Торговля между инкскими войсками и местными племенами продолжала развиваться, и со временем колонисты установили факторию, которая превратилась в важный узел обширной торговой сети, протянувшейся глубоко в джунгли. Из высокогорных районов начали регулярно прибывать караваны лам с такими товарами, как соль, одежда, бусы, бронзовые и медные топоры. Они обменивались на золото, перья, мед, древесину твердых пород, черепашьи яйца и другие местные продукты. Вскоре целые семьи туземцев, принадлежащих к разным этническим группам, начали посещать инкскую факторию, принося товары на своих спинах либо привозя на каноэ. Они в изумлении смотрели на каменный город, выросший в их краях, и на экзотические товары, импортированные из далекой, холодной, безлесной области, которая, как им рассказывали, лежала высоко в горах.
Манко Инка прибыл в факторию Вилькабамбы примерно в 1538 г. Вместе с ним прибыла его сестра Кура Окльо. В скором времени Манко начал преобразовывать приграничный город в столицу самодостаточного государства. Да, он оказался вынужден покинуть высокогорье, но тем не менее Манко был убежден, что здесь, в глубине Антисуйю, он сможет сохранить суверенность инков. По иронии судьбы Антисуйю была одной из первых областей, которые завоевали его прадед Пачакути и его дед Тупак Инка. Империя, которую они создали, теперь сжалась до ее истоков. И в задачу двадцатидвухлетнего наследника Пачакути входило предотвращение ее окончательного крушения.
Но Манко видел своим долгом не просто сохранение инкского государства. Несмотря на свои недавние неудачи, он был настроен продолжить свою борьбу, направленную на изгнание захватчиков из Тавантинсуйю. Хотя его нынешняя штаб-квартира находилась практически на периметре некогда обширной империи, которой правили его предки. Манко удалось наладить линии коммуникации, уходившие из Вилькабамбы на запад. Он хорошо знал, что при всем при том, что его брат Паулью исполнял роль правителя в Куско, многие инки и представители других этнических групп продолжали видеть лидера в персоне Манко, считая его единственным законным сыном Солнца. Имея за своей спиной массовую поддержку туземцев, продолжавших считать его божественным воплощением, и обретя новое убежище, где Инка чувствовал себя в безопасности, он полагал, что ему по силам возобновить борьбу против тех, кто узурпировал верховную власть в империи.
Таким образом, Манко приступил к трансформированию захолустного приграничного города в новую королевскую столицу, он создал новый командный центр для борьбы против испанцев. Под руководством Манко Вилькабамба вскоре превратилась в штаб-квартиру национального сопротивления против наглых захватчиков. Из своей новой столицы Манко начал рассылать сообщения в южном, северном и западном направлениях. Он говорил своим последователям: «Сопротивляйтесь, испанцы не виракочи, а простые смертные, убивайте их и присоединяйтесь к моей борьбе против них».
Хотя Франсиско Писарро получал значительные подкрепления из-за границы, испанцы тем не менее контролировали лишь горстку городов: Кито, Тумбес, Сан-Мигель, Трухильо и Кахамарку на севере; Хауху и Лиму в центральной части; и Куско на юге. Обширные области, в особенности сельская местность, вся южная половина империи, протянувшаяся от озера Титикака до середины современной территории Чили, и почти вся восточная область Антисуйю находились вне зоны испанского контроля. К 1538 г., через шесть лет после пленения Атауальпы, общая численность испанцев в Перу достигала не более 2000 человек — в их числе было примерно 100 женщин. К тому же большая часть испанцев была сконцентрирована в Куско и Лиме. Общая же численность туземцев в стране, ныне известной как Перу, продолжала насчитывать по меньшей мере 5 000 000 человек.
В современной военной теории существует такое положение: для того чтобы осуществлять адекватный контроль завоеванной территории, на 1000 местных жителей должно приходиться от 10 до 20 солдат оккупационной армии. Для того чтобы управлять 5 миллионами жителей этой части Тавантинсуйю, испанцам требовалось от 50 000 до 100 000 воинов. Даже с учетом помощи со стороны Паулью Инки численность испанских войск многократно уступала численности войск противника, так что неудивительно, что испанцы редко совершали вылазки в сельскую местность. Они предпочитали жить в городах, где концентрировались их боевые силы, то есть фактически выполняли роль военных гарнизонов. Именно эту слабую сторону противника — недостаточное испанское присутствие в сельской местности при повышенной его концентрации в нескольких городах — и намеревался использовать Манко Инка.
Когда до Вилькабамбы дошло известие о смерти Диего де Альмагро, решимость Манко Инки только окрепла. Одно время он надеялся на то, что между испанцами начнется гражданская война, и они уничтожат друг друга. Но когда Альмагро погиб, Манко перестал лелеять подобные надежды; он теперь понял, что может рассчитывать только на свои собственные ресурсы. На севере его родственник Илла Тупак, один из высокопоставленных полководцев, который принимал участие в восстании 1536 г., продолжал командовать местным войском и оставался верным Манко Инке. Манко отдал генералу Тупаку распоряжение возобновить восстание. Вскорости Тупак поднял на восстание племена, обитавшие на севере области Уануко, в верховьях реки Мараньон, и повел их вниз по склонам Анд к прибрежному городу Трухильо. Этот отряд убивал всех встречавшихся на его пути испанцев, африканских рабов и примкнувших к конкистадорам индейцев.
Сам Манко вернулся в Анды и, пройдя на север от города Куско, стал лично организовывать повстанческие отряды. Небольшие мобильные группы повстанцев начали устраивать засады на испанских энкомендеро, торговцев и прочих путников, которым случалось появляться на главной инкской дороге, шедшей над Куско. По словам летописца Сьесы де Леона, Манко начал практиковать в отношении испанцев настоящий террор:
«Король Манко Инка… обосновался в горной крепости [Антисуйю] вместе с орехонами и полководцами, уже имевшими опыт ведения войны с испанцами. И когда… торговцы из Лимы и других областей везли свои товары в Куско, индейцы атаковали их и, забрав товары, либо убивали их владельцев, либо уводили их с собой… По возвращении в… [Антисуйю] индейцы подвергали христиан пыткам в присутствии женщин своего племени, так мстя за те страдания, которые туземцы претерпели от конкистадоров… Индейцы засовывали пленникам палки в задний проход, пока те не выходили у них изо рта. Сообщения об этом вызывали такой панический страх, что многие испанцы, которых понуждали в дорогу личные или даже государственные дела, не отваживались отправляться в путь без оружия и охраны».
Франсиско Писарро чувствовал нараставшее беспокойство в связи с сообщениями об усиливающихся волнениях. Он находился в Куско с ноября 1538 г., прибыв туда через четыре месяца после казни Диего де Альмагро. Известие о смерти бывшего партнера должно было вызвать в душе Писарро смешанные чувства: его связывали с Альмагро длительные, разносторонние отношения. По словам Сьесы де Леона:
«Когда он [Писарро] прочел донесение, он довольно долго простоял с опущенными долу глазами… казалось, что он охвачен горем. Писарро даже проронил несколько слез. Было ли все это разыграно напоказ или нет, знает только наш Господь Бог… Надо сказать, что я также слышал от тех, кто находился в тот момент рядом с губернатором, что, после того как он услышал эту новость, вскорости трубы заиграли бравурную мелодию».
Какие бы эмоции ни испытывал в тот момент Писарро, уничтожение Альмагро и его отряда позволило ему вновь взять власть в Куско. Получив донесение о том, что Манко Инка вернулся в Анды и вновь принялся убивать христиан, Писарро не стал понапрасну терять время; он направил кавалерийский отряд численностью не менее 200 человек под командованием капитана Ильяна Суареса де Карвахала с заданием захватить или убить инкского лидера, которого сам Франсиско некогда короновал.
Суарес вскоре поехал на запад из Куско — в город Андауайлас, находящийся на расстоянии 100 миль. Там шпионы из числа туземцев сообщили ему, что опорная база Манко лежит в северо-западном направлении, и он организует атаки со стороны холмов. Суарес принял решение окружить Манко, чтобы у того не было возможности бежать. Он начал с того, что направил свой отряд к западному флангу позиций Манко, дабы блокировать его возможное передвижение в этом направлении.
Затем Суарес направил отряд из 30 человек, включавший 7 лучников и 5 стрелков из аркебуз, под командованием капитана Вильядиего к восточному флангу позиций противника с целью полностью окружить его. Река Вилкас (Пампас) должна была послужить естественной преградой к бегству в направлении Антисуйю, переправиться через нее можно было только по одному-единственному мосту. Вильядиего было приказано взять под свой контроль мост и оставаться там, пока Суарес не определит местонахождение Манко и не начнет атаку.
