К началу XVI века два течения боролись внутри церкви — «иосифлян», во главе с игуменом Волоцкого монастыря Иосифом Саниным, и «нестяжателей», во главе со старцем Нилом Сорским. Поддерживать государство и пользоваться его поддержкой — такова была цель «иосифлян»; «нестяжатели» считали, что князьям нечего советоваться с умершими для мира иноками, но и пастыри не должны «страшиться власти». «Иосифляне» настаивали на казни еретиков; «нестяжатели» говорили, что церкви подобает действовать лишь убеждением и молитвой. «Иосифляне» видели «благочестие» в пышной утвари, стройном пении, преданности «букве» — «всем страстям мати мнения»; «нестяжатели» стремились к внутреннему устроению души, духовному деланию, не чужды были и «мнению», т.е. критическому подходу к Писанию. «Иосифляне» полагали силу церкви в богатстве монастырей; «нестяжатели» считали, что имущество следует раздавать нищим.
Взгляд «иосифлян» был понятней: аскетическая византийская церковь и языческое русское общество несколько веков шли навстречу друг другу, чтобы сойтись именно на обрядности, на освященных традицией и овеянных красотой формах, малиновом звоне, сладкоголосом пении, долгих церковных стояниях, строгих постах, старого письма иконах, драгоценных ризах. Тем более ожиданно было, что на сторону «иосифлян» стало государство — оно не тронуло монастырских земель, чего боялся Иосиф Волоцкий, но постепенно поглотило самое церковь, чего боялся Нил Сорский.
Победой «иосифлян» первый шаг к подчинению церкви государству был сделан. Но был сделан — хотя и подавленный — шаг в сторону «духовного делания», толкования Евангелия, живой проповеди. «Обрусение» церкви и победа «старины» оказались непрочными — в середине XVII века возникло в церковных кругах течение, стремящееся сблизить паству и пастырей не путем обрядов только, но путем проповеди, возникло сомнение в «благочестии» многих русских обрядов и богослужебных книг как явно расходящихся с греческими.
Сомнения эти патриархом Никоном разрешены были с русской решительностью — заменой многих обрядов и исправлением, а то и новым переводом богослужебных книг. Эта реформа повела к расколу, не только положив начало делению русских на «западников» и «славянофилов», но и сделав государство окончательным арбитром в делах церкви. Встав на сторону Никона против «раскольников», царь Алексей затем заменил его более послушным Иоасафом. Следующий шаг был сделан Петром, в начале XVIII века заменившим патриарха Синодом — коллегией высших церковных иерархов, назначаемых самим государем на время, с «обер-прокурором» в роли его представителя. Царь превратился в главу как светской, так и церковной власти, а Россия — в теократическое государство.
Далеко не все русские приняли новую церковь. Ни в народе, ни в западническом «образованном обществе» не прекращались поиски более глубокой и независимой от власти веры. Образованный класс качнулся в сторону «вольтерьянства», «безбожных сочинений ансиклопедистов», и в XIX веке «атеизм» стал исповеданием значительной части интеллигенции. Но параллельно шли и религиозные поиски — «общество» интересовалось то масонством, то католичеством, то протестантством, то мистическим сектантством, то сектантством рациональным, то принималось за составление собственных учений, а к концу XIX века возникло религиозно-философское движение за реформу православной церкви. В религиозно-философском обществе в Петербурге, где собирались писатели и философы вместе с иерархами церкви, Василий Розанов заговорил об «одухотворенности плоти», а Дмитрий Мережковский об «оплотнении духа». Все эти искания — в форме более упрощенной — захватывали и светские и обывательские круги.
Для народа дух религиозного протеста нашел прежде всего выход в «старообрядчестве». Отход старообрядцев от официальной церкви — или отход церкви от старых обрядов — и преследование старообрядцев государством повели к их дальнейшим расколам — на тех, кто желал сохранить традиционную структуру церкви, и тех, кто в ожидании скорого конца света ее отрицал. Начались «беспоповщина», самосожжение, воздержание от брака, ожидание в гробах Судного дня. Последние времена, однако, все не наступали, явился Антихрист в мир «чувственно» или только «духовно», было неясно, старообрядчество постепенно отказывалось от крайностей, но работа народному сомнению была дана.
Рубеж XVII-XVIII столетий был началом русского сектантства. Последователи отдельных сект были в России и раньше, главным образом под влиянием из Литвы и Швеции, но при склонности массы к обрядовой стороне религии учения их до поднятого расколом брожения отклика не получили. Первой русской рационалистической сектой — то есть основанной на разуме как посреднике и судьбе Откровения — были «евангелисты». Из их учения, что «человек есть живая церковь», был уже путь к «христианству духовному», имевшему подготовленную почву. Состояние, при котором человек чувствует себя во власти нечеловеческой воли, видит образы и произносит бессвязные слова, давно было известно русскому язычеству, в деревнях «пророки» и «пророчицы» тряслись, падали и кликушествовали. Объяснялось это силой дьявола, однако с конца XVII века некоторые «пророки» стали уверять, что говорят они «от Духа Святого».
Первой и наиболее известной русской мистической сектой — то есть основанной на эмоционально постигаемом Откровении — были «Божьи люди», как они сами себя называют в противоположность «мирским», или «хлысты» — прозвище, данное им «мирскими». Скорее всего «хлысты» — искаженное «Христы», ибо они считали, что Христос может воплотиться в каждом из них. Секта возникла на Верхней Волге, в местах, где шла проповедь самосожжения, быть может, из одного из направлений «беспоповщины», на что указывает двуперстное знамение и восьмиконечный крест у «хлыстов».
По учению «людей Божьих», Господь впервые сошел на землю в Риме и Иерусалиме насадить веру христианскую, вера сияла много лет, затем триста лет падала, пока не появился «Антихрист от монашеского чина» и окончательно не истребил ее. Люди заспорили, по каким книгам спастись: по старым или по новым, костромской крестьянин Данила Филиппович разрешил спор, бросив все свои книги в реку — для спасения нужна одна книга:
Книга золотая,
Книга животная,
Книга голубиная,
Сам сударь Дух Святой.
Стали «Божьи люди» молить Бога снова сойти на землю, и вот в Стародубской волости, в Егорьевском приходе, на гору Городину «сокатил среди облаков на огненной колеснице сам Господь Бог Саваоф и вселился в пречистую плоть Данилы Филипповича». Патриарх Никон сразу же посадил Данилу Филипповича в темницу, но тогда настала тьма на всей земле — и его выпустили. Вернувшись домой в Кострому, дал он двенадцать заповедей: 1. Я тот Бог, который пророками предсказан, другого Бога не ищите. 2. Нет и не ищите другого учения. 3. На чем поставлены, на том и стойте. 4. Храните заповеди Божьи и будете ловцами вселенной. 5. Вина и пива не пейте, блуда не творите. 6. Холостые не женитесь, женатые живите в посестрии. 7. Матерно не бранитесь, дьявола не поминайте. 8. На крестины, свадьбы и гулянья не ходите. 9. Веру держите в тайне, никому, ниже отцу родному, ниже духовному, не объявляйте, даже под огнем, кнутом и топором. 11. Друг к другу ходите, хлеб-соль водите, любовь творите, Богу молитесь. 12. Духу Святому верьте.
Если «Бог Саваоф» Данила Филиппович — личность легендарная, то первый хлыстовский «Христос» Иван Тимофеевич Суслов, якобы родившийся от столетних родителей, — реальная. При нем и его преемнике Прокопии Лупкине хлыстовщина достигла Москвы и перешла в южные губернии. С 1733 года начались судебные процессы, на время хлыстовщину приостановившие, но не прекратившие. В начале XIX века она проникла даже в петербургское общество — с 1817 по 1837 год существовал там «корабль» Екатерины Филипповны Татариновой. Ни этическую, ни догматическую стороны хлыстовского учения она полностью не приняла, но главным образом обряд радений и пророчествований, «ибо все один за другим можете пророчествовать, чтобы всем поучаться и всем получать утешение». В ее секту вовлечены были некоторые аристократы, посещал ее министр духовных дел князь Голицын, а Александр I принял Татаринову и долго беседовал с ней. В 1837 году она была помещена в монастырь, где провела десять лет, пока не «покаялась в заблуждениях».
Главные идеи хлыстовства: эмоциональное откровение, стимулируемое путем изнурительных скаканий и кружений, и многократность божественных воплощений. Высшая степень совершенства — постижение таинственной смерти об Адаме и таинственного воскресения о Христе. Нужен пост, целомудрие, самоистязание, неустанная молитва и радение — тогда удастся возжечь в себе искру Божества, и «воскресший во Христе» не имеет своей воли, своего я, но одержим Духом Святым, и его пророчества — единственный источник мудрости. Чья же душа не сумела совершить этого усилия, после смерти человека переселяется в тело какого-нибудь животного.