В конце августа 1789 года Потемкин приказал Войновичу принять в Херсоне парусные суда Лиманской флотилии и отвести их в Севастополь, тогда как Ушакову предстояло с Черноморским флотом постараться отвлечь турецкий флот от устья Днепра, чтобы дать возможность гребной флотилии пройти к Гаджибею, на который уже направлялась колонна войск Гудовича, а парусным судам — прийти в Севастополь.
Ушаков, приняв командование от Войновича, вышел из Севастополя 18 сентября с пятью кораблями, восемью фрегатами, репетичным судном, двумя вооруженными крейсерами и тремя брандерами. Тем временем 14 сентября русские войска, несмотря на стоявшие поблизости турецкие корабли, взяли Гаджибей. Через несколько дней к крепости подошел неприятельский флот (15 кораблей, 26 меньших судов). Турки без особого успеха обстреляли Гаджибей, а затем ушли в море. Видимо, капудан-паша узнал о выходе Ушакова, который направлялся к Очакову и 22 сентября увидел турецкий флот севернее Тендры. Предупредив выстрелами о своем прибытии крепость Кинбурн и Войновича, Ушаков направился вслед за неприятельским флотом, который уходил к югу. Считая, что поручение отогнать неприятеля выполнено, Ушаков вернулся 28 сентября в Севастополь, оставив в море крейсирующие суда. Туда же 4 октября прибыл с новыми кораблями и Войнович, проводивший до Гаджибея гребную флотилию, которую он передал де Рибасу.
В главной базе собралась внушительная эскадра из 11 линейных кораблей и 9 фрегатов. Войнович разделил флот на авангард Ф. Ф. Ушакова, арьергард бригадира Голенкина и кордебаталию под своим флагом. По приказу Потемкина флагман с эскадрой из 10 кораблей, 5 фрегатов, репетичного судна и крейсера 8 октября выступил к дельте Дуная. Авангардом вновь командовал Ушаков. Не встретив противника, так как турки уже ушли в Босфор, корабли 3 ноября вернулись в Севастополь.
Чтобы активизировать действия флота, Потемкин в октябре 1789 года объявил, что в будущей кампании флот будет ходить под его кейзер-флагом. В марте 1790 года он назначил Войновича командующим Каспийской флотилией, а командование Черноморским флотом «по военному употреблению» поручил Ушакову. В апреле контр-адмирал уже докладывал, что флот в Севастополе почти готов к выходу в море На совещании с Потемкиным в Яссах флотоводец предложил помешать туркам высадить десант в Крыму. Пользуясь свободой действий, Ф. Ф. Ушаков искал, находил неприятеля и добивался побед, которые сделали его имя знаменитым.
После смерти султана Абдул-Гамида молодой султан Селим III еще более ожесточенно развернул военные действия при поддержке европейских держав, в первую очередь Англии и Пруссии, которые опасались усиления России.
Весной 1790 года князь Потемкин приказал контр-адмиралу Ушакову с эскадрой из 3 кораблей, 4 фрегатов и нескольких мелких судов выйти в крейсерство к берегам Анатолии для борьбы с турецким судоходством. Ушаков, кроме кораблей и фрегатов, взял репетичное судно и 11 вооруженных крейсеров. Он поднял флаг на корабле «Святой Александр», и 16 мая эскадра выступила из Севастополя, а 21 мая была в виду берегов Анатолии. Ушаков приказал крейсерам брать неприятельские суда, сопротивляющиеся — истреблять. Но первые два судна, обнаруженные вечером 21 мая, укрылись от крейсеров под пушками батарей Синопа. Ушаков подошел с главными силами и блокировал Синоп. Его суда лавировали у входа в бухту, беспокоя неприятеля выстрелами, светом фонарей и фальшфейеров. Утром эскадра вступила на рейд, где были обнаружены два фрегата, шхуна кирлангич, полугалера, три лансона, чектерма, две шайки и вновь построенный корабль. Контр-адмирал намеревался атаковать, но слабый восточный ветер и угроза батарей, которые могли поражать подходящие корабли продольным огнем, заставили его ограничиться обстрелом города и судов. Замешательство турок увеличил капитан 2-го ранга Поскочин. Его корабль «Святой Георгий» вошел глубже в бухту и жестоким огнем нанес повреждения неприятельским фрегатам. Пока длились эти действия, крейсеры, посланные Ушаковым, утопили 4 и взяли 8 торговых судов, а также сотню турок, освободили более 50 греков и 12 пленных русских солдат. Два судна как неблагонадежные разгрузили и сожгли перед Синопом.
24 мая эскадра отправилась к Самсуну. По пути крейсеры потопили еще два судна. Не найдя в Самсуне кораблей, 25 мая Ушаков ограничился обстрелом крепости. Пройдя вдоль Кавказского побережья к Крыму, он 28 мая отправил в Севастополь шесть трофейных судов с грузом пшеницы и пленными под прикрытием четырех крейсеров, а сам пошел к Анапе, где, как он узнал от пленных, в порту стоят суда. К вечеру 29 мая были обнаружены у Анапы корабль, фрегат и 6 мелких судов. Из-за туманов, штилей и встречного течения их удалось атаковать лишь 31 мая. За это время турецкие суда выгрузились и встали у крепости, где развернули дополнительную батарею из корабельных орудий. Турки открыли огонь, хотя их ядра не долетали до нападающих. Так как проведенные ночью промеры показали малые глубины, Ушаков приказал тянуть корабли завозами и сжечь турок брандскугелями. Обстрел был начат около полуночи и продолжался всю ночь; неприятельские орудия усиленно отвечали, но безуспешно. Русские снаряды подожгли строения на берегу, однако истребить корабли без бомбардирских кораблей и брандеров не удалось, и 5 июня Ушаков вернулся в Севастополь, где готовилась другая эскадра.
Флотоводец своим крейсерством как бы вызывал противника на бой. Зная, что турки непременно появятся, Ушаков торопился снарядить корабли. В середине июня Потемкин дал разрешение выводить флот; он предписывал, не нападая на города, добиваться победы над неприятелем в море. К 26 июня были готовы 10 кораблей, 6 фрегатов и другие суда. Денег не хватало, Ушакову приходилось занимать, он даже заложил свой дом. Контр-адмирал соединил 4 корабля и 2 фрегата в кордебаталию под своим флагом; авангард Голенкина и арьергард составили по 3 корабля и 2 фрегата. Все было готово, чтобы сразиться с неприятелем, который, как полагал Ушаков, будет высаживать десант в Керченском проливе. И флотоводец не ошибся. 1 июля большой турецкий флот прошел мимо Георгиевского монастыря на восток. Следующим утром в море отправилась русская эскадра. 6 июля, подойдя к Феодосии, Ушаков узнал, что турки проходили накануне. Правильно решив, что они ночуют в Анапе, флагман поторопился войти в Керченский пролив и встал на якоре у мыса Такиль ранее, чем появился неприятельский флот.
В десятом часу 8 июля со стороны Анапы при попутном восточном ветре появилась эскадра капудан-паши Гуссейна (10 линейных кораблей, 8 фрегатов и 36 меньших судов). Ушаков приказал построить линию из кораблей и фрегатов, оставив легкие суда под ветром. Капудан-паша построил в линию только линейные корабли; вторую линию составили фрегаты, за которыми шли легкие суда.
Принимая бой под парусами, Ушаков поднял сигналы сняться с якоря и построить линию баталии. Турки, используя наветренное положение, атаковали и в полдень открыли огонь, направив основные усилия против русского авангарда капитана бригадирского ранга Голенкина. Гуссейн пытался поставить его в два огня. Но корабли Голенкина успешно отбивали натиск турок. Тем временем Ушаков приказал фрегатам выйти из линии и идти на помощь авангарду, чтобы поставить неприятеля в два огня. Таким образом, флагман оригинально решил проблему резерва. Остальным кораблям он приказал сосредоточить огонь на неприятельском авангарде и части кордебаталии. Линейные корабли сомкнули линию, после чего контр-адмирал повел кордебаталию на сближение с неприятелем.
Около 15.00, пользуясь установившимся благоприятным ветром, Ушаков сблизился с турками, чтобы вести огонь из всех орудий. Корабли «Рождество Христово» и «Преображение Господне» нанесли повреждения нескольким турецким кораблям. Ядра и картечь крушили корпуса, рангоут, наносили большие потери десантным войскам на палубах. Капудан-паша пытался защитить поврежденные корабли, прошел вдоль всей линии русских кораблей и сам серьезно пострадал. Сражение продолжалось до 17.00. Контр-адмирал, оказавшись на ветре у противника, приказал кораблям выстроиться за ним в линию, не соблюдая своих мест. Нарушая догмы линейной тактики, моряк сократил время маневра и сам возглавил боевую линию. Быстрое построение русских кораблей заставило турок растягивать линию, прикрывая поврежденные корабли. Капудан-паша решил не испытывать судьбу и постарался уйти. Преимущество в скорости позволило турецким кораблям оторваться к ночи от преследования. На рассвете их уже не было видно. Турки потеряли один кирлангич, потопленный с экипажем, и много людей на кораблях. С русской стороны погибло 2 офицера и 27 нижних чинов; 4 офицера и 64 нижних чина получили ранения. Во время бегства несколько малых турецких судов потонули, наиболее поврежденные зашли в Синоп, а остальные ремонтировались в устье Дуная.
