Из Новгорода Иоанн направил путь ко Пскову; псковичи боялись участи новгородцев; по распоряжению воеводы, князя Токмакова, они встретили Иоанна каждый перед своим домом с женами и детьми, держа в руках хлеб и соль; завидев царя, все падали на колена. Иоанн недолго прожил во Пскове, велел грабить имение у граждан, кроме церковного причта взял также казну монастырскую и церковную, иконы, кресты, пелены, сосуды, книги, колокола. Но дело не кончилось Новгородом и Псковом: по возвращении царя в Москву началось следствие о сношениях новгородского архиепископа Пимена и новгородских приказных людей с боярами - Алексеем Басмановым и сыном его Федором, с казначеем Фуниковым, печатником Висковатовым, Семеном Яковлевым, с дьяком Васильем Степановым, с Андреем Васильевым, с князем Афанасием Вяземским; сношения происходили о том, чтоб сдать Новгород и Псков литовскому королю, царя Иоанна извести, на государство посадить князя Владимира Андреевича. Это сыскное изменное дело до нас не дошло, а потому историк не имеет права произнести свое суждение о событии. Известны следствия: казнены были князь Петр Оболенский-Серебряный, Висковатый, Фуников, Очин-Плещеев, Иван Воронцов, сын известного нам Федора, и многие другие, 180 человек прощено; всего удивительнее встретить между осужденными имена главных любимцев Иоанновых Басмановых и Вяземского; Вяземский умер от пыток, Алексей Басманов, как говорят, был убит сыном Федором по приказанию Иоанна. Владыка Пимен Новгородский сослан был в Венев.
Известно нам и состояние души Иоанна, образ его мыслей после рассказанных событий; к 1572 году относится единственное дошедшее до нас духовное завещание его. В этой духовной царь высказывает убеждение, что он и семейство его непрочны на московском престоле, что он изгнанник, ведущий борьбу с своими врагами, что этой борьбе не видать близкого конца, и потому Иоанн дает наставление сыновьям, как им жить до окончания борьбы. Завещание начинается исповедью Иоанна, в которой замечательны следующие слова: "Тело изнемогло, болезнует дух, струпы душевные и телесные умножились, и нет врача, который бы меня исцелил; ждал я, кто бы со мною поскорбел, - и нет никого, утешающих я не сыскал, воздали мне злом за добро, ненавистию за любовь". Наставление детям начинается словами Христа: "Се заповедаю вам, да любите друг друга... Сами живите в любви и военному делу сколько возможно навыкайте. Как людей держать и жаловать, и от них беречься, и во всем уметь их к себе присвоивать, вы бы и этому навыкли же: людей, которые вам прямо служат, жалуйте и любите, от всех берегите, чтоб им притеснения ни от кого не было, тогда они прямее служат; а которые лихи, и вы б на тех опалы клали не скоро, по рассуждению, не яростию. Всякому делу навыкайте, божественному, священному, иноческому, ратному, судейскому, московскому пребыванию и житейскому всякому обиходу, как которые чины ведутся здесь и в иных государствах, и здешнее государство с иными государствами что имеет, то бы вы сами знали. Также и во всяких обиходах, как кто живет, и как кому пригоже быть, и в какой мере кто держится - всему этому выучитесь; так вам люди и не будут указывать, вы станете людям указывать; а если сами чего не знаете, то вы не сами станете своими государствами владеть, а люди. А что по множеству беззаконий моих распростерся божий гнев, изгнан я от бояр, ради их самовольства, от своего достояния и скитаюсь по странам, и вам моими грехами многие беды нанесены: то бога ради не изнемогайте в скорбях... Пока вас бог не помилует, не освободит от бед, до тех пор вы ни в чем не разделяйтесь: и люди бы у вас заодно служили, и земля была бы заодно, и казна у обоих одна - так вам будет прибыльнее. А ты, Иван сын, береги сына Федора и своего брата, как себя, чтобы ему ни в каком обиходе нужды не было, всем был бы доволен, чтоб ему на тебя не в досаду, что не дашь ему ни удела, ни казны. А ты, Федор сын, у Ивана сына, а своего брата старшего, пока устроитесь, удела и казны не проси, живи в своем обиходе, смекаясь, как бы Ивану сыну тебя без убытка можно было прокормить, оба живите заодно и во всем устраивайте, как бы прибыточнее. Ты бы, сын Иван, моего сына Федора, а своего брата младшего держал и берег, и любил, и жаловал, и добра ему хотел во всем, как самому себе, и на его лихо ни с кем бы не ссылался, везде был бы с ним один человек, и в худе и в добре; а если в чем перед тобою провинится, то ты бы его понаказал и пожаловал, а до конца б его не раззорял; а ссоркам бы отнюдь не верил, потому что Каин Авеля убил, а сам не наследовал же. А даст бог, будешь ты на государстве и брат твой Федор на уделе, то ты удела его под ним не подыскивай, на его лихо ни с кем не ссылайся; а где по рубежам сошлась твоя земля с его землею, ты его береги и накрепко смотри правды, а напрасно его не задирай и людским вракам не потакай, потому что если кто и множество земли и богатства приобретет, но трилокотного гроба не может избежать, и тогда все останется. А ты, сын мой Федор, держи сына моего Ивана в мое место, отца своего, и слушай его во всем, как меня, и покорен будь ему во всем и добра желай ему, как мне, родителю своему, ни в чем ему не прекословь, во всем живи из его слова, как теперь живешь из моего. Если, даст бог, будет он на государстве, а ты на уделе, то ты государства его под ним не подыскивай, на его лихо не ссылайся ни с кем, везде будь с ним один человек и в лихе, и в добре: а пока, по грехам, Иван сын государства не достигнет, а ты удела своего, то ты с сыном Иваном вместе будь, за один, с его изменниками и лиходеями никак не ссылайся, если станут прельщать тебя славою, богатством, честию, станут давать тебе города, или право какое будут тебе уступать мимо сына Ивана, или станут на государство звать, то ты отнюдь их не слушай, из Ивановой воли не выходи, как Иван сын тебе велит, так и будь и ничем не прельщайся; а где Иван сын пошлет тебя на свою службу или людей твоих велит тебе на свою службу послать, то ты на его службу ходи и людей своих посылай, как сын мой Иван велит; а где порубежная Иванова земля сошлась с твоею землею, и ты береги накрепко, смотри правды, а напрасно не задирайся и людским вракам не потакай, потому что если кто и множество богатства и земли приобретет, но трилокотного гроба не может избежать... И ты б, сын Федор, сыну моему Ивану, а твоему брату старшему во всем покорен был и добра ему хотел, как мне и себе; и во всем в воле его будь до крови и до смерти, ни в чем ему не прекословь; если даже Иван сын на тебя и разгневается или обидит как-нибудь, то и тут старшему брату не прекословь, рати не поднимай и сам собою не обороняйся; бей ему челом, чтоб тебя пожаловал, гнев сложить изволил и жаловал тебя во всем по моему приказу; а в чем будет твоя вина, и ты ему добей челом, как ему любо; послушает твоего челобитья - хорошо, а не послушает - и ты сам собою не обороняйся же".
В этом наказе наше внимание останавливается, во-первых, на желании царя, чтоб дети его не разделялись до тех пор, пока старший из них, Иван, не сломит всех крамол и не утвердится на престоле: ибо в противном случае удельный князь будет самым верным орудием в руках недовольных. Во-вторых, в своем завещании Иоанн не довольствуется уже, подобно предшественникам, одним неопределенным приказом младшему сыну держать старшего вместо отца; он определяет, в чем должно состоять это сыновнее повиновение: младший должен быть в воле старшего до крови и до смерти, ни в чем не прекословить, а в случае обиды от старшего не сметь поднимать против него оружие, не сметь обороняться; этим приказом Иоанн уничтожает законность междоусобий в царском семействе, ставит младшего брата в совершенно подданнические отношения к старшему; теперь уже младшие братья не могут сказать старшему, подобно древним Ольговичам: "Ты нам брат старший; но если не дашь, то мы сами будем искать". Этим приказом Иоанн дорушивает родовые отношения между князьями.
Что Иоанн не был уверен в счастливом для своего семейства окончании борьбы, свидетельствуют следующие слова завещания: "Нас, родителей своих и прародителей, нетолько что в государствующем граде Москве или где будете в другом месте, но если даже в гонении и в изгнании будете, в божественных литургиях, панихидах и литиях, в милостынях к нищим и препитаниях, сколько возможно, не забывайте".
Иоанн благословляет старшего сына "царством Русским (достоинством), шапкою Мономаховою и всем чином царским, что прислал прародителю нашему царю и великому князю Владимиру Мономаху царь Константин Мономах из Царяграда; да сына же своего Ивана благословляю всеми шапками царскими и чином царским, что я примыслил, посохами и скатертью, а по-немецки центурь. Сына же своего Ивана благословляю своим царством Русским (областью), чем меня благословил отец мой, князь великий Василий, и что мне бог дал". Здесь встречаем важную отмену против распоряжения прежних государей: удельный Федор не получает никакой части в городе Москве. Ему в удел дано 14 городов, из которых главный Суздаль; но показывается, что удельный князь не должен думать ни о какой самостоятельности: "Удел сына моего Федора ему же (царю Иоанну) к великому государству". Наконец, относительно опричнины Иоанн говорит так сыновьям в завещании: "Что я учредил опричнину, то на воле детей моих, Ивана и Федора; как им прибыльнее, так пусть и делают, а образец им готов".
