Во главе Алтайской миссии был поставлен архимандрит Макарий (Глухарев). Он родился в Вязьме в 1792 году в семье священника Смоленской епархии. Образование получил в Семинарии и Петербургской Академии, где на него обратил внимание ректор архимандрит Филарет (Дроздов), посоветовавший талантливому и аскетически настроенному студенту читать Добротолюбие, творения преподобных Макария Великого, Иоанна Лествичника. По окончании Академии со степенью магистра Глухарев принял постриг и исполнял административно-педагогическое послушание. Из-за ухудшевшегося здоровья в 1825 году был уволен с поста ректора Костромской семинарии и отправился на покой в Киево-Печерскую Лавру, а оттуда перешел в Глинскую пустынь под руководство духовно опытного старца Филарета.
Из этой пустыни он и выехал в Сибирь и вскоре обосновался в горах Алтая в селении Улале, среди язычников-телеутов. Архимандрит Макарий со своими помощниками без устали разъезжал по селениям язычников, устраивал в них миссионерские станы, освящал церкви. При обращении туземцев миссионеры поступали с крайней тщательностью: они не гнались за числом обращенных, крестили не иначе, как после долгого научения вере; проповедники Евангелия воспитывали новокрещенных в христианском духе, обучали их русскому языку, заботились об устроении их быта, приучали кочевников к оседлой жизни, лечили больных и для этого завели больницу, устраивали школы.
Содержание миссии было скудным, и архимандрит Макарий отдавал ей все свое магистерское жалование. У себя на квартире он приютил и содержал сирот-мальчиков, а во время голода на Алтае ездил в Москву за помощью для голодавших. За 13 лет пребывания на Алтае ему и его помощникам удалось крестить 675 человек, казалось бы, совсем немного, но все обращенные действительно внутренне преобразились, стали убежденными христианами. Другой известный миссионер митрополит Макарий (Невский), подвизавшийся в Алтайской миссии во второй половине XIX века, писал о первоначальнике Миссии: «Архимандрит Макарий был муж высокопросвещенный не одной наукой, но и Божественной благодатью, которая проявлялась в нем иногда даром прозорливости. В нем явственно почил дух премудрости, дух разума, страха Божия и ревности о славе Божией».
В 1844 году из-за крайне расстроенного здоровья отец Макарий (Глухарев) удалился в Болховский монастырь Орловской епархии. Апостол Алтая скончался в 1848 году. Последние слова его были: «Свет Христов просвещает всех».
Архимандрит Макарий был замечательным писателем. Он переводил Священное Писание на русский язык; составил словарь алтайского наречия, перевел молитвы на это наречие. Он написал ценное пособие для миссионеров «Мысли о способах к успешнейшему распространению христианской веры между магометанами, евреями и язычниками в Российской державе». Архимандрит Макарий обладал незаурядным поэтическим талантом. Посмертно его духовные гимны были собраны в книгу с названием «Первая лепта». Эта книга вышла в Томске в 1901 году. Апостол Алтая оставил также замечательные путевые заметки и записки. Сохранились и его письма. Архимандрит Макарий (Глухарев) в лике преподобных включен в состав Собора Сибирских и Смоленских святых, память которых установлена в 80-х годах текущего столетия.
Преемником архимандрита Макария на Алтае стал протоиерей Стефан Васильевич Ландышев, а после него во главе миссии стоял архимандрит Владимир (Петров), впоследствии епископ Бийский, викарий открытой в 1834 году Томской епархии, к которой отошла Алтайская миссия.
Во второй половине XIX века в Миссии подвизался святитель Макарий (Невский). Он родился в 1835 году и 19-летним юношей, по окончании Тобольской семинарии, приехал на Алтай. Свои апостольские труды он начал с изучения алтайского наречия. В 1861 году Михаил Андреевич Невский был пострижен и в память об основателе Миссии принял имя Макария. В сане иеромонаха он основал монастырь в глухой долине. Отец Макарий без устали разъезжал по аилам алтайцев, проповедуя им слово Божие. Молодой миссионер с ревностью совершал свое апостольское служение.
Свидетель его подвигов вспоминал о нем: «Дым от разведенного костра, точно фимиам, подымался к небу, и слова проникновенные, полные любви, на алтайском языке лились убедительно, властно, чарующе и правдиво… Какие это были слова? Молодая душа, горевшая любовью, влагалась в них, они звучали невыразительным убеждением, они трепетали бесконечной верой и звали за собой к Тому, о Ком вещали… Старик-алтаец бросил трубку, которая давно потухла, его молодые сыновья и подросток-дочь слушали, не спуская глаз, а другие, сидевшие поодаль, тихо придвинулись ближе, а по лицу толмача Чевалкова катились слезы, которых он не замечал».
После многих лет миссионерского послушания на низших должностях отец Макарий (Невский) был назначен начальником Миссии, а через год, в 1884 году, в связи с переводом епископа Владимира (Петрова) на Томскую кафедру, был хиротонисан в епископа Бийского. Впоследствии он занимал Томскую, а с 1912 по 1917 годы уже на склоне лет, Московскую митрополичью кафедру.
Скончался великий старец-иерарх в 1926 году в Подмосковье, в 90-летнем возрасте, удостоенный незадолго до смерти титула митрополита Алтайского. В 50-х годах его гробница была перенесена в храм во имя Всех святых в земле Российской просиявших, под Успенским Собором Троице-Сергиевой Лавры. Святитель Макарий включен в Собор Сибирских святых.
Еще будучи рядовым миссионером, он составил первый алтайский букварь и проделал большую работу по переводу на алтайский язык Четвероевангелия. С его участием переводились и другие Священные и Богослужебные книги. В Бийске святитель Макарий устроил типографию, в которой печатались книги на алтайском языке.
К концу столетия Алтайская миссия имела до 70 церквей и молитвенных домов, 3 монастыря, 48 школ. В 1880 году из Алтайской миссии выделена была Киргизская миссия с центром в Семипалатинске. В Енисейской епархии с успехом проповедовала христианскую веру язычникам-хакассам Минусинская миссия. На севере Сибири в Тобольской епархии подвизались миссионеры из Обдорской, Кондинской, Сургутской и Туруханской миссий, в Туркестане была устроена Семиреченская миссия в городе Верном (ныне Алма-Ата).
В Восточной Сибири Иркутский архиерей Михаил (Бурдуков) в 1814 году открыл Забайкальскую миссию для бурят. В этой Миссии трудились знаток бурятского языка священник Александр Бобровников и крещеный бурят Михаил Сперанский. Деятельным проповедником и просветителем язычников был иркутский архиепископ Нил (Исакович), занимавший кафедру в 1838-1853 годах. Он много путешествовал по бурятским селениям и считается в науке первым русским исследователем буддизма. Его сподвижником по переводу Священного Писания на бурятский язык стал Николай Нилов-Доржеев, по происхождению монгол и до крещения ― ламаист. Он уверовал во Христа в Даурии после видения Креста на небе. Став миссионером, Николай Нилов-Доржеев принял священный сан, до конца жизни он переводил Священные и Богослужебные книги на бурятский язык.
Еще в конце ХVIII столетия апостольская проповедь русских миссионеров достигла Нового Света ― Америки. По ходатайству основателя Американской компании Шелехова на Алеутские острова было послано 8 валаамских иноков во главе с архимандритом Иоасафом (Болотовым). Миссия обосновалась на острове Кадьяк. Монахи построили храм и начали проповедовать Евангелие алеутам и крестить их. Архимандрит Иоасаф в одном из писем писал: «1794 года, сентября с 24 живу на острове Кадьяк. Слава Богу, более 700 американцев перекрестил, да более 2000 браков обвенчал, построили церковь, а время позволит ― сделаем другую, да походные две, а то и пятую нужно сделать». Один из миссионеров, иеромонах Макарий, после того как все жители Кадьяка были крещены, отправился на остров Уналашку, а иеромонах Ювеналий перебрался на Аляску и проповедовал там, пока не принял мученическую кончину от рук язычников.
В 1799 году по ходатайству русского предпринимателя Шелехова, была учреждена Кадьякская викарная кафедра при Иркутской епархии, на которую был назначен хиротонисанный в епископа Иоасаф (Болотов) но, возвращаясь на остров, он со своими спутниками погиб, застигнутый штормом. Новая епископия была закрыта. В помощь оставшимся миссионерам в 1804 году прислали иеромонаха Александро-Невской Лавры Гедеона, который, пробыв на островах 3 года, навсегда покинул их, оставив вместо себя монаха Германа.
Преподобный Герман Аляскинский родился в 1757 году в подмосковном городе Серпухове в купеческой семье. В 16-летнем возрасте он поступил послушником в Троице-Сергиеву пустынь на берегу Финского залива. Оттуда он переселился в Преображенский монастырь на Валаам и поступил под руководство мудрого игумена Назария, присланного на Валаам из Саровской пустыни.
