В ходе операции контингент заключённых тюрем продолжал пополняться. 4 апреля Л. П. Берия приказал И. А. Серову и Л. Ф. Цанаве арестовать в западных областях Украины и Белоруссии всех проводящих контрреволюционную работу унтер-офицеров бывшей польской армии, которые играли руководящую роль в подпольном движении. Остальных унтер-офицеров следовало взять на оперативный учёт, обеспечив агентурным наблюдением за ними (см. № 22). В Киев и Минск свозились и заключённые — в недавнем прошлом граждане Польши, находившиеся в тюрьмах других регионов страны. Их также ждал расстрел (см. №№ 33, 83).
Распоряжения приступить к операции поступили в Старобельский, Козельский и Осташковский лагеря в последних числах марта — 1 апреля. 28 марта П. К. Сопруненко отправил А. Г. Бережкову и М. М. Киршину телеграмму-молнию с распоряжением выехать в Ворошиловград и связаться с ним по ВЧ. Начальнику же Козельского лагеря В. Н. Королеву он приказал связаться с ним по телефону ночью 1 апреля.
К этому времени в трёх спецлагерях находились 14 857 человек, подавляющему большинству из которых был уготован расстрел (см. №№ 10, 34). Среди них — генералы, полковники, подполковники, майоры, капитаны, офицеры в других званиях, полицейские, пограничники, тюремные работники, а также ксендзы, помещики, крупные государственные чиновники и даже один лакей бывшего президента Польши… В процессе операции туда свозили всё новых и новых выявленных в трудовых лагерях офицеров, полицейских, осадников, а также тех из них, кто находился в больницах и госпиталях (см. №№ 16, 38, 41, 48, 52, 77). Расстрелу подлежали и те, кого в конце февраля — первых числах марта отправили в УНКВД трёх областей по директиве В. Н. Меркулова от 22 февраля 1940 г. (см. №№ 79, 80, 81).
Первые списки на отправку военнопленных из лагерей в распоряжение УНКВД (то есть на расстрел) начали поступать в Козельский, Старобельский и Осташковский лагеря 3–5 апреля, в тюрьмы — 20–23 апреля (см. №№ 19, 20). Список, как правило, содержал около ста фамилий. В каждом таком списке, подписанном П. К. Сопруненко, а в период его отъезда из Москвы с 14 по 29 апреля его заместителем И. И. Хохловым, содержалось предписание начальнику лагеря немедленно направить указанных в списке лиц в Смоленск, Харьков или Калинин в распоряжение начальника УНКВД. Аналогичные списки, но уже подписанные заместителем наркома внутренних дел В. Н. Меркуловым и адресованные начальникам УНКВД трёх областей, до нас не дошли, однако об их существовании свидетельствует ряд документов (см., в частности, № 63). Эти списки, адресованные Е. И. Куприянову, П. Е. Сафонову и Д. С. Токареву, содержали предписание о расстреле. Списки заключённых тюрем, приговоренных «тройкой» к расстрелу, направлялись наркомам внутренних дел УССР и БССР.
В расстрельные списки-предписания были включены 97 % всех офицеров, полицейских и других военнопленных, содержавшихся в Старобельском, Козельском и Осташковском лагерях. Среди них были кадровые военные, резервисты и престарелые отставники; члены политических партий и абсолютно аполитичные люди; поляки и евреи, белорусы и украинцы. Врачей, исполнявших в армии свой гуманитарный долг, обрекали на расстрел наравне с жандармами и контрразведчиками. Практически речь шла не о том, кого осудить, а кому следует сохранить жизнь, включив в список на отправку в Юхновский лагерь. Долгие годы оставались неясными мотивы, по которым 395 военнопленным из Козельского, Старобельского и Осташковского лагерей сохранили жизнь. «Почему некоторые пленные избежали расстрела — этого мы никогда не узнаем», — писал польский исследователь Ежи Лоек. — «Мотивы, по которым этим трём процентам была сохранена жизнь, на мой взгляд, не менее загадочны мотивов, по которым остальные 97 % были ликвидированы», — отмечал в своих воспоминаниях С. Свяневич (см. также №№ 64, 65).
Публикуемые в томе документы позволяют ответить и на этот вопрос (см. № 92). По ходатайству 5-го отдела ГУГБ НКВД СССР были оставлены в живых и отправлены в Юхновский, а затем в Грязовецкий лагерь 47 человек. Первые списки интересовавших ИНО людей представил заместитель начальника этого отдела П. А. Судоплатов ещё 29 марта (см. № 17). Впоследствии ИНО сообщало и о ряде других лиц, которые могли быть ей полезны (см. №№ 28, 30). Эти военнопленные либо представляли для 5-го отдела интерес как источник информации, либо выражали готовность сражаться вместе с Красной Армией в случае нападения Германии на СССР, либо могли быть в будущем использованы для оперативной работы за рубежом. Примечательно, что семьи интересовавших 5-й отдел военнопленных не депортировались (см. № 29).
Другие 47 человек были направлены в Юхновский лагерь потому, что их разыскивало германское посольство. Среди них были не только лица немецкой национальности, но и те, кто никогда не был связан с третьим рейхом. За них ходатайствовали влиятельные европейские круги, прежде всего итальянские. Так, за известного художника, одного из основоположников польского импрессионизма графа Ю. Чапского просили граф де Кастель и графиня Палецкая. По запросу германского посольства была сохранена жизнь будущему министру юстиции в правительстве В. Сикорского — В. Комарницкому, адъютанту В. Андерса О. Слизеню, сыну главного дирижёра Варшавского оперного театра Б. Млинарскому и другим. К германским запросам относились с таким пиететом, что в Юхнов были направлены даже люди, традиционно считавшиеся врагами советской власти. Примером может служить крупный землевладелец В. А. Пионтковский, крайне враждебно относившийся к сталинизму, распространявший, как говорилось в лагерной характеристике, «контрреволюционную клеветническую пропаганду». Среди 24 лиц, переведенных в качестве немцев по национальности в Юхновский лагерь, были и ярые приверженцы Гитлера.
По запросам литовской миссии отобрали для отправки в «Павлищев Бор» 19 человек, в том числе трёх бывших литовских разведчиков, сидевших ранее в польских тюрьмах за шпионаж.
Среди 91 военнопленного, оставленного в живых по личному указанию В. Н. Меркулова, были как те, кто представлял интерес в качестве источника информации, так и те, кто заявлял о своих коммунистических убеждениях, оказывал различные услуги администрации лагерей, не разделял патриотических чувств большинства своих товарищей по плену. В разряд «прочие» были зачислены 167 человек: те, кто не являлись офицерами или служащими карательных органов (рядовые, унтер-офицеры, подхорунжие, беженцы, юнаки), а также несколько десятков осведомителей, поставлявших особым отделениям лагерей компромат на солагерников (см. № 92). Им также сохранили жизнь.
4 апреля начальникам трёх лагерей и представителям центрального аппарата НКВД СССР В. М. Зарубину, В. Д. Миронову и Д. К. Холичеву было передано задание В. Н. Меркулова: составить справки и характеристики на «доверенных лиц» и вместе с их делами направить в УПВ (см. № 23). Кроме того, предписывалось проверять все списки и в случае обнаружения в них фамилий агентов задерживать их в лагере до получения дополнительного указания.
Этому вопросу придавалось столь большое значение, что 7 и 12 апреля П. К. Сопруненко от имени В. Н. Меркулова вновь потребовал от начальников трёх спецлагерей представлять Зарубину, Миронову и Холичеву на просмотр списки-предписания и оставлять в лагерях «их людей» (см. №№ 32, 39).
Дела остальных 97 % военнопленных, по всей видимости, проходили следующим образом: из лагерей в УПВ поступали учётные дела и справки-заключения с незаполненной последней графой, а также списки следственных дел по порядку их номеров, которые сосредотачивались в 1-м спецотделе НКВД СССР. В Управлении справки и учётные дела проверяли и в случае недочётов отправляли на доработку в лагерь. УПВ требовало уточнить фамилии, которые по-разному писались в опросных листах и дополнениях к ним, прислать фотографии, если они отсутствовали в деле, уточнить даты рождения, имя, отчество, должности, которые военнопленные занимали в армии или полиции, место жительства и состав семьи, партийную принадлежность и т. д. (см. № 68).
Если все бумаги были в порядке, в УПВ готовили дело на доклад В. Н. Меркулову, записав рекомендацию в справку «кобуловской» формы. Затем дело передавалось в 1-й спецотдел, где их изучали под руководством заместителя начальника этого отдела капитана госбезопасности А. Я. Герцовского. В НКВД УССР и БССР дела намеченных к расстрелу готовили начальники тюремных отделов, над списками работали заместители начальников 1-х спецотделов республиканских НКВД.
Часть досье ставилась на контроль, решение по ним принимал лично В. Н. Меркулов. Они на «Комиссию» не передавались. Остальные фамилии включались в списки подлежавших расстрелу, которые передавались на утверждение «Комиссии», то есть «тройки» в составе В. Н. Меркулова, Б. З. Кобулова и Л. Ф. Баштакова. После утверждения списка фигурировавшие в нём военнопленные или заключённые считались осужденными к высшей мере наказания — расстрелу. Решения «Комиссии» оформлялись специальными протоколами (см. № 227). После этого списки-предписания на отправку, подписанные начальником УПВ или его заместителем, направлялись в Козельский, Старобельский и Осташковский лагеря; предписания о расстреле, подписанные Меркуловым, — начальникам УНКВД Смоленской, Харьковской и Калининской областей, а также наркомам внутренних дел УССР и БССР.