В 1569 году дошел черед и до того, за приверженность к которому уже многие погибли, дошел черед до двоюродного брата царского, князя Владимира Андреевича. Мы упоминали о клятвенной записи, насильно взятой с Владимира в 1553 году; в следующем, 1554 году, после рождения другого царевича, Ивана, государь взял с двоюродного брата другую запись: держать этого Ивана вместо царя в случае смерти последнего. До какой степени уже Иоанн не доверял брату после своей болезни, доказывает следующее обещание Владимира: "Жить мне в Москве на своем дворе; а держать мне у себя на дворе своих людей всяких... (число людей стерто), а больше того мне людей у себя на дворе не держать, а всех своих служилых людей держать в своей отчине". Иоанн определил поведение Владимира и в том случае, если начнутся междоусобия между молодым царем и родным его братом; Владимир обязывается: "Если который брат родной станет недругом сыну твоему, царевичу Ивану, и отступит от него, то мне с этим его братом в дружбе не быть и не ссылаться с ним; а пошлет меня сын твой, царевич Иван, на этого своего брата, то мне на него идти и делать над ним всякое дело без хитрости, по приказу сына твоего, царевича Ивана. Князей служебных с вотчинами, бояр, дьяков, детей боярских и всяких людей сына твоего мне никак к себе не принимать. Которые бояре, дьяки ваши и всякие люди нагрубили мне чем-нибудь при тебе, царе Иване, и мне за те их грубости не мстить им никому. Без бояр сына твоего, которые написаны в твоей духовной грамоте, мне никакого дела не делать и, не сказавши сыну твоему и его матери, мне никакого дела не решать. Если мать моя, княгиня Евфросинья, станет получать меня против сына твоего, царевича Ивана, или против его матери, то мне матеря своей не слушать, а пересказать ее речи сыну твоему, царевичу Ивану, и его матери вправду, без хитрости. Если узнаю, что мать моя, не говоря мне, сама станет умышлять какое-нибудь зло над сыном твоим, царевичем Иваном, над его матерью, над его боярами и дьяками, которые в твоей духовной грамоте написаны, то мне объявить об этом сыну твоему и его матери вправду, без хитрости; не утаить мне этого никак, по крестному целованию. А возьмет бог и сына твоего, царевича Ивана, и других детей твоих не останется, то мне твой приказ весь исправить твоей царице, великой княгине Анастасии, по твоей духовной грамоте и по моему крестному целованию". В следующем месяце того же года взята была со Владимира третья запись с некоторыми против прежней дополнениями; удельный князь обязался не держать у себя на московском дворе более 108 человек. В 1563 году, говорит летопись, государь положил гнев свой на княгиню Евфросинию и на сына ее: прислал к царю в слободу служивший у князя Владимира Андреевича дьяк Савлук Иванов бумагу, в которой писал многие государские дела, что княгиня Евфросинья и сын ее многие не правды к царю чинят и для того держат его, Савлука, в оковах в тюрьме; царь велел Савлука к себе прислать, по его словам многие сыски были, неисправления их сысканы, и пред митрополитом и владыками царь княгине Евфросинье и сыну ее не правды их известил. После этого Евфросинья постриглась; у Владимира были переменены все бояре и слуги; мы видели, что и отец Иоанна употребил то же средство в отношении к одному из братьев своих. В 1566 году царь переменил брату удел: вместо Старицы и Вереи дал ему Дмитров и Звенигород. По одному иностранному известию, в 1568 году князь Владимир Андреевич замышлял поддаться Сигизмунду-Августу; в генваре 1569 он погиб.
Страшный огонь жег внутренность Иоанна, и для этого огня не было недостатка в пище: летом 1569 года явился к царю какой-то Петр, родом волынец, и донес, что новгородцы хотят предаться польскому королю, что у них уже написана и грамота об этом и положена в Софийском соборе за образом богоматери. Иоанн отправил в Новгород вместе с волынцем доверенного человека, который действительно отыскал грамоту за образом и привез к государю; подписи - архиепископа Пимена и других лучших граждан - оказались верными; говорят, что этот Петр, бродяга, наказанный новгородцами из желания отомстить им, сам сочинил грамоту и необыкновенно искусно подписался под руку архиепископа и других граждан. Иоанн решился разгромить Новгород. В декабре 1569 года он двинулся туда из Александровской слободы и начал разгром с границ тверских владений, с Клина; по всей дороге, от Клина до Новгорода, производились опустошения, особенно много пострадала Тверь. 2 генваря 1570 года явился в Новгород передовой отряд царской дружины, которому велено было устроить крепкие заставы вокруг всего города, чтоб ни один человек не убежал; бояре и дети боярские из того же передового полка бросились на подгородные монастыри, запечатали монастырские казны; игуменов и монахов, числом более 500, взяли в Новгород и поставили на правеж до государева приезда; другие дети боярские собрали ото всех новгородских церквей священников и дьяконов и отдали их на соблюдение приставам, по десяти человек каждому приставу; их держали в железных оковах и каждый день с утра до вечера били на правеже, правили по 20 рублей; подцерковные и домовные палаты у всех приходских церквей и кладовые именитых людей были перепечатаны; гостей, приказных и торговых людей перехватали и отдали приставам, дома, имущества их были опечатаны, жен и детей держали под стражею. в числа приехал сам царь с сыном Иваном, со всем двором и с 1500 стрельцами, стал на торговой стороне, на Городище. На другой день вышло первое повеление: игуменов и монахов, которые стояли на правеже, бить на лками до смерти н трупы развозить по монастырям для погребения. На третий день, в воскресенье, Иоанн отправился в кремль к св. Софии к обедне; на Волховском мосту встретил его, по обычаю, владыка Пимен и хотел осенить крестом; но царь ко кресту не пошел и сказал архиепископу: "Ты, злочестивый, держишь в руке не крест животворящий, а оружие и этим оружием хочешь уязвить наше сердце: с своими единомышленниками, здешними горожанами, хочешь нашу отчину, этот великий богоспасаемый Новгород, предать иноплеменникам, литовскому королю Сигизмунду-Августу; с этих пор ты не пастырь и не учитель, но волк, хищник, губитель, изменник, нашей царской багрянице и венцу досадитель". Проговоривши это, царь велел Пимену идти с крестами в Софийский собор и служить обедню, у которой был сам со всеми своими, после обедни пошел к архиепископу в Столовую палату обедать, сел за стол, начал есть и вдруг дал знак своим князьям и боярам, по обычаю, страшным криком; по этому знаку начали грабить казну архиепископа и весь его двор, бояр и слуг его перехватали, самого владыку, ограбив, отдали под стражу, давали ему на корм ежедневно по две деньги. Дворецкий Лев Солтыков и духовник протопоп Евстафий с боярами пошли в Софийский собор, забрали там ризницу и все церковные вещи, то же было сделано по всем церквам и монастырям. Между тем Иоанн с сыном отправился из архиепископского дома к себе на Городище, где начался суд: к нему приводили новгородцев, содержавшихся под стражею, и пытали, жгли их какою-то "составною мудростию огненною", которую летописец называет поджаром; обвиненных привязывали к саням, волокли к Волховскому мосту и оттуда бросали в реку; жен и детей их бросали туда же с высокого места, связавши им руки и ноги, младенцев, привязавши к матерям; чтоб никто не мог спастись, дети боярские и стрельцы ездили на маленьких лодках по Волхову с рогатинами, копьями, баграми, топорами и, кто всплывает наверх, того прихватывали баграми, кололи рогатинами и копьями и погружали в глубину; так делалось каждый день в продолжение пяти недель. По окончании суда и расправы Иоанн начал ездить около Новгорода по монастырям и там приказывал грабить кельи, служебные домы, жечь в житницах и на скирдах хлеб, бить скот; приехавши из монастырей, велел по всему Новгороду, по торговым рядам и улицам товары грабить, анбары, лавки рассекать и до основания рассыпать; потом начал ездить по посадам, велел грабить все домы, всех жителей без исключения, мужчин и женщин, дворы и хоромы ломать, окна и ворота высекать; в то же время вооруженные толпы отправлены были во все четыре стороны, в пятины, по станам и волостям, верст за 200 и за 250, с приказанием везде пустошить и грабить. Весь этот разгром продолжался шесть недель. Наконец 13 февраля утром государь велел выбрать из каждой улицы по лучшему человеку и поставить перед собою. Они стали перед ним с трепетом, изможденные, унылые, как мертвецы, но царь взглянул на них милостивым и кротким оком и сказал: "Жители Великого Новгорода, оставшиеся в живых! Молите господа бога, пречистую его матерь и всех святых о нашем благочестивом царском державстве, о детях моих благоверных, царевичах Иване и Федоре, о всем нашем христолюбивом воинстве, чтобы господь бог даровал нам победу и одоление на всех видимых и невидимых врагов, а судит бог общему изменнику моему и вашему, владыке Пимену, его злым советникам и единомышленникам: вся эта кровь взыщется на них, изменниках; вы об этом теперь не скорбите, живите в Новгороде благодарно, я вам вместо себя оставлю правителем боярина своего и воеводу, князя Петра Даниловича Пронского". В тот же день Иоанн выехал из Новгорода по дороге в Псков; владыку Пимена, священников и дьяконов, которые не откупились от правежа, и опальных новгородцев, которых дело еще не было решено, отослали с приставами в Александровскую слободу. Какое впечатление произвел на новгородцев погром, всего лучше видно из следующего известия: 25 мая 1571 года в церкви св. Параскевы на торговой стороне у обедни было много народа; когда после службы стали звонить в колокола, вдруг на всех напал таинственный ужас, все побежали в разные стороны, мужчины, женщины, дети, толкали друг друга, не зная, куда бегут, купцы пометали лавки, отдавали товары собственными руками первому попавшемуся. Точно такое же известие о пополохе встречаем в летописях под 1239 годом, после Батыева погрома.
