С 3 ноября в связи с образованием ледового покрова в Невской губе были сняты корабельные дозоры. Корабли могли ходить только Морским каналом по пристрелянному противником фарватеру. С 20 ноября суда могли ходить только за ледоколами. Из-за нехватки ледоколов суда и корабли, участвовавшие в перевозках, объединялись в отряды. Перевозки происходили под интенсивным артобстрелом тяжелой артиллерии противника, ему удалось потопить буксирный пароход «Ульянов» и две баржи, затертые льдом в открытой части канала. 20 декабря прошел последний конвой.
В перевозках частей 8-й армии принимали участие 4 десантные баржи, 3 сетевых заградителя, 32 транспорта и вспомогательных судна. До 20 декабря корабли совершили 181 рейс и перевезли 38 000 человек, более 6000 лошадей, 1600 машин, 309 орудий и минометов, 1500 т различных грузов.
Одновременно происходили встречные перевозки для создания на Ораниенбаумском плацдарме Приморской оперативной группы войск. Всего было перевезено 14 615 человек, 107 лошадей, 151 автомашина, 44 танка, 23 орудия, 3721 т боеприпасов, 690 т горючего, около 5000 т продовольствия и другие грузы.
20 октября началась Синявинская операция по деблокаде Ленинграда. В ней принимали участие войска 54-й (в ее составе сражалась 6-я бригада морской пехоты) и 55-й армий и Невской оперативной группы. Для усиления Невской оперативной группы на плацдарм в районе Невской Дубровки предстояло перебросить вывезенные из Ораниенбаума дивизии 8-й армии. Для этого флот выделил отряд моряков и перебросил в район переправы катера, шлюпки и другие переправочные средства. Первая группа моряков прибыла к месту переправы 23 октября. Переправа происходила под непрерывным огнем противника. За период работы у Невской Дубровки отрядом моряков был переправлено около 17 000 человек, 361 орудие, 24 танка, 76 т боеприпасов, около 54 т продовольствия.
Артиллерийская поддержка войск Невской оперативной группы возлагалась на Отряд кораблей р. Невы, усиленный эсминцами «Сметливый», «Суровый», «Гордый» (пришли в район Усть-Ижоры 14 октября), Укрепленный сектор р. Невы и железнодорожные батареи. Перед морской артиллерией были поставлены следующие задачи: подавление узлов сопротивления противника, обстрел дорог с целью не допустить подхода вражеских резервов.
Наступлению предшествовала артиллерийская подготовка, во время которой корабли и батареи выпустили по врагу 1163 снаряда. Всего с 20 по 25 октября корабли и батареи выпустили по врагу более 2000 снарядов среднего и крупного калибра. Одновременно самолеты ВВС КБФ наносили бомбо-штурмовые удары по вражеским войскам.
Наступление наших войск встретило организованную систему огня противника, который перебросил свежие войска в район Синявина, и к 29 октября наступление наших войск остановилось.
12 ноября началось контрнаступление советских войск под Тихвином. Одновременно начали наступление на Усть-Тосно войска правого фланга 55-й армии. Артиллерийскую поддержку наступавшим частям 55-й армии оказывали Отряд кораблей р. Невы и батареи Укрепленного сектора р. Невы — всего 50 орудий.
27 октября Военный совет КБФ принял решение об эвакуации островов Бьёркского архипелага, Гогланда, Соммерса, Б.Тютерса. 1 ноября части ВУС (свыше 6300 человек и техника) были перевезены в Кронштадт. Эвакуацию прикрывали канонерские лодки «Москва», «Волга» и «Кама». 2 ноября Выборгский укрепленный сектор был расформирован в связи с его эвакуацией.
Гогландский укрепленный сектор был расформирован 6 ноября, в связи с его эвакуацией в Кронштадт. До 6 декабря на Гогланде был оставлен небольшой гарнизон для прикрытия эвакуации Ханко. 31 декабря 1941 г. острова Гогланд и Б.Тютерс были вновь заняты частями КБФ и на них созданы гарнизоны. В октябре — декабре КБФ провел эвакуацию гарнизонов Ханко и острова Осмуссар.
К концу октября 1941 г. основные корабельные силы и органы управления флотом сосредоточились в Ленинграде. Кронштадт в связи с этим из главной военно-морской базы 30 октября был преобразован в военно-морскую крепость, комендант — генерал-лейтенант А.Б. Елисеев. В самом городе начали устанавливать артиллерийские орудия, снимая их с подводных лодок, тральщиков и вспомогательных кораблей. Были сформированы три новых артиллерийских дивизиона, которые должны были защищать крепость с юго-востока.
С наступлением зимы в условиях ледостава противник мог попытаться захватить Кронштадт, наступая по льду с Карельского перешейка и с Петергофско-Стрельнинского направления, или обойти по льду левый фланг 23-й армии, державшей фронт на Карельском перешейке.
В ноябре 1941 г. разрабатывается план круговой зимней обороны военно-морской крепости Кронштадт. К 29 ноября для усиления обороны Кронштадта было установлено еще 10 батарей с орудиями калибра 130–152 мм. В ИУС также были созданы два новых дивизиона.
Подступы к крепости прикрывала система артиллерийского и минометного огня. Оборона крепости была круговой. Ее осуществляли батареи отдельных артдивизионов, установленных на островах и фортах. В случае наступления противника по льду залива могли вести огонь из Кронштадта более 100 орудий крупного и среднего калибра, с Ораниенбаумского плацдарма — 75. В систему артиллерийского огня крепости были включены также линкор «Марат», канлодки «Волга» и «Кама».
Наземных войск, кроме одного артиллерийско-пулеметного батальона, в Кронштадте не было. Поэтому основу обороны составляли огневые средства — пушки и пулеметы. Но их не хватало, и командование флота решило на период ледостава снять с катеров и вспомогательных судов 45-мм пушки и крупнокалиберные пулеметы.
Для их размещения на Морском заводе было создано 14 специальных плавучих огневых точек. На заводе были изготовлены также 40 металлических саней для перевозки 45-мм пушек и 45 саней для пулеметов М-1. Из личного состава кораблей ОВРа были сформированы взводы, роты, батальоны как резерв для контрудара при непосредственной угрозе прорыва противника. Для усиления обороны было установлено 15 км проволочных заграждений, 89 дотов и дзотов.
Между морскими фортами были выставлены минные поля из противопехотных и противотанковых мин, а также 45-мм пушки, оборудованы ледяные окопы. С наступлением темноты и до рассвета на лед выходили дозоры и боевое охранение.
Враг так и не решился вывести войска на лед, чтобы попытаться захватить остров Котлин и форты или нанести фланговый удар по Ораниенбаумскому плацдарму.
В связи с замерзанием Финского залива создалась непосредственная угроза вторжения противника в Ленинград со стороны Стрельны и Урицка по льду. Директивой командующего КБФ перед Ленинградской ВМБ были поставлены задачи: во взаимодействии с 42-й армией прикрыть подступы к Ленинграду со стороны Финского залива системой артиллерийского огня в сочетании с инженерными сооружениями; прикрыть фарватер лыжными дозорами; обеспечить морские перевозки.
Ленинградская ВМБ сформировала 8 батарей 45-мм орудий на санях, дивизион буеров (18 ед.), четыре стрелковые роты. В декабре был сформирован 1-й особый лыжный полк моряков.
К обороне Ленинграда со стороны залива были привлечены крейсера «Максим Горький» и «Киров», эсминец «Опытный», канонерская лодка «Красное Знамя», а также орудия НИМАПа и 9 железнодорожных батарей. На западной окраине Ленинграда занимали позиции три дивизиона зенитной артиллерии (48 85-мм орудий), переправленных с Котлина. Перед ними была поставлена задача — уничтожать танки и живую силу противника при наступлении с южного побережья Финского залива.
Готовились к зиме и корабли. Ввиду отсутствия мазута и в целях сохранения материальной части кораблей, ВС КБФ 28 ноября постановил прекратить нефтяное отопление большинства кораблей с 1 декабря и перевести их на отопление углем. На всех кораблях, переводимых на уголь, оставался НЗ мазута. На нефтяном отоплении были оставлены следующие корабли, которым установлен суточный расход топлива: линкор «Октябрьская Революция» — 10 т/с, крейсер «Киров» — 8 т/с, эсминцы «Строгий», «Стройный», «Сильный», «Страшный», канлодка «Красное Знамя» — по 2 т/с — всего 28 т/с. Для сохранения тепла в помещениях палубы кораблей были покрыты толстым слоем шлака, над люками и у дверей надстроек построены тамбуры. В целях маскировки борта и надстройки кораблей красили белилами.
Приказом от 18 декабря устанавливалась оперативная готовность кораблей на зимний период 1941/42 г. от 6 до 12 суток. Корабли должны были иметь в готовности к немедленному открытию огня: линкор «Октябрьская Революция» — 2 башни, крейсера — по одной, лидер «Ленинград» — 2 орудия. Зенитное вооружение всех кораблей должно быть в готовности к немедленному действию. Несмотря на все трудности, корабли почти ежедневно открывали огонь по батареям противника. Например, последнюю стрельбу в 1941 г. артиллеристы крейсера «Максим Горький» выполнили 27 декабря.
