкин, был захвачен карательным отрядом Меллера-Закомельского, и организаторы транспорта были расстреляны. Так провалилась еще одна подрывная акция японского русофоба.
Вполне возможно, что именно по этим причинам примерно в это же время российские спецслужбы предприняли меры по дискредитации активной подрывной деятельности воспитанника клана «Черного Дракона». После увольнения из Департамента полиции И. Ф. Мануйлов все же сумел преподнести последний «сюрприз» своему японскому визави. В 1906 г. издательство А. С. Суворина неожиданно опубликовало подборку секретных документов в книге под названием «Изнанка революции. Вооруженное восстание в России на японские средства». В нее вошла часть "материалов Мотодзиро Акаси, которые были перехвачены Заграничной агентурой Департамента полиции. Это были фотокопии, сделанные агентами Мануйлова с оригиналов, а отчасти их подлинники. За этой публикацией стоял И. Ф. Манасевич-Мануйлов, который по праву считался крупным специалистом по «активным мероприятиям» в печати.
Книга наделала много шума. Разоблачения одинаково беспокоили не только зарубежных дипломатов и революционеров, но и представителей либеральной оппозиции. К ним относились с недоверием: слишком очевидным было предательство национальных интересов России. Однако в печати никто не стал публично оспаривать их подлинность. По-видимому, ни спецслужбы противников России, ни представители либеральной оппозиции, ни лидеры националистических партий и движений в Закавказье и Финляндии не были заинтересованы в публичной полемике. Поэтому вокруг этой публикации возник своеобразный «заговор умолчания». Он продолжал существовать и в советский период отечественной истории. Документы из отечественных архивов, которыми располагают современные исследователи, свидетельствуют в пользу их достоверности.
Европейская карьера «странствующего атташе» полковника Мотодзиро Акаси также закончилась. Он не долго пребывал на посту военного атташе со штаб-квартирой в Стокгольме и Париже. После опубликования его скандальной переписки с Деканозовым и Зиллиакусом он был отозван на родину. Впоследствии Акаси получил назначение на высокую должность начальника полиции в Корее. За заслуги перед Страной восходящего солнца он получил генеральское звание, а в годы Первой мировой войны стал заместителем начальника Генерального штаба Японии. В 1919 г. его назначили губернатором острова Тайвань (Формоза). Он скоропостижно скончался по пути к месту назначения. Обстоятельства его смерти почему-то не заинтересовали историков. Однако интерес к его личности вновь возродился после открытия ранее секретных архивов российских спецслужб. В Японии были опубликованы его доклады в Генеральный штаб.
По иронии судьбы за год до его смерти в 1918 г. оборвалась жизнь его главного противника И. Ф. Манасевича-Мануйлова. Он был уволен в отставку по распоряжению министра внутренних дел генерала Д. Ф. Трепова в 1906 г. С конца 1906 г. он активно сотрудничал с газетами «Новое время» и «Вечернее время», установил и поддерживал дружеские отношения и Г. Е. Распутиным. Пользуясь близостью к придворным и правительственным кругам, Мануйлов активно занимался шантажом и мошенничеством. Он попросту вымогал у обращающихся к нему за протекцией различных лиц значительные суммы денег. В 1908-1909 гг. Петербургское охранное отделение предприняло расследование и провело предварительное следствие по обвинению Манасевича-Мануйлова в шантаже и вымогательстве. В марте 1910 г. Петербургская судебная палата возбудила против него уголовное дело. Однако все это было прекращено по настоянию министра внутренних дел, опасавшегося разоблачения на суде его секретной деятельности. Благодаря своей дружбе с Г. Е. Распутиным Мануйлов с 1914 г. начал играть заметную роль в деятельности ближайшего окружения последнего императора и всей придворной камарильи.
В конце 1915 г. он был вновь причислен к Министерству внутренних дел и выполнял секретные поручения министра внутренних дел Штюрмера, банкира Д. Л. Рубинштейна, митрополита Питирима и других лиц, одновременно являясь личным информатором директора Департамента полиции С. П. Белецкого. Французский посол в России Морис Палеолог оставил в своем дневнике 7 февраля 1916 г., пожалуй, самую яркую характеристику личности этого незаурядного человека. Вот она:
«Понедельник, 7 февраля.
Штюрмер назначил управляющим своей канцелярией Манасевича-Мануйлова. Назначение скандальное и знаменательное.
Я немного знаком с Мануйловым, что приводит в отчаяние честного Сазонова. Но могу ли я не знаться с главным информатором "Нового времени", этой самой влиятельной газеты. Но я его знал и до моего назначения посланником. Я с ним виделся около 1900 г. в Париже, где он работал как агент охранного отделения под руководством Рачковского, известного начальника русской полиции во Франции.
Мануйлов — субъект интересный. Он еврей по происхождению: ум у него быстрый и изворотливый, он любитель широко пожить, жуир и ценитель художественных вещей, совести у него ни следа. Он в одно время и шпион, и сыщик, и подделыватель, и развратник — странная смесь Панурга, Жиль Блаза, Казановы, Робера Макэра и Видока. "А вообще — милейший человек".
В последнее время он принимал участие в подвигах охранного отделения: у этого прирожденного пирата есть страсть к приключениям и нет недостатка в мужестве…»
«Вторник, 8 февраля.
Мануйлов сегодня явился ко мне с визитом. Затянут в прекрасно сшитый сюртук, голова напомажена, осанка внушительна. Лицо этого прохвоста светится ликованием и важностью… Окончив свои излияния, он встает. Провожаю его до двери, и тут передо мной воскресает тот Мануйлов, которого я знал раньше. Он останавливается и говорит мне вполголоса: "Если вам что-нибудь только понадобится, дайте мне знать. У Штюрмера ко мне доверие полное, никогда он ни в чем мне не откажет. Итак, я к вашим услугам".
Долго я не забуду выражение его глаз в эту минуту, его взгляда, в то же время и увертливого, и жестокого, и циничного, и хитрого. Я видел перед собою олицетворение всей мерзости охранного отделения».
