Когда пал Карфаген и римляне уничтожили его военный флот, они полагали, что с врагами на море покончено навсегда. Однако вскоре убедились, что это ошибка. Богатства, доставляемые водным путем, привлекали внимание пиратов. Первые успехи дались им легко, и морские разбойники быстро увеличили число своих кораблей.
Вначале греческие и, малоазиатские пираты настолько сильно блокировали линию коммуникаций, связывающих Рим и Египет, что южное направление, играющее важнейшую роль в снабжении центра империи продовольствием, уже нельзя было использовать. Цены на пшеницу резко повысились. Это вызвало голодные восстания плебейского населения. В лице понтийского царя Митридата (111—63 гг. до н. э.) пираты имели защитника и покровителя. Обладая сильным военным флотом, он открыто собирал вокруг себя всех разбойников греческих островов и малоазиатского побережья и с их помощью контролировал перевозки по основным морским путям. Для борьбы с пиратами Рим привлек корабли Кипра и Родоса, навязывая морским разбойникам неравные бои. Тогда господство Митридата на море пошло на убыль.
Однако спокойствия Риму это не принесло. Появились новые сильные враги — киликийские пираты. К киликийцам присоединялись карфагеняне, греческие пираты, беглые рабы и обедневшие италики. Они стали угрожать кораблям, которые шли в Остию, и постепенно превратились в серьезную опасность для римского могущества. Небольшие маневренные суда киликийских пиратов с одним рядом весел, называемые либурнами, послужили позднее прототипом для судов римского морского флота.
Согласно античным источникам, для устрашения врагов пираты вывешивали на реях флаги с изображением черепа или скелета — символов смерти. Тактика пиратов была проста. Обнаружив у побережья или и проливе между островами корабль, они подплывали к своей жертве и с кастели — высокой палубной надстройки своего судна — прыгали на атакуемый корабль. Исход битвы решался, как правило, в рукопашной схватке с помощью меча и кинжала. Военные корабли римлян представляли большую опасность для пиратов. Римляне вынуждали разбойников принимать бой и побеждали благодаря превосходству в живой силе.
Киликийские пираты объединялись не только для разбоя на море, они и на суше жили общинами, руководствуясь собственными законами.
С высот киликийского побережья можно было обозреть морское пространство вплоть до самого Кипра. По побережью были установлены хорошо видимые издали сигнальные башни, с которых подавались сигналы о появлении добычи — торговых судов — или о приближении военных кораблей. Многочисленные маленькие бухты, защищенные скалами, служили идеальным убежищем для пиратских кораблей. Кроме того, в горах были построены недосягаемые для врага крепости.
Основной добычей пиратов были деньги, которые они получали в качестве выкупа за богатых пленников, а также в виде контрибуции, выплачиваемой пиратам портовыми и приморскими городами за обещание не причинять им ущерба.
Однажды по пути из Рима на остров Родос в руки киликийских пиратов попал Гай Юлий Цезарь. Он был изгнан как сторонник Мария, политического противника диктатора Суллы. По мнению учителей, у которых Цезарь изучал ораторское искусство, его мастерство было недостаточно высоким, и Цезарь решил воспользоваться изгнанием для совершенствования в ораторском искусстве у знаменитого ритора Аполлония, школа которого находилась на Родосе. И вот, когда парусник, на борту которого плыл Цезарь со свитой и рабами, миновал Фармакуссу — островок, находившийся близ скалистых берегов Карий, — около него появилось несколько галер. Благодаря своей быстроходности и точно выбранному курсу галеры вскоре окружили и остановили медлительный римский корабль. Без малейшего сопротивления он опустил паруса. Цезарь сохранял абсолютное спокойствие. Окруженный свитой и рабами, он сидел на палубе и читал. Когда пираты приблизились к нему и потребовали, чтобы он назвал себя, Цезарь на мгновение поднял взгляд на их предводителя и, не сказав ни слова, снова углубился в чтение. Тогда один из членов свиты знатного римлянина, врач Цинна, назвал пиратскому главарю имя: Гай Юлий Цезарь. Гордый аристократ не отреагировал и на вопрос о величине выкупа, который он смог бы за себя предложить. Такое высокомерие разозлил разбойников. Они долго спорили о сумме. Когда они ней конец сошлись на десяти талантах, Цезарь все еще хранил молчание. Разъяренный главарь пиратов удвоил сумму и крикнул римлянину: "Или 20 талантов, или..." Сумма выкупа была неслыханно велика. И вдруг пираты замерли от неожиданности. Молодой человек нарушил молчание и заявил, что ценить его так низко — оскорбление и наглость. Если бы пираты хоть что-нибудь понимали в своем ремесле, они потребовали бы 50 талантов! Пираты, разумеется, спорить не стали и с этого момента относились к аристократическому пленнику чрезвычайной учтивостью. Они доставили его на свою базу. Здесь Цезарь занимался физическими упражнениями, писал стихи и составлял речи.
По вечерам он читал свои сочинения пиратам, чтобы проверить на них силу своего красноречия. По словам историка, морские разбойники не были покорены поэтическим творчеством пленника. Они просто смеялись над ним и называли римским дураком.
Цезарь в свою очередь платил им откровенностью. Он заявил, что после своего освобождения вернется и казнит всех пиратов до единого. Через 38 дней после пленения римлянина пираты получили известие, что выкуп за Цезаря, равный 50 талантам, оставлен у легата Валерия Торквата. Уже на следующий день Цезарь и его спутники были отправлены на корабле в Милет, где разбойникам и были выплачены деньги. Вновь обретя свободу, Цезарь с энергией, совершенно неожиданной для пиратов, и для его политического соперника Суллы, принялся за осуществление своего плана наказания морских разбойников. Уже на следующий день после вступления на свободный берег Цезарь на четырех галерах, имевших на борту 500 воинов, внезапно напал на пиратов на острове Фармакусса и застиг их врасплох. Он не только не думали столь быстро вновь встретиться своим бывшим пленником, но и были еще пьяны после оргии по случаю дележа добычи. Цезарь пленил около 350 пиратов и получил обратно свои деньги. Он потопил пиратские корабли и доставил пленников в Пергам, резиденцию римского претора Юния. Претора тогда не было в городе, и Цезарь не мог получить у него разрешения на казнь пиратов. Тогда он стал действовать самостоятельно: приказал отобрать 30 вожаков, заковать их в цепи и привести к нему. Он напомнил им о своем обещании распять их на кресте. Однако, сказал он, в благодарность за хорошее отношение к нему во время плена он будет снисходителен: главарям, перед тем как их распять, перережут горло, а простые пираты будут задушены. Так и было сделано.
О том, с какой ненавистью относились после этого к римлянам киликийские пираты, сообщает Плутарх:
"Когда какой-нибудь пленник кричал, что он римлянин, и называл свое имя, они, притворяясь испуганными и смущенными, хлопали себя по бедрам и, становясь на колени, умоляли о прощении. Несчастный пленник верил им, видя их униженные просьбы. Затем одни надевали ему башмаки, другие облачали в тогу, для того-де, чтобы опять не ошибиться. Вдоволь поиздевавшись над ним таким образом и насладившись его муками, они наконец спускали среди моря сходни и приказывали высаживаться, желая счастливого пути, если же несчастный отказывался, то его сталкивали за борт и топили".
Попытка Рима уничтожить морской разбой с помощью военного флота под командованием Публия Сервилия окончилась неудачей. Пиратские либурны были маневреннее, чем тяжелые корабли римлян. Но как только военные корабли скрывались, сыны Киликии вновь выходили, захватывали их суда и брали пленных. Это сказывалось на жизни города. В 67 году до н. э. положение с хлебом в Риме столь ухудшилось, что сенат вынужден был поручить Гнею Помпею возглавить борьбу с пиратами и предоставил ему особые полномочия. Операция считалась настолько сложной, что для ее осуществления Помпей попросил дать ему три года. Он показал себя умелым флотоводцем. По его приказу было построено 500 либурнов, то есть кораблей такого же типа, как и те, на которых плавали пираты. Первоначально Помпей избрал местом своих действий западную часть Средиземного моря. Он разбил этот район на 13 округов и для каждого выделил командира, предоставив в его распоряжение соответствующее количество Кораблей. Сам полководец принял командование над Центральным флотом, который занял выжидательную позицию между Африкой и Сицилией.
