Среди населения ересь была очень распространена и инквизиторы находили себе широкое поле действия и помимо этих тысяч добровольно кающихся. Всякий кающийся должен был назвать всех, кого он видел исполнявшим еретические обряды, или о ком он знал, что он подвергся еретикации на смертном одре. Благодаря этому представлялась возможность вызывать на суд тех, кто не являлся добровольно, а покойников вырывали из могил и кости их сжигали.
Но все же боялись еще возможности отпора, и собор в Безье в 1246 г. разрешает инквизиторам не посещать лично тех местностей, где им могла бы грозить опасность; а в 1247 г. Иннокентий разрешил инквизиторам вызывать к себе далеко живущих обвиняемых, чтобы во время пути не попасть в засаду.
Только за два года, 1245 и 1246, инквизиторы посетили шестьсот населенных мест, почти половину Лангедока, и провели внушительное число допросов: двести тридцать в Авиньонэ, сто в Фанжо, четыреста двадцать в Мас-С.-Пуэль. Было произведено приблизительно от восьми до десяти тысяч допросов. Тем не менее в 1245 г. епископы Лангедока жаловались на чрезмерную мягкость инквизиции, утверждали, что ересь постоянно растет, и требовали от инквизиторов более энергичной работы. В том же году Иннокентий IV повелел инквизиторам Лангедока производить суд только в случаях очевидной ереси и по преступлениям, влекущим легкое наказание; рассмотрение же дел серьезных, караемых тюрьмой, крестами, дальними паломничествами и конфискацией, должно быть приостановлено до издания правил открывающимся под его председательством собором в Лионе. Но в действительности эти правила были выработаны на соборе в Безье в 1246 г., который издал новый судебный кодекс для инквизиции.
Граф Раймунд в 1247 г. приказал своим служащим силой приводить на проповеди монахов жителей всех городов и деревень. В 1249 г. в Берлеже, близ Ажана, он приказал сжечь восемьдесят верующих, которые в его присутствии сознались в своих заблуждениях, превзойдя даже обычную жестокость инквизиторов.
Он даже жаловался в начале 1248 г. Иннокентию IV, что инквизиция якобы небрежно вела свое дело: живые и мертвые еретики оставались безнаказанными; из-за границы прибывали новые, так что страна, недавно совершенно очищенная от ереси, снова была заражена ею.
Умер граф Раймунд 27 сентября 1249 г. С ним кончалась история дома, который с эпохи Каролингов достойно занимал место в роду других известных домов. Пала последняя преграда, которая защищала народ Лангедока против захватчиков-французов. Скипетр Юга переходил в руки Альфонса де Пуатье, мужа наследницы Раймунда Жанны, жадного политика, ревность которого к католичеству основывалась на том, что преследования влекли за собой выгодные конфискации. Раймунд неохотно и только в крайних случаях прибегал к конфискациям; Альфонс искал их. Он дал крупную сумму на покрытие издержек инквизиции и на покупку дров для костров. Немного позднее он напоминал епископам, чтобы они оказывали более действенную помощь инквизиторам. Его политика в отношении инквизиции оставалась без перемены в течение всех двадцати лет его власти. В декабре 1268 г. он потребовал от инквизиторов немедленно очистить его владения от всякой ереси.
Участь Лангедока была решена. В будущем катаров ждали облава, как на зверя, тюрьма или костер. Однако еретическая церковь упорно сопротивлялась. Число ее единомышленников значительно поредело: многие бежали в Ломбардию, где после смерти Фридриха II, благодаря гражданским войнам и взаимной борьбе местных тиранов, они находили убежище от преследования инквизиции. Много осталось их в Лангедоке, проповедуя среди католиков и не имея определенного места жительства; шпионы инквизиции постоянно выслеживали их, но крестьяне выдавали их редко. Несмотря на систематическое и неумолимое двадцатилетнее преследование, число верующих катаров было еще очень велико. Их вера поддерживалась посещениями странствующих наставников и сношениями с Ломбардией. Около 1313 г. был осужден катарский проповедник, совершивший четыре раза апостольское путешествие в Ломбардию.
Ересь продолжала быть крупным социальным фактором, и инквизиция деятельно и успешно преследовала ее. Совершенствовалась организация инквизиции, которую тщательно пересмотрел в 1254 г. собор в Альби. Были учреждены постоянные судилища и точно определены границы инквизиторских областей. Для Прованса и земель к востоку от Роны центральным пунктом был сделан Марсель, эту область окончательно передали францисканцам. Остальные зараженные области были оставлены за доминиканцами, судилища которых находились в Тулузе, Каркассоне и Нарбонне. Одно время еретики искали убежища в Северной Франции. В 1255 г. Александр IV уполномочил особой буллой провинциала и инквизиторов Парижа преследовать беглецов даже в землях графа Тулузского. В эту эпоху должность инквизиторов неусыпно охранялась от вмешательства всяких других властей. Вначале инквизиция была подчинена контролю папских легатов, но впоследствии она сделалась независимой. Когда в 1257 г. епископ Авиньонский, легат Зон, пожелал в силу своего легатского полномочия взять на себя дело инквизиции, Александр IV предоставил ему действовать по своему усмотрению в пределах своей епархии, но запретил ему вмешиваться вне этих пределов в дела инквизиции. Людовик Святой и князья Альфонс де Пуатье и Карл Анжуйский предоставляли все силы государства в распоряжение инквизиции и принимали на себя ее расходы. Инквизиция сама была для себя законом.
Последнее открытое сопротивление произошло в 1255 г. После падения Монсегюра изгнанные и лишенные звания рыцари, как и еретики, старались найти где-либо в горах крепость, в которой они могли бы чувствовать себя в безопасности. Они овладели замком Керибус в Пиренеях. В начале весны 1255 г. это последнее их убежище было осаждено королевским сенешалем Каркассона. Крепость пала в конце августа, и изгнанникам остались только пещеры и леса. В этой дикой местности густые кустарники служили прекрасным убежищем, и была предпринята попытка вырубить все колючие кустарники, в которых скрывались изгнанники и еретики.
Инквизиция, достигшая тогда полного могущества, стала нападать на самых высокопоставленных лиц. Самым могущественным вассалом домов Тулузы и Арагона был граф де Фуа Рожер Бернар II Великий. Семейство его было совершенно еретическое. Когда в 1229 г. он покорился, то клятвенно обещал преследовать ересь в своих владениях; но, по-видимому, он не особенно энергично выполнял клятву. В 1237 г. он поручил своему сыну, в то время виконту де Кастельбо в Арагоне, учредить в его землях инквизицию, результатом чего были многочисленные осуждения еретиков. Сын последнего, Рожер IV, нанес окончательный удар восстанию 1242 г., отдавшись под сюзеренное покровительство короля и выступив против Раймунда, после того как войсками Людовика Святого были разбиты англичане и гасконцы. У него были некоторые недоразумениях инквизицией, но в 1248 г. Иннокентий IV в булле превозносит его преданность Церкви. В 1261 г. Рожер IV издал указ не допускать к какой-либо должности тех, кто был осужден на ношение крестов, кто был заподозрен в ереси или чей отец был осужден за что-либо подобное.
Но инквизиция не могла простить де Фуа патриотизма и былой веротерпимости. Кроме того, если бы можно было доказать ересь Рожера Бернара Великого, то арест его огромного наследства имел бы большое политическое значение и доставил бы хорошую поживу. В 1263 г., двадцать два года спустя после смерти Рожера Бернара Великого, был начат процесс против его памяти. Еще был жив верный слуга старого графа бальи Мазера Раймунд Бернар де Фласкан, постоянно бывший при своем господине во время его последней болезни. Брат Понс, инквизитор каркассонский, отправился в Мазер и пытался принудить старого бальи присягнуть, что умирающий граф подвергся еретикации. Пытки и допросы длились тридцать два дня, после чего Понс повез его в Каркассон. Перед этим путешествием бальи дали день покоя в монастыре в Больбоннэ. Он воспользовался этим и 26 ноября 1263 г. составил нотариальный акт, подписанный в качестве свидетелей двумя аббатами и многими монахами; в этом акте он описывает, как его пытали, и торжественно заявляет, что покойный граф умер добрым католиком. К этому он прибавил, что, если под жестокой пыткой он скажет несогласное с изложенным в этом акте, его слова будут ложью, а сам он будет изменником веры.
Благодаря стойкости старого бальи, мужеству нотариуса и свидетелей добрая память старого графа осталась незапятнанной. Его сын, Рожер Бернар III, несмотря на папское расположение и на многочисленные доказательства своей приверженности католической церкви, постоянно был преследуем инквизиторами; они не раз во главе вооруженных отрядов приходили опустошать его земли под предлогом розыска еретиков и в своей свите приводили его личных врагов, так что его области были почти совершенно разорены. Вследствие этого он отдавал себя и свои владения под защиту Св. Престола. В феврале 1285 г. он умер. В 1292 г. против его памяти поднял дело каркассонский инквизитор; но оно не дало результатов; в 1297 г. инквизиция выдала сыну обвиненного, Рожеру Бернару IV, удостоверение в том, что обвинение было ложно. В течение следующих двадцати лет действий инквизиции в Лангедоке еретики встречались все реже и реже, но оставался еще неисчерпаемый список покойников. Вырытие их тел из могил производило на толпу сильное впечатление, а конфискации, сопровождавшие это, радостно приветствовались набожными князьями и широко содействовали переходу в другие руки земельной собственности, что было очень важно в политическом отношении.
