Комитет, как указывали критики, освещает жизнь евреев в СССР, но не культуры других национальностей, таких, как русская, и не выказывает достаточную степень советского патроитизма. Комитет энергично опровергал эти утверждения, подвергающие сомнению его лояльность Советскому Союзу. В январе 1948 года, однако, Михоэлс был убит в Минске, официально в результате дорожного происшествия, но вероятно подстроенного советскими секретными службами.
В марте 1948 года к событиям добавился зловещий поворот в связи с представлением Сталину доклада Абакумова, главы советского министерства безопасности, утверждавшего, что «лидеры еврейского антифашистского комитета, будучи активными националистами про-американского направления, в сущности проводят антисоветскую националистическую кампанию». После приведения многочисленных примеров, подтверждающих его вывод, Абакумов в заключение подчеркнул, что его министерство обнаружило ряд американских и английских шпионов среди недавно арестованных еврейских националистов.
Несмотря на это ужасное предупреждение начальника службы безопасности, Сталин не предпринял немедленных действий по закрытию комитета. Некоторые аналитики предполагают, что комитету покровительствовал Жданов до своей смерти в августе 1948 года, но другие объясняют эту сдержанность влиянием послевоенного альянса Сталина с сионистами.
После войны фактически развился альянс между Советским Союзом и нарождающимся государством Израиль, хотя формально он оформлен не был. Главным советским мотивом был собственный интерес, однако существовали и некоторые симпатии вследствие бедствий, которые случились с европейским еврейством по вине нацистов. Советы не доверяли арабскому национализму, так как он идентифицировался с британским и американским влиянием, и они видели в сионизме полезное противопоставление западному влиянию на Среднем Востоке.
Московский предпочтительный выбор для решения палестинской проблемы основывался на учреждении независимого государства, которое будет отвечать интересам как евреев, так и арабов. Однако, когда наступил решающий момент, Советы были готовы голосовать за раздел Палестины на еврейское и арабское государства. Речь Андрея Громыко в ООН от мая 1947 года объявляла советскую позицию, которая почти что была учебником сионистской пропаганды:
«В ходе последней войны еврейский народ перенёс исключительное горе и страдания… Евреи на территориях, где хозяйничали гитлеровцы, подверглись почти полному физическому уничтожению. Большое количество выживших евреев Европы было изгнано из своих стран, своих домов и лишилось крыши над головой… Опыт прошлого показывает,… что западно-европейские государства были в состоянии предоставить адекватную помощь для еврейского народа, для защиты его прав и, что очень существенно, для жизни… Этот непростительный факт… объясняет стремление евреев образовать собственное государство. Будет несправедливо не принять это во внимание и отказать в праве еврейскому народу реализовать это стремление».
После образования Израиля в мае 1948 года последовало быстрое установление дипломатических отношений с Советским Союзом. В сентябре первый посол из Тель-Авива прибыл в Москву. Голда Мейерсон (более известная, как Голда Мейер, позднее ставшая премьер-министром Израиля) сообщила домой 12 сентября, что 20.000 человек отпраздновали декларацию об образовании Израиля в московской синагоге. 6 октября Мейерсон сообщила, что на Рош Хану (еврейский новый год) огромная толпа окружала большую синагогу в Москве и, что на улице её встретили громовыми приветствиями и возгласами на иврите.
Другие сообщения от неё свидетельствуют о развитии контактов между израильским посольством и JАFС. По всей вероятности эти события повлекли разворот Сталина против JАFС. Ни при каких условиях он не стал бы поддерживать независимую политическую активность. Только те проявления национализма и патриотизма, которые были разрешены, одобрялись, и спонсировались советским государством.
В ноябре 1948 года Политбюро окончательно приняло решение распустить JAFС, как центр антисоветской пропаганды, который регулярно поставлял антисоветскую информацию зарубежным разведагентствам. Хотя резолюция уточняла, что «никто не будет арестован», прошло немного времени до того, как ведущих членов JАFС взяли в оборот. Среди этих обвиняемых в еврейском национализме, сионизме и шпионаже был С.А. Лозовский, бывший заместитель комиссара по иностранным делам, который имел несчастье отвечать за деятельность JАFС после войны, несмотря на то, что он лично содействовал закрытию комитета.
На суде Лозовский, политическая карьера которого, как большевика, включала руководство секцией рабочих профсоюзов в Коминтерне, отказался от своих признаний и решительно отверг обвинения, выдвинутые против него. Статус Лозовского и красноречие повлияли на судью Александра Чепцова, который попытался повторно расследовать дело JАFС. Даже после, испытывая давление, чтобы приговорить Лозовского и 12 других к смертной казни (один из обвиняемых умер в тюрьме, в то время, как другие были признаны виновными и приговорены к 3,5 годам заключения в трудовой лагерь с последующими пятью годами ссылки), Чепцов обжаловал решение суда и просил смягчить приговор — нечто немыслимое для сталинского суда в 30-х годах.
Одним из активистов JAFC была Полина Жемчужина, еврейка, жена Молотова. Её арестовали вместе с другими в январе 1949 года, но советские следователи в конце концов решили выделить дело из основного суда над JAFC, и её приговорили к ссылке в Казахстан. Когда вопрос об исключении его жены из партии был поднят на Политбюро, Молотов воздержался, но вскоре отрёкся, и согласился на сталинскую просьбу развестись с ней. (Оба не воссоединились после смерти Сталина).
Наказанием Молотова было увольнение в марте 1949 года с поста министра иностранных дел, но это было лишь видимостью. Он продолжал играть центральную роль в формировании советской внешней политики и оставался членом комиссии политбюро по иностранным делам. Прежний заместитель министра иностранных дел Андрей Вышинский, став министром, часто советовался со своим предшественником. Среди других важных задач, стоявших перед Молотовым в тот период, была подготовка сталинской корреспонденции военного времени с Черчиллем, Рузвельтом, Трумэном и Эттли для публикации.
Чистка и репрессии JAFC стали составной частью советской кампании против «безродного космополитизма», главной темой которой стала комбинация интернационализма с советским патриотизмом и уважением к русской культуре. Хотя евреи не были конкретной её целью, но кампания против космополитизма частично коснулась и их в контексте яростной антисионистской пропаганды, которая достигла кульминации в связи с разрывом советских дипломатических отношений с Израилем в 1952 году.
Кампания против сионизма и его, якобы, связей с западным империалистическим саботажем, и шпионской активностью в СССР вскоре распространилась на весь советский блок. В ноябре 1952 года 14 бывших лидеров коммунистической партии Чехословакии, включая генерального секретаря Рудольфа Сланского, были осуждены в Праге, как члены антигосударственной подпольной группировки, связанной с сионистами. Одиннадцать из четырнадцати обвиняемых, включая Сланского, были евреями. Трое обвиняемых получили пожизненное тюремное заключение. Oстальные были казнены, среди них и Сланский.
Личное отношение Сталина к евреям продолжает оставаться предметом споров, но наличие очевидных фактов, представленных Жоресом Медведевым, показывает, что он не был антисемитом, но враждебно относился к сионизму и еврейскому национализму, которые рассматривал, как предательство по отношению к своей власти. Официально советское государство было противником всех форм расизма, включая антисемитизм, и Сталин сделал много публичных заявлений на эту тему.
На его родине, в Грузии, не было еврейских гетто, и доминировала традиция ассимиляции евреев. Это была основная политика Сталина после его прихода к власти в СССР. Сталина окружали чиновники-евреи, или чиновники с еврейскими взглядами, и он продолжал чествовать еврейских писателей и артистов даже в разгар антисионистской кампании в начале 50-х годов. В декабре 1952 года Сталин сделал следующее показательное заявление на пленуме Центрального Комитета:
«Мы достигли больших успехов, бОльших, чем наши враги, пытающиеся навредить нам. Но наши люди, забывая об этом, становятся самодовольными, неосмотрительными и самонадеянными.
Всякий еврейский националист, есть агент американской разведки. Еврейские националисты думают, что наша нация будет рабом США. Они хотят разбогатеть, стать буржуями таким способом. Они считают себя обязанными американцам, они сотрудничают с ними.
