Ольговичам тогда удалось потеснить сыновей Мстислава. И хотя черниговские князья — потомки Святослава Ярославича, некогда узурпировавшего Киевский престол, — не имели права быть верховными князьями Руси, Всеволод Ольгович водворился в Киеве. После его смерти Мстиславичи взяли реванш, и в результате бунта поддержавшей их киевской черни как страстотерпец окончил свою жизнь святой князь-мученик Игорь Ольгович. Изяслав Мстиславич, ставший Киевским князем в 1146 г., считал одной из причин кратковременного возвышения Ольговичей в Киеве действия митрополита Михаила. Однако, против Предстоятеля Русской Церкви князь был бессилен. Но после смерти Михаила Изяслав решает поставить во главе Русской Церкви своего ставленника. Послушным князю, естественно, мог быть только русский по происхождению. Киевский князь ставит в митрополиты ученого монаха Климента Смолятича. Это был второй, после Илариона, подобный прецедент. Климента летописец характеризует так: «книжник и философ, какого в русской земле не обреталось». Показательно, что как и в случае с Иларионом, на митрополию поставляется ученый муж, дабы показать, что Русская Церковь вполне способна быть самостоятельной. Однако, показательно что три епископа восстали против вмешательства великого князя в дела Церкви, а из шести принужденных Изяславом к поставлению Климента некоторые были привезены в Киев под конвоем. Противившийся беззаконию Новгородский владыка Нифонт, в прошлом киево-печерский постриженник, был подвергнут тюремному заключению. Он, впрочем, не отрицал возможности самостоятельного избрания Киевского митрополита собором русских епископов, но требовал, чтобы Предстоятеля Русской Церкви обязательно утверждал и благословлял Константинопольский патриарх. Вообще же, против личности Климента как такового никто не выступал. Неприемлемыми считались лишь действия Киевского князя. Только после смерти Изяслава был восстановлен прежний порядок: ставший князем Киевским Юрий Долгорукий освободил святителя Нифонта и на место бежавшего Климента пригласил поставленного на Русь в Константинополе грека Константина, почитаемого в лике русских святых.
История поставления Климента Смолятича более, чем красноречиво, показывает, к каким внутренним нестроениям могла привести автономизация Русской Церкви на данном этапе. Поэтому за исключением отдельных властолюбивых князей эта идея не могла найти себе приверженцев на Руси. Тем не менее, св. князь Андрей Боголюбский пошел еще дальше Изяслава в своих попытках изменить устроение Русской Церкви в угоду своим политическим интересам. Он попытался, правда, неудачно, добиться создания в своем Владимиро-Суздальском княжестве отдельной митрополии, независимой от Киева. Это было связано с тем, что князь Андрей вполне осознавал себя первым по значению среди русских князей, а свой Владимир — реальной столицей Руси, сменившей Киев, который утратил свое ведущее политическое значение. В 1155 г. Андрей Боголюбский выдвинул кандидата на планируемую во Владимире митрополию. Им стал женатый священник Феодор, честолюбивый и дерзкий. Впоследствии его прозвали «Феодорец Белый Клобучек», так как он по воле князя Андрея был поставлен нареченным епископом Ростовским, но не принимал монашества. Белый клобук по греческой традиции носили архиереи, поставленные не из монахов, а целибатных «белых» священников. Феодорец, не будучи хиротонисанным, стал управлять одной из важнейших русских епархий в ожидании патриаршего решения о создании новой митрополии. В Константинополе, однако, предпочли не дробить Русскую Церковь. Вероятно, здесь боялись, что в силу этого Православие на Руси, еще молодое и некрепкое, ослабеет еще более. Кроме того, боялись и усиления самовластного Владимиро-Суздальского князя, а следовательно, и его вмешательства в дела Русской Церкви, вплоть до поиска автокефалии для нее в целом или для отдельной ее части.
Феодорец, тем не менее, продолжал сеять смуту на Руси, призывая к введению брачного епископата, ибо и сам был женат. Его мудрования зашли еще дальше: он стал отрицать монашество вообще. Феодор потерял всякое чувство меры и вел себя крайне вызывающе. Против него восстал церковный народ. Честолюбец стал принимать самые крутые меры для усмирения недовольных. При этом он дошел до того, что закрыл во Владимире все храмы, включая Успенский собор. Из Киева, от митрополита, пришел призыв не признавать Феодора епископом. В итоге и сам князь Андрей отвернулся от своего ставленника, который в своих речах уже договаривался до богохульства. В Киеве, куда был доставлен Феодорец, над ним был учинен митрополичий и княжий суд. Приговор был суров: отрезать язык и правую руку и ослепить. Так окончилась карьера первого русского «обновленца», черты которого, как и пункты его программы, легко можно усмотреть и у всех его дальнейших последователей.
Устроение Русской Церкви почти что с самого начала ее бытия имело ту особенность, что в отличие от Константинопольской и иных Восточных Православных Поместных Церквей епархии Киевской митрополии были чрезвычайно немногочисленны и протяженны по территории. В IX в. в составе Константинопольского Патриархата было около 300 епископий, а по данным XI столетия он включал в себя 80 митрополий и 42 архиепископии. Естественно, что для Руси первоначально было неприемлемой древняя каноническая норма: в одном городе — один епископ. Хотя варяги называли Русь «Гардарика» — «Страна городов» , но таковой она была лишь с точки зрения скандинавов. По сравнению с Византией городов на Руси было не столь много. Кроме того, они часто были очень невелики по размерам и количеству жителей. Не все их население сразу приняло христианство. Поэтому после крещения Руси при святом Владимире на всем огромном пространстве Киевской Руси возникают лишь несколько епархий. В их числе уже упоминавшиеся: Новгородская и Белгородская. Предполагают, что при Владимире могли быть учреждены также и кафедры Владимиро-Волынская, Полоцкая, Черниговская, Переяславская, Туровская и Ростовская. До XII столетия, когда Русь потеряла свои приазовские земли, просуществовала и основанная задолго до крещения Руси кафедра в Тьмуторокани. Во время княжения Ярослава Мудрого добавилась также епархия Юрьевская — на Киевской земле, своего рода викариатство при Киевской митрополии, как и Белгородская.
Безусловно, в начале христианизации Руси столь малое число епархий было вполне оправданным: христиан было еще немного. Однако, уже к концу XI столетия, главным образом, благодаря деятельности Ярослава Мудрого, практически все городское население и значительная часть сельского уже были крещены. Необходимы были изменения в структуре Русской Церкви в сторону увеличения числа епархий. Этого, однако, не произошло. Сами епископы противились уменьшению подвластных им церковных областей, не желая материальных потерь. Кроме того, на Руси уже успело сформироваться представление об исключительно высоком положении епископа, его престиже. Епархий было гораздо меньше, чем удельных княжеств. Такое положение привело к тому, что епископ на Руси, вознесенный на немыслимую для Византии социальную высоту, во многом оказался оторванным от пастырского попечения о своей гигантской епархии. Зачастую архиерей был не в состоянии объехать всю свою епископию даже в течение всей жизни. Русский архиерей становился в большей степени администратором, чем пастырем.
Это, как замечает Карташев, закономерно обусловило и другую особенность русского епископата: архиереями становились преимущественно выходцы из высших слоев общества. Правда, в домонгольский период мы почти не видим среди иерархов представителей княжеских семей и боярской аристократии. В этом смысле ситуация на Руси заметно отличалась от того, что наблюдалось в средневековой Западной Европе, где младшие отпрыски знатнейших фамилий, как правило не получали земельных владений, а предназначались к епископскому служению. Однако, на Руси наличие хорошего образования, необходимого для епископа, предполагало происхождение, по крайней мере, из обеспеченных слоев общества. В домонгольский период, как уже отмечалось, среди епископата было много постриженников Киево-Печерского монастыря.
В течение почти всего Киевского периода количество епархий Русской Церкви возрастает весьма незначительно. Процесс образования новых епархий весьма слабо отражал успехи христианизации Руси. Даже после повсеместного распространения христианства среди русского народа в юрисдикции Киевского митрополита оставались практически те же самые кафедры, которые были учреждены вскоре после крещения Руси. Более того, вплоть до Синодального периода в Русской Церкви вновь открывается самое ограниченное число кафедр. Лишь в XVIII–XIX вв. это положение стало как-то выправляться. Однако, даже в настоящее время епархии Русской Церкви выглядят намного обширнее в сравнении с епархиями других Поместных Православных Церквей, и сегодня продолжается процесс разукрупнения прежних кафедр и учреждения новых.