Короче говоря, через несколько дней под контролем восставших оказался почти весь Лусон, кроме Манилы, а 12 июня Агинальдо, уже в качестве официального Диктатора Революции, провозгласил «окончательную независимость». На сей раз он ведет себе тоньше, чем когда-то: «во имя единства нации» отныне никаких фракций, вождь «левых» Аполинарио Мабини, тот самый, которому повезло уцелеть два года назад, приглашается на пост премьер-министра. Тем временем повстанцы расширяют освобожденные районы, расчищая их для высадки американских союзников. 13 августа янки без единого выстрела (филиппинцы сделали за них практически всю работу) вошли в Манилу; испанские войска капитулировали, а уже 15 сентября в городке Малолос при благожелательном участии представителей США проходит конгресс, выработавший конституцию II Филиппинской республики. Первым же шагом республиканского правительства становится официальная телеграмма правительству США с благодарностью за все сделанное, гарантией вечного союза и просьбой о признании. Ответа не последовало. Но американское командование разъяснило, что удивляться не следует: США ведут непростые переговоры о мире в Париже, куда филиппинская делегация (как, впрочем, и кубинская, и пуэрто-риканская) приглашены не были в связи с отсутствием у них юридического статуса. По этой же причине до подписания мира не следует ждать никаких официальных ответов из Вашингтона. Объяснение было убедительным и логичным. Филиппинцы продолжали ждать, развлекаясь шлифовкой статей Конституции, президент Агинальдо учреждал ордена и подписывал наградные списки, а янки дожимали испанцев в далеком Париже. И дожали. Согласно договору, подписанному 10 декабря 1898 года, Мадрид отказался от колоний как в Западном полушарии, так и в Тихом океане, признав Кубу и Пуэрто-Рико «свободными государствами», находящимися «под опекой» США. Что касается Филиппин, то в тексте документа фиксировалось лишь согласие Испании продать острова победителю за 20 миллионов долларов.
Для Агинальдо, уже отдавшего приказ готовить торжественную церемонию поднятия над бывшим губернаторским дворцом президентского штандарта, случившееся было шоком. Считать себя союзником, а оказаться собственностью, согласимся, совсем не просто. Освобождать дворец американское командование отказалось, более того, не впустило в Манилу части республиканской армии и начало подтягивать к столице подкрепления, занимая ключевые позиции вокруг города, а на все вопросы отвечая, что, дескать, мы люди военные, а как будет дальше, решать конгрессу США, так что, мистер Агинальдо, сохраняйте спокойствие и ждите ответа. Впрочем, попытка апелляции к соглашению с адмиралом Дьюи без ответа не осталась. Компетентные заокеанские инстанции разъяснили, что адмирал писал от себя лично, не имея никаких полномочий, а решение опять же остается за конгрессом. Так что опять-таки сидите тихо, в свое время все узнаете.
Обстановка накалялась. 4 февраля в окрестностях Манилы американским солдатом был убит назначенный Агинальдо губернатор провинции, причем ни ссылаться на «досадную случайность», ни приносить извинения янки даже не подумали, заявив, что туземец сам нарвался, поскольку не пожелал отвечать на вопрос патрульного, с какой стати он бродит вокруг лагеря. Разъяснение, что бедолага-чиновник попросту не знал английского языка, на вояк впечатления не произвело. Типа, ему же хуже, надо было учить человеческую речь. Впрочем, все это уже не имело никакого значения. В ночь на 5 февраля американские войска атаковали лагеря филиппинцев. Армия Агинальдо была разбита, но сумела отступить в северные горы, сохранив боеспособность. Началась лесная война, очень неудачная для янки. Обозленное непредвиденно большими потерями, американское командование начало проводить массированные карательные акции и ввело систему заложничества. В результате чего число только официально расстрелянных как «потенциально опасные» туземцев всего через год зашкалило за 200 тысяч. Это серьезно подорвало как боевой дух, так и мобилизационные возможности республиканцев, при том, что к оккупантам стабильно шли подкрепления и к исходу первого года боев численность экспедиционного корпуса увеличилась втрое (с 40 до 120 тысяч штыков).
Тем временем в руководстве республики все было очень не слава Богу. Агинальдо впал в депрессию. Ему было очень неуютно в лесу и, видимо, очень страшно. От руководства военными действиями он фактически устранился, зато крайне бдительно отслеживал малейшие угрозы своей власти, активно обсуждая с приближенными варианты «разумного выхода из положения». Все, кто считал необходимым продолжать войну, тем или иным образом устранялись: 7 мая 1899 года был снят с поста премьер-министра и взят под арест Мабини. 5 июля без суда и следствия расстрелян президентской охраной генерал Антонио Луна, главнокомандующий войсками республики, вызванный с фронта под предлогом совещания. С этого момента единое командование перестало действовать. Президент ушел в глубокое подполье, став недосягаемым для собственных командиров, а 23 марта 1901 года сдался выследившим его американцам (по некоторым, вполне достойным доверия сведениям, сам помог себя найти).
Далее все шло по уже отработанному с испанцами сценарию. 1 апреля 1901 года, всего лишь через 8 дней после пленения, Агинальдо принес в Маниле клятву на верность Соединенным Штатам, после зачтения официального текста, сугубо от себя, рассыпавшись в цветистых заверениях на предмет вечной преданности «освободителям от испанского ига». Три недели спустя он публично обратился к «братьям по борьбе», призывая их последовать своему примеру. После чего, получив «компенсацию» в размере 100 000 долларов, ушел из политики. Однако ни захват Агинальдо, ни его призывы не произвели на филиппинцев особого впечатления. Война продолжалась под руководством популярного генерала Мигеля Мальвара, сумевшего объединить часть регулярных войск и нанести американцам несколько локальных, но чувствительных ударов. Ужесточение репрессий особого успеха не приносило. Помогла серия случаев: в начале августа 1901-го в Маниле была убита неизвестными престарелая мать Мальвара. В конце сентября та же участь – также от рук неизвестных – постигла семью его дяди, в декабре случайно утонула приемная дочь, учившаяся в манильской иезуитской школе, а затем был арестован врач, время от времени ездивший в «мятежные» районы для оказания помощи тяжело больной жене генерала.
Короче говоря, в апреле 1902 года Мальвар сдался в плен вместе с тремя тысячами бойцов – последними батальонами филиппинской армии. К чести американцев, они повели себя благородно: генерала приняли с честью, попросив о сущей безделице – призвать к капитуляции еще сражающихся коллег, и как только это было сделано, сеньору Мальвар обеспечили наилучшим уходом, а всех сдавшихся отпустили. В качестве бонуса был даже предъявлен и повешен некий Самора, признавшийся в убийстве родни Мальвара «из личной ненависти».
Капитуляция Мальвара была концом республики, но не Сопротивления. Эстафетную палочку подхватил Макарио Сакай, молодой генерал, не слишком образованный выходец «из низов», ранее близкий к Бонифасио и стихийный демократ по убеждениям. Он неплохо дрался с испанцами и американцами, попал в плен, около двух лет отсидел в тюрьме, но в 1902-м, когда армия Мальвара капитулировала, был отпущен, после чего ушел в труднодоступные горные районы Кавите и опубликовал Акт о Сопротивлении, призвав филиппинцев к борьбе против оккупантов. Призыв был услышан. Очень скоро обширные районы Северного Лусона оказались вне американского контроля, а в середине 1904 года Сакай созвал Учредительную Ассамблею, принявшую Акт о провозглашении в освобожденных районах Тагалогской республики, правопреемницы Филиппинской республики, конституция которой легла в основу Конституции нового государства – правда, с рядом поправок в сторону либерализации. Президентом, естественно, стал Сакай, а вице-президентом – адвокат Франсиско Карреон, известный своими леволиберальными убеждениями, поклонник Прудона и Бернштейна. Оба, и полуграмотный президент, и его весьма начитанный заместитель, считали, как и Мабини, к которому Карреон был весьма близок, что бороться только за независимость мало, и активно пытались решить ключевой вопрос – вопрос о земле, которую начали понемногу изымать у помещиков и передавать крестьянам. Те, в свою очередь, отвечали Сакаю полной поддержкой, в связи с чем первые попытки янки ликвидировать «коммунистов» (именно так именовали сторонников Сакая в официальной переписке) завершились для них весьма неудачно. И вторые тоже.
Неудачи продолжались до тех пор, пока в конце 1905 года американское правительство не приняло к исполнению план некоего полковника Майерса, предложившего использовать в непокорных районах «эффективный опыт» британцев, подавлявших чуть раньше бурское сопротивление. Три провинции, Кавите, Батангас и Лагуна, были объявлены «Особой Зоной» – с сетью концлагерей, куда было загнано все взрослое мужское население. В ответ на каждую операцию Сакая расстреливались по 50—100 заключенных по жребию, а деревни, заподозренные в поддержке республиканцев, подверглись полной блокаде с лишением населения права работать в поле и собирать урожай (несколько позже эту тактику возьмет на вооружение будущий маршал Тухачевский, подавляя Тамбовское восстание). Всего за полгода число филиппинцев, погибших от голода, превысило 100 000 человек.