В Москве, еще до прибытия этих посланцев, вследствие полученных от якутского воеводы донесений о действиях Пояркова и Хабарова на Амуре, решено было отправить к Хабарову помощь и восстановить порядок. С этой целью в 1652 году послан был из Москвы дворянин Дмитрий Иванович Зиновьев, которому было поручено: поощрить казаков на Амуре, прибавить к находящейся там команде 150 человек, усилить их снарядами и наконец приготовить все нужное к отправлению на Амур 3000 войска, которое предполагалось двинуть туда под командой князя Ивана Ивановича Лобанова-Ростовского. Предложение это, однако, не осуществилось, а между тем слава о Приамурском крае все более и более распространялась по Сибири. Все население Лены до Верхоленска стремилось туда, и многие бежали тайно, так что необходимо было принять меры для прекращения побегов.
Зиновьев прибыл на Амур в августе 1653 года и встретился с Хабаровым в устье реки Зеи. Его прибытие не порадовало казаков, потому что он главным образом приехал для того, чтобы восстановить порядок в этой вольнице и по возможности обратить их к земледелию. Последнее было особенно необходимо, чтобы заготовить продовольствие для войска, которое предполагалось сюда отправить. Казаки не были привычны к такому труду, они до тех пор ходили по Амуру только с целью поживы.
К неудовольствию казаков Зиновьев взял в Москву Хабарова, а вместо него оставил Онуфрия Степанова. В Москве Хабаров был принят милостиво и пожалован саном боярина, но на Амур уже более не поехал.
Степанов с устья Зеи, из Зейского острога, отправился вниз по Амуру, входил в реку Шунгал, добыл там много хлеба и зимовал у дучеров (близ Хинганского хребта, около устья реки Бурей). Весной 1654 года он пошел вверх по Шунгалу и после трехдневного плавания встретился с маньчжурским отрядом. Последний не хотел пускать его далее, вверх по реке, но после краткого боя русские обратили отряд в бегство. Степанов собрал ясак с дауров, дучеров и ачан и расположился зимовать в Зейском остроге. Вскоре после этого из Енисейска через Байкал на подкрепление Степанову прибыл сотник Петр Бекетов. На пути, у устья реки Нерчи, он основал Нерченский острог. Бекетов и Степанов на зиму расположились в Кумарском, Албазинском и Зейском острогах; они подчинили владычеству России все завоевания Хабарова, то есть земли дауров, дучеров, гольдов, наткисов, гиляков и страну вверх по течению Шунгала, до хребта. Главные наши силы на Амуре были тогда сосредоточены в Кумарском остроге.
Маньчжуры так много терпели от наших казаков, ходивших даже внутрь их страны, что решились удалить русских из Кумарского острога. Для этого в 1655 году они собрали до 10 000 войска с 15 орудиями и повели осаду острога. 20 марта они начали стрелять по острогу и в ночь с 24-го на 25-е число сделали приступ, но русские отбили их и обратили в бегство. Неприятель снял осаду и отступил, потерпев большой урон в людях: у него было взято 2 пушки, до 800 ядер и более 30 пудов пороха (около 500 кг). Собранный с покоренного Приамурского края ясак и отбитые у маньчжуров трофеи Степанов отправил в Москву. Там, по получении этих известий, предположено было сделать из Приамурского края особое воеводство, совершенно отдельное от Якутского и Нерчинского, но для этого ожидали окончательного нашего утверждения на Амуре. На следующий год (1656) Степанов из Кумарского отстрога поплыл вниз по Амуру, входил в реку Сунгари и поднимался по ней до маньчжурского города Нингуты, взял здесь огромное количество хлеба и других продовольственных запасов и, отправив все это нашим острогам, сам поплыл вниз по реке. У гиляков, против устья реки Амгуни, он построил Косогорский острог, в котором остался зимовать. На следующий 1657 год, собрав с гиляков и наткисов богатый ясак, Степанов пошел вверх по Амуру; на этом пути он встретил берега пустыми и все селения разрушенными. По призыву китайского богдохана все жители с Амура переселились внутрь Маньчжурии; казакам, чтобы не умереть с голоду, пришлось трудиться самим. Степанов был в величайшем затруднении: казаки, не привыкшие ни к дисциплине, ни к труду, начали производить набеги на маньчжуров и грабить их. Повелений из Москвы — жить мирно с туземцами и маньчжурами и отнюдь не производить набегов и грабительства — казаки и вольница не слушали: на Амуре была полная анархия. Между тем в 1656 году приказом из Москвы воеводой в Нерчинский край был назначен енисейский воевода Афанасий Филиппович Пашков; ему же поручено было иметь главное начальство и на Амуре. Пашков, следуя на Амур в 1658 году, укрепил Нерчинск и основал здесь главное свое местопребывание. Степанову на Амур он послал указ и строжайшее подтверждение, чтобы казаки не ходили в Маньчжурию, а занимались хлебопашеством и вообще чтобы не производили набегов и грабительств, а жили бы мирно. Несмотря на это, Степанов с 500 казаков отправился на фуражировку, вверх по реке Сунгари, в Маньчжурию и там встретился с большой силой маньчжуров. Произошла упорная битва: 270 казаков и с ними Степанов были убиты, остальные бежали; часть из них вернулась в Якутск, а 17 человек в 1661 году явились с этим известием в Нерчинск к воеводе Пашкову. С этих пор до 1665 года на Амуре не произошло ничего замечательного.
Во избежание дальнейших столкновений с китайцами на Амуре, в 1675 году из Москвы было отправлено в Китай посольство: посланником был переводчик посольского приказа грек Николай Спафарий. Это посольство не добралось до Пекина и не имело никаких последствий.
В 1681 году из Албазина была послана на реку Амур экспедиция для приведения амгуньских, тутурских и других, живущих на побережье племен, в ясачное положение. В этих видах и были основаны на реках Амгуни и Тугуре остроги: на Амгуни, при устьях рек Делина и Немилена: Усть-Делинский и Усть-Немиленский, а на Тугуре, — Тугурский. Все население по берегам этих рек было подчинено русскому владычеству. Таким образом, к 1681 году не только весь Приамурский край составлял владение России, но, благодаря влиянию на туземцев из Ачанского и Косогорского острогов, мы, кроме того, владели бассейном реки Уссури и частью Сунгари, до гор. Положение наше на реке Амуре в то время было таково: главный и укрепленный пункт страны был Албазин, затем остроги по Амуру, вниз от Албазина: Кумарский, Зейский, Косогорский и Ачанский; на реке Амгуни — Усть-Делинский и Усть-Немиленский, а на реке Тугуре, в 100 км от ее устья — Тугурский. Кроме того, по реке Амуру находились земледельческие деревни и слободы: Андрюшкина, Игнатина, Монастырщина, Покровская, Озерная и другие.
В 1684 году весь Приамурский край был назван отдельным Албазинским воеводством; городу Албазину были даны особый герб и печать. Первым воеводою был Алексей Толбузин.
Между тем китайцы и маньчжуры, встревоженные нашим соседством и влиянием на сопредельные с Маньчжурией страны, решили выжить русских с Амура. Наши посты вниз по реке от Албазина сделались первым предметом их нападения. Все они были ими разорены, а в 1685 году неприятельская сила, состоявшая из 5000 человек, приплывших на 100 судах, и 10 000 человек, прибывших из Цицикара сухим путем с 150 полевыми и 50 осадными орудиями, подступила к Албазину и потребовала его сдачи. 12 июня 1685 года, после того как албазинцы отвергли предложение маньчжуров о добровольной сдаче, началась канонада с маньчжурских батарей. В Албазине было всего 450 человек гарнизона под начальством воеводы Толбузина; недостаток огнестрельного оружия и снарядов не дозволил русским отстоять острожек, и неприятельская артиллерия разрушила его. Наши вступили в переговоры, и неприятель согласился отпустить Толбузина с его командою и жителями Албазина в Нерчинск; только 25 человек приняли предложение маньчжуров отдаться им и увлекли с собой священника Максима Леонтьева, основавшего в Пекине первую русскую церковь. Албазин был разорен, и неприятельская сила потянулась в Айгунь — маньчжурский город, основанный перед этим ниже устья Зеи, на правом берегу Амура. Несмотря, однако, на такой дурной оборот наших дел в Даурии, соседнее с нею Нерчинское воеводство сделало снова попытку занять Албазин и Приамурский край; поэтому в 1686 году, по приказанию нерчинского воеводы Власова, албазинские выходцы с полковником Афанасием Бейтоном и тем же Толбузиным отправились на Амур и возобновили разрушенный Албазин. На берегах Амура снова появились наши острожки и население; русские по-прежнему начали обрабатывать брошенные ими поля, а инородцы стали вносить им ясак.
Китайцы и маньчжуры встревожились нашим вторичным поселением на берегах Амура, и китайский император Кахан-Си (Канси) дал повеление во что бы то ни стало выгнать русских с Амура. В июне 1687 года перед Албазином явилось маньчжурское войско, состоявшее из 8000 человек с 40 орудиями. Русские сожгли все дома вне крепости, перешли в нее и выкопали себе там землянки; всех наших в крепости было 736 человек. Маньчжуры прикрыли свой лагерь деревянной стеной, но русские уничтожили ее, тогда неприятель окружил свой стан земляным валом и поставил на нем пушки. 1 сентября маньчжуры пытались взять крепость, но были отбиты с большой потерей. К несчастью, между осажденными в Албазине открылась цынга, и к довершению бедствий храбрый воевода Толбу-зин в сентябре был убит пушечным ядром. После него начальство принял полковник Бейтон. Несмотря на постоянное действие полевой и осадной маньчжурской артиллерии, осада Албазина шла безуспешно; в конце ноября неприятель переменил ее на блокаду, а в мае 1688 года блокаду снял и отступил на 4 версты. У Бейтона в Албазине оставалось только 66 человек, остальные же частью были убиты, а частью умерли от цинги. Неприятель потерял более половины войска. В это время приехал из Пекина гонец с повелением богдохана о прекращении осады Албазина под тем предлогом, что о разграничении земель идут с обеих сторон переговоры. Маньчжуры и китайцы отступили от Албазина и 30 августа 1688 года возвратились в Айгунь.
