Реввоенсовет Республики, учреждённый в сентябре 1918 года, сразу начал ставить работавшие автономно центральные военные органы под свой жёсткий контроль. Реввоенсовет первоначально находился в Арзамасе, где и проводились его заседания. Практиковались также выездные заседания на наиболее опасных и важных фронтах[821].
6 сентября УПВОСО, возглавляемое Н.И. Раттэлем при Высшем военном совете, подчинили Реввоенсовету Республики и переименовали в Центральное управление военных сообщений (ЦУПВОСО) при РВСР[822]. 14 октября 1918 года объявили временные штаты ЦУПВОСО, утверждённые ещё 7 сентября. В состав управления входили отделы: административно-организационный; по устройству военных дорог; по службе полевых железных дорог и автомобильных колонн, воинского движения; и мобилизационно-строительный. Во главе управления стояли: начальник управления, комиссар, помощник начальника управления[823]. После создания Полевого штаба в октябре управление стало работать при штабе.
17 декабря 1918 года приказом РВСР № 387 было объявлено положение о ЦУПВОСО при РВСР (формально, фактически — при Полевом штабе). На ЦУПВОСО возлагалось: использование для нужд военного ведомства всех видов путей сообщения, подготовка тыла для военных действий, использование всех средств связи для своевременного подвоза армии всего необходимого, организация и устройство службы железных дорог и автомобильных частей, разработка положений по устройству тыла, организация транспортной, почтово-телеграфной и телефонной служб и военных дорог. Начальник ЦУПВОСО (М.М. Аржанов) назначался РВСР и подчинялся начальнику Полевого штаба РВСР. В общем порядке службы начальник ЦУПВОСО пользовался правами командарма. Начальнику ЦУПВОСО подчинялись: начальники ВОСО фронтов, железнодорожных и автомобильных войск, этапные и обозные части, а также рабочие войска, выделяемые для военных нужд военных сообщений из тылового ополчения[824].
Для рационализации постановки дела военных сообщений начальник ЦУПВОСО обязывался докладывать по вопросам постройки новых путей сообщения, улучшению провозной способности железных дорог и водных путей начальнику ПШ РВСР. Соответственно, через начальника Полевого штаба проходили особые доклады Реввоенсовету Республики начальника ЦУПВОСО по вопросам организации тыла, перевозок, а также организации всех служб на театрах военных действий.
В Положении о ЦУПВОСО прописывался предполагаемый механизм взаимодействия различных структурных частей вспомогательного аппарата Реввоенсовета Республики. Начальники ЦУПВОСО и ЦУС должны были по указаниям ПШ РВСР заниматься вопросами эвакуации из пограничной полосы казённого имущества, правительственных учреждений и предприятий. Совместно с начальником ГВСанУ начальник ЦУПВОСО должен был решать вопросы об эвакуации пленных и раненных.
Начальник ЦУПВОСО мог при необходимости обращаться: в Наркомпуть — по вопросам эксплуатации железных дорог; в Главное управление водных сообщений — по вопросам водных перевозок и судовых средств, в Управление шоссейных, грунтовых и узкоколейных дорог и Отдел новых железных дорог — по вопросам постройки новых железных дорог[825].
К 10 ноября 1918 года на базе Штаба РВСР и Оперода Наркомвоена был сформирован Полевой штаб Реввоенсовета Республики, непосредственно подчинённый Главкому[826].
Высший военный совет решал свои вопросы, с одной стороны, параллельно с Оперодом Наркомвоена, с другой — с коллегией наркомата. В сентябре 1918 года положение изменили: во главе военного ведомства встал один орган (РВСР), под руководством которого продолжал осуществлять свою деятельность Наркомат по военным делам — параллелизм с Оперодом Наркомвоена осенью 1918 года ликвидировали.
В октябре — декабре 1918 года в военном ведомстве начала создаваться достаточно стройная система карательно-репрессивных органов. Единообразие в репрессивном аппарате армий вплоть до октября 1918 года полностью отсутствовало, имелись существенные различия в подсудности, порядке ведения предварительного следствия, отправления правосудия и вообще в проведении карательной политики в условиях пролетарской диктатуры.
6 октября телеграммами председателя РВСР за №№ 562–564 вышли удостоверения о создании при Штабе РВСР трёх Революционных военно-полевых трибуналов: 1-й — Петров (председатель), Даугавет и Монахов[827]; 2-й — Пухов (председатель), Саломатин и Гейда[828]; 3-й — Рычков (председатель), Чертов, Шарапов[829]. Появилась необходимость в создании органа, который бы объединил и направил деятельность всех военных судебно-следственных учреждений. Таким органом стал образованный приказом РВСР от 14 октября Революционный военный трибунал Республики (РВТР)[830]. председателем которого стал К.Х. Данишевский. К созданию РВТР Реввоенсовет Республики подтолкнула необходимость сохранения за собой права на ведомственное судопроизводство. Это было связано, в том числе, с разгулом ВЧК осенью 1918 года и постоянной борьбой ведомств военного и внутренних дел. 29 сентября РВС Республики в составе председателя Л.Д. Троцкого, Главкома И.И. Вацетиса и члена К.Х. Данишевского установил специальным приказом, что «военнослужащие действующей армии по политическим мотивам могут быть арестованы лишь с ведома начальника и с согласия политического комиссара, а солдаты действующей армии — с ведома командира и с согласия военкома полка (или отряда)»[831]. К концу 1918 года начала создаваться сеть военных трибуналов на местах. 1 декабря Троцкий сообщил Данишевскому, что при 8-й армии уже учредили 8 трибуналов (большинство — временные); все трибуналы действуют независимо друг от друга, поэтому необходимо объединить трибуналы «в той или другой форме, может быть через председателя постоянного трибунала». Троцкий просил сообщить, имеются ли «выработанные нормы такого объединения»[832].
22 октября учреждён Финансовый отдел РВСР (ФИНО РВСР) — положение о нём утвердил Э.М. Склянский 19 октября. Согласно положению, ФИНО состоял из канцелярии, бухгалтерии, пяти частей (сметной, контрольно-расчётной, казначейской, отчётной, хозяйственной), архива и временного подотдела по распределению кредита на «расходы особого назначения, вызываемые военными действиями». На отдел возлагались: переводы кредитов полевым довольствующим органам, снабжение их денежными средствами в особых случаях; оплата служащих и оплата хозяйственных расходов Управления делами РВСР, Полевого штаба, Канцелярии Наркомвоена, Всебюрвоенкома, ВВИ, всех учреждений при ВЗС, управления Главначснаба, издательства военного отдела ВЦИК, типографии Наркомвоена; а, кроме того, — ликвидация денежной отчетности финансовых отделов расформированных органов (Всеросколлегии, Демоба, Оперода и Комиссии по снабжению Восточного фронта). Для этого в распоряжение ФИНО передавались: денежные средства на расходы по ведению боевых действий; кредиты центральных управлений Наркомвоена для обеспечения потребностей фронтов; и кредиты на исполнение обеспечения функций ФИНО.
Для предварительной ревизии расходов, производимых ФИНО, по соглашению с военным отделом Наркомата госконтроля, назначался особый контролер[833]. Любопытно, что 24 ноября 1919 года Э.М. Склянский рассмотрел доклад финансового отдела ЗФУ при ВЗС о мерах по координированию работ с Финансовым отделом РВСР. Первый представлял после обсуждения в межведомственных совещаниях при ВЗС на рассмотрение СНК кредиты не только ЗФУ при ВЗС, но и многих других управлений, у которых «счётно-финансовый аппарат ещё не был налажен (ЦУС, ЦУПВОСО, учреждения Красного Креста и пр.)»[834].
Так, в сентябре — декабре 1918 года было завершено становление достаточно рациональной и стабильной системы высшего военного руководства Советской России.
Вместе с тем проблема с военным имуществом в армии, которого остро не хватало, привела к созданию чрезвычайного органа по снабжению Красной Армии, находящегося под непосредственным руководством Совнаркома.
26 сентября 1918 года Троцкий телеграфировал Ленину, Красину и Склянскому о необходимости созвать совещание начальников всех довольствующих управлений под председательством Чрезкомснаба Л.Б. Красина для выяснения точного количества военного имущества и необходимости немедленного открытия новых заводов. По словам Троцкого, ГВИУ жаловалось «на катастрофическое положение»[835]. Совместная работа с сентября 1918 года в составе Реввоенсовета Республики наркомов путей сообщения и продовольствия способствовала координации деятельности этих ведомств. Самой большой проблемой оставалось отсутствие должного взаимодействия военного ведомства и ВСНХ. В этих условиях 2 ноября для реализации снабжения Красной Армии и мобилизации промышленности Чрезвычайная комиссия по производству предметов военного снаряжения была реорганизована (по сути, переименована — аппарат комиссии остался нетронутым) в Чрезвычайную комиссию по снабжению Красной Армии. Председателем остался Л.Б. Красин, которого очень высоко ценил Л.Д. Троцкий. Комиссии предоставлялись права: контролировать управление артиллерийскими, военно-инженерными и морскими заводами и оказывать этим заводам содействие; при невозможности выполнить заказы на снаряжение, мобилизовать заводы невоенной промышленности; регулировать и контролировать заграничные заказы на предметы военного снабжения.