Русский командующий принимает контрмеры. Он решил провести разведку островов Эллиот. И если там будет обнаружен противник, его десантные силы, порт-артурская эскадра должна выйти в море и уничтожить японский транспортный флот. Вечером 12 апреля два разведывательных отряда из восьми эскадренных миноносцев вышли в открытое море. Многочисленные дымы на вечернем горизонте свидетельствовали о том, что где-то рядом находятся главные броненосные силы японского Соединенного флота.
Ночью, обследовав острова Эллиот, командиры разведывательных отрядов решили возвратиться в Порт-Артур. Один из миноносцев - "Страшный" под командованием капитана 2-го ранга
К.К. Юрасовского около часа ночи отстал от своих, и в темноте присоединился к отряду японских миноносцев, которые шли без ходовых огней, приняв их за русские. Это была чудовищная ошибка, какие бывают на войне. Вплоть до восхода солнца корабли в строю кильватера совместно бродили в окрестностях Порт-Артура.
На рассвете на "Страшном" был поднят Андреевский флаг и недоразумение сразу обнаружилось. Шесть вражеских кораблей дружно напали на русский эскадренный миноносец, который в одиночестве оказался среди них. Команда "Страшного" приняла неравный, отчаянный бой в полном окружении и повторила подвиг "Стерегущего". Русским морякам было ясно, что из такого вражеского кольца им не вырваться.
Судьбу морского боя решило попадание японского снаряда в заряженный торпедный аппарат. От сильного взрыва погибла большая часть команды русского корабля, в том числе его командир, капитан 2-го ранга К.К. Юросовский. В ходе боя вышла из строя вся артиллерия, была повреждена машина. Но "Страшный" не переставал отвечать на жесткий огонь японцев лейтенант Е. Малеев до конца косил врагов из пятиствольной митральезы. От многочисленных повреждений русский миноносец стал погружаться в воду.
О морском бое на близких подступах к крепости стало известно в Порт-Артуре. Оттуда незамедлительно вышел дежурный броненосный крейсер "Баян". Он разогнал кружившие на месте гибели "Страшного" японские миноносцы и под огнем отряда легких крейсеров подходивших броненосных сил Соединенного флота подобрал из воды несколько чудом спассшихся моряков погибшего корабля. Для их спасения с крейсера были спущены шлюпки.
В это время корабли порт-артурской эскадры по боевой тревоге выходили из внутренней гавани на внешний рейд. Не ожидая выхода всех эскадренных броненосцев, вице-адмирал С.О. Макаров на флагманском "Петропавловске" (следом за ним шел броненосец "Полтава" и впереди два крейсера - "Новик" и "Аскольд") пошел навстречу "Баяну", который преследовали вражеские корабли. Вскоре вдали перед русскими кораблями, шедшими из Порт-Артура, появились главные силы Хейхатиро Того: шесть эскадренных броненосцев - "Микаса", "Фуджи", "Асахи", "Хацусе", "Шикишима" и "Яшима" и два новых броненосных крейсера - "Ниссин" и "Касуга", купленные Японией у Аргентины.
Головным шел флагманский корабль вице-адмирала Хейхатиро Того. Его броненосные корабли сопровождали легкие крейсера. Вражеская эскадра держала курс на русский отряд, в составе которого было только два эскадренных броненосца. Теперь превосходство было на стороне японцев и притом весьма значительное.
В такой ситуации флотоводец С.О. Макаров оказался в крайне затруднительном положении, поскольку большая часть его броненосных кораблей еще находилась во внутренней гавани и ожидала своей очереди выхода на внешний рейд. Но русский командующий не отказывается от появившейся возможности вступить в морское сражение и принимает новое решение: чтобы не понести неоправданные потери, отойти к крепости и под прикрытием ее береговых батарей дождаться выхода в море всей порт-артурской эскадры и после этого вновь пойти на сближение с японским флотом. Русские корабли в кильватерном строю, следуя за флагманом, повернули к Порт-Артуру.
На внешнем рейде их поджидали вышедшие из внутренней порт-артурской гавани два эскадренных броненосца - "Пересвет" и "Победа". За ними выходили другие корабли. Эскадра пошла в кильватерном строю, выстраиваясь в боевую линию, вдоль берега по знаменитой "макаровской восьмерке". Этот корабельный курс действительно представлял собой вытянутую восьмерку, изобретенную С.О. Макаровым для ведения артиллерийских дуэлей с японским Соединенным флотом. При этом русские корабли вели по врагу огонь то одним, то другим бортом. Против такого тактического приема русского флотоводца императорский командующий Соединенным флотом вице-адмирал Хейхатиро Того оказывался всегда бессилен.
Дальше случилось то, что в военную историю вошло под названием порт-артурской трагедии 13 апреля 1904 года - гибель командующего русского флота на Тихом океане вице-адмирала С.О. Макарова, последнего действительно выдающегося флотоводца Российской империи, и его флагманского корабля. Эскадренный броненосец "Петропавловск", построенный в 1894 году (в строй вступил спустя три года), был самым мощным кораблем Тихоокеанской эскадры. Броненосец имел водоизмещение в 11 354 тонны, скорость хода-17 узлов (31,5 километров в час). Вооружение состояло из четырех 305-миллиметровых орудий, двенадцати 152-миллиметровых, десяти 47-миллиметровых и двадцати восьми 37-миллиметровых орудий, шести торпедных аппаратов. Экипаж состоял из 633 человек.
В тот день морского сражения под Порт-Артуром не состоялось. Произошло иное. В 9 часов 43 минуты у правого борта русского флагманского корабля раздался хорошо слышимый над морем взрыв. Над броненосцем мгновенно вырос громадный, раза в два превышающий его высоту столб черно-бурого дыма и пламени, который совершенно окутал корабль. Затем раздался другой взрыв под мостиком и более сильный. Из сердцевины "Петропавловска" вылетела масса огня с желто-зеленым и бурым дымом. Силой взрыва были сорваны носовая башня, фок-мачта, мостик, трубы, часть кожуха. Мачта всей тяжестостью обрушилась на развороченный мостик, где находился вице-адмирал Макаров. Один из сигнальщиков - Бочков пытался спасти командующего, лежащего ничком в крови на мостике. Но корабль шел на дно и матроса смыло.
Эскадренный броненосец после второго взрыва резко накренился на правый борт, затем его корма приподнялась, обнажив работающий в воздухе винт, который крошил падающих в воду людей. Когда купол дыма и пламени несколько поднялся вверх
и развеялся, корпус броненосного корабля наполовину своей длины уже был под водой и высоко поднятая, вся объятая пламенем корма быстро уходила в воду, усеянную плавающими обломками и тонущими людьми.
Вся эта трагедия произошла на глазах порт-артурской эскадры и артиллеристов крепостных береговых батарей в течение всего двух минут. Когда некоторое время спустя водолазы обследуют погибший эскадренный броненосец, то они увидят, что мощный взрыв разорвал "Петропавловск" на две части.
Кроме командующего флотом Тихого океана на флагманском броненосце погибли начальник штаба флота контр-адмирал
М.П. Молас, 27 офицеров и 630 матросов, а также знаменитый русский художник-баталист Василий Верещагин. Спасти удалось лишь немногих - 73 матроса, 5 младших офицеров, контуженного командира "Петропавловска" капитана 1-го ранга В. Яковлева и великого князя Кирилла Владимировича, представлявшего династию Романовых на театре русско-японской войны.
По заключению морского технического комитета броненосец коснулся мины (или минной банки - по другим предположениям). После ее взрыва под носовыми минными аппаратами и погребами "Петропавловска" произошли взрывы от детонации пироксилина в судовых минах (в носовой части броненосца хранилось до 50 мин заграждения) и 12-дюймовых снарядов, воспламенение и взрыв пороховых и патронных погребов и взрыв цилиндрических котлов. Спустя некоторое время возле того самого места, где погиб "Петропавловск", водолазы обнаружили "минный букет" - целую связку японских мин.
Гибель выдающегося русского флотоводца потрясла Россию и вызвала широкий отклик за рубежом. Вице-адмирал С.О. Макаров командовал флотом Тихого океана всего 36 дней, но и за это короткое время сумел сделать очень многое для обороны Порт-Артура, оставив глубокий след в сердцах защитников русской крепости. С гибелью командующего Тхоокеанский флот Российской империи остался без действительно боевого руководителя до самого окончания русско-японской войны. Макаров оказался единственным флотоводцем, который был способен изменить ход войны на море в пользу России.
Как в России, так и за границей, в том числе и в Японии, порт-артурской трагедии 13 апреля было уделено большое внимание. Причем и в печати, и в официальных военных кругах почти единогласно признавалось, что главной потерей для России была гибель вице-адмирала С.О. Макарова, а не сильнейшего в составе Тихоокеанской эскадры эскадренного броненосца "Петропавловск". Так, английская газета "Таймс" писала:
