Красивую гипотезу опроверг историк-иезуит П. Пирлинг, нашедший в архивах Ватикана письмо Лжедмитрия I папе Клименту VIII, написанное сразу после отречения самозванца от православия и перехода в католическую веру. Исследование документа, проведенное И. А. Бодуэном де Куртене и С. Л. Пташицким, позволило установить, что человек, переписавший набело написанное по-польски письмо, «не был ни малорусом, ни литвином, ни трансильванцем, что он не только проходил русскую школу, но что и в самом деле был великорусского происхождения». Эти выводы не объясняют, а еще более запутывают дело, так как бытовавшее у поляков стойкое убеждение в королевском происхождении Лжедмитрия I вряд ли можно объяснить ложными слухами. В то же время Жак Маржерет, командовавший ротой стрелков из охраны Лжедмитрия, сообщал в своих записках о небольших, но заметных ошибках, которые самозванец делал в произношении некоторых русских слов. Впрочем, Маржерет, считавший нового царя настоящим сыном Ивана Грозного, связывал эти ошибки с тем, что спасенный от подосланных Годуновым убийц, царевич был вывезен в Польшу еще ребенком и воспитывался вдали от родной земли.
Неслучайно С. Ф. Платонов так написал об этой загадке русской истории: «Нельзя считать, что самозванец был Отрепьев, но нельзя также утверждать, что Отрепьев им не мог быть: истина от нас пока скрыта». Скрытой она остается и по сегодняшний день. Как бы то ни было, самозванец, воспользовавшись тайной помощью польского короля Сигизмунда III, набрал небольшое войско (около 4 тысяч человек) и 13 октября 1604 г. перешел границу Московского государства, вскоре овладев первой крепостью — Монастыревским острогом. Многие русские люди уверовали в чудесное спасение царевича Дмитрия, встав под знаменами «законного государя» чтобы сражаться за его права с войсками Годунова. Пользуясь поддержкой населения южнорусских городов, Лжедмитрий I смог добиться значительных успехов — овладеть Черниговом и Путивлем, в лагерь самозванца бежал с казной, посланной Борисом Годуновым в северские города, дьяк Богдан Сутупов. Упорное сопротивление войскам Лжедмитрия оказал лишь Новгород-Северский, в котором укрепился воевода Петр Федорович Басманов. В ночь с 17 на 18 ноября 1604 г. гарнизону осажденной крепости удалось отразить штурм, предпринятый наемными отрядами самозванца, понесшими ощутимы потери. Однако территория, подконтрольная Лжедмитрию I, продолжала стремительно расширяться: в конце ноября его власть признали города Рыльск и Курск, Комарицкая волость, в начале декабря — город Кромы и Околенская волость. Встревоженный успехами самозванца, Борис Годунов усилил гарнизон ближайшего к восставшим волостям города Орла.
На помощь Басманову он направил большую армию под командованием князя Ф. И. Мстиславского, сосредоточившуюся в Брянске. Несмотря на численное превосходство правительственных войск — у Мстиславского было 25 336 служилых людей (с боевыми холопами, по-видимому, около 40 000), у Лжедмитрия I не более 15 000, инициатива принадлежала самозваному «царевичу». 21 декабря 1604 г. в сражении, произошедшем в урочище Узруй, недалеко от Новгорода-Северского, польские гусарские роты опрокинули правый фланг московской армии, а затем, обойдя центр русской позиции, атаковали ставку воеводы Мстиславского, который был ранен в голову, но спасен подоспевшими стрельцами. Участник битвы Жак Маржерет высоко оценил действия Лжедмитрия, вставшего во главе кавалерии, ударившей на русские полки: «Вступив в схватку, он повел три польских отряда в атаку на один из батальонов столь яростно, что сказанный батальон опрокинулся на правое крыло и также на основную армию в таком беспорядке и смятении, что вся армия, кроме левого крыла, смешалась и обратила врагам тыл». Управление войсками было нарушено, и московские полки поспешно отступили к своему обозу, стоявшему у леса. От окончательного разгрома рать Мстиславского спасла несогласованность действий польских командиров, не поддержавших атаку главных сил. В результате контрудара одного из стрелецких приказов поляки вынуждены были прекратить преследование отступающей и укрепившейся в своем обозе московской армии. Благодаря этому русские воеводы смогли избежать больших потерь. В войске Мстиславского, даже по преувеличенным польским данным, погибло не более 4 тыс. человек.
В январе 1605 г., получив подкрепление, русская армия снова перешла к активным действиям. Московской ратью, помимо оправлявшегося от ран Ф. И. Мстиславского, командовал князь Василий Иванович Шуйский. Доведя численность войск до 50 тысяч человек (по сильно завышенным польским сведениям, московская армия насчитывала 130 тыс. человек), русские воеводы выдвинулись к городу Севску, неподалеку от которого, в Чемлыжском острожке, находилось войско самозванца. 20 января полки Мстиславского и Шуйского заняли село Добрыничи (в 20 верстах от города Севска), где расположились лагерем.
В ночь с 20 на 21 января 23-тысячное польско-казацкое войско Лжедмитрия I выступило из Севска, чтобы, воспользовавшись преимуществом внезапного нападения, атаковать русскую рать. Однако эта попытка была пресечена бдительностью сторожевого охранения. На рассвете 21 января московские воеводы расположили свое войско перед Добрыничами, учитывая опасность фланговых ударов конницы, решивших исход сражения под Новгородом-Северским (на р. Узруй). Стоявшая в центре позиции стрелецкая пехота с фронта и флангов была прикрыта возами с сеном, между которыми установили 14 орудий. Конные полки разместились на флангах, чуть впереди основной позиции.
Атаку на русские полки возглавил сам Лжедмитрий. По свидетельству Георга Паерле он, «с обнаженным палашом в руках, на карем аргамаке, поскакал прямо в толпы врагов, в надежде увлечь за собою дружину». Вслед за своим предводителем поскакали 400 поляков и 2000 «москвитян». Первому удару польской и казачьей конницы способствовал успех — ей удалось обратить в бегство наемные конные роты капитанов Вальтера Розена и Жака Маржерета, стоявшие на правом фланге русской позиции, и потеснить полк Правой руки воеводы В. И. Шуйского.
Однако, когда поляки, развернувшись, попытались с фронта и правого фланга обрушиться на русскую пехоту, в полной мере проявилась предусмотрительность московских воевод, прикрывших стрелецкий строй возами с сеном и артиллерией. Польские роты были встречены сокрушительным ружейно-пушечным залповым огнем и обратились в бегство. Казацкая пехота Лжедмитрия I, лишившись конного прикрытия, была окружена и уничтожена. Остатки войска самозванца бежали к границе. От окончательного разгрома «названного Димитрия» спасла героическая оборона казачьего гарнизона небольшой крепости Кромы, под стенами которой надолго задержалось главное русское войско. Это позволило Лжедмитрию оправиться от поражения и пополнить свои войска, поредевшие в боях на Северщине. В конце января — начале февраля на сторону самозванца перешли «польские» города Белгород и Царев-Борисов, в марте — Елец и Ливны.
После неожиданной смерти Бориса Годунова (13 апреля 1605 г.) обстановка в стране резко изменилась. К осаждавшему Кромы войску послали новых воевод — князя Михаила Петровича Катырева-Ростовского, и Петра Федоровича Басманова. Обстановка неуверенности и в стране, и в военном лагере под Кромами способствовала возникновению разветвленного заговора в пользу «царевича Дмитрия», душой которого стал князь Василий Васильевич Голицын. Поворотным моментом в судьбе страны явилось предательство второго воеводы Петра Федоровича Басманова, примкнувшего к заговорщикам, главой которых был его сводный брат В. В. Голицын. 7 мая 1605 г. начался мятеж под Кромами. На сторону самозванца перешла часть стоявшего здесь войска: дворянские сотни из Рязани, Тулы, Каширы, Алексина, северских городов, немецкая рота капитана Вальтера Розена. Остальные, вместе с сохранившими верность Годуновым воеводами М. П. Катыревым-Ростовским, А. А. Телятевским, В. П. Морозовым, В. Б. Сукиным и М. Ф. Кашиным поспешно отошли к Москве, встревоженные слухами о приближении 40-тысячной армии Лжедмитрия.
Войска самозванца двинулись к Москве, где 1 июля 1605 г. вспыхнуло восстание, поднятое его эмиссарами Гаврилой Пушкиным и Наумом Плещеевым, зачитавшими сначала в подмосковном Красном Селе, а затем на Красной площади пространную грамоту «царевича Димитрия». Объявив народу о чудесном спасении и правах на изменнически похищенный престол он требовал, чтобы москвичи били ему челом, обещая всем «тишину, покой и благоденственное житье», а также значительное снижение податей. Щедрые посулы самозванца всколыхнули московский посад. Федор Борисович Годунов, унаследовавший царство после смерти отца, был сведен с престола и заключен под стражу на старом боярском дворе Годуновых. Участь свергнутого царя была предрешена. Из Серпухова, где стоял тогда с войском Лжедмитрий, прибыл дворянин М. А. Молчанов, который 10 июня с другими подручными самозванцами задушил Федора Борисовича и его мать царицу Марию Григорьевну. Официально народу объявили, что Годуновы умерли, приняв «зелье».
