Греки надеялись, что теперь-то их отпустят на родину. Но им велели ехать на богомолье в Троице-Сергиев монастырь. По возвращении они настоятельно просили отпустить их в Царьград. Правитель отклонил просьбу под тем предлогом, что ехать весною неудобно — плохи дороги. Новая задержка греков была вызвана тем, что в Москве спешно составляли соборное постановление об учреждении в Москве патриаршества. Собор, будто бы выработавший этот документ, в полном составе едва ли когда-нибудь заседал. В числе участников собора грамота называла Иеремию и Дорофея. Но, по свидетельству Дорофея, грекам на подворье принесли готовую грамоту, которую они не могли понять из-за отсутствия перевода. Угрозы заставили Дорофея подписать грамоту, но он тут же посоветовал патриарху тайно наложить на грамоту заклятье.
На соборном постановлении помимо подписи Иеремии обозначены были имена членов константинопольского Синода. Поскольку их фамилии написаны одним почерком и доподлинно известно, что большинство членов Синода не участвовало в путешествии в Россию, явились подозрения, что их подписи поддельны, а следовательно, грамота об учреждении патриаршества является подложной. Сомнения подобного рода все же беспочвенны. Как патриарх, Иеремия являлся главой Синода, и для удостоверения документа достаточно было одной его подписи. Перечень членов Синода имел не столько удостоверительный, сколько осведомительный характер.
Пробыв в Москве без малого год, патриарх 19 мая получил наконец разрешение выехать на родину. Правитель не жалел казны, чтобы одарить освобожденных пленников. Не скрывая восхищения, Арсений писал, что царь и царица обогатили их всех. Что же касается субсидий на строительство новой резиденции патриарха в Константинополе (за этим Иеремия и приезжал на Русь), то выдачу их откладывали до последнего момента. Только после отъезда Иеремии Годунов «помянул» царю о забытом ходатайстве, после чего в догонку грекам послали тысячу рублей на новую патриаршую церковь. Царь Федор на прощание поднес Иеремии митру, украшенную драгоценными камнями. На ней жемчугом была сделана надпись: «От царя — патриарху». По случаю учреждения патриаршества в Москве устроили грандиозный праздник. Во время крестного хода новопоставленный патриарх выехал верхом из Фроловских ворот и объехал Кремль. «Ослять» под ним вел Борис Годунов. Процессию провожала праздничная толпа.
Затем была составлена утвержденная грамота об избрании первого московского патриарха, санкционировавшая преобразование высшей церковной иерархии. Вместо одной митрополичьей кафедры учреждено было четыре. Митрополичий сан получили прежде всего бывший архиепископ Новгородский и Псковский Александр и бывший архиепископ Ростовский и Ярославский Варлаам. Эти двое фигурировали на «выборах» патриарха в качестве кандидатов наряду с Иовом. Основаны были также Казанская и Крутицкая митрополии, шесть новых архиепископств и шесть новых епископств.
Принятое священным собором уложение установило порядок избрания русских патриархов. Оно декларировало право московской церкви на поставление патриарха без участия восточных патриархов, которых надлежало лишь известить о принятом решении. Право окончательного утверждения русского патриарха всецело принадлежало царю, что закрепляло зависимость церкви от светской власти.
Утвержденная грамота содержала указание на историческую роль Русского государства как оплота вселенского православия. Напомнив о гибели двух столиц Римской империи, составители грамоты адресовали царю Федору следующие слова: «Ветхий Рим падеся аполинариевой ересью; вторый же Рим, иже есть Константинополь… от безбожных турок, обладаем; твое же, о благочестивый царю, великое Российское царствие, третей Рим, благочестием всех превзыде, и вся благочестивая царствие в твое едино собрася, и ты един под небесем христианский царь именуешись в всей вселенной, во всех христианех».
Можно полагать, что в разработке утвержденной грамоты непосредственно участвовали лица из ближайшего окружения правителя, в частности его дядя Дмитрий Годунов. Прошло несколько лет, и он разослал по монастырям псалтыри с надписью об изготовлении их «в богохранимом и преименитом и в царствующем граде Москве — в третьем Риме, благочестием цветущем при державе… богом венчанного благоверного и христолюбивого великого монарха».
В течение многих десятилетий до установления патриаршества в Москве теория «Москва — третий Рим» излагалась в сочинениях неофициального толка. Претендовавший на неограниченную власть Иван Грозный ни разу не сослался на нее в своих многочисленных сочинениях. Только при Борисе Годунове эта теория впервые получила отражение в правительственном документе — утвержденной грамоте и таким образом превратилась в официальную доктрину.
Какое значение имело отражение в авторитетном документе формулы «Москва — третий Рим»? Можно ли считать, что Россия при Борисе Годунове выступила с претензиями на роль центра новой мировой империи, преемницы Древнего Рима и Византии? Такое толкование было бы совершенно неверным. В конце Ливонской войны Россия пережила сокрушительное военное поражение. Со всех сторон ее теснили враги. На первый план правительство Годунова выдвинуло задачу обороны границ и возвращения русских территорий, утерянных после военной катастрофы. Можно было бы предположить, что теория «Москва — третий Рим» выражала претензии русской церкви на руководство всемирной православной церковью. Но и такое предположение было бы необоснованным. Доктрина «Москва — третий Рим» при всей ее претенциозности выражала преимущественно стремление ликвидировать неполноправное положение Москвы по отношению к другим центрам православия.
Православный Восток с настороженностью отнесся к вестям об учреждении патриаршего престола в России. Нашлось немало богословов, ставивших под сомнение законность акции, проведенной константинопольским патриархом без совета со Вселенским собором. Высшими иерархами этого собора были помимо константинопольского владыки также александрийский патриарх, носивший пышный титул «папы и судьи вселенского», а также антиохийский и иерусалимский патриархи. Московская церковь обладала большим влиянием и несравненно большими материальными средствами, нежели все эти патриархи. Исходя из реального положения дел, глава московской церкви заявил о своих претензиях на третье место во вселенской православной иерархии. После жарких дебатов собор высших православных патриархов, созванный в Константинополе в 1590 году, санкционировал учреждение нового патриаршества, но отклонил домогательства московских властей относительно третьего места. Патриархи отвели своему русскому коллеге Иову самое последнее, пятое место, после четырех «древних» патриархов. Тщетно Борис Годунов слал на Восток гонцов с богатыми дарами. Вселенский собор 1593 года в Константинополе подтвердил свое предыдущее решение насчет распределения мест внутри вселенской православной иерархии.
Основание патриаршества стало важной вехой в истории русской церкви. Будучи при своем учреждении одной из многочисленных епархий византийской церкви, русская церковь давно стала фактически независимой от константинопольского патриарха. Преобразование московской митрополии в патриаршество закрепило эту независимость в нормах канонического права. Усилилось влияние русской церкви на международной арене.
Вопреки церковным легендам инициатива учреждения патриаршества в России всецело принадлежала светской власти. Преодолев конфликт с руководством церкви в годы опричнины, а затем во время правления Бориса Годунова, московское правительство все больше и больше подчиняло церковную организацию государству.
В начале XVII века Россия претерпела первую в своей истории гражданскую войну. Многие из тех, кто пережил Смуту, винили во всех несчастьях проклятых самозванцев, посыпавшихся на страну как из мешка. В самозванцах, выдававших себя за потомков Ивана Грозного, «законных» наследников престола, историки прошлого видели польских ставленников, служивших орудием иноземного вмешательства. Но это была лишь полуправда. Почву для самозванства подготовили не соседи России, а политические и социальные недуги, подтачивавшие русское общество изнутри.
После поражения в двадцатилетней Ливонской войне в России воцарились разруха и хаос. Чтобы поправить расстроенные финансы, власти ввели режим «заповедных лет»: запретили крестьянам уходить от землевладельцев. Считалось, что это мера временная и преходящая, а потому она не была облечена в форму закона. В деревне «заповедные годы» послужили прологом к окончательному закрепощению крестьян. В 1597 году правитель Борис Годунов издал закон об «урочных годах», по которому помещики получили право разыскивать и возвращать в свои поместья беглых крестьян со всем их имуществом.
