Часть казачьей элиты не сразу смирилась с процессом ликвидации институтов автономии. В конце марта 1767 года представители нежинского и батуринского шляхетства избрали в законодательную комиссию по составлению нового Уложения Российской империи не ставленника царского двора Л. Солецкого, а сторонника номинального вассалитета Гетманщины Г. Долинского. В докладной записке в Санкт-Петербург они настаивали на возобновлении гетманского правления. Последовала судебная расправа и приговор: 33 ослушников императорской воли расстрелять, 18 — сослать на каторгу в Сибирь. Но Екатерина И, часто руководствовавшаяся во внутренних делах принципом «лучше добрый мир, чем худая ссора», помиловала всех осужденных. В своем дневнике она писала в эти дни, что малороссы демонстрировали сокровенную ненависть к русским, которые привыкли относиться к ним с неприкрытым презрением.
Однако подавляющее большинство левобережной старшины видело решение проблем в возврате к «доброй старине», к возобновлению мнимых идеалов Зборовского и Гадячского договоров, хотя и под патронажем России. Основными требованиями для них оставалась выборность правителя, контрактный характер власти, сеймовое представительство и самоуправление, равенство статуса всех привилегированных социальных групп. Но для режима унитарной имперской России с ее корпоративными правами отдельных слоев элиты подобная структура напоминала враждебную по духу республиканскую польско-литовскую.
Противоречие разрешилось во второй половине XVIII века, когда старшина осознала, что только российские власти в состоянии помочь ей закрепить крестьянство и казачество в безраздельном подчинении, и непосредственная материальная выгода такой перспективы победила автономистские мечты. Лишь эпизодом осталось упорное стремление идеолога автономистов — старшины Дубенского полка Г. Полетики сохранить прежний статус Гетманата. Эти его требования представлены в виде пяти меморандумов Законодательной комиссии по составлению Уложения (1767–1774). Одновременно Г. Полетика защищал, как и другие представители известных фамилий — В. Капнист, З. Забелла, Г. Божич, А. Кондратьев, Н. Куликовский и другие, систему сословного феодализма.
Общественный климат в Украине не улучшала не- прекращающаяся вражда мещан городов и казачьих верхов. Она послужила основной причиной того, что города первыми начали искать действенной имперской протекции, а затем легко русифицировались. И все же специфический «малороссийский патриотизм» почти незаметно готовил почву для революционизирования национального сознания местной элиты в последующую эпоху.
В августе 1775 года вступил в силу царский «Манифест об уничтожении Запорожской Сечи и причислении оной к Новороссийской губернии». Государственный совет России распорядился еще в апреле — мае уничтожить сечевиков как «домашних злодеев». Поводом для ликвидации Запорожья послужили нападения казаков на расположенные вдоль русской укрепленной линии населенные пункты, где проживали приглашенные царскими властями сербы, болгары, немцы, румыны (молдаване), греки, а также украинцы и русские.
Еще в 1751 году Петербург решил поселить на контролируемых Запорожской Сечью землях сербов, и уже осенью первая группа переселенцев во главе с полковниками И. С. Хорватом, фон Куртичем и Ж. Г. Шевичем прибыла в Киев. Инициатива их приглашения исходила от гадяцкого полковника М. Милорадовича, генерала П. Текели и других сербов, находившихся на русской службе. Поселившись в 1752–1756 годах между реками Бахмут и Луганка, они создали здесь районы Новой Сербии и Славяносербии. Запорожцы же считали, что сербы заняли принадлежавшие Сечи территории, опись которых, впрочем, началась только с июня 1756 года. Между поселенцами и казаками вспыхивали нескончаемые ссоры, в которых обе стороны допускали неправомерные действия. Жалобы казаков на притеснения со стороны сербов Петербург игнорировал. Тогда 21 апреля 1763 года общеказачья рада приняла решение: выселить сербов силой. К этому времени в Новой Сербии из всего состава населения сербы составляли лишь 11,5 процента (в Славяносербии— 38), зато 75,3 процента— молдаване. Запорожцы нападали на жилища новых колонистов, жгли их дома, забирали рабочий скот и лошадей, но дворы молдаван и украинцев обходили.
После завоевания Крымского полуострова Россией в район днепровских порогов, а затем на земли Кальмиусской паланки российские власти начали поселять депортированных из Крыма греков, чьи предки находились там с VIII столетия до нашей эры, армян, молдаван. Кроме того, после утраты Турцией своего вилайета на Южном берегу Крыма в июле 1774 года землям Украины уже не грозила опасность со стороны ханства. Значит, Запорожская Сечь как бастион против набегов татар становилась ненужной. Ее ликвидация облегчалась тем, что с 1766 года запорожское общество переживало социальный кризис, нарастала борьба «голоты» против «дуки» (багатеев). Кошевой Сечи П. Калнышевский дважды спасался бегством от восставшей запорожской бедноты, и оба раза мятежи подавляли русские войска под командованием П. Румянцева и П. Панина. В отместку кошевой атаман в 1766 году засек руководителей бунта до смерти, а в 1770-м выслал на каторгу в Сибирь.
Наступление на Запорожье шло методично: Г. Потемкин (в 1772-м он записался в запорожцы под именем Григория Нечёсы) предложил не уплачивать запорожцам жалованья за 1775 год. Затем русские войска окружили Сечь, и 4 июня 1775 года 20 тысяч солдат и офицеров готовились к штурму. Но по настоянию архимандрита Владимира Сокольского 3 тысячи казаков сдались. Царские власти конфисковали запорожскую казну (400 тысяч рублей), клейноды, 20 пушек, архив, а донские казаки разрубили в сечевой церкви иконостас, украшенный золотом и серебром. Кошевой атаман П. Калнышевский, войсковой писарь И. Глоба, судья П. Головатый были арестованы, их имущество, стада крупного рогатого скота и лошадей реквизированы. Запорожье не могло выжить в составе унифицированной структуры империи. Ведь его наследие характеризовалось традиционными способами хозяйствования, нетипичными для всей России, неподконтрольным правительству населением, проживавшим распыленно в 5767 зимовниках. Санкт-Петербург беспокоило и то, что запорожцы постоянно изгоняли из юга Украины приглашенных царицей на жительство сербов, болгар, армян, греков и других мигрантов.
Не сумев установить контроль над зимовниками, с 1780 года правительство уничтожает большинство зимовников, переселяя их жителей к слободам и городам. К середине 80-х годов XVIII столетия зимовники, которые еще оставались, превратили в слободские хутора. Но из-за недостатка земель, с расширением круговой поруки слободские громады стремятся ликвидировать хутора. Это им удалось, и юг Украины во многом стал напоминать «Дикое поле». Но затем правительство вынуждено было затрачивать огромные средства, чтобы заселить этот край и колонизовать.
Более 7 тысяч запорожцев ушли в Добруджду и создали там Задунайскую Сечь, существовавшую под турецким контролем более полувека. Из оставшихся на территории Причерноморья казаков в 1788 году сформировали Войско верных казаков, позднее переименованное в Черноморское, численностью 12500 человек. Казачья весельная флотилия уже 7 июня 1788 года нанесла ощутимый урон турецкому флоту, а 18 июля объединенные русско-украинские части выбили войска султана из Очаковского лимана.
Хотя 5 мая 1779 года Екатерина II объявила амнистию запорожцам, даже пригласила их вернуться в империю, они почти не откликнулись на ее призыв. Наоборот, под властью султана их количество выросло до 20 тысяч, а часть казаков (до 8 тысяч) переселилась во владения Австрии — в Банат — впрочем, ненадолго.
Турецкие власти заставляли казаков воевать с восставшими южными славянами, греками, молдаванами, что тяготило задунайцев. Поэтому в мае 1828 года атаман И. Гладкий повел в Россию около тысячи казаков и членов их семей. Часть оставшихся была репрессирована турками. Ныне потомки казаков Задунайской Сечи живут в Северной Добрудже (Румыния).
После ликвидации Запорожской Сечи имперские структуры могли не опасаться бегства крестьян на прилегающую к ней территорию. 3 (13) мая 1783 года Екатерина II издала указ о полном запрете перехода крестьян с места на место, распространив его на Левобережье и Слобожанщину. По всей территории российской Украины (кроме Новороссийского края) крепостное право в полном объеме было введено к 1786 году. Все население теперь уплачивало налоги: мещане по 70 копеек, монастырские и государственные крестьяне — 1 рубль в год, а казаки — 1 руб. 20 коп. В результате этой замены натуральных налогов денежными только с Левобережья стали собирать средств втрое больше, чем до 1783 года.
Закрепощение вызвало стихийное сопротивление масс: бунтовали казаки Донецкого и Днепровского полков, в 1789 году произошло хрестоматийно известное восстание в Турбаях. Его возглавили братья Рогачки и Помазан. Крестьяне убили местного помещика и в течение четырех лет жили, руководствуясь казачьим правом. По приказу царицы восстание подавили, село сожгли, а местность, где оно находилось, распахали. Гораздо меньше известно выступление крестьян села Морозовка под руководством С. Довгопьята. Путем бескровной борьбы с помещиками, при поддержке П. Румянцева они добились, что в марте 1785 года суд признал незаконность действий помещиков и перевел крестьян из разряда помещичьих в государственные, чего они и добивались.
