Дело было чрезвычайной важности, для Фу Нина это был повод отличиться. Ревностный служака, всецело преданный маньчжурам, он уже имел заслуги перед «драконовым троном». Участник многих карательных операций, Фу Нин прославился как кровавый палач, беспощадно истреблявший мусульманских повстанцев в Ганьсу. Прибыв в Сянъян, он рьяно взялся за любимое дело. Последовали новые аресты и бесконечные допросы. Под пытками, так никого и не выдав, погибли два руководителя секты — Лю Сун и Сун Чжицин.
Из пятисот арестованных по этому делу часть была брошена на плаху, а остальные сосланы на границу в качестве рабов. Их отправляли туда по этапу, небольшими партиями, и тогда третьему главе секты, Лю Чжисе, удалось бежать. Взбешенный Фу Нин решил после этого любой ценой «искоренить ересь» и крамолу. Началась волна новых арестов — на этот раз с конфискацией имущества. Но при всей своей опытности ретивый служака не учел, что именно имущество подозреваемых и станет главной целью его подчиненных. Тем самым наместник развязал руки не только чиновникам, но и мелкой сошке — служителям ямэней и особенно солдатам «Зеленого знамени». Розыск и аресты стали наилучшим предлогом для узаконенного грабежа и вымогательств. Хватали не столько сектантов, сколько состоятельных людей. Многие откупались, а не имевших такой возможности солдаты волокли в управу. Шли повальные обыски, забирали все, что приглянулось, разоряя тысячи семей. Только в трех областях Хубэя было брошено за решетку и подвергнуто пыткам до десяти тысяч крестьян. Многие погибли в застенках. В этой вакханалии произвола исчезла грань между сектантами и простыми обывателями, между заговорщиками и невиновными — все стали жертвами насилия. Так у «Белого Лотоса» появились десятки, а затем и сотни тысяч невольных союзников.
15 февраля 1796 года под лозунгом «Милэ возродился!» крестьяне взялись за оружие. Многие сектанты сжигали свои дома со всем имуществом. Тем самым они отказывались от личной жизни и целиком посвящали себя борьбе за «царство Майтрейи». Они свято верили, что за начавшимися «великими бедствиями» наступит блаженная «Эра Белого Солнца». Вооруженные мечами, пиками и мушкетами, они врывались в города и брали штурмом уездные ямэни. Так началась длившаяся восемь лет (1796–1804) Крестьянская война под знаменем «Белого Лотоса». Область Сянъян стала опорной базой повстанцев. Во главе сянъянской армии встали молодая вдова Ци Ван, выходец из богатых крестьян Яо Чжифу и учитель Ван Тинчжао. В октябре восстание охватило северо-восток Сычуани, где повстанцами руководили конный курьер Сюй Тяньдэ и деревенский знахарь, соляной контрабандист Ван Саньхуай.
Поначалу повстанцы стремились овладеть городами и закрепиться в них, но потерпели поражение у Цигуйчжая. Фу Нин взял в плен около двух тысяч человек и приказал закопать их живыми в землю. После этого военные лидеры секты перешли к тактике маневренной, «подвижной войны» в сельских районах. Здесь они получали от местного населения поддержку, продовольствие и пополнение своих рядов. К восставшим присоединялись целыми семьями крестьяне, наемные работники мастерских, шахтеры с рудников и приисков, бродяги, беглые солдаты, соляные контрабандисты, безработные, грузчики и чернорабочие (кули). В рядах сектантов было много женщин. Повстанцы громили и сжигали управы, убивали чиновников и их приспешников, а также шэньши и богачей. Главной целью повстанцев на первом этапе было уравнительное перераспределение имущества.
Началась полоса победоносных походов повстанцев со стремительными бросками и точными ударами по врагу. Фанатически верившие в скорое наступление рая в Поднебесной, беззаветно преданные своему учению, отважные и дисциплинированные сектанты внушали страх солдатам императора. Привыкшие лишь к карательным операциям, руководимые трусливыми и бездарными командирами, правительственные войска не выдерживали натиска воинов «Белого Лотоса», коих именовали «бандитами-сектантами» (цзяофэй).
Летом 1796 года повстанцы тремя колоннами вторглись в провинцию Хэнань и, обрастая присоединившимися к ним местными отрядами, устремились к Великому каналу. Выход армии «Белого Лотоса» к этой важнейшей водной артерии мог прервать поступление продовольствия из бассейна реки Янцзы — житницы Китая — в столичную провинцию. В Пекине, особенно в Запретном городе, началась паника. Хунли, сочтя, что дни цинского господства в Китае сочтены, спешно вывез свои богатства в Маньчжурию и спрятал их там на дне реки. Смятение в столице нарастало, но неожиданно для маньчжуров колонны «бандитов-сектантов» повернули обратно — их командиры решили, что у них не хватит сил пробиться к столице Цинской империи, а тем более взять ее штурмом. В Пекине вздохнули с облегчением — гроза снова отодвинулась на периферию.
В ходе войны религиозные и военные структуры «Белого Лотоса» практически слились воедино. Повстанческие армии, соединения и отряды строились по территориальному признаку, а внутри последних — по принадлежности к различным местным отделениям секты. Каждому соединению был присвоен свой особый цвет. Свои армии и колонны сектанты так и называли — «сянъянская желтая», «дачжоуская черная», а самих себя — «тунцзянские синие», «белые дунсянцы» и т.д. Каждое соединение сопровождал обоз, где находились члены семей бойцов — женщины, дети, старики и инвалиды; оставить их карателям — значило обречь на жестокую смерть. Обоз сильно снижал маневренность повстанческих сил.
Бойцы «Белого Лотоса» были вооружены не только мечами и пиками, но и мушкетами, аркебузами, кремневыми ружьями и пушками, захваченными у противника. Много было у них и самодельного огнестрельного оружия, в том числе деревянных пушек. В крестьянском войске были установлены воинские звания («командир авангарда», «командир тысячи» и т.д.), но рядовые бойцы по-прежнему называли своих офицеров — «руководитель учения», «старший проповедник» и т.д. Вооруженные силы «Белого Лотоса» были более чем внушительны. Лагерь только одной сянъянской армии занимал более десяти километров. В провинции Сычуань действовали армии в несколько десятков тысяч бойцов. Повстанцы не имели единого командования или штаба и действовали разобщенно, хотя и пытались координировать свои действия.
Армии, колонны и отряды «Белого Лотоса» демонстрировали высокое искусство ведения маневренной войны. Переходя из одной провинции в другую, занимая на время все новые и новые территории, покидая их и двигаясь в различных направлениях, их командиры избегали прямых сражений. Они предпочитали неожиданные удары, небольшие схватки и постоянное маневрирование на больших просторах. Навязывая ночные сражения, они пугали цинскую солдатню атаками с факелами в руках. Умело используя преимущества местности, повстанцы устраивали врагу засады и неожиданные ловушки, нападая в самых узких и опасных местах.
Вынуждая правительственные войска совершать тяжелые марши, повстанцы предельно изматывали его. «Подвижная война» привела к краху правительственной тактики «истребления и блокирования бандитов-сектантов». При всесильном императорском фаворите Хэшэне цинская армия находилась в стадии глубокого разложения. Из-за казнокрадства солдатам месяцами не платили жалованья и по многу дней не выдавали паек, и они грабили население и чинили произвол. Командующие и офицерский состав стремились лишь к личной безопасности, успешной карьере и быстрому обогащению. Среди цинских военных на первый план вышли протеже Хэшэня — трусливые, бездарные и безынициативные карьеристы. В своих реляциях приписывая себе несуществующие «победы» и «достижения» в борьбе с «бандитами-сектантами», ловкие очковтиратели «выбивали» у императора, а точнее, у Хэшэня награды и повышения по службе. Многие из них просто боялись встречи с «религиозными мятежниками», предпочитая следовать за ними на почтительном расстоянии или отсиживаться за стенами укрепленных городов. Эти «герои» служили объектом язвительных насмешек со стороны бойцов «Белого Лотоса». Чтобы хоть как-то оправдать себя в глазах начальства, цинские военные сотнями убивали ни в чем не повинных мирных жителей, выдавая их за «мятежников-еретиков». Только через два года после начала боевых действий правительственные войска одержали первую победу: в апреле 1798 года им удалось окружить и уничтожить сянъянскую колонну под командованием Ци Ван и Яо Чжифу — наиболее сильное соединение хубэйских повстанцев.
Со второй половины 1798 года вплоть до осени 1800 года главным театром военных действий стала Сычуань. Здесь повстанцы одержали ряд побед — у Аньлэпина, вблизи Кайсяня, под Цаньси. Они угрожали Чэнду — главному городу Сычуа-ни. После свержения Хэшэня его разложившихся военачальников сменили способные, опытные и ретивые командующие. Был выработан общий план действий, что усилило роль верховного главнокомандующего (цзинлюэ). Им сначала стал наместник, опытный военачальник Лэ Бао, а затем искусный полководец и стратег монгол Элэдэнбао.