Вюрцбургский собор в 1446 г. принял канон Майнцского собора 1310 г., предписывавший изгнание всех бродячих бегардов, которые проповедовали в глухих местах. В 1453г. Николай V официально присоединил бегардов, в качестве терциариев, к нищенствующим орденам. Некоторые из них повиновались. Но некоторые из Братьев Свободного Духа и правоверных бегардов обоего пола отказались подчиниться новому закону. Избранный в 1460 г. аббат в Гиршау изгнал всех бегинов из их дома в Альтбурге за их дурное поведение и поместил на их место доминиканских терциариев. За это бегарды составили против аббата заговор, первыми жертвами которого сами и пали. Бамбергский синод 1491 г. применил к бегардам постановление Клементин. Монах Иоганн из Моравии, умерший в Брюнне в 1492 г., прославился своей энергией в преследовании гуситов и бегардов. Но эти мятежные сектанты продолжали существовать; когда наступила Реформация, они много содействовали распространению учения Лютера.
Торжество гуситов в Чехии отразилось и в Германии; но здесь распространение ереси подверглось энергичному стеснению. В 1423 г. Сиенский собор строго приказал инквизиторам и епископским судьям каждое воскресенье торжественно предавать еретиков-гуситов проклятию во всех главных церквах; всем, кто будет помогать ловить еретиков, были обещаны индульгенции, как за поход в Святую Землю; то же было обещано и князьям, которые должны были арестовывать мятежников и изгонять их из своих владений. В 1420 и 1423 гг. в Ратисбоне, в 1424 г. в Вормсе и в 1426 г. в Шпейере были сожжены священники, принявшие учение Гуса. Даже после того как Базельский собор признал гуситов, в Германии их продолжали преследовать как еретиков. Около 1450 г. Иоганн Мюллер начал проповедовать учение Гуса во Франконии. Но он был вынужден бежать, а сто тридцать человек из его учеников были арестованы и препровождены в Вюрцбург, где они уступили перед убеждениями аббата Иоганна Грумбахского и кафедрального проповедника магистра Антония и отреклись от заблуждений. Более печальная участь постигла в Швабии вальденца Фридриха Рейзера. В Гейльсброне он примкнул к гуситам. В 1458 г. он был в Страсбурге открыт и арестован со своими сторонниками. Пытка вырвала у него все признания, которые от него потребовали; но он отрекся от своих слов. Ересиарх был сожжен одновременно со своей служанкой.
Между учением самых крайних гуситов и учением вальденцев было достаточно много общего. В 1467 г. остатки таборитов – Чешских Братьев легко нашли вальденцев на территории, отделяющей Австрию от Моравии, где они жили более двухсот лет. Эти сношения не остались не замеченными, и Церковь быстро захватила еретиков. Епископ вальденцев Стефан был сожжен в Вене; многие из вальденцев бежали в Моравию, другие – в Бранденбург, где существовали вальденские общины; эти общины, вскоре открытые, преследовали, но все же уничтожить их окончательно не удалось. Некоторые спасшиеся еретики переселились в Чехию, где их приняли в свою общину Чешские Братья. Тесная связь между Братьями и вальденцами породила новую ересь, получившую особое название. В 1479 г. Сикст IV предложил вновь назначенному венскому инквизитору приложить все усилия к уничтожению гуситов и николинистов, получивших свое имя от Николая Силезского. Они принимали общее с Чешскими Братьями учение: ничто не может оправдать убийства человека. Несмотря на гонения, существовало достаточно гуситов и вальденцев, заклятых врагов Рима, чтобы образовать группу недовольных и поддержать восстание, когда появился Лютер.
Много указаний предсказывало в XV в. неизбежность близкого разрыва. Между людьми, выражавшими презрение к власти Рима, наибольшею известностью пользовался Григорий Геймбургский, который доказывал на основании Св. Писания, трудов отцов Церкви и истории, что Церковь подчинена государству. В октябре 1460 г. он был объявлен еретиком. В октябре 1461 т. папа послал монаха проповедовать веру и предохранить верных от заблуждений, распространяемых Григорием; он приказал городским властям Нюрнберга отобрать имущество Григория и изгнать отлученного от Церкви или выдать его судьям, которые приговорили бы его к наказанию. Григорий бежал в Чехию к Юрию Подебраду. В 1471 г. Подебрад умер, и Григорий переселился в Саксонию, где ему оказал покровительство герцог Альберт, примиривший его с Сикстом IV. На Пасху 1472 г. Григорий получил папское прощение, а в августе того же года умер после двадцати пяти лет непрестанной борьбы с папством.
Григорий Геймбургский олицетворяет восстание против Рима правящих классов, а Ганс Никлаусгаузенский представляет оппозицию официальной Церкви низших классов населения. Ганс Бёгейм, родом из Чехии, основался в Никлаусгаузене близ Вюрцбурга. Он утверждал, что Св. Дева поручила ему объявить народу, что Христос не может долее переносить гордость, алчность и сластолюбие духовенства и что мир погибнет из-за испорченности священников, если они не исправятся. Рим несправедливо правит Церковью. Он сам, Ганс Бёгейм, может давать индульгенции своим ученикам. Народ толпами валил из рейнских провинций, Баварии, Тюрингии, Саксонии и Мейсена послушать вдохновенного проповедника. Вюрцбургский епископ много раз запрещал паломничество в Никлаусгаузен, но все эти запрещения не имели никакого действия. Епископ в начале июля 1476 г. послал стражу схватить Ганса. Тот сознался под пыткой, что все его откровения были ложны, и был приговорен к костру 19 июля. Но даже и смерть ересиарха не открыла глаза его ученикам. Спустя три месяца майнцский архиепископ Дитер наложил интердикт на Никлаусгаузен, чтобы прекратить паломничества.
Григорий Геймбургский и Ганс Никлаусгаузенский воплотили в себе ненависть, которую питало против Рима все светское население от самого знатного до самого скромного из граждан. Иоганн фон Рухрат из Везеля свидетельствует, что это чувство разделяли и многие члены Церкви. Рухрат был одним из самых выдающихся богословов и проповедников, которыми могла в то время гордиться Германия. Подобно Лютеру, истинным предшественником которого он был, он начал с нападок на индульгенции по случаю юбилейного 1450 г. Шаг за шагом он дошел до отрицания за Церковью разных прав, до отрицания предания и отцов Церкви и до утверждения, что сила в одном только Писании.
Майнцскому архиепископу Дитеру Изембургскому в 1479 г. грозили от Рима большие неприятности, если он не выдаст Иоганна.
В Майнцской провинции не было инквизитора, и поэтому был послан кельнский инквизитор доминиканец Гергард фон Эльтен. Его сопровождал брат Иаков Шпренгер, который еще не был инквизитором, но впоследствии занимал этот пост и сжег много колдуний. В то же время прибыли в Майнц богословы Гейдельбергского и Кельнского университетов, которые должны были участвовать в суде как эксперты и заседатели. Дело велось при открытых дверях, в присутствии многочисленных слушателей из светских и духовных лиц. Собрание началось 8 февраля 1479 г., под председательством инквизитора Эльтена, помощником которого был архиепископ Дитер. Иоганн хотел защищаться, но его прервали, обругали и пригрозили, так что он просил только прощения. После этого его подвергли долгому и утомительному допросу. Комиссии из докторов Кельна и Гейдельберга поручили решить судьбу обвиняемого. На другой день Иоганн снова явился и подвергся новому допросу, во время которого он попытался доказать справедливость своих теорий.
10 февраля приступили к обращению заблудшего. «Если бы Христос был здесь, – сказал Иоганн, – и если бы вы обращались с Ним так, как обращаетесь со мной, то вы осудили бы Его как еретика». Преклонный возраст, истощение сил, темная и холодная тюрьма сломили его упорство. Он публично отрекся и покаялся; его сочинения были сожжены в его присутствии, а сам он был приговорен к пожизненному заключению в августинском монастыре в Майнце. Он умер в 1481 г.
Карьера, сделанная одним из преследователей Иоганна, Шпренгером, показывает, что рвение инквизиторов прилагалось к уничтожению колдунов. Колдовство сделалось самой грозной ересью в конце XV в., и на остальные религиозные заблуждения не обращали особого внимания. В статутах, выработанных в 1491 г. бамбергским синодом, глава, посвященная ереси, останавливаясь на мельчайших подробностях колдовства и чародейства, упоминает только об одном отступлении от учения Церкви – утверждении, что таинства, совершенные нечистыми руками, недействительны. Приказывая считать виновным в соучастии всякого, кто не выдаст еретика, синод даже не упоминает об инквизиции. Но инквизиторы продолжали действовать, как это видно из попытки преследования Иоганна Рейхлина. Как глава гуманистов и главный представитель новой школы в Германии, Рейхлин принял участие в споре с доминиканцами, которые, будучи ярыми томистами, готовы были до смерти защищать схоластику. Когда Рейхлин выступил на защиту евреев и их литературы против нападок ренегата Пфефферкорна, то тотчас же ухватились за представившийся случай, чтобы избавиться от него. В 1513 г. доминиканский инквизитор, приор Иаков фон Гохштратен, прибыл из Кельна в Майнц с намерениями осудить Рейхлина как еретика. Последний обратился с жалобой в Рим к папе Льву X, человеку просвещенному и гуманисту. Лев благосклонно принял жалобу и поручил шпейерскому епископу решить вопрос. Это был страшный удар инквизиционному могуществу. С Рейхлина было снято всякое подозрение в ереси, преследование было признано неосновательным, и издержки по делу были возложены на Гохштратена под угрозой отлучения его от Церкви в случае неповиновения. Этот приговор был утвержден Римом в 1515 г.; папа под страхом штрафа в три тысячи марок наложил молчание на обвинителей Рейхлина. Гуманисты торжествовали победу. Ульрих фон Гуттен опубликовал под псевдонимом Елевферия Бицена памфлет: он выставляет Гохштратена разбойником, который, в качестве обвинителя и судьи, преследует невинных. О доминиканцах Ульрих говорит, что они хуже турок. У позорного столба оказались доминиканский орден и все, что он представлял. Доминиканцы Кельнского университета открыто заявили, что они, если только папа не отменит своего решения, будут жаловаться первому же собору, откажутся подчиниться папскому решению, объявят, что Лев X больше не папа, и вызовут раскол. Лев X смирился и в 1516 г. отменил приговор. Между тем лютеранское движение становилось все более и более грозным; с каждым днем чувствовалась настоятельнее нужда в поддержке доминиканцев, и в 1520 г. Лев окончил все. дело, отменив решение шпейерского епископа, наложил на Рейхлина молчанье и возложил на него все убытки. Мало того, Гохштратен был восстановлен в своих обязанностях. Но было уже слишком поздно, чтобы эти запоздалые поправки могли принести какую-нибудь пользу инквизиции, в услугах которой Церковь нуждалась теперь более чем когда-либо прежде. Когда 31 октября 1517 г. Лютер прибил к церковным дверям в Виттенберге свои тезисы относительно индульгенций, то инквизитор вроде Бернара Ги сумел бы заставить его замолчать или принудить к публичному отречению, которое уничтожило бы его влияние, или отправил его на костер, если бы он отказался смириться. Но инквизиция никогда не пускала глубоких корней на германской почве; а в начале XVI в. у Гохштратена были связаны руки; инквизитор Баварии и Франконии доктор Иоганн Экк был сам гуманистом, способным спорить и грозить, но не действовать; инквизитор Северной Германии Тецель сознавал свое бессилие и ограничивался только тем, что нападал на смелого новатора, поносил его и называл архиеретиком, дерзким и мятежным схизматиком.