Несмотря на это, после подавления восстания Тёкёли имперская армия вела себя в словацких землях так, как если бы это были территории, покоренные силой оружия. Своего пика насилие достигло во время работы чрезвычайного суда, заседавшего под председательством генерала Антонио Караффы в 1687 г. в Прешове. Согласно вынесенному им вердикту 27 протестантов — все первые лица города — были казнены по обвинению в пособничестве восстанию. Эти казни вкупе с правовым произволом и конфискациями имущества (более 300 случаев) сломали хребет дворянского сопротивления в Венгрии, Сейм, созванный в октябре 1687 г., стал поворотным моментом в политическом развитии страны. Послы (так по традиции именовали депутатов сейма. — Прим. пер.), представлявшие дворянство, католическую церковь и королевские города, единодушно проголосовали за то, чтобы корона св. Стефана наследовалась по мужской линии Габсбургского дома. Отменялась конституционная норма, согласно которой дворянству разрешалось выступать с оружием в руках против короля в случае нарушения им дворянских свобод — так называемое «право сопротивления» (ius resistendi), зафиксированное в «Золотой булле» короля Андрея II в 1222 г. Взамен Леопольд I объявил о крупномасштабной амнистии и реституции конфискованной собственности. Возобновление действия религиозных законов, принятых на сейме 1681 г. в Шопроне, должно было сыграть свою роль в умиротворении страны.
Леопольду удалось усилить свою власть, но из-за сопротивления дворянства он был не в состоянии решить главную из стоявших перед ним задач — провести реформу налогообложения. В крестьянских массах и среди большей части горожан царило общее недовольство тяжким налоговым бременем, которое не стало легче и после победоносного завершения войны с османами. К тому же неполная религиозная свобода и новые ограничения на число протестантских храмов, введенные Лепольдом I в 1691 г., еще более радикально настроили словацких лютеран, которые и в конце XVII в составляли большинство населения. Брожение началось даже среди магнатов и дворян-католиков, недовольных усилением централизации государственного аппарата и уменьшением своего политического влияния. Заключение мирного договора с османами в Карловаце (иначе: Карловиче, совр. Сремски Карловцы в Югославии. — Прим. пер.) без участия представителей королевства Венгрия, стало новой причиной для широкого недовольства по всей стране. Не меньшее раздражение вызывала деятельность Комиссии по новообретенным землям (commissio neoaquistica), которая работала под руководством первых лиц империи и венских придворных бюрократов. В ней процветали коррупция и мошенничество при передаче собственности, заявления о реституции от дворян, чьи семьи были вынуждены покинуть свои владения в центральной Венгрии 150 лет назад, рассматривались крайне медленно и требовали немалых затрат.
Небольшая группа аристократов в северо-восточной Словакии и член мятежного семейства Ракоци — Ференц II Ракоци начали сколачивать оппозицию императору Леопольду. После того как в результате предательства в Вене стало известно о тайных сношениях Ракоци с французами, он и другие заговорщики были брошены в тюрьму, но в конце 1701 г. ему удалось бежать в Польшу. Оттуда он установил контакты с заговорщиками в северо-восточной Венгрии. В июле и августе 1703 г. повстанцы захватили большинство замков и городов в комитатах Земплин, Спиш, Гемер и Новоград, где были образованы новые куруцские отряды. Состав — а состояли они по большей части из вооруженных крестьян — и главный объект их атак — замки дворян и усадьбы помещиков, где хранились записи об их повинностях — придали мятежу характер народного восстания. Лишь постепенно дворяне влились в ряды повстанцев и превратили движение в восстание сословий. В конце сентября 1703 г. куруцские отряды Ракоци захватили среднесловацкие горнопромышленные города.
После поражения имперских сил в средней Словакии куруцы быстро продвинулись на юго-запад, к Дунаю и Мораве. В Вене опасались не только за судьбу Венгрского королевства, но за Австрийские земли и Моравию, в особенности потому, что из-за войны за испанское наследство невозможно было выставить против куруцев достаточное количество войск. К концу декабря 1703 г. куруцы, возглавляемые верховным главнокомандующим Миклошем Верчени, установили контроль над всеми словацкими землями, за исключением нескольких укрепленных городов и крепостей (Тренчин, Леопольдов, Комарно, Братислава). Обе воюющие стороны сконцентрировали войска вдоль р. Ваг. Победы имперских войск над французами и баварцами в битве при Гохштадте в августе 1704 г. уравняли силы на международной арене. Это вскоре сказалось на действиях имперских частей против восставшей Венгрии.
Изнурительная кампания проходила в первую очередь на территории западной Словакии, и экономический упадок страны, вызванный войной и введением обесцененных медных денег, питал всеобщее стремление к миру. Шанс заключить мирное соглашение представился после смерти Леопольда I в мае 1705 г., когда его сын и наследник Иосиф I предложил повстанцам великодушные условия мира, если те сложат оружие. Однако переговоры, которые велись в Трнаве с осени 1705 г. до лета 1706 г., показали, что Ракоци и Верчени не были готовы прекратить борьбу. Невыполненные обещания и неприемлемые условия завели переговоры в тупик. Несмотря на усилия посредников — английских и голландских эмиссаров в Вене — примирить повстанцев с императором, французская дипломатия торжествовала победу. Людовик XIV хотел быть уверен, что его главный враг в войне за испанское наследство, Иосиф I, будет отвлечен войной с венгерскими повстанцами. Он поддерживал Ференца II Ракоци, направляя ему ежемесячно по 16 тыс. флоринов, а в 1705 г. предоставил ему военных советников.
На бурные события в стране во время восстания Ракоци существенное влияние оказала работа сейма, созванного повстанцами в сентябре 1705 г. в Сечене. Ференц II Ракоци был избран князем-предводителем (caput et dux) конфедерации восставших венгерских сословий. По польскому образцу был избран сенат в составе 25 человек, в который вошли прелаты, магнаты и дворяне. В рядах мелкого, преимущественно лютеранского дворянства доминировали выходцы из словацких земель. Но попытка комитатского дворянства и городов под предводительством дворянина словацкого происхождения Яна Радванского создать нижнюю палату (палату представителей), встретила сопротивление со стороны высших сословий. Пропасть, разделявшая мелкое, главным образом лютеранское дворянство и магнатов-католиков, становилась все очевиднее. На следующий год по инициативе комитата Турьец оппозиция, состоявшая из дворян словацких комитатов, начала подготовку к заключению мира с Веной. Ракоци и другие вожди восстания столкнулись с этой фракцией на сессии в Оноде в июне 1707 г. Однако расправа с двумя лидерами внутрисословной оппозиции (К. Околичани и М. Раковский), выступавшими против предложения Ракоци о низложении Габсбургов, стало началом конца восстания. Ракоци и его сторонники лишались остатков поддержки в широких массах по мере того как террор и насилие возрастали на территориях, находившихся под их контролем.
В 1707 г. положение императора и его союзников в войне за австрийское наследство улучшилось. В 1708 г. военный совет в Вене сумел выделить главнокомандующему имперской армии в королевстве Венгрия генералу Зигберту Хейстеру несколько новых полков для подавления сопротивления куруцев. 3 августа 1708 г. произошло сражение при Тренчине, в котором Хейстер и Янош Палфи разбили численно превосходившую куруцскую армию, причем несколько командиров повстанцев вместе со своими отрядами перешли на сторону императора. В течение трех месяцев куруцы были вытеснены из западной и средней Словакии. Они лишились экономически важного региона горнопромышленных городов, в котором была сосредоточена значительная часть оружейной промышленности и который до последнего времени отчислял им немалую долю от добычи редких металлов. Однако эпидемия чумы, распространившаяся в сентябре 1707 г. по всей территории Словакии, отсрочила военную операцию имперских сил по окончательному подавлению восстания. На отсрочку операции повлияли также дипломатические контакты повстанцев с русским царем Петром I, который в 1709 г., после победы над шведским королем Карлом XII под Полтавой, вновь господствовал в Польше. Без того трудные переговоры осложнялись еще больше международной активностью Ракоци и Берчени. Тем не менее мирный договор был заключен 29 апреля 1711 г. в военном лагере близ Сатмара. Благодаря усилиям Яноша Палфи — главы делегации со стороны Габсбургов, — договор заложил основы продолжительного мира и дал повстанцам больше, чем те могли ожидать, принимая во внимание положение, в котором они находились: всеобщую амнистию, гарантии автономных прав Венгрии и Трансильвании, ограниченную, но зато четко зафиксированную в законах свободу вероисповедания.
