В Ярославле Второе ополчение находилось четыре месяца. За это время Ярославль стал общеземским центром для поволжских, поморских и центральных, замосковных городов. Второе ополчение признала и Сибирь. Все большую силу приобретает «Совет всей земли», который пополняется новыми выборными от городов. Состав и функции ярославского «совета», по сравнению со всеми сходными с ним предыдущими, более всего приближались к Земскому собору. В «Совет» входили представители различных сословий и социальных групп из разных городов. Выборные обсуждали и решали важнейшие вопросы — от имени «Совета всей земли» велись переговоры с новгородцами о возможности призвания на русский престол королевича Карла-Филиппа, решались вопросы о борьбе с казаками, финансовом обеспечении, раздавались поместья, посылались воеводы и дозоры и т. д. С ярославского купечества, славившего своими «промыслами» по всей России, были взяты крупные суммы. С Г. Никитникова — 500 рублей, с В. и С. Лыткиных — 350 рублей, а с прославленных богачей Строгановых — целых 3000 рублей. Впрочем, ярославских толстосумов пришлось как следует попугать — поначалу они не желали подчиняться Минину и признали «свою неправду», лишь повидав «велику жестость» от князя Дмитрия Пожарского.
За время ярославского «стояния» были сформированы учреждения с государственными функциями — Разрядный приказ, Поместный приказ, вероятно, также и Посольский приказ и некоторые другие. Поместному приказу даже удавалось обеспечивать безземельных или обедневших дворян поместьями. В Ярославле был учрежден Денежный двор и начата чеканка монеты. Примечательно, что на ней чеканилось имя царя Федора Ивановича — последнего из государей, легитимность которого была вне всяких сомнений.
Первоначально все документы Второго ополчения скреплялись личной печатью князя Д. М. Пожарского. Она представляла собой следующую геральдическую композицию: два дерущихся льва, стоящих на задних лапах, с перекинутыми через бедро хвостами. Между задних лап львов лежала мертвая голова, которую клевала хищная птица — орел или сокол. По образцу этой печати была изготовлена печать для скрепления международных актов: в щите изображен орел, клюющий мертвую голову, щит держат два льва, над щитом — корона, под щитом — извивающийся дракон. По краям этой печати шла подпись: «Стольник и воевода и князь Дмитрий Михайловичь Пожарсково Стародубсково». После прихода под Москву Второе ополчение взяло «земскую» печать Первого ополчения: одноглавый орел с широко раскрытым клювом. Заметим, что до июня 1611 г. документы Первого ополчения также скреплялись личной печатью его главы — П. П. Ляпунова.
В ту пору, когда ополчение пришло в Ярославль, в городе находился список с чудотворной Казанской иконы Божией Матери, обретение которой происходило при участии патриарха Гермогена, бывшего тогда еще приходским священником. В 1611 г. казанские отряды во главе с боярином В. П. Морозовым прибыли в лагерь Первого ополчения со списком с чудотворного образа, специально выполненным для этой земской миссии. Появление иконы в ополчении вызвало новый конфликт. «Новый летописец» свидетельствует, что «все служилые люди поидоша пешие, тот же Заруцкий с казаками встретили икону на конех. Казаки же служилых людей лаяху и поносяху их (ругали и поносили. — С.Ш.). Они же в великой ужасти быша от них, ожидая от них себе такого же убийства, как убили Прокофия Ляпунова». И все же на другой день ополченцы взяли Новодевичий монастырь, что удалось, как верили, благодаря помощи чудотворной иконы. Зимой 1611/12 гг. этот список был отправлен обратно в Казань, но в Ярославле икона и Второе ополчение встретились. Событие это было воспринято как небесное знамение. Православная святыня, окруженная почетом, осталась в ополчении, а в Казань был отправлен новый список, выполненный уже со списка. В дальнейшем Казанская икона Божией Матери сопровождала Второе ополчение до Москвы, и се заступничеству приписывали успехи в штурме московских укреплений.
Существенно пополнились силы ополчения. В Ярославль съезжались служилые люди разного ранга. Численность войска возросла до 10–11 тысяч, что было уже весьма внушительным военным формированием. Из них было около 7–8 тысяч дворян и 3 тысяч казаков. Количество «даточных людей» — крестьян, осуществлявших перевозку орудий и другие подручные работы, не поддастся исчислению. Впрочем, и указанные выше цифры приблизительны.
Наряду с пополнением войска и организацией аппарата управления важной заботой руководителей ополчения было наведение порядка в Поморье и Поволжье, борьба с отдельными отрядами казаков и поляков, творивших бесчинства по всей Русской земле. В Пошехонье стояли казаки во главе со служилым человеком Василием Толстым и творили «многие пакости» по уездам, грабили и убивали дворян. Литоньев монастырь в Бежецком уезде заняли черкасы (запорожцы). Против Василия Толстого был отправлен князь Д. П. Пожарский Лопата. Он разбил казаков и двинулся на соединение с князем Д. М. Черкасским. Черкасский был послан против запорожцев в Литоньев монастырь, но те, узнав, что против них выступил воевода Второго ополчения, сами отошли на русско-литовскую границу. Воеводы соединились в Кашине и пошли против казаков на Углич. Перед сражением часть казацких атаманов перешла на сторону Второго ополчения, остальные были разбиты и рассеяны.
Просили о защите и переяславцы — к ним направился воевода И. Ф. Наумов, который «отогнал» казаков и укрепил город. Известно, что из Ярославля были посланы воеводы и дьяки также в Суздаль, Устюжну, Белоозеро, Ростов, Владимир, Кашин, Тверь, Касимов, Тобольск и «в иные города».
Сложными были отношения Второго ополчения с Великим Новгородом. Город, захваченный шведами, признал кандидатуру шведского королевича Карла-Филиппа в качестве российского государя. Новгородские власти во главе с митрополитом Исидором и боярином князем И. Н. Одоевским Большим, а следом за ними и все новгородцы скрепили этот выбор крестным целованием. После захвата Новгорода шведы продолжали расширять свои владения в Русской земле — ими были взяты Ивангород, Ям, Копорье, Орешек, Тихвин, Гдов, Старая Русса, Порхов, Ладога. Стоявшие в Тихвине шведские войска угрожали северным русским городам и представляли опасность для Второго ополчения. Было решено вступить с новгородцами в переговоры. Деятели Второго ополчения высказали на переговорах мнение, что избрание шведского королевича в цари возможно, но при условии, что он примет православие. По словам «Нового летописца», такой ответ был тактическим маневром руководителей Второго ополчения, однако автор летописи несколько исказил действительность. Кандидатуре Карла-Филиппа сочувствовал еще Ляпунов. Поддержали ее и во Втором ополчении, намереваясь вновь, как и при Шуйском, при помощи шведов справиться с поляками. Впрочем, переговоры с представителями «Новгородского государства» Пожарский и его соратники вели осторожно. Некоторые историки прямо утверждают, что Пожарский выступал за кандидатуру шведского королевича. Оснований для столь категоричных выводов источники не дают. Мы можем предполагать, что Пожарскому была симпатична идея выбора царя из соседней правящей династии, и что он, наблюдая падение авторитета боярства, настороженно относился к идее провозглашения государем кого-то из русских аристократов. Однако это — не более чем предположение.
Немало проблем было и внутри самого освободительного движения. Согласно «Новому летописцу», казанская рать воеводы Ивана Биркина, некогда стоявшего у истоков создания ополчения, еще по дороге в Ярославль «творила пакости» по городам и уездам. В Ярославле Биркин затеял новую «смуту», желая пробиться на руководящую роль, но, не достигнув успеха, покинул Ярославль с большей частью своих людей. Из казанцев к ополчению примкнули только татарский голова Лукьян Мясной и стрелецкий голова Постник Неелов с небольшими отрядами служилых татар и стрельцов. С уходом Биркина «смуты» и ссоры не прекратились. Вероятно, с главенствующим положением Пожарского не могли смириться более знатные участники ополчения. И только приезд в Ярославль ростовского митрополита Кирилла разрядил обстановку. Владыка сам решал споры между «начальниками», пастырски увещевал участников ополчения и сумел восстановить прежнее единство.
Опасность угрожала Пожарскому и с другой стороны — на его жизнь готовил покушение Заруцкий. Для исполнения этого замысла им были посланы в Ярославль два казака — Обрезка и Стенька. Непонятно, на что рассчитывали убийцы — покушение было совершено Стенькой при большом стечении народа, в съезжей избе. Казак попытался ударить воеводу ножом, но в толчее промахнулся и попал в ногу стоявшему рядом казаку Роману. Стенька был схвачен и выдал своих сообщников — смолян Ивана Доводчикова, стрельца Шанду и других. «Новый летописец» сообщает, что князь Дмитрий Михайлович не дал убить злоумышленников, и их заключили в тюрьмы.
