Смертью храбрых погибли на своих командных пунктах и боевых постах командир корабля капитан 2 ранга П.К. Иванов, старший помощник капитан 3 ранга В.С. Чуфистов и еще 324 человека. Линейный корабль «Марат» как боевая единица перестал существовать.
Борьба за живучесть корабля продолжалась в течение двух часов, после чего, когда окончательно разрядились аккумуляторы аварийного освещения, была дана команда «покинуть корабль». Расчеты 76,2-мм зенитных установок, расположенных на крыше четвертой башни, так и не покинули корабль, продолжая отражать очередные атаки самолетов противника. В этот день зенитчики линкора выпустили рекордное для него за всю войну количество боеприпасов: 1002 76-мм и 528 37-мм снарядов и 6584 12,7-мм патронов.
К вечеру того же дня, когда организовали подачу электроэнергии с берега, часть экипажа вернулась на корабль и возобновила борьбу за живучесть. К сожалению, предпринятые меры не увенчались успехом, и к утру 24 сентября «Марат», приняв около 10 000 т воды, окончательно лег на грунт, при этом уровень воды во внутренних помещениях достиг примерно половины высоты пространства между средней и нижней палубами, т. е. не затопленными остались преимущественно жилые помещения.
Несмотря на то что «Марат» перестал существовать как линейный корабль, было очень заманчиво использовать то, что от него осталось (три башни главного калибра) в качестве мощной плавучей батареи. К концу октября 1941 года кормовую часть «Марата» частично осушили и отремонтировали, а башни главного калибра № 3 и № 4 ввели в строй. 31 октября корабль открыл огонь 305-мм снарядами по позициям противника на южном побережье Финского залива. 120-мм орудия сняли с корабля и отправили на сухопутный фронт. К концу 1942 года ввели в строй и вторую башню главного калибра, таким образом, вооружение «Марата» состояло из трех 305-мм башен и восьми зенитных орудий. Последний раз корабль открывал огонь 17 января 1944 г.
Одной из целей пикировщиков был крейсер «Киров», стоявший в Средней гавани. Но атаковавший корабль Ju-87 с 1000-кг бомбой был сбит зенитчиками крейсера. 100-мм орудия «Кирова» выпустили 693 дистанционные гранаты — свыше 115 на орудие, 45-мм пушки — 827 и 37-мм автоматы — 370 снарядов. В этот день, в 14.30, корабль все-таки получил два прямых попадания 250-кг бомб. Одна бомба попала в палубу полубака правого борта и взорвалась при прохождении через каюты начсостава. Вторая, пробив верхнюю палубу, упала на нижнюю броневую палубу и не взорвалась. Погибли 3 моряка, 12 — ранены. Возник пожар, но его удалось быстро ликвидировать. После отбоя тревоги в одной из кают была обнаружена неразорвавшаяся авиабомба, матросы открыли иллюминатор и выбросили ее за борт.
Шесть Ju-87 в 11.15 одновременно атаковали лидер «Минск», маневрировавший малым ходом. В корабль, только накануне завершивший ремонт, попали три бомбы. Через пробоины корабль начал заполняться водой. «Минск» потерял ход, накренился на 8° на левый борт и стал медленно дрейфовать в направлении Ленинградского маяка. Около 13 часов корабль сел кормой на мелководье вблизи берега. Водоотливных средств оказалось недостаточно, к тому же все котлы были выведены из рабочего состояния. Подошедшие буксиры сняли лидер с мели и через час ввели его в Военную гавань к Южной стенке. Здесь продолжились попытки откачать воду. В 21.30 последовал новый налет пикирующих бомбардировщиков, и вновь 250-кг бомба разорвалась в 40 м от поврежденного «Минска». При подводном взрыве была разрушена наружная обшивка борта, в ней образовались новые пробоины. Корабль залило образовавшейся от взрыва волной. Лидер начал погружаться и, оборвав заведенные концы, затонул на глубине 8 м.
В линкор «Октябрьская Революция» попали две бомбы, но корабль серьезных повреждений не получил.
В доке рядом с «Грозящим» опять разорвалась бомба, осколки которой пробили топливную цистерну, в которой находилось 200 т мазута. Вытекшее топливо загорелось, и вскоре пожар охватил всю кормовую часть корабля. Чтобы потушить пожар, командир эсминца принял решение заполнить осушенный док водой. Вода сбила огонь, после чего док вновь осушили. Были попадания в Морской завод, ночью от полученных повреждений затонула подводная лодка М-74.
После этого налета командование флота решило усилить ПВО Кронштадта. 24 августа на аэродром Бычье поле перелетел 71-й истребительный полк, в воздухе над Кронштадтом теперь постоянно патрулировали 9 истребителей. 26-го на Котлин из Ораниенбаума прибыл 6-й полк зенитной артиллерии.
Поэтому атаковавшие 26 августа с западного направления 12 «юнкерсов» были встречены таким плотным огнем, что, поспешно сбросив бомбы, ушли.
Последний массированный налет немецкие самолеты нанесли 27 сентября. В нем участвовали 42 самолета, которые зашли, как и 23-го, с юга. В результате попадания 500-кг бомбы была выведена из строя 2-я башня линкора «Октябрьская Революция», а от разрывов бомб у борта были затоплены 8 бортовых отсеков.
Именно в этот день, 27 сентября, германское командование отказалось от штурма Ленинграда. Ставка делалась на блокаду города. Пикировщики Ju-87 были переброшены из-под Ленинграда.
За эти дни флот лишился линкора «Марат», лидера «Минск», эсминца «Стерегущий», сторожевого корабля «Вихрь», канонерской лодки «Пионер», подводной лодки М-74. Линкор «Октябрьская Революция», крейсер «Киров», три эсминца, минный заградитель и еще ряд кораблей получили повреждения. Из трагических событий сентября 1941 г. командование сделало соответствующие конструктивные выводы. За все оставшиеся годы блокады Ленинграда на Неве и в Кронштадте ничего подобного советская ПВО противнику уже не позволила, хотя скученно стоявшие без движения корабли представляли собой идеальные мишени.
Что касается потопленных кораблей, напомним, что «Марат» уже с осени 1941 г. использовался как плавучая батарея, «Минск» и «Стерегущий» были подняты, восстановлены и вступили в строй.
Задача уничтожить корабли Балтийского флота с воздуха оказалась непосильной для немецкой авиации.
Одновременно с ударами авиации по нашим кораблям фашистское командование сосредоточило в устье Финского залива эскадру крупных кораблей. Гитлера преследовала навязчивая идея (выраженная уже в директиве № 21). Она состояла в том, что крупные советские корабли попытаются пробиться в шведские порты, чтобы там интернироваться. Фюрер приказал не допустить этого любыми средствами. В соответствии с данным приказом 20 сентября, когда немецкая армия достигла уже предместьев Ленинграда, был сформирован «Балтийский флот». К Аландским островам пришли под командованием вице-адмирала Цилиакса линейный корабль «Тирпиц», тяжелый крейсер (карманный линкор) «Адмирал Шеер», легкие крейсера «Кельн», «Нюрнберг» с эсминцами Z-25, Z-26, Z-27, 2-й флотилией миноносцев (в составе 5 единиц) и 3-й флотилией ТКА. Южная группа — легкие крейсера «Эмден», «Лейпциг» и торпедные катера — передислоцировалась в Либаву.
Это был единственный случай, когда немцы вывели в Балтийское море свои крупные надводные корабли в таком количестве, намереваясь использовать их против советского флота.
Несколько дней спустя выяснилось, что советские линкоры и крейсера стоят в Ленинграде и Кронштадте, ведут огонь по немецким войскам и никуда прорываться не собираются. После этого «Балтийский флот» был расформирован. «Тирпиц», «Адмирал Шеер», два эсминца и пять торпедных катеров вернулись в Германию.
25 сентября командующий Группой армий «Север» генерал-фельдмаршал фон Лееб отдал приказ о прекращении наступательных действий. 27 сентября фронт под Ленинградом стабилизировался.
Немцы и финны просматривали рейды и гавани Кронштадта с обоих берегов, держать там крупные корабли было крайне опасно. Военный совет КБФ принял решение перевести корабли, в первую очередь поврежденные, в Ленинград, а в Кронштадте держать часть сил, обеспечивающих боевую деятельность.
В ночь с 23 на 24 сентября крейсер «Киров» перешел в Ленинград и встал к правому берегу Невы у 19-й линии Васильевского острова. 30 сентября в Ленинград ушли эсминцы «Гордый» (на Балтийский завод для ремонта) и «Сильный», 1 октября — «Суровый», а затем и отряд заграждения. 3 октября был отбуксирован в Ленинград к Балтийскому заводу «Грозящий».
Стоянка в блокированном городе не лучшим образом действовала на экипажи кораблей. В приказе комфлота № 05 от 18 октября по результатам проверки кораблей отмечалось, что на ряде кораблей личный состав находится в грязном обмундировании, не брит и не стрижен, помещения не убираются, окурки по всему кораблю, боевая подготовка не проводится. Этим же приказом поручалось сформировать и обучить строевые подразделения из расчета: линкор «Октябрьская Революция» и крейсера — по батальону, «Марат» — две роты, лидеры и эсминцы — по одной роте.
23 октября ушел в Ленинград линкор «Октябрьская Революция». До 22 октября корабль, находясь в Кронштадтской гавани, провел 110 стрельб, выпустив 880 снарядов главного калибра. По целям в районе Нового Петергофа были выпущены 133 120-мм снарядов. По оценкам армейского командования, линкор уничтожил несколько батарей (в том числе три — тяжелых орудий), бронетанковых и автомобильных колонн, много живой силы.
