Окончательное закрепощение крестьян и лишение их даже малейших прав перед дворянским сословием породило в середине XVIII века серию народных восстаний. Самым крупным из них было восстание под руководством Емельяна Пугачева, начавшееся в сентябре 1773 года и закончившееся в январе 1775 года казнью предводителя. Основной силой восставших было яицкие казаки, к которым в ходе боевых действий присоединялось нерусское население (калмыки и башкиры), а также крестьянство. Крестьянская война разразилась во время русско-турецкой кампании, вследствие чего правительство было крайне раздражено. поскольку приходилось отвлекать значительные силы на погашение внутреннего пожара. В начале восстания Пугачев одерживал победу за победой, были взяты Казань, Саранск, Пенза, страна была на грани военно-политической катастрофы. Но на последнем эапе крестьянской войны снятые с турецкого фронта правительственные войска под командованием полковника Михельсона разбили восставших. Самого Пугачева схватили его же соратниками, пытавшиеся предательством сохранить себе жизнь. Ценой невероятных усилий самодержавие «казанской помещицы» было сохранено, но «пугачевский урок» не прошел даром. И, хотя запорожские казаки не участвовали в пугачевском восстании, страх перед повторением трагических для империи событий был настолько велик, что императрица приняла решение о разрушении Запорожской Сечи, как потенциального источника возмущения. Естественно, припомнились и жалобы на запорожцев со стороны сербов и поляков.
Этому решению предшествовала посылка официального историка Герарда Мюллера изучить историю Запорожья и доказать, что запорожцы никогда не имели прав на владение своими землями. Именно его изыскания стали научным обоснованием разрушения Сечи. Фаворит императрицы новороссийский генерал-губернатор граф Потемкин поручил это деяние генералу Петру Текелию (сербу по национальности) и князю Прозоровскому. Генерал Текелий должен был окружить Сечь, а князь Прозоровский с большим войском – занять паланки казаков. В это время в большая часть казаков находилась на хозяйственных работах вне Сечи, в самойСечи было не более 10 тысяч сечевиков. В жарком июле, на Троицу к Сечи подошло более 8 полков конницы, 17 эскадронов пикинеров, 10 пехотных полков, 20 эскадронов гусар и 13 полков донских казаков, –всего более 40 тысяч. Князь Прозоровский занял паланки, а генерал Текелий пригласил на встречу последнего кошевого атамана Петра Калнишевского. Атаман созвал последнюю раду, на которой голоса разделились, но Калнишевский и сечевой архимандрит склонил казаков покориться силе. Казацкая старшина отправилась с хлебом-солью к Текелию, надеясь заслужить себе милость от правительства. После этого были вывезены боеприпасы, войсковой скарб, клейноды и знаки отличия. Сдавшаяся старшина была принята генералом, но после арестована и отправлена в Петербург. Позднее Петр Калнишевский был сослан в Соловецкий монастырь, где провел более 25 лет и умер в 1803 году, будучи уже свободным после помилования Александром I. Других отправили в различные монастыри и крепости, в которых они провели остаток жизни. В самой Сечи все паланки и курени, в которых проживали запорожцы были разрушены, войсковые деньги, зимовники, все хозяйство было передано в казну. Запорожские земли были разделены: часть из них забрал сам Потемкин, более 100 тысяч десятин было подарено князю Прозоровскому, множество земли было роздано другим российским вельможам. Остальные земли были взяты в казну, а после розданы немецким колонистам, приехавшим по приглашению императрицы Екатерины.
Еще в 1775 году шляхетство ряда полков обратилось к Румянцеву с просьбами уравнять украинские чины с российскими военными и гражданскими чинами, передать принадлежащие им имения в их полную собственность и запретить переходы крестьян от одного помещика к другому. Однако, ответ на эти просьбы поступил только в 1783 году, когда императрица издала Указ, в соответствии с которым закрепяла всех крестьян в том месте, в котором они находились на тот момент. За жителями малороссийских городов (в отличие от сельских жителей) закреплялось законом право на владение движимым и недвижимым имуществом. А в мае 1785 года был применен метод, известный в современном политическом жаргоне под названием «задушить в объятиях». Украинская старшина получила права российского дворянства в соответствии с действующими нормами «Грамоты на права, вольности и привилегии благородного российского дворянства». Эти права освобождали украинскую шляхту от обязательной государственной службы, предоставляли возможность создавать губернские и уездные собрания с целью корпоративного самоуправления. Кроме того, шляхта получала право непосредственного обращения (петиции) к престолу. Таким образом императрица удовлетворила просьбу украинской шляхты и фактически приравняла ее к российскому дворянству. Украинские истории с осуждением пишут, что »…украинская шляхта добилась этого ценой ликвидации автономной Гетманщины и всех остатков самобытного устройства Украинского казацкого государства, основанного Богданом Хмельницким».
К 1795 году политическая карта Европы значительно изменилась. В 1783 году Крым был присоединен к России, польско-литовское государство перестало существовать. Большая часть бывшей Речи Посполитой (62% территорий и 45% населения) вошла в состав России, оставшаяся часть была поделена между Австрией и Пруссией. Правобережная Украина отошла к Российской империи, Галичина и Буковина вошли в состав Австрии. Длительный спор между соперничавшими соседями был закончен. Больше не было ни Гетманщины, ни Запорожья, ни Слобожанщины. Вместо них появились девять российских губерний, расположенные в трех крупных регионах: Черниговская, Полтавская и Харьковская, Киевская, Волынская и Подольская, Екатеринославская, Херсонская и Таврическая. Отныне история Украины становилась частью Российской истории. С начала XIX века до 1917 года можно только отслеживать движения, направленные на возрождение украинской культуры.
Секуляризация церковной жизни.
Перед российскими государями давно уже обозначилась задача «огосударствления» церковной жизни, не только с целью контроля идеологического влияния на подданных, но из чисто экономических интересов. Решая эту задачу, Петр I ликвидировал патриаршество и учредил Синод, ведавший экономическими делами церкви, которая в то время обладала огромными территориями земель и монастырскими крестьянами. Екатерина I сочла необходимым расчленить Синод, выделив специальный департамент, которому вменялась обязанность «быть суду и расправе, також смотрению сборов и экономии». Через год этот департамент был переподчинен Сенату. Сбор налогов, как это повелось в России, сопровождался ростом недоимок. Выколачивание жесточайшими мерами недоимок за счет монастырских крестьян приводило к стихийным бунтам, угрожавшим дворянскому государству. И тогда, Петр III решил провести радикальную реформу по управлению сбором налогов с церкви. Вместо «духовных персон» он назначил в церковные вотчины офицеров. Но это также не принесло желаемых результатов, вызвав только очередной всплеск возмущения крестьян. Этим воспользовалась пришедшая к власти Екатерина II и объявила указ бывшего мужа необдуманным. Но через год тон императрицы резко изменился. Она обращалась к церковным иерархам с иной речью: «…Как вы можете, как дерзаете, не нарушая должности звания своего и не терзаясь в совести, обладать бесчисленными богатствами, имея беспредельные владения, которые делают вас в могуществе, равными царям? Вы прсвященны, вы не можете не видеть, что все сии имения похищены у государства. Если вы повинуетесь законам, если вы вернейшие мои подданные, то не умедлите возвратить государству все то, чем вы несправедливым образом обладаете». После этой речи был выпущен царский манифест о секуляризации (огосударствлении) церковного имущества, была учреждена коллегия экономии, подчиненная Сенату, которая приняла от Синода в свое ведение все церковные вотчины. В результате этой церковной «перестройки» государство получило огромный ежегодный доход, более половины которого, оставалось у государства. Кроме того, в собственность государства перешло около миллиона бывших монастырских крестьян, получивших название «экономических».
На Левобережной Украине к секуляризации церкви приступили спустя двадцать два года после аналогичной акции в Великороссии. Задержку в реформе Екатерина Вторая объясняла «отсутствием надежной ревизии, точных правил для сбора доходов с монастырских земель». Кроме того, для ее проведения требовался надежный киевский митрополит, который бы не возражал против нововведений. И, когда в 1783 году умер митрополит Гавриил Кременецкий, на эту должность Екатерина назначила своего ставленника Самуила Мыславского. Подготовку и проведение секуляризации в Левобережной Украине осуществлял приближенный императрицы князь Григорий Потемкин. Реформе предшествовал ряд мероприятий. В частности, ликвидация полкового устройства, создание Киевского, Черниговского и Новгород-Северского наместничеств, проведение подушной переписи, реорганизация местного административного аппарата и суда. Началу реформ содействовал и наступивший финансовый кризис, обусловленный необходимостью увеличения доходов казны для приближающейся русско-турецкой кампании.