Действия столь решительно настроенного великого визиря не могли не вызвать противодействие, и в 1642–1643 годах вспыхнуло очередное восстание. Губернатор Алеппо, Насухпашазаде Хусейн-паша, который был сыном великого визиря Ахмеда I, Насух-паши, находился в очень плохих отношениях с Кеманкеш Кара Мустафа-пашой. Насухпашазаде Хусейн укрыл одного смутьяна, которого разыскивало правительство, сделав это вопреки указаниям Стамбула, и ставил вензель султана в верхней части своих посланий, что было незаконно, так как визирям в провинциях запрещалось пользоваться привилегией ставить этот вензель. Кроме того, он жаловался на то, что пост губернатора обходится ему настолько дорого, что с доходов, которые дает ему эта должность, он не может оплатить свои колоссальные долги. Катиб Челеби сообщал, что приблизительно в этот период на высшие государственные должности стали назначать тех, кто мог за них заплатить. Тогда Кеманкеш Кара Мустафа назначил Насухпашазаде Хусейна на должность губернатора провинции Сивас, но тайно приказал исполнявшему обязанности губернатора этой провинции оказать ему вооруженное сопротивление. Несчастный губернатор был убит во время стычки, а Насухпашазаде Хусейн направился в Стамбул, чтобы там высказать свои жалобы. По мере того как он двигался по Малой Азии, численность его армии росла. Возле Измита, расположенного в какой-то сотне километров от Стамбула, он разбил наголову высланные против него силы и продолжал двигаться в направлении Ускюдара. Сведения современников о том, чем это для него закончилось, весьма противоречивы. Согласно одной версии, Насухпашазаде Хусейн сел на корабль, совершил плавание по Черному морю, а потом был схвачен агентами правительства неподалеку от города Русе, на Дунае, и убит. Согласно другой версии, великий визирь, сделав вид, что он его прощает, пообещал ему пост губернатора Румелии, а потом направил на другой берег Босфора палачей, чтобы привести в исполнение приговор.
Насухпашазаде Хусейн стремился стать великим визирем, но другим претендентом на пост, занимаемый Керманкеш Кара Мустафа-пашой, являлся Киван («Юный друг») Капукубаши («Сторожевой пес») Султанзаде Мехмед-паша, который, будучи губернатором расположенной на северном берегу Черного моря провинции Ози, увенчал свою относительно успешную военную и административную карьеру тем, что в 1642 году отвоевал захваченную казаками крепость Азов. Реформы Кеманкеш Кара Мустафы угрожали выгодам, которые были гарантированы многим, что делало его позицию весьма уязвимой, и в конце 1643 года великий визирь отдалил Киван Капукубаши Султанзаде Мехмеда от двора, назначив его губернатором Дамаска. Но Кеманкеш Кара Мустафа не мог надеяться на то, что ему удастся перехитрить группировки, которые плели против него свои бесконечные заговоры. Мятеж Насухпашазаде Хусейна был лишь одним из признаков недовольства, порожденного его реформами, и в феврале 1644 года султан Ибрагим приказал его казнить. Киван Капукубаши Султанзаде Мехмед был отозван из Дамаска и назначен великим визирем.
Султан Ибрагим перепоручал ведение повседневных дел визирям, но, подобно своему брату Мураду, всегда прислушивался к подсказкам своих фаворитов. И если проповедники из секты Кадизадели сумели убедить Мурада в необходимости закрытия кофейных заведений и в принудительном соблюдении законов, регулирующих потребление предметов роскоши, то слабое здоровье Ибрагима делало его легкой жертвой всякого рода шарлатанов. В Кинки («Гонитель демонов») Хусейне Хока он нашел того духовного наставника, в котором он нуждался. Формально, вершиной карьеры Кинки Хусейна было его назначение на должность главного судьи Анатолии, но та роль, которую он играл в политике тех дней, далеко выходила за рамки его служебных обязанностей. То предпочтение, которое султан оказывал Кинки Хусейну, говорило о шаткости позиций высшего духовенства, но, по счастью, Зекерьязаде Яхья-эфенди умер еще до того, как султану Ибрагиму внушили его сместить.
Подобно инциденту с корсарами, случившемуся в районе Влёры в 1638 году и грозившему дальнейшим обострением отношений, но затем улаженному, происшествие, случившееся летом 1644 года, казалось проблемой, которую можно решить. Но этот инцидент привел к войне между Османской империей и венецианцами, которая, хотя и с перерывами, но продолжалась вплоть до 1669 года. Турецкие источники того времени (включая Катиба Челеби) сообщают, что тем летом мальтийские корсары атаковали небольшую флотилию у берегов острова Карпатос, расположенного между Родосом и Критом. На борту одного из кораблей этой флотилии находился главный черный евнух Сюнбюль-ага, который был изгнан из столицы и плыл в Египет, что стало традицией для главных черных евнухов, уволенных по возрасту. Кроме него на кораблях находилось некоторое количество именитых паломников, совершавших путешествие в Мекку. Сюнбюль-ага был убит во время стычки, а захваченные сокровища корсары погрузили на корабль, который вскоре прибыл в одну из критских гаваней. В знак признательности за оказанное содействие корсары подарили часть сокровища венецианскому генерал-губернатору Крита. Когда выгружали одну из лошадей Сюнбюль-аги, которую решили подарить губернатору Кандии, ее копыта задели землю, что, как сообщает Катиб Челеби, сочли дурным предзнаменованием. Через несколько дней корсары отплыли на запад, но перед тем, как удалиться на значительное расстояние, они затопили захваченные турецкие суда, пустив ко дну оставшиеся на них припасы и животных.
Известие об этих пиратских действиях вызвало гнев в Стамбуле, где сочли, что венецианцы на Крите намеренно попирают условия соглашения, согласно которым запрещалось давать прибежище тем корсарским судам, которые имели намерение или были виновны в нападениях на судоходство другой стороны. Согласно сообщениям поверенного Венеции в Стамбуле Джованни Соранцо, все иностранные посланники в столице были вызваны на прием к влиятельному фавориту султана, Кинки Хусейну. Они подверглись перекрестному допросу, с целью выяснить причастность их государей к этому делу, и каждому из них приказали дать письменные показания. Сначала отказавшись выполнить такое распоряжение, они затем все же дали свое согласие, но с оговоркой, что истинное положение дел можно выяснить только в том случае, если направить кого-то на Крит. Некоторые из тех турецких моряков, которые уцелели после этого инцидента, в конце концов вернулись в Стамбул и поведали о том, что на самом деле мальтийцы в течение двадцати дней оставались на Крите, где они продавали награбленное и пополняли свои запасы. По мнению турок, это не было тем незначительным нарушением, на которое можно смотреть сквозь пальцы (и было воспринято как явный союз между венецианцами и их единоверцами с Мальты).
Объяснения этого инцидента другой стороной значительно расходились с турецкой версией. Венецианский губернатор Крита сообщил дожу, что мальтийские суда оставались в гавани столько времени, сколько было необходимо для того, чтобы высадить на берег нескольких греков, находившихся у них на борту, а потом продолжили свой путь на Мальту. На самом деле чиновник, отвечавший за тот участок побережья, куда прибыли мальтийцы, уже был казнен за то, что в тот момент его не было на посту. Две столь отличные версии одного события никак нельзя было согласовать. Сохранение мира было явно в интересах Венеции, поскольку она не сумела бы защитить от турок ни себя, ни свои владения. На самом Крите местное греческое население едва ли встало бы на защиту своих венецианских господ, к которым оно не испытывало любви. Похоже, имперский совет не слишком долго дискутировал относительно того, стоит ли вступать в войну из-за этого инцидента. Воинственную позицию, которую занял Кинки Хусейн Хока, поддержал другой фаворит султана Ибрагима, принявший мусульманство далматиец Силахдар («Оруженосец») Юсуф-ага, а также его зять. Силахдара Юсуфа возвели в ранг паши и назначили главным адмиралом, поручив ему ведение как наземных, так и морских операций. После кончины Кеманкеш Кара Мустафа-паши не осталось сторонников умеренной политической линии и возобладала партия войны.
Мальта считалась главной целью османского флота, корабли которого стояли в имперской верфи, готовясь к выходу в море. По-прежнему отстаивая свою невиновность, так как ничего иного Венеции не оставалось, республика была застигнута врасплох, когда 26 июня 1645 года турецкая армада появилась у берегов Крита. В ходе этой первой летней кампании турки после почти двухмесячной осады взяли крепость Кания (Канеа), позволив ее защитникам уйти вместе со своим имуществом, что соответствовало исламским правилам ведения войны и той практике, которая была принята в Османской империи. Символом этого завоевания стало преобразование кафедрального собора в главную мечеть города, названную именем султана. Две другие церкви также превратились в мечети, причем одна из них была названа в честь победоносного военачальника, Силахдара Юсуф-паши.
