Выдержав еще несколько месяцев, в течение которых позиция Компании оставалась неизменной, Агунг приступил к решительным действиям. 22 августа 1628 г. впервые после большого перерыва в Батавию прибыл матарамский флот из 59 судов с большим грузом риса и крупного рогатого скота. У голландцев вызвала подозрение многочисленность судовой команды, и Кун приказал выгружать суда по одному, а после разгрузки тотчас отводить на рейд за оградительные буи. 24 августа в Батавию прибыло семь матарамских боевых судов — прау. Им тоже приказали оставаться за буями. Но в ночь на 25 августа они внезапно прорвались в устье реки Тьиливунг и высадили десант в 350 человек. У стен Батавии завязался бой. Части матарамских воинов удалось проникнуть в крепость. К утру их выбили. Но в этот день на горизонте показалась большая сухопутная армия, которую привел визирь Бахуракса (он же Туменггунг Вира Кусума) [125, с. 155].
Матарамская армия была для голландцев не шуточным врагом. У матарамцев были порядок, дисциплина и огнестрельное оружие (правда, они еще не успели подтянуть артиллерию). Они построили перед Батавией полевые укрепления из земли и бамбука и стали приближаться к стенам города зигзагообразными траншеями. Кун был вынужден очистить и сжечь южную часть Батавии. Голландская оборона сосредоточилась в цитадели и лежавшем к юго-востоку от города полевом укреплении под названием «Голландия», которое было отрезано траншеями от основных голландских сил. Около двух месяцев борьба шла с переменным успехом. Наконец, 21 октября 1628 г. голландцы собрали все свои силы — солдат, моряков, бюргеров, японских наемников, китайцев, живших в городе, и даже индонезийских рабов, которым была обещана свобода. С таким 3-тысячным отрядом Кун совершил глубокую вылазку в лагерь противника, которая была поддержана огнем голландских кораблей на реке Тьиливунг. В ходе этого сражения выстрелом из мушкета был убит Бахуракса. Гибель главнокомандующего губительно повлияла на моральное состояние его войска. Насильно мобилизованные в матарамскую армию жители Преангара (горной области вблизи Батавии, лишь недавно подчиненной Агунгом) тут же ушли в свои селения. Остальные бежали в лес [132, с. 155; 242, с. 175].
Казалось, борьба окончена. Но когда на следующий день Кун послал отряд, чтобы разрушить укрепления, построенные Бахураксой, этот отряд был внезапно атакован матарамцами и, потеряв более 60 человек убитыми, бежал в крепость. К Батавии, как оказалось, подошла новая Матарамская армия, численностью 10 тыс. человек; ею командовал Туменггунг Сура Агулагул (он же Туменггунг Ната Явана), который собрал беглецов из первой армии и вместе с ними снова окружил город. В отличие от Бахураксы он не пытался штурмовать цитадель, а стал возводить на реке Тьиливунг плотину, чтобы отрезать Батавию от воды. После месяца работы плотина еще не была закончена, а провиант из-за плохого снабжения уже был исчерпан, к тому же начались тропические дожди. Около трети армии погибло от голода и болезней. Тогда Сура Агулагул попытался захватить хотя бы укрепление «Голландия». Матарамцы под командой Мандура Реджа и Вила Тикта целый день упорно штурмовали голландское укрепление. У голландцев кончились боеприпасы, и казалось, что форт вот-вот падет. Тогда голландский комендант распорядился поливать осаждавших экскрементами, и чистоплотные яванцы отступили. Пришедший в ярость Сура Агулагул приказал казнить обоих командиров вместе со всеми их людьми — всего 744 человека. Однако в начале декабря 1628 г. он сам был вынужден отступить от Батавии и в свою очередь был казнен Агунгом [209, с. 156; 263, с. 142].
Матарамо-голландская война склонила бантамское правительство к поискам мира с Батавией. Бантам уже давно страдал от блокады и счел момент подходящим, чтобы вырвать какие-нибудь уступки у ослабленной осадой Батавии. Позицию султана Бантама усиливало то, что англичане, окончательно порвав с голландской Ост-Индской компанией, снова перенесли свой основной торговый центр в Бантам. Боясь, что бантамский перец окончательно уплывет в руки англичан, а также опасаясь атак со стороны бантамских партизан, Кун пошел на переговоры. Официально мирный договор подписан не был, но военные действия между Бантамом и голландской Компанией прекратились. В Бантаме вновь открылась голландская фактория [242, с. 176].
Между тем Кун от китайских шпионов узнал, что Агунг готовит новый поход против Батавии. Матарамское командование учло ошибки кампании 1628 г. (отсутствие артиллерии и провианта) и очень тщательно готовилось к следующей кампании. Было реквизировано огромное количество крестьянских волов для передвижения тяжелой артиллерии по лесным дорогам. Вблизи театра военных действий, в Тегале и Чиребоне, были созданы огромные склады риса. Чтобы усыпить бдительность голландцев, Агунг послал в конце июня 1629 г. в Батавию 13 кораблей с продовольствием. Это было ошибкой. Кун схватил командира матарамской флотилии Варга и приказал его пытать. Под пыткой тот выдал расположение рисовых складов. Кун тотчас послал в Тегал эскадру, которая сожгла там все рисовые запасы, а заодно и весь город. Затем были уничтожены продовольственные склады вблизи Чиребона. Между тем Матарамская армия уже выступила в поход, и возвращать ее было поздно.
В конце августа 1629 г. авангард матарамской армии подошел к Батавии. В это время армия уже страдала от голода. Матарамский командующий; дядя Агунга Пангеран Пурбайя тут же начал строить плотину на реке Тьиливунг. Река была отведена в сторону от Батавии; но голландцы, тоже хорошо усвоившие уроки предыдущей кампании, заблаговременно вырыли в городе колодцы. К середине сентября подтянулась матарамская тяжелая артиллерия, и на земляных валах были установлены батареи для обстрела города. Вылазка из Батавии отряда под командованием Антони ван Димена (будущего генерал-губернатора) принесла голландцам лишь частичный успех. Батарейные позиции вскоре были снова восстановлены. Но главными врагами матарамцев были голод и болезни. От болезней страдали и голландцы (21 сентября от холеры умер Кун), но, господствуя на море, они были вполне обеспечены продовольствием. 2 октября 1629 г. Пангеран Пурбайя вынужден был поджечь свой лагерь и начать отступление. В Матарам вернулась едва половина, по другим сведениям — четвертая часть вышедших в поход воинов. Отступление, однако, проходило в полном порядке. Вся артиллерия, до последней пушки, несмотря на исключительные трудности пути по лесным дорогам, была доставлена обратно в Матарам [132, с. 156; 158, с. 237; 215, т. I, с. 156].
Агунг больше не предпринимал сухопутных походов на Батавию. Но он не примирился со своим поражением. Он решил нанести голландцам удар там, где они чувствовали себя сильнее всего, — на море. Он не пытался строить крупные корабли европейского типа, которые могли бы вступить с голландским флотом в открытый бой, поскольку не располагал для этого технической базой. Но в течение одного года он создал огромный флот из маленьких быстроходных судов, которые вскоре совершенно дезорганизовали местное торговое мореходство у берегов Северной Явы. Китайские, индийские, малайские, суматранские купцы стали теперь бояться плавать в Батавию, что существенно подорвало доходы голландской Компании. Даже голландские суда в этих водах не рисковали плавать в одиночку, опасаясь внезапного нападения стремительных матарам-ских прау.
В то же время Агунг стал ежегодно обмениваться посольствами с португальцами в Малакке и Гоа, побуждая их к совместным действиям против голландцев. Приобретя такого мощного союзника, португальцы действительно активизировались и нанесли ряд ударов по голландским морским коммуникациям. Так, в 1630 г. португальская эскадра захватила и сожгла несколько голландских судов на реке Джамби (Восточная Суматра). В 1632 г. матарамские послы в Гоа заключили с португальским вице-королем договор, предусматривающий следующее: если Батавия будет взята соединенными силами матарамцев и португальцев, сусухунан передаст этот город Португалии [134, с. 164, 185].
Руководство голландской Компании было обеспокоено этими действиями Агунга. В 1631 г. оно направило эскадру, чтобы в третий раз разорить главный порт Матарама — Джапару. Но к этому времени Джапара была уже настолько сильно укреплена с помощью португальских специалистов, что командир голландской эскадры не решился ее атаковать и ушел без боя. В 1632 г. голландцы не выдержали и отправили в Матарам посольство во главе с генеральным директором торговли Корнелисом Масейком и капитаном Питером Вагенсвелдом. Но едва часть посольства — 25 человек — высадилась в Джапаре на берег, как все они были арестованы и отправлены в Матарам, где уже содержалось под стражей несколько десятков захваченных ранее голландцев. В 1633 г. голландская Компания попыталась натравить на Агунга правителя Бали, но усилия ее дипломатов были безуспешны.