Все это привело к тому, что с 1909 года Столыпин оказался в опале. Первый серьезный конфликт с царем у него возник из-за того, что «верховный вождь армии» считал решение всех военных вопросов личной прерогативой. Царь демонстративно не утвердил проведенный через Госдуму законопроект премьера о штатах Морского генерального штаба.
В марте 1911 года разразился новый кризис: группа правых членов Госдумы с ведома Николая II провалила очередной законопроект премьера («О введении земства в западных губерниях»), что означало, по сути, выражение ему недоверия. И Столыпин был вынужден подать в отставку. Под давлением великих князей царь отставку не принял. Тогда премьер перешел к решительным действиям. Он добился удаления из Государственного совета своих оппонентов и заставил царя на три дня распустить обе законодательные палаты, а непринятый законопроект ввести в действие царским указом. Правда, эта победа оказалась пирровой. В результате Столыпин потерял контакты с либеральной оппозицией, крайние правые были в ярости из-за изгнания их сторонников из Государственного совета, а Николай II затаил на напористого премьера злобу, которой и без того хватало с излишком.
Столыпина никогда не любили при дворе. Глава правительства требовал изгнать из столицы «святого старца» Григория Распутина. На что Николай II, вздохнув, ему ответил: «Я с вами согласен, Петр Аркадьевич, но пусть будет лучше десять Распутиных, чем одна истерика императрицы». Об этом разговоре узнала императрица Александра Федоровна. Она возненавидела премьера и также потребовала его отставки. Ходили слухи, что душой новой интриги против него был Григорий Распутин. Это он с усердием кликушествовал накануне его поездки в Клев: «Смерть за ним! Смерть за ним… за Петром!» Знал ли Григорий о том, что должно произойти в Клеве, или нет, но это пророчество сбылось.
На конец августа — сентябрь 1911 года в Клеве были намечены торжественные мероприятия: город готовился к приезду высоких гостей. Царь и его многочисленная свита должны были принять участие в проведении маневров Киевского военного округа, намечалось открытие в Клеве памятников Александру II и княгине Ольге.
В августе 1911 года, прервав свой отпуск, приехал в Клев и Столыпин. Ему сразу дали понять, что на этом празднике он лишний: премьеру не только не нашли места в царском автомобильном эскорте, но даже не предоставили казенный экипаж.
Киевская тайная полиция заблаговременно подготовилась к встрече высоких гостей. Были предприняты беспрецедентные меры безопасности. Общее руководство охраной царя и его сановников было возложено на товарища министра внутренних дел (заместителя Столыпина), командира корпуса жандармов генерал-лейтенанта П. Курлова. Он прибыл в Клев с двумя помощниками — статским советником М. Веригиным и полковником А. Свиридовичем. Первый занимал должность вице-директора Департамента полиции, а второй заведовал охранной агентурой и считался одним из самых опытных жандармов. На счету полковника было немало раскрытых политических преступлений. Клев Свиридович знал как свои пять пальцев, так как три года был начальником киевского охранного отделения. Полное содействие им оказывал начальник местной охранки подполковник Н. Кулябко.
На организацию охраны был ассигнован 300-тысячный кредит, откомандированы в помощь 189 жандармов и сотрудников центрального филерского отдела. Таким образом, в Клеве были собраны лучшие жандармы, филеры и тайные агенты не только из Москвы, но и из Риги, Кишинева, Минска, Харькова и даже Иркутска. Киевское регистрационное бюро занималось поголовной проверкой благонадежности горожан, проживавших вдоль предполагаемого маршрута императора. Владельцам домов и усадеб было предписано держать запертыми ворота, а к окнам и на балконы допускать только хорошо известных им лиц. Кроме того, по подозрению в принадлежности к партии эсеров было арестовано 33 человека. Задолго до торжественных мероприятий из Клева были высланы, арестованы или задержаны все подозрительные лица, состоявшие на учете в киевской охранке. На железнодорожном и речном вокзалах специальные агенты пристально следили за всеми, кто прибывал в город.
Во время поездок Николая II по окрестностям Клева предполагалось задействовать войска. Например, на протяжении 43-километровой дороги в Овруч через каждые 5 м в шахматном порядке были расставлены солдаты и конная стража. В самом Клеве была организована «народная охрана» из нескольких тысяч членов черносотенных союзов.
На официальные торжества допуск осуществлялся только по специальным пропускам. Устанавливалось 26 категорий таких пропусков, так что в непосредственной близости от государя и его сановников должны были оказаться только самые проверенные люди. Наибольшее внимание, конечно, уделялось безопасности царя, однако и генерал-губернаторский дом, где остановился Столыпин, также был взят в плотное кольцо охраны.
31 августа премьер вместе с другими министрами, которые сопровождали монарха, посетил киевский ипподром, а вечером принимал участие в праздничных гуляниях на склонах Днепра в Купеческом саду.
В письме матери-императрице Марии Федоровне Николай II писал: «…27 августа мы поехали в Клев, куда прибыли 29 утром. Встреча там была трогательная, порядок отличный». Если бы император знал, что произойдет 1 сентября 1911 года…
За несколько дней до этого подполковник Н. Кулябко предложил М. Веригину и А. Свиридовичу присутствовать на его встрече с молодым помощником присяжного поверенного Дмитрием Григорьевичем Богровым, которого он охарактеризовал как проверенного и ценного секретного сотрудника по кличке «Аленский». Во время беседы Богров рассказал, что примерно год назад в Петербурге он встречался с неким Николаем Яковлевичем. Знакомство с ним завязалось через присяжного поверенного
С. Кальмановича и журналиста Е. Лазарева, известных своими связями с партией эсэров. В отношениях с ними Богров выдавал себя за революционера. На самом же деле выполнял задание начальника Петербургской охранки полковника М. фон Коттена.
Столичное знакомство якобы имело продолжение в Клеве. От «Николая Яковлевича» приходил связной и будто бы наводил справки о революционной деятельности Богрова и его политических убеждениях. Затем последовала просьба подыскать в Клеве квартиру на 3-х человек и моторную лодку. Из намеков «Николая Яковлевича» Богров понял, что готовится покушение на одного из высших сановников империи.
Жандармы выслушали сообщение агента «Аленского» с большим вниманием. Полковник Свиридович впоследствии рассказывал: «У нас всех троих сложилось впечатление в серьезности сообщенных им сведений, а также в том, что разоблачаемый им террористический акт должен коснуться личности государя императора». О сообщениях Богрова доложили генералу Курлову. Начались поиски «Николая Яковлевича», но результатов они не дали.
Был разработан план на случай появления террористов в Клеве. За домом Богрова установили наружное наблюдение. И вдруг 31 августа агент «Аленский» доложил, что ночью к нему на квартиру пришел «Николай Яковлевич» и девица «Нина Александровна». У них в багаже два браунинга и, возможно, бомба. Странно, что у ночных гостей не было ни фамилий, ни псевдонимов. И совсем непонятно, как террористы незаметно попали в дом Богрова, за которым вели круглосуточное наблюдение несколько филеров.
Богров уточнил, что объектом покушения должен стать или Столыпин, или министр народного образования Л. Кассо. Террористы якобы просили достать билет в Купеческий сад на гуляние в честь царя и собрать точные приметы премьера и министра. Вечером Кулябко прислал своему агенту требуемый билет. Богров отправился в сад, но, по его словам, не смог выполнить задание террористов из-за большого наплыва публики. Непонятно, как высшие чины охранки не обратили внимание на столь странное поведение злоумышленников (если они вообще существовали).
Утром 1 сентября генерал Курлов встретился со Столыпиным и попросил его соблюдать предельную осторожность, но премьер отнесся к совету скептически.
Тем временем в номер Веригина в гостинице «Европейская» в 11 часов пришел Богров, который сообщил, что свидание террористов отложено и произойдет вечером на Бибиковском бульваре. На совещании у Курлова было принято решение, что Богров во время этой встречи подаст условный знак филерам, чтобы арестовать сразу всю группу. Но операция по какой-то причине не состоялась.
В девять часов вечера в городском театре в присутствии высоких гостей должен был состояться спектакль. Были приняты дополнительные меры безопасности. В этот день Столыпину вместо экипажа был подан автомобиль, на котором, не привлекая внимания, он приехал к боковому подъезду театра. Киевский губернатор А. Гире в своих воспоминаниях писал: «За театр можно было быть спокойным, так как публика, которую предложено было допустить туда, была строго профильтрована». Зрительный зал и подсобные помещения накануне тщательно проверили. Согласно акту осмотра, жандармы вскрыли пол, осмотрели бархатную обшивку барьеров и даже хрустальную люстру — не подпилили ли ее злоумышленники, чтобы обрушить на головы зрителей. В театр допускали по именным билетам.