Следствие о волнениях в Москве дало Шуйскому повод отменить решение об избрании на патриаршество Филарета Романова. По словам современников, Филарета обвинили в том, что он якобы был причастен к составлению подметных писем о спасении «Дмитрия», «за что его (патриарха) и сложили». После смерти Лжедмитрия в народе немало толковали, что во главе государства должен встать один из Романовых. Об этом упоминает немецкое донесение из Нарвы от 27 мая 1606 года. Шуйский не мог не знать о притязаниях Романовых. Но санкции против Филарета он осуществил после своей коронации. Романов был одним из самых популярных деятелей своего времени. В его лице Шуйский приобрел опасного врага.
Заточив в монастырь князя И. А. Хворостинина, бывшего кравчим у самозванца, царь пожаловал этим придворным чином князя И. Б. Черкасского, племянника Филарета. Следствие об измене привело к внезапной отставке Черкасского.
После переворота во дворце был найден тайник, в котором Лжедмитрий хранил секретные договоры с Сигизмундом III и с Мнишеком, переписку с папой римским и иезуитами. Бояре тотчас объявили об этой находке народу, хотя они и не сразу разобрались в содержании документов, требовавших перевода. Тайник был указан Яном Бучинским, попавшим в руки мятежников при штурме дворца. В страхе за свою жизнь главный секретарь готов был подтвердить клевету, которую бояре давно распускали по городу. «Дмитрий», заявил он, велел выволочь весь московский наряд (пушки) за посад, чтобы во время стрельб поляки могли перебить всех бояр и лучших дворян. В грамоте к уездным городам список жертв был расширен: к боярам прибавлены приказные люди, гости и лучшие посадские люди.
Провинция могла поверить чему угодно, но в столице такая откровенная ложь не могла пройти. Истребив бояр, самозванец, по словам Бучинского, намеревался разорить веру и ввести «люторство и латинство» (католичество) разом. Показания Яна Бучинского оправдывали заговорщиков, убивших венчанного царя. Поэтому Шуйский подробно цитировал их в обращении к народу.
30 мая власти созвали народ на Красной площади. На Лобное место явились бояре, и в их присутствии дьяки зачитали грамоту с объяснением причин убийства самозванца и изложением официальной версии избрания на трон царя Василия. Примечательно, что в извещении народу Шуйский утверждал, будто принял посох российского царства «благословением патриарха». То была ложь. Первоначально власти предполагали провести коронацию после посвящения в сан патриарха и торжественной церемонии захоронения мощей царевича Дмитрия в Архангельском соборе. Напуганный попыткой мятежа царь решил короноваться за три дня до возвращения Романова и перенесения останков царевича в столицу. Из-за спешки власти не успели вызвать в столицу знать и дворянство из городов, вследствие чего коронационные торжества, по словам очевидцев, произошли «в присутствии более черни, чем благородных», и без особой пышности. В соборе священнодействовал не патриарх, а новгородский митрополит Исидор, которому помогал Пафнутий. Исидор надел на царя крест святого Петра, возложил на него бармы и царский венец, вручил скипетр и державу. При выходе из собора царя Василия осыпали золотыми монетами.
По традиции любая коронация сопровождалась щедрыми царскими пожалованиями. Однако Василий Шуйский скупо жаловал дворянам думные чины и деньги. Дворяне были недовольны этим, и за Шуйским прочно утвердилась репутация скупца. «Царь Василий, — писал один современник, — возрастом (ростом. — Р.С.) мал, образом же нелепым (некрасивый. — Р.С.), очи подслепы имея; книжному почитанию доволен и в разсуждении ума зело смыслен, но скуп велми и неподатлив». Однако царь Василий избегал денежных трат не от скупости. Казна с трудом поправила свои дела после трехлетнего голода, но начавшаяся вскоре гражданская война и правление самозванца поглотили остатки денег. Шуйскому поневоле пришлось довольствоваться скромной коронацией и сократить денежные раздачи.
Никогда Боярская дума не была столь многочисленной и разношерстной, как в первые дни правления Шуйского. Рядом с боярами, не уступавшими знатностью Шуйским, в думе заседали бывшие опричники и вовсе худородные люди, всецело обязанные своей карьерой самозванцу. Аристократия надеялась добиться от Шуйского льгот и пожалований. Любимцы Лжедмитрия опасались потерять и чины и вотчины.
В свое время Отрепьев щедро жаловал земли знатным боярам, стремясь добиться их верности. Мстиславскому он вернул городок Венев, Воротынскому — его огромные нижегородские вотчины, В. Шуйскому — Чаронду, И. Романову — Романово городище. Земельная политика самозванца породила большие надежды у аристократии. Князья вспоминали о давно утраченных удельных столицах. После избрания царя, записал в дневнике поляк С. Немоевский, члены думы никак не могли прийти к соглашению: «Из знатнейших каждый желал государствовать; самым последним в свою очередь хотелось быть участниками царских доходов, почему склонялись к той мысли, чтобы царство было разделено на разные княжества». Трудно сказать, какими источниками информации располагал Немоевский, находившийся под неусыпным наблюдением царских приставов. Очевидно одно: пленные поляки охотно подхватывали любые слухи о раздорах в Кремле.
С первых шагов не ладились отношения Шуйского с князьями церкви. Филарет пользовался популярностью в столице, и его отставка была встречена с неодобрением. Смута ширилась, и церкви нужен был авторитетный руководитель, который мог бы твердой рукой повести за собой разбредшуюся паству. В конце концов царь Василий остановил свой выбор на казанском митрополите Гермогене. Ровесник царя Ивана IV, Гермоген пережил четырех царей, из которых, по крайней мере, двое побаивались прямого и несговорчивого пастыря.
В дни междуцарствия после смерти царя Федора Борис Годунов надолго задержал Гермогена в Казани, чтобы воспрепятствовать его участию в царском избрании. Гермоген один не побоялся открыто осудить брак Лжедмитрия I с католичкой Мариной Мнишек, за что был сослан. Царь Василий мог не сомневаться в том, что Гермоген решительно поддержит его в борьбе со сторонниками Лжедмитрия. Ко времени занятия патриаршего престола Гермогену исполнилось 75 лет, и он достиг, по тогдашним понятиям, глубокой старости. О жизни Гермогена известно немного. Поляк А. Гонсевский, хорошо знавший патриарха, имел письменное свидетельство о нем одного московского священника. По словам священника, Гермоген пребывал «в казаках донских, а после — попом в Казани». Как видно, молодость свою Ермолай (Ермоген) провел с вольными казаками, в походах и войнах. Казаки выдвинули из своей среды многих известных деятелей Смуты, к которым следует присоединить и патриарха. В духовное сословие он перешел, вероятно, поздно. Во всяком случае, первое упоминание о Гермогене как священнослужителе относится ко времени, когда ему было 50 лет. Тогда он был попом одной из казанских церквей. Этот факт, отмеченный в известии Гонсевского, документально подтвержден.
Став в 60 лет казанским митрополитом, Гермоген с редким фанатизмом стал насаждать православие в инородческом Казанском крае. Предшественник Гермогена патриарх Иов удивлял всех громозвучным голосом, звучавшим, «аки дивная труба». Гермоген не обладал необходимым для пастыря сильным голосом. По словам современников, Гермоген был речист — «словесен и хитроречив, но не сладкогласен», «нравом груб», «прикрут в словесех и возрениях». Вообще же патриарх был человеком дела, вспыльчивым, властным и резким. К врагам он относился без всякого милосердия.
Новая династия не могла обойтись без поддержки всего дворянского сословия в целом. Как отметили современники, избрание Шуйского поддержали некоторые знатные лица из Москвы, Новгорода и Смоленска. Московские и новгородские дворяне участвовали в заговоре против Лжедмитрия I, и по этой причине они поддержали затем избрание на трон Шуйского. Смоленские дворяне заняли лояльную позицию по отношению к новому царю. Но в целом в армии царил такой же разброд, как и повсюду. Наибольшей популярностью Лжедмитрий пользовался среди служилых дворян из южных уездов. Неудивительно, что именно в этой среде переворот в пользу боярского царя вызвал наибольшее негодование.
Избиения иноземцев в Москве давали Речи Посполитой удобный повод для вмешательства в русские дела. Поэтому Боярская дума решила задержать в Москве как Юрия Мнишека, так и прибывших с ним польских послов с их свитой. Подавляющую часть солдат, нанятых Мнишеком для Лжедмитрия, московские власти поспешили выпроводить на родину.
Русские приверженцы свергнутого царя внушали Шуйскому не меньше подозрений, нежели бывший «главнокомандующий» Мнишек. После коронации гонениям подверглись многие из любимцев Лжедмитрия. Князя В. М. Мосальского лишили чина дворецкого (главы Дворцового приказа) и отослали на воеводство в глухую пограничную крепость Корелу. Боярина Б. Я. Бельского перевели из Новгорода в Казань, бывшего канцлера главного думного дьяка А. И. Власьева сослали в Уфу. Все эти санкции помогли Шуйскому добиться послушания от Боярской думы. Однако очень скоро стало очевидным, что правительству труднее будет справиться с народом, чем с боярами.
