Рим даже во время своей ссоры с отцами Базельского собора проявлял энергию в подавлении гуситизма и пренебрегал Compactata. Николай V совершенно не обращал внимания на договор, подписанный собором, и видел в утраквистах только простых еретиков. Тщетно чехи предлагали покорность, если только будут подтверждены Compactata, причем подразумевалось и признание папой Рокицаны пражским архиепископом. Но папство стояло твердо и скорее залило бы огнем и кровью весь христианский мир, чем признало, что Базельский собор имел право купить мир уступкой гуситам в вопросе о причастии. Кроме того, оставался еще вопрос о признании Рокицаны. Папские соглядатаи в своих донесениях в Рим изображали Рокицану как самого нечестивого и вероломного еретика: признать его означало бы нанести смертельный удар остаткам католичества в Чехии. И поэтому Рим никогда и не думал его утверждать.
Когда падение Мейнгарда из Розенберга сосредоточило всю власть в руках Юрия Подебрада, Николай V направил в Чехию инквизитора-миссионера, викарного генерала францисканцев-обсервантинов Джованни да Капистрано, инквизитора с 1417 г. В 1451 г. он уничтожал фратичелли; но по просьбе Николая прервал это кровавое дело, чтобы заняться обращением гуситов. Его инквизиторская власть была распространена на чешские области.
Несмотря на просьбу императора, Подебрад и Рокицана категорически запретили Капистрано посетить Прагу. Генерал с письмами императора к католическим вельможам и их главе Ульриху Мейнгарду из Розенберга отправился в июле в Моравию. Епископом в Ольмюце был католик, и Капистрано не встретил никаких препятствий при обращении еретиков-гуситов. Он начал действовать в Брюнне (Брно) 1 августа 1451 г. и к маю 1452 г. произвел более одиннадцати тысяч обращений. Однако он не имел права применять инквизиционные приемы. Когда обращения бывали добровольные, он воссоединял кающихся с Церковью, накладывая на них епитимьи, и оставлял за ними имущество и должности. В случае же упорства еретиков Капистрано приходилось ограничиваться только убеждением, не прибегая ни к тюрьме, ни к костру.
В начале миссии Капистрано Рокицана в дружеских выражениях упрекал инквизитора, что он осуждает как ересь причастие под двумя видами, разрешенное чехам Базельским собором. Но генерал требовал «взятия назад чаши» и признания главенства папы. Капистрано, сделав таким образом невозможными дружеские переговоры с утраквистами, тем не менее в 1452 г. потребовал от Подебрада помощи и покровительства, которые должны были оказываться папскому уполномоченному и инквизитору.
В 1452 г. чехи обратились с жалобами к сейму немецких князей. Они указывали на свою покорность Св. Престолу и на то, что условия Compactata, запрещающие считать еретиками причащающихся под двумя видами, нарушены монахом Капистрано, именующим себя папским уполномоченным и инквизитором, который объезжает чешские земли, объявляя всех утраквистов еретиками. Со своей стороны Капистрано в письме к папе осуждал предложения примирения, сделанные кардиналом-легатом, и сообщал, что надеется на успех переговоров с немецкими князьями о новом крестовом походе против гуситов. Легат Николай Куза в июне 1452 г. обратился к чехам с энцикликой. В ней он ясно говорил им, что всякий, кто не с Церковью, тот против нее; что следует забыть Compactata, так как это соглашение якобы не привело к единению, и требовал только полного и простого повиновения Св. Престолу. Чтобы вызвать еще большее возмущение, он с удивительным цинизмом ручался им, что Церковь настолько добрая мать, что не может позволять своим детям то, что вредно для них.
Конец 1452 г. Капистрано посвятил объезду Германии с целью поднять крестовый поход против чехов. Но его старания остались безуспешными вследствие взятия Константинополя турками в мае 1453 г. и всеобщей паники, вызванной этим.
Из Бреславля Капистрано летом 1453 г. отправился в Польшу и в Кракове заключил в тюрьму медика-магистра, на которого пало подозрение, что он был доверенным Рокицаны. Из Польши он снова послал Подебраду просьбу о выдаче ему охранного листа для проезда в Прагу; ему отказали, сославшись на прежний отказ и указав, что король Владислав не желает нарушать спокойствие в своем королевстве. 15 мая 1454 г. Капистрано покинул Краков и отправился в Бреславль и Ольмюц, откуда он надеялся проникнуть в Чехию. В письме от 13 июня король Владислав просил ольмюцского епископа заставить молчать Капистрано, который, в резких выражениях обличая чехов, приносил больше вреда, чем пользы.
С лета 1454 г. до лета 1455 г. по просьбе Энея Сильвия Пикколомини деятельность Капистрано была поглощена борьбой против турок, и гуситы на время были оставлены в стороне.
Избранный 8 апреля 1455 г. новый папа Каликст III немедленно послал легатов проповедовать по всей Европе крестовый поход против турок. Венгры, особенно обеспокоенные грозящим вторжением Мухаммеда II, просили Капистрано поддержать их. С разрешения Каликста, подтвердившего все данные Николаем привилегии, Капистрано принялся за организацию крестового похода. Однако Капистрано не терял из виду ненавистных гуситов. Момент казался благоприятным для примирения ввиду угрозы турецкого вторжения, и чехи надеялись добиться не только утверждения Compactata, но и красной шапки для Рокицаны. Но Капистрано 24 марта 1456 г. писал из Будапешта Каликсту, убеждая его не идти на примирение с чехами. Воззвание инквизитора было услышано, и все предложения компромисса были отвергнуты Римом. Неожиданно пришла весть, что Мухаммед II осадил Белград. Регент Венгерского королевства, граф Трансильванский Ян Гуниади, при помощи некоторых немецких крестоносцев собрал венгерские силы; к нему же присоединился Капистрано в качестве духовного вождя крестового похода. В боях с 14 июля по 22 июля 1456 г. войско Гуниади и гарнизон Белграда полностью разбили армию Мухаммеда. Это поражение вместе с геройским сопротивлением, оказанным Скандербегом в Албании, остановило турецкое вторжение. Но 11 августа от эпидемии умер Ян Гуниади. Эта смерть помешала победителям воспользоваться должным образом своей победой.
Красноречие Капистрано вызвало у христианского войска лихорадочный приступ религиозного возбуждения; деятельность его была неутомима. Но 23 октября, когда был нанесен неверным последний удар, он умер. Друг и соперник Капистрано, Джакомо делла Марка, в 1457 г. занял его место. Ему были даны те же полномочия инквизитора и крестоносца. Турецкая опасность была еще настолько грозна, что Джакомо не мог тратить свое время на преследование и всецело посвятил себя организации войны против ислама; когда он вернулся в Италию, ему (францисканцу) пришлось защищаться от обвинения в ереси, выдвинутого против него доминиканцами. Его преемниками были его ученики. Хотя францисканцы в течение целого поколения работали над обращением утраквистов, однако успеха они не имели, так как не могли прибегать к обычным инквизиционным приемам.
Надежда привести Чехию к повиновению с каждым днем становилась все слабее. Во время гуситских войн нашлись могущественные бароны и города, готовые энергично поддерживать папу и императора. Во время междуцарствия сначала было смешанное управление, одинаково разделенное между католиками и утраквистами. При правлении Подебрада католические города были покорены один за другим, а в духовных вопросах всемогущим стал утраквист Рокицана. Правда, в учении и порядках двух Церквей разница была не велика, кроме вопроса об употреблении чаши; но независимость спасала от алчности римской курии. После избрания и коронования в 1458 г. Юрия Подебрада у Рима не осталось надежд на мирное возвращение чехов в лоно Церкви.
Однако вначале соглашение казалось возможным. Незадолго до своей смерти в конце 1457 г. Владислав предполагал послать в Рим посольство с целью добиться примирения, и Каликст III выразил желание видеть Рокицану, пользовавшегося в Риме широкой известностью. Подебрад короновался вполне по римскому обряду. В день своей коронации он присягнул повиноваться Каликсту и его преемникам, восстановить веру и преследовать еретиков. Папа признавал его королем Чехии. Он послал в Рим послов, обещавших, что вслед за ними придет Рокицана, который обеспечит подчинение Чехии. Когда несколько месяцев спустя Каликст умер и под именем Пия II папой стал Эней Сильвий, то появилась надежда на разумное соглашение: он участвовал в переговорах, приведших к Compactata. Новый папа был озабочен необходимостью объединения христианского мира против турок; все ожидали, что он сознает, насколько важно примирение с Чехией. Юрий отправил послов в Рим с новым изъявлением покорности и с просьбой об утверждении Compactata. Пий II, однако, объявил, что Юрий может быть признан королем Чехии, если уничтожит ересь; для этого папа обещал прислать ему легатов. Легаты прибыли. Не признавая Рокицану, Пий поручил управление архиепископией пражскому декану Венцеславу, католику и ярому врагу Рокицаны. Тотчас же произошло всеобщее восстание. Венцеслав добился признания своих прав, но власть осталась в руках Рокицаны. Юрий заключил в тюрьму прокуратора курии, посланного папой в качестве проповедника, и продержал его там три месяца. Пий категорически отказался признать королем Юрия: еретик не может носить корону, а верноподданническая присяга, принесенная его подданными, не имеет никакого значения. Единственным средством для Юрия получить права королевского достоинства было вернуться в лоно Церкви. В июне 1464 г. Пий II издал буллу, в которой вспоминались все обиды, нанесенные Церкви Чехией; объявлялось, что Compactata, как никогда не получавшие утверждения Св. Престола, не имеют никакого значения; он вызвал Юрия явиться в стовосьмидесятидневный срок на суд римской курии по обвинению его в ереси. Через два месяца Пий II умер, но его преемник Павел II (1464-1471) продолжал дело, пользуясь старыми инквизиционными средствами. В 1465 г. были назначены три кардинала судить Юрия как еретика-рецидивиста; в августе они вызнали его, как простого смертного, явиться в шестимесячный срок. Не выжидая окончания этого срока, папа в первых числах декабря издал буллу, освобождавшую всех подданных Юрия от их обязанностей в отношении него.
