В воззвании к народу Морасан писал: «…теперь склонилась … под тяжестью собственных преступлений высокомерная голова аристократии, которая унижала свободного человека и готовила ему беспросветное будущее». В марте 1829 г. в г. Тегусигальпе появился первый печатный станок, стала выходить газета «Ла гасета дель Гобиерно» («Правительственная газета»). Стала чеканиться собственная монета. Начало развиваться горнорудное дело. Улучшилась работа школ, были открыты университеты в Сан — Сальвадоре и в Леоне (Никарагуа). В сентябре 1830 г. Национальный конгресс объявил Франсиско Морасана Президентом ФРЦА. Программа Морасана включала: союз американских народов, независимость Центральной Америки, развитие промышленности, народного образования, поддержка проекта межокеанского канала через Никарагуа, борьба против церковного клерикализма и монархизма. Морасан считал себя наследником Боливара в Центральной Америке. В 1831 г. были установлены дипломатические отношения с Мексикой, которая заявила о поддержке единства республик Центральной Америки. Реформа судебной системы основывалась на «кодексе Ливингстона» (американский сенатор, затем — государственный секретарь США, — предложивший ввести «суд присяжных», который, однако, в США был введен значительно позже). Специальным декретом 1832 г. была введена свобода вероисповедания, тем самым ликвидирована государственная монополия католической церкви.
В ноябре 1831 г. на Атлантическом побережье Гондураса были высажены вооруженные отряды «консерваторов», поддержанные Испанией (и Сальвадором). Одновременно на мексикано–гватемальской границе появился вооруженный отряд во главе с Арсе. Отряд был разбит войсками под командованием Николаса Рауля, Арсе бежал в Мексику. Сам Морасан подавил военный мятеж в Сан — Сальвадоре, а затем разгромил испанские отряды на Атлантическом побережье. В 1833 г. было подавлено восстание индейцев под руководством Анастасио Акино (бывший сержант армии Морасана) в Сальвадоре. Во главе Сальвадора стал Сан — Мартин — сторонник независимости. В феврале 1935 г. Морасан был переизбран на новый четырехлетний срок. Оппозиция гватемальской олигархии и бюрократии была поддержана католической церковью. Эпидемия холеры в 1836 г., народные выступления. В мае 1837 г. с восстания индейцев под руководством сержанта федеральной армии Рафаэля Карреры (23 года) началась партизанская война в Гватемале. 2 февраля 1838 г. отряды Карреры вступили в столицу Гватемалы. Либеральное правительство пало. 14 апреля войска Морасана вступили в Гватемалу, и мятежники были разгромлены. Но 31 мая 1838 г. Национальный конгресс в Сальвадоре объявил государства федеративной республики «свободными в установлении любой формы правления». Из состава федерации вышли Никарагуа, Гондурас, Коста — Рика. 1 февраля 1839 г. закончился срок президентства Морасана и Федерация прекратила свое существование. Морасан был назначен главнокомандующим сальвадорскими войсками для отражения никарагуано–гондурасской агрессии. Затем он был избран главой государства Сальвадор. В августе 1839 г. потерпела неудачу организованная им военная экспедиция в Гондурас. При вторжении в Гватемалу отряд Морасана потерпел поражение от войск Р. Карреры. Гватемала, Никарагуа, Гондурас создали против Морасана «Военный союз», который получил активную поддержку со стороны США. В апреле 1840 г. Морасан был отправлен в изгнание в Колумбию. В 1841 г. он выехал в Перу. В апреле 1842 г., прибыв Коста — Рику на арендованном им судне с вооружением, он возглавил армию и стал главой правительства. 15 сентября 1842 во время военного мятежа в г. Сан — Хосе он был расстрелян.
Гибель Морасана усилила консервативные и сепаратистские тенденции, феодально–клерикальную реакцию в Центральной Америке. В 1847 г. Гватемала была провозглашена республикой. Началось «мрачное тридцатилетие» диктатуры Рафаэля Карреры, который установил режим террора и жестокого подавления сопротивления. Он пользовался поддержкой со стороны земельной аристократии и торговой буржуазии. В страну вернулся и активизировался иезуитский орден, за что Каррера был награжден римским папой орденом св. Григория. Страной правили фактически три олигархической семьи. Гватемальские либералы Франсиско Баррунди и Педро Молина издавали газету «Республиканский альбом», через которую требовали от правительства соблюдения гражданских прав и свобод, приветствовали победу революции во Франции 1848 г. Газета была закрыта и её основатели арестованы. Летом 1848 г. вспыхнуло восстание под руководством полковника Хосе Долорес Нуфио. Национальная ассамблея приняло просьбу «генерала» Карреры об отставке и рекомендовало ему покинуть страну. Он выехал в Мексику и ассамблея приняла декрет о запрете его возвращения. Президентом был избран Хуан Антонио Мартинес.
В начале 1849 г. в горных районах страны начались выступления крестьян, требовавших возвращения Карреры, который с небольшим отрядом перешел границу и 7 августа вошёл в столицу, вновь став диктатором страны. В октябре 1851 г. Законодательное собрание избрало его Президентом. Был создан Государственный совет с участием иерархов церкви. По инициативе архиепископа Гватемалы в 1954 г. Каррера был провозглашен «пожизненным» Президентом с исключительными законодательными полномочиями. «Гасета де Гватемала» писала: «Отныне и впредь, если можно так сказать, генерал Каррера является нашим главнейшим государственным институтом…» В соседних центральноамериканских странах происходило преследование бывших сторонников Морасана. Движение «морасанистов» (кокимбас) возглавили сальвадорский генерал Херардо Барриос и гондурасский генерал Тринидад Кабаньяс, которые были вынуждены выехать в Никарагуа. В 1844 г. под этим предлогом началась война между Сальвадором и Гондурасом, с одной стороны, и Никарагуа, с другой. В то время, когда сальвадорская армия вторглась в Никарагуа, в Сальвадоре произошел государственный переворот, инспирированный «морасанистом» Барриосом, который в 50‑е годы стал главнокомандующим сальвадорской армии, а в 1860 г. был избран Президентом страны. Генерал начал проводить гражданские реформы, обратившись к лидерам центральноамериканских стран с идеей объединения.
В 1847 г. в Гондурасе президентом стал либерал Хуан Линдо, который предпринял неудачную попытку вооруженного вторжения в Гватемалу. В 1951 г. армия Карреры заняла Гондурас. В 1859 г. правительство Гватемалы подписало с Англией конвенцию об отказе от претензий на территорию Белиза (побережье Атлантического океана). В 1863 г. армия Карреры вторглась в Сальвадор и, подавив упорное сопротивление, захватила столицу Сан — Сальвадор. Барриос выехал в США, затем переехал в Коста — Рику, но должен был её покинуть и решил перебраться в Панаму для подготовки военной экспедиции в Сальвадор. По пути его судно было вынуждено зайти на ремонт в никарагуанский порт Коринто, где Барриос был арестован и выдан сальвадорским властям. 29 августа 1865 г. по приговору военного трибунала Херардо Барриос был расстрелян.
«Земли Центральноамериканского перешейка до половины прошлого века не страдали от особых неприятностей», — отмечает Галеано. Отсюда экспортировался в Европу естественный краситель «кошениль» (насекомое) до тех пор, пока в 1850 г. в Германии не были изобретены искусственные красители. «Через 30 лет …в Центральную Америку ворвался кофе, и она преобразилась. Её новоиспеченные плантации давали в 1880 г. чуть ли не шестую часть мировых поставок кофе. Именно этот продукт открыл региону широкий доступ на международные рынки».
В 1853–1854 гг. американский авантюрист Уильям Уокер (Вокер) во главе военной экспедиции вторгся в Мексику и потерпел поражение. В 1855 г. он возглавил вторжение в Никарагуа и был назначен «Главнокомандующим армии» страны (вторгнувшегося американского военного отряда). В 1856 г. он провозгласил себя президентом Никарагуа. Объединенные войска Сальвадора, Гондураса и Коста — Рики вступили в Никарагуа и вынудили Уокера капитулировать. Он был выслан в США. В 1857 г. он вновь предпринял попытку военного вторжения, но потерпел поражение. В сентябре 1860 г. Уокер при попытке высадиться на побережье Гондураса был схвачен и расстрелян.
Рафаэль Каррера умер 14 апреля 1865 г. Президентом страны стал его сподвижник маршал Висенте Серна. Оппозицию возглавили другой маршал Серапио Крус и депутат конгресса Мигель Гарсиа Гранадос, который, выехав в США, затем организовал в Мексике военный отряд при поддержке либерала Хусто Руфино Барриоса. В 1871 г. военный отряд под командованием Хусто Руфио Барриоса вступил в столицу Гватемалы. Временное правительства во главе с Мигелем Гарсиа Гранадосом осуществило ряд административных реформ. Однако реформы Хусто Р. Барриоса, как губернатора провинции Лос — Альтос, носили более радикальный социальный характер (высылка из провинции, а затем — в Панаму, всех иезуитов). Подавление восстания в поддержку иезуитов. Борьба церкви с правительством. Архиепископ выслан в Панаму, но бежал в Гондурас, который объявил войну Гватемале. В мае 1872 г. Хусто Р. Барриос возглавил временное правительство и провел ряд радикальных социальных реформ (конфискация имущества иезуитского ордена, ликвидация его монастыря, реформа образования, всеобщая воинская повинность, свобода слова и печати и др.). В 1873 г. Барриос был избран президентом. 1 июля 1875 г. принят Закон о высшем образовании, вместо колониального (иезуитского) университета был создан Университет Гватемалы (гуманитарный) и политехническая школа. Были открыты около тысячи общеобразовательных школ, в том числе — вечерние для взрослых. Активизировалась международная политика. В 1876 г. состоялась конференция по вопросам объединения Центральноамериканских стран. В 1876 г. Законодательное собрание одобрило деятельность президента и переизбрало его на второй срок. В 1877 г. был принят новый Гражданский Кодекс, сменивший испанское законодательство. В 1879 г. была принята новая Конституция страны. Модернизировалась экономика, поддержка средних землевладельцев, распродажа им государственных земель и распределение индейских общинных земель. Экспорт (кофе и др.) превышал импорт. Развитие транспорта (строительство железной дороги на тихоокеанском побережье завершено в 1884 г.), телеграфа и геологоразведки. В 1882 г. Барриос осуществил поездку в США, посетив крупнейшие промышленные центры. Были установлены контакты с промышленниками Англии и Франции. Барриос, правя страной как диктатор, стремился к тому, чтобы Гватемала стала современной буржуазно–капиталистической страной. 27 сентября 1882 г. был заключен мексикано–гватемальский договор об отказе от возвращения провинции Чьяпас (с 1821 г. фактически мексиканский штат) в состав Гватемалы.
