Протест Филиппа стал симптомом окончательного падения престижа царя в земщине. Приспешники Грозного настоятельно убеждали его прибегнуть к насилию, поскольку в обстановке острого внутреннего кризиса всякое проявление слабости могло иметь для властей катастрофические последствия.
Филипп нарушил клятву «не вступаться в опричнину» и должен был понести наказание. Опричники схватили, его бояр и, водя по улицам Москвы, забили насмерть железными палицами. Очевидно, раздор с митрополитом побудил царя отдать давно подготовленный приказ о расправе с «заговорщиками».
В соответствии с официальной версией, конюший Челяднин готовился произвести переворот с помощью своих многочисленных слуг и подданных, будто бы посвященных в план заговора. Немудрено, что опричники подвергли вооруженную свиту конюшего и его челядь беспощадному истреблению. Царские телохранители совершили несколько карательных походов во владения Челяднина. Ближние вотчины конюшего разгромил Малюта Скуратов. Заслуги палача были оценены должным образом, и с этого момента началось его быстрое возвышение в опричнине. После разгрома ближних вотчин настала очередь дальних владений. Челяднин был одним из самых богатых людей своего времени. Ему принадлежали обширные владения в Бежецком Верху неподалеку от Твери. Туда царь явился собственной персоной со всей опричной силой. При разгроме боярского двора «кромешники» посекли боярских слуг саблями, а прочую челядь и домочадцев согнали в сарай и взорвали на воздух порохом. Об этих казнях повествует следующая документальная запись синодика: «В Бежецком Верху отделано Ивановых людей 65 человек да 12 человек скончавшихся ручным усечением».
Погром не прекращался в течение нескольких месяцев — с марта по июль. Летом опричники подвели своеобразный итог своей деятельности со времени раскрытия «заговора». «Отделано 369 человек и всего отделано июля по 6-е число» — читаем в синодике. Примерно 300 человек из указанных в «отчете» были боярскими слугами и холопами.
Непрекращавшееся кровопролитие обострило конфликт между царем и церковью. Следуя примеру митрополита Афанасия, Филипп в знак протеста против действий царя покинул свою резиденцию в Кремле и демонстративно переселился в один из столичных монастырей. Однако в отличие от своего безвольного предшественника Колычев отказался сложить сан митрополита.
Открытый раздор с главой церкви ставил Грозного в исключительно трудное положение. Он вынужден был удалиться в слободу и заняться там подготовкой суда над Филиппом. Опричные власти поспешили вызвать из Новгорода преданного царю архиепископа Пимена. Специально подобранная из опричников и духовных лиц комиссия произвела розыск о жизни Филиппа в Соловецком монастыре и с помощью угроз и подкупа получила показания, порочившие бывшего игумена. Состряпанное комиссией обвинение оказалось все же столь сомнительным, что самый авторитетный член комиссии епископ Пафнутий отказался подписать его. Противодействие епископа грозило сорвать суд над Филиппом. Исход дела должно было определить теперь обсуждение в Боярской думе, многие члены которой сочувствовали Колычеву.
Конфликт достиг критической фазы. 11 сентября 1568 г. Грозный отдал приказ о казни четырех бояр и окольничих. При разгроме «заговора» Челяднина пролилось значительно больше крови, чем в первые месяцы опричнины. На основании записей синодика можно установить, что с конюшим погибло до 150 дворян и приказных людей и вдвое большее число их слуг и холопов. Репрессии носили в целом беспорядочный характер. Хватали без разбора друзей и знакомых Челяднина, уцелевших сторонников Адашева, родню находившихся в эмиграции дворян и т. д. «Побивали» всех, кто осмеливался протестовать против опричнины. Недовольных же было более чем достаточно, и они вовсе не хотели молчать. Записанный в синодик дворянин Митнев, будучи на пиру во дворце, бросил в лицо царю резкий упрек: «Царь, воистину яко сам пиешь, так и нас принуждаешь, окаянный, мед, с кровию смешанный братии наших… пити!». Тут же во дворце он был убит опричниками. Помимо дворян, пострадавших от опричных выселении, недовольство выражали казанские ссыльные, разоренные конфискацией родовых вотчин. Полоса амнистий безвозвратно миновала, и теперь некоторые из «прощенных» княжат были убиты. В числе их были трое Хохолковых, Ф. И. Троекуров, Д. В. Ушатый и Д. Ю. Сицкий. Расправы с княжеской знатью были осуществлены как бы мимоходом: большинство репрессированных принадлежало к нетитулованному дворянству.
Самыми видными подсудимыми на процессе о «заговоре» в земщине были члены знатнейших старомосковских нетитулованных фамилий — И. П. Челяднин, Шеины-Морозовы, Сабуровы, Карповы, казначей X. Ю. Тютин, несколько видных дьяков, а также бывшие старицкие вассалы В. Н. Борисов, И. Б. Колычев, Ф. Р. Образцов. Невозможно поверить тому, что все казненные были участниками единого заговора. Подлинные сторонники Старицкого уже покинули политическую сцену. Что же касается Челяднина, то он в дни династического кризиса 1553 г. выступал решительным противником князя Владимира и более всех других способствовал его разоблачению. Окольничий М. И. Колычев также доказал свою лояльность в деле Старицких. Недаром он был послан в Горицкий монастырь для надзора за Ефросинией Старицкой тотчас после ее пострижения.
Обвинение насчет связей с «крамольником» князем Владимиром служили не более чем предлогом для расправы с влиятельными боярскими кругами, способными оказать сопротивление опричной политике. Пытки открыли перед властями путь к подтверждению вымышленных обвинений. Арестованных заставляли называть имена «сообщников». Оговоренных людей казнили без суда. Исключение было сделано только для конюшего И. П. Челяднина и для М. И. Колычева. Впрочем, их судили скорым судом. Царь собрал в парадных покоях большого кремлевского дворца членов думы и столичное дворянство и велел привести осужденных. Конюшему он приказал облечься в царские одежды и сесть на трон. Преклонив колени, Грозный напутствовал несчастного иронической речью: «Ты хотел занять мое место, и вот ныне ты великий князь, наслаждайся владычеством, которого жаждал!». Затем по условному знаку опричники убили конюшего, выволокли его труп из дворца и бросили в навозную кучу. Фарс, устроенный в Кремле, и вымыслы по поводу того, что конюший домогался короны, показали, что опричному правительству не удалось доказать выдвинутые против него обвинения. Главные «сообщники» Челяднина — нарвский воевода окольничий М. М. Лыков, свияжский воевода боярин А. И. Катырев и казанский воевода Ф. И. Троекуров — были казнены без судебной процедуры.
Как правило, следствие проводилось в строгой тайне, и смертные приговоры выносились заочно. Осужденных убивали дома или на улице, на трупе оставляли краткую записку. Таким образом «преступления заговорщиков» доводились до всеобщего сведения.
Гибель Челяднина решила судьбу Филиппа. Вернувшаяся с Соловков следственная комиссия представила боярам материалы о «порочной жизни» митрополита. Оппозиция в думе была обезглавлена, и никто не осмелился высказать вслух свои сомнения. Покорно следуя воле царя, земская Боярская дума вынесла решение о суде над главою церкви. Чтобы запугать Филиппа, царь послал ему в монастырь зашитую в кожаный мешок голову окольничего М. И. Колычева, его троюродного брата. Филиппа судили в присутствии Боярский думы и высшего духовенства. Филипп отверг все обвинения и попытался прекратить судебное разбирательство. Он объявил о том, что слагает с себя сан по своей воле. Царь отказался признать отречение. Он не забыл пережитого унижения и желал скомпрометировать опального главу церкви в глазах народа.
Филипп вынужден был служить службу после того, как соборный суд вынес ему приговор. В середине службы в Успенский собор ворвались опричники. При общем замешательстве Басманов огласил соборный приговор, порочивший митрополита. С Колычева содрали клобук и мантию, бросили его в простые сани и увезли в Богоявленский монастырь. Признанный виновным в «скаредных делах», Колычев по церковным законам подлежал сожжению, но Грозный заменил казнь вечным заточением в монастырской тюрьме.
Смолкли голоса недовольных в земщине. На страну опустилась мгла. Не только мнимых заговорщиков, но и всех заподозренных в сочувствии им постигала суровая кара. Вожди опричнины торжествовали победу. Но ближайшие события показали, что их торжество было преждевременным. Прошел год, и усиливавшийся террор поглотил не только противников опричнины, но и тех, кто стоял у ее колыбели.
Из-за раздора с митрополитом Грозный покинул столицу и переселился в Александровскую слободу, затерянную среди густых лесов и болот. Так он жил затворником за прочными и высокими стенами вновь выстроенного «града». Подступы к слободе охраняла усиленная стража. Никто не мог проникнуть в царскую резиденцию без специального пропуска — «памяти». Вместе с Иваном IV в слободе обосновалась вся опричная дума. Там «кромешники» принимали иностранных послов и вершили важнейшие дела, а в свободное от службы время монашествовали. Перемены в московском правлении были разительными, и царские дипломаты получили приказ объяснять иноземцам, что русский царь уехал в «село» по своей воле «для своего прохладу», что его резиденция в «селе» расположена вблизи Москвы, поэтому царь «государство свое правит и на Москве и в слободе». В действительности Грозный не «прохлаждался», а прятался в слободе, гонимый страхом перед боярской крамолой. Под влиянием страха царь велел сыновьям передать очень крупные суммы денег в Кириллов монастырь на устройство келий. Теперь в случае необходимости вся царская семья могла укрыться в стенах затерянного среди дремучих лесов монастыря. Во время очередного посещения Вологды Иван IV распорядился ускорить строительство опричной крепости. Одновременно он успешно завершил переговоры с послом Рандольфом о предоставлении его семье убежища в Англии.
