Из-за раздора с митрополитом Грозный покинул столицу и переселился в Александровскую слободу, затерянную среди густых лесов и болот. Так он жил затворником за прочными и высокими стенами вновь выстроенного «града». Подступы к слободе охраняла усиленная стража. Никто не мог проникнуть в царскую резиденцию без специального пропуска — «памяти». Вместе с Иваном IV в слободе обосновалась вся опричная дума. Там «кромешники» принимали иностранных послов и вершили важнейшие дела, а в свободное от службы время монашествовали. Перемены в московском правлении были разительными, и царские дипломаты получили приказ объяснять иноземцам, что русский царь уехал в «село» по своей воле «для своего прохладу», что его резиденция в «селе» расположена вблизи Москвы, поэтому царь «государство свое правит и на Москве и в слободе». В действительности Грозный не «прохлаждался», а прятался в слободе, гонимый страхом перед боярской крамолой. Под влиянием страха царь велел сыновьям передать очень крупные суммы денег в Кириллов монастырь на устройство келий. Теперь в случае необходимости вся царская семья могла укрыться в стенах затерянного среди дремучих лесов монастыря. Во время очередного посещения Вологды Иван IV распорядился ускорить строительство опричной крепости. Одновременно он успешно завершил переговоры с послом Рандольфом о предоставлении его семье убежища в Англии.
Тщательно наблюдая за положением дел в стране, Грозный и его приспешники повсюду видели признаки надвигающейся беды. Царь был уверен, что лишь случай помог ему избежать литовского плена. Между тем король с помощью эмигрантов продолжал вести тайную войну против России. В начале 1569 г. немногочисленный литовский отряд при загадочных обстоятельствах захватил важный опорный пункт обороны на северо-западе — неприступную Изборскую крепость. Глухой ночью изменник Т. Тетерин, переодевшись в опричные одежды, велел страже открыть ворота Изборска. После освобождения этой крепости опричники объявили изборских подьячих сообщниками Тетерина и предали их казни, что засвидетельствовано синодиком.
Изборская измена бросила тень на всю приказную администрацию и жителей Пскова и Новгорода. Возникло подозрение, что Псков и Новгород последуют примеру Изборска. Чтобы предотвратить измену, опричные власти отдали приказ о выселении всех неблагонадежных лиц из новгородской и псковской земли. В результате было выселено 500 семей из Пскова и 150 семей из Новгорода. В изгнание отправилось примерно 2–3 тысячи горожан, считая женщин и детей. Затеянное Грозным переселение напоминало аналогичные меры его деда. Но если Иван III подверг гонениям привилегированные новгородские верхи, то Иван IV обрушился на средние и низшие слои. Незадолго до выселения горожан царь Иван получил от своих послов подробную информацию о перевороте в Швеции, в результате которого его союзник Эрик XIV был свергнут с престола. Шведские события усилили собственные страхи царя. Сходство ситуаций было разительным. Эрик XIV, по словам царских послов, казнил много знатных дворян, после чего стал бояться «от своих бояр убивства». Опасаясь мятежа, он тайно просил царских послов взять его на Русь. Произошло это в то самое время, когда царь Иван втайне готовился бежать в Англию. Полученная в Вологде информация, по-видимому, повлияла на исход изборского следствия. Псковские впечатления причудливо сплелись со шведскими в единое целое. Послы уведомили царя, что накануне мятежа Эрик XIV просил находившихся в Стокгольме русских послов «проведывати про стекольских (стокгольмских) людей про посадских измену, что оне хотят королю изменити, а город хотят здати королевичем», т. е. королевским братьям. В конце концов измена стокгольмского посада погубила шведского короля.
Руководители опричнины, напуганные изборской изменой, стали исходить из предположения, что посадские люди Пскова и Новгорода готовы последовать примеру Стокгольма и поддержать любой антиправительственный мятеж. Роль мятежных шведских герцогов должен был сыграть на Руси князь Владимир Андреевич. Он и его отец держали в Новгороде двор-резиденцию, имели там вассалов и, будучи соседями новгородцев, пользовались их симпатиями. Подозрения насчет сговора Старицкого с Новгородом подкреплялись и тем, что некоторые новгородские помещики были незадолго до того казнены как сообщники конюшего И. П. Челяднина-Федорова.
Подозрения и страхи по поводу изборских событий и шведские известия предрешили судьбу Старицких. Царь вознамерился покончить раз и навсегда с опасностью мятежа со стороны брата. Такое решение выдвинуло перед Иваном некоторые проблемы морального порядка. Братоубийство считалось худшим преступлением, и царь не без колебаний решился на него. Прежние провинности князя Владимира казались недостаточными, чтобы оправдать осуждение его на смерть. Нужны были более веские улики. Вскоре они нашлись. Опричные судьи сфабриковали версию о покушении князя Владимира на жизнь царя. Версия нимало не соответствовала характерам действующих лиц и поражала своей нелепостью. Современники, наблюдавшие процедуру собственными глазами, замечают, что к расследованию были привлечены в качестве свидетелей ближайшие льстецы, прихлебатели и палачи, что и обеспечило необходимый результат.
После гибели конюшего Челяднина князь Владимир был отослан с полками в Нижний Новгород. Опричники задались целью доказать, будто опальный князь замыслил отравить царя и всю его семью. Они арестовали дворцового повара, ездившего в Нижний Новгород за белорыбицей для царского стола, и обвинили его в преступном сговоре с братом царя. При поваре «найден» был порошок, объявленный ядом, и крупная сумма денег, якобы переданная ему Владимиром Андреевичем. Уже после расправы со Старицкими власти официально заявили о том, что Владимир с матерью хотели «испортить» государя и государевых детей. Инсценированное опричниками покушение на жизнь царя послужило предлогом для неслыханно жестоких гонений и погромов.
Грозный считал тетку душой всех интриг, направленных против него. Неудивительно, что он первым делом распорядился забрать Ефросинию Старицкую из Горицкого монастыря. Многолетняя семейная ссора разрешилась кровавым финалом. По-видимому, из-за отсутствия доказательств причастности Ефросинии к новгородскому «заговору» Иван IV велел отравить опальную угарным газом, в то время как ее везли на речных стругах по Шексне в слободу.
Князь Владимир в те же самые дни получил приказ покинуть Нижний Новгород и прибыть в слободу. На последней ямской станции перед слободой лагерь Владимира Андреевича был внезапно окружен опричными войсками. В шатер к удельному князю явились опричные судьи Малюта Скуратов и Василий Грязной и объявили, что царь считает его не братом, но врагом. После короткого разбирательства Владимир Андреевич и его семья были осуждены на смерть. Из родственного лицемерия царь не пожелал прибегнуть к услугам палача и принудил брата к самоубийству. Безвольный Владимир, запуганный и сломленный морально, выпил кубок с отравленным вином. Вторым браком Владимир был женат на двоюродной сестре беглого боярина Курбского. Мстительный царь велел отравить ее вместе с девятилетней дочерью. Царь, однако, пощадил старших детей князя Владимира — наследника княжича Василия и двух дочерей от первого брака. Спустя некоторое время он вернул племяннику отцовский удел.
Записи синодика опальных помогают воссоздать картину гибели Старицких во всех подробностях. Синодик показывает, что главные свидетели обвинения, повар Молява с сыновьями и рыболовы, якобы участвовавшие в нижегородском заговоре, были убиты до окончания суда над удельным князем. Источники, таким образом, опровергают версию опричников Таубе и Крузе, будто свидетели с самого начала вошли в тайный сговор с опричными судьями и их лишь для вида брали к пытке. Вместе со свидетелями обвинения палачи казнили новгородского подьячего А. Свиязева, показания которого положили начало более широкому расследованию новгородской измены. Как видно из дела, хранившегося в царском архиве, Свиязева погубил донос из земщины. Донос был доставлен в опричнину земским дьяком В. Степановым, который пережил Свиязева всего на полгода.
Учиненный после казни Старицких разгром Новгорода ошеломил современников. Мало кто знал правду о причинах трагедии: с самого начала новгородское дело окружено было глубокой тайной. Опричная дума приняла решение о походе на Новгород в декабре 1569 г. Царь созвал в Александровской слободе все опричное воинство и объявил ему весть о «великой измене» новгородцев. Не мешкая, войска двинулись к Новгороду. 8 января 1570 г. царь прибыл в древний город. На Волховском мосту его встречало духовенство с крестами и иконами. Но торжество было испорчено в первые же минуты. Царь назвал местного архиепископа Пимена изменником и отказался принять от него благословение. Будучи человеком благочестивым, царь не пожелал пропустить службу. Церковники должны были служить обедню, невзирая на общее замешательство. После службы Пимен повел гостей в палаты «хлеба ясти». Коротким оказался этот невеселый пир. Возопив гласом великим «с яростью», царь велел страже схватить хозяина и разорить его подворье. Опричники ограбили Софийский собор, забрали драгоценную церковную утварь и иконы, выломали древние «Корсунские врата». Грабя Софийский дом, Иван IV как бы завершил вековую борьбу с новгородским православием, которую начали московские иерархи после завоевания Новгорода. Новгородская епархия была древнейшей на Руси. Предания о корсунских древностях, отметил А. Поппе, должны были подкрепить претензии новгородских владык на особое место в русской церковной иерархии. Князь Владимир Киевский крестился в Корсуни. Там началась «Святая Русь». Согласно новгородскому преданию, первый епископ прибыл в Новгород из Корсуня и оттуда же была привезена одна из самых знаменитых софийских реликвий — «Корсунские врата». (В действительности врата были изготовлены в Магдебурге в 1153 г. и привезены в Новгород из Западной Европы). Отбирая у Софийского дома «Корсунские врата» и некоторые старинные иконы, царь стремился искоренить доказательства древности и самобытности местной церкви.
