Перед кончиной святитель Митрофан принял великую схиму с именем Макария, кончина его последовала 23 ноября 1703 года. В погребении святого архипастыря участвовал Петр, который сам нес его гроб до могилы и сказал после погребения: «Не осталось у меня другого такого святого старца».
Сохранилось завещание святителя Митрофана, в котором есть замечательное поучение: «Для всякого человека таково правило мужей мудрых: употреби труд, храни мерность богат будеши, воздержно пей, мало яждь здрав будеши; твори благо, бегай злаго спасен будеши».
Но несмотря на все уважение, с которым относился царь к таким достойным иерархам, как святители Митрофан, Иов, Афанасий или митрополит Казанский Тихон, его смущало недоверие всех их, даже архиепископа Афанасия, к западноевропейской учености, к инославной культуре. А главное, опасался Петр, эти архиереи могут воспротивиться его замыслу подчинить Церковь государственной власти. Поэтому всем им предпочтен был выходец из Малороссии митрополит Рязанский Стефан.
Митрополит Стефан (Яворский) родился в семье православного галицкого шляхтича в 1658 году. Образование получил в Киево-Могилянской Академии и в иезуитских коллегиях во Львове, Люблине, Вильне и Познани. Учение в католических школах предполагало для православного принятия униатства. Это была унизительная, но обычная тогда в западной Руси «кража науки». Вернувшись в Киев, будущий иерарх отрекся от притворного униатства и принял монашеский постриг. Его назначили профессором Академии, где он выделялся среди коллег даром проповедничества. Он умел соединить в своих проповедях и «предиках» изощренные приемы киевско-польской риторики с неподдельной искренностью религиозного чувства, воодушевлением и сердечностью.
В 1700 году митрополит Киевский Варлаам (Ясинский) послал архимандрита Стефана в Москву для рукоположения в сан викарного епископа. Но в Москве ставленнику случилось в присутствии царя тому же произнести «предику» при погребении боярина А. С. Шеина. Слово это привело Петра в восторг. Он увидел в ораторе человека европейской культуры, как ему казалось, превосходившего своей ученостью московских «начетчиков». Петр распорядился поставить его на древнюю митрополичью кафедру в Рязань. А менее чем через год после этого возвышения Собор иерархов, по указанию Петра, назначил митрополита Стефана «экзархом, блюстителем и администратором Патриаршего Стола».
«Экзарх и блюститель», мечтавший об архиерействе у себя на родине, принял свое назначение со скорбью. К тому же в Москве его встретили недружелюбно и даже враждебно, считали чужаком, обзывали «обливанцем, поляком, латынником». Возвышение митрополита Стефана встревожило и Православный Восток. Строгий ревнитель Православия патриарх Иерусалимский Досифей в 1702 году писал Петру, умоляя его не назначать на архиерейские кафедры «ни черкас, ни греков», а только православных москвичей, «аще и не мудрии суть», «чтобы и в Патриархи не попал ни грек, ни иные какие породы человек, сиречь от Малыя и Белыя России, которые вскормилися и учатся в странах и школах латинских и полонских». А еще через год патриарх Досифей прислал послание самому митрополиту Стефану, в котором сурово предупреждал его, что на Востоке не потерпят, чтобы он стал патриархом. Скоро однако выяснилось, что Петр ошибся в выборе местоблюстителя. Вероятно, тогда ему слишком упрощенно представлялся характер западного образования, и он не предполагал, что «западник и латынник» может оказаться более крутым противником церковной реформы на протестантский лад, чем великорусские архиереи. Митрополит Стефан, воспитанный в католических школах, был горячим поборником высокого авторитета Церкви и ее независимости от государства.
Как и великорусские архиереи, он мечтал об избрании патриарха. И ревнители старины в Москве вскоре поняли, что в лице столь нежеланного для них чужака они обрели если и не единомышленника, то союзника, к человека неуступчивого, твердого, мужественного. Вместе с ними местоблюститель не одобрял второго брака царя, заключенного при жизни насильственно постриженной царицы Евдокии Лопухиной. С негодованием узнал он об отмене постов в войсках, на что царь, в обход предстоятеля Русской Церкви, заручился разрешительной грамотой от Константинопольского патриарха. В своих проповедях митрополит Стефан стал открыто обличать не хранящих постов, обижающих Церковь и оставляющих своих жен, прозрачно намекая на личность самого царя.
Особую остроту отношения между монархом и местоблюстителем приобрели после дела Тверитинова. Московский лекарь Дмитрий Тверитинов, учившийся в Немецкой слободе, собрал кружок вольнодумцев, увлеченных протестантским учением. Его сторонники отвергали почитание святых угодников, мощей, икон, отвергали авторитет иерархии, не признавали таинств и предания святых отцов. В то же время в тверитиновском кружке, по богословскому невежеству, отвергали и краеугольный камень протестантизма учение о спасении единой только верой. Повторяя древних стригольников, Тверитинов думал, что человек спасается не верой, а своими делами и заслугами, без посредничества Церкви. «Я сам себе Церковь», говорил ересиарх. Самым рьяным из еретиков оказался родственник Тверитинова цирюльник Фома Иванов.
В 1713 году существование ереси обнаружилось: первым обличен был в неправославии ученик Московской Славяно-греко-латинской Академии Максимов. Митрополит Стефан немедленно организовал расследование, которое велось гласно и было известно в Москве. Петр, опасаясь, что этот шумный процесс повредит столь любезным его душе немцам, распорядился перевести розыск из Москвы в Петербург в новоучрежденный тогда Сенат. В Сенате дело закончилось быстро и легко для подсудимых. От них потребовали отречение от ереси и препроводили их обратно в Москву. Местоблюстителю было приказано присоединить раскаявшихся к Церкви. Митрополит Стефан, подозревая вероотступников в лицемерии, велел разослать их по монастырям для проверки искренности их покаяния. Тогда-то и обнаружилась обоснованность его недоверия к столь легко избавившимся наказания еретикам. Заключенный в Чудовом монастыре Фома Иванов, одержимый неистовством, бросился с косарем на резной образ святителя Алексия и изрубил его. После этого злодеяния митрополит Стефан созвал освященный Собор для суда над преступниками. Новоявленные иконоборцы были преданы анафеме, а Фому, как злостного и нераскаявшегося еретика, сожгли на костре. Гнев Петра, узнавшего об исходе нового розыска, был страшен. Он подозревал местоблюстителя в том, что своим суровым судом над вероотступниками, впавшими в ересь под влиянием Немецкой слободы, он подстрекает москвичей на погром иностранцев. Петр приказал объявить местоблюстителю выговор через Сенат.
Все недовольные царем-реформатором с надеждой смотрели на царевича Алексея, который сочувствовал настроениям ревнителей старины. С большой теплотой относился к царевичу и митрополит Стефан. В слове, произнесенном в 1712 году на день ангела наследника, он не без вызова его отцу назвал именинника «единой надеждой России». Недвусмысленно намекая на царя, проповедник продолжал: «Море свирепое, море человече законопреступный, почто ломаеши, сокрушаеши и разоряеши берега? Берег есть закон Божий, берег есть во еже не прелюбы сотворити, не вожделети жены ближнего, не оставляти жены своея; берег есть во еже хранити благочестие, посты, а наипаче четыредесятницу». А через шесть лет открылось два страшных дела: в заговоре против царя обвинялись вначале царевич, а потом и его мать Евдокия. К этим делам оказались причастными и духовные лица. Духовник царевича протопоп Иаков Игнатов, когда Алексей каялся ему в желании смерти отцу, успокоил исповедника словами: «Мы все желаем ему смерти». К делу были привлечены духовник царицы Феодор Пустынный, Ростовский епископ Досифей, юродивый Михаил Босой, а также митрополиты: Киевский Иосаф (Кроковский) и Крутицкий Игнатий (Смола), которые состояли в переписке с наследником. На следствии епископ Досифей говорил, оправдываясь: «Только я один попался… Посмотрите, и у всех что на уме. Извольте пустить уши и в народ, что в народе говорят».
Розыск закончился казнями. Сенат приговорил к смерти царевича Алексея, казнили епископа Досифея, протопопов Иакова Игнатова и Феодора Пустынного. Митрополит Иоасаф скоропостижно скончался до окончания расследования на пути из Киева. Митрополита Игнатия пощадили по старости и уволили на покой. Против местоблюстителя улик не оказалось. Но Петр подозревал его в сочувствии заговорщикам. В конце розыска у Петра окончательно созрел план: во-первых, провести церковную реформу и упразднить патриаршество, а во-вторых, отодвинуть митрополита Стефана от кормила церковного управления.
