Заседание 157 епископов с диаконом, представителем Карфагенского епископа, под председательством Кирилла состоялось 22 июня, в понедельник, в церкви Богоматери. Кандидиан, явившийся к началу заседания и настаивавший на отсрочке его еще на четыре дня, должен был согласиться на прочтение императорской грамоты о созыве собора (именно 7 июня) и затем удалился. К Несторию отправляемы были два посольства: один раз он велел передать послам, что придет на собор, когда прибудут все епископы, другой раз не удалось получить от него никакого ответа. Затем, по прочтении Никейского символа, были прочитаны второе послание Кирилла Несторию («καταφλυαροϋσι») и ответ Нестория и признано православие первого и несогласие с истинной верой второго и Несторию провозглашена анафема. После того были прочитаны послания Кириллу Целестина и третье послание Кирилла Несторию (του Σωτηρος) и установлена нераскаянность Нестория после получения этого послания до настоящего времени (с кем уже в Ефесе вели беседы его бывшие друзья Феодот Анкирский и Акакий Мелитинский). Наконец, были приведены против его учения места из св. отцев (числом 12), также места из собственных его произведений. В заключение предъявлено послание Капреола Карфагенского. Ввиду доказанного неправомыслия Нестория собор определил лишить его сана и отлучить от церковного общения. Под определением в актах имеются подписи 198 лиц; делается при этом замечание, что подписались и некоторые другие. Приговор Несторию, «новому Иуде», отослан был на следующий день. Клиру и экономам Константинопольской церкви было отправлено особое послание. Несколько позже были посланы и императору акты собора с соответствующим письмом.
Кандидиан объявил решение собора недействительным и обратился с донесением о незаконных, по его мнению, действиях собора к императору. 26 июня, между тем, прибыл в Ефес и Иоанн. Подчиняясь влиянию Кандидиана и несторианствующих епископов, он тотчас же составил свой собор (conciliabulum) из настроенных против Кирилла за Нестория епископов. Мемнон и Кирилл были низложены, без соблюдения обычных канонических формальностей, за смуты и ересь, которую восточные находили в анафематизмах Кирилла (сходство с нечестием Ария, Аполлинария и Евномия); все прочие участники собора Кирилла отлучены. Уведомление об этом послано участникам собора и в Константинополь.
Император, получивший пока только донесение Кандидиана, отозвался на него посланием собору от 29 июня, в котором все сделанное собором отменялось и повелевалось отцам, не оставляя Ефеса, снова рассмотреть дело. Собор ответил (1 июля), что Несторий осужден вполне справедливо, как это можно видеть из посланных актов, и просил императора вызвать к себе для разъяснения дела Кандидиана и 5 членов собора; приговор Несторию произнесли более чем 200 голосов, на его же стороне теперь было только 37 человек (перечисляются опять 35). Прибытие через несколько дней римских легатов (епископов Аркадия и Проекта и пресвитера Филиппа) дало повод к продолжению заседаний. 10 июля (2–е деяние) прочитано было послание папы, 11 июля (3–е деяние) — акты первого заседания, которые были подписаны теперь и легатами; в Константинополь были отправлены об этом послания. Затем на заседании 16 июля (4–е деяние) была выслушана жалоба Кирилла и Мемнона на Иоанна Антиохийского и посланы ему два приглашения явиться на собор. На другой день (5–е деяние) приглашение было повторено, и так как Иоанн не явился, он и его сообщники (общим числом 35) были объявлены отлученными, а суд их против Кирилла и Мемнона не имеющим силы; постановлено было и об этом довести до сведения императоров. Папе теперь тоже было отправлено описание всего сделанного собором (с упоминанием о подтверждении состоявшегося на Западе осуждения пелагиан, — о чем, однако, в сохранившихся записях деяний собора не говорится). 22 июля (6–е деяние) был рассмотрен Символ Феодора Мопсуэстийского, по донесению пресвитера Филадельфийской церкви Харисия, что пришедшие в Лидию из Константинополя лица с рекомендательными письмами от близких к Несторию пресвитеров, Анастасия и Фотия, предлагали этот Символ для подписи вместо Никейского присоединявшимся к Церкви четыренадесятникам. Имя автора Символа хотя и было известным отцам собора, но не называется в деяниях. Собор запретил составлять иную веру, кроме Никейской, и учить о Воплощении так, как изложено в представленном Харисием Символе. 31 июля (7–е деяние), по заявлению Регина, митрополита Кипрского, утверждена была независимость Кипрской церкви от Антиохии (попытка Ювеналия достичь того же для Иерусалимской церкви на этом соборе не имела успеха).
Вслед за этим деянием помещается в актах энциклика собора с перечислением уже отлученных сторонников Нестория и шесть правил, в которых угрожается низложением митрополитам (1–е пр.), епископам (2–е пр.) и клирикам (4–е пр.), которые окажутся сторонниками Нестория и Целестия; клирики, подвергнутые Несторием и его единомышленниками наказаниям, восстановляются в своих правах (3–е пр.), и наоборот, восстановление, провозглашаемое еретиками, признается недействительным (5–е пр.); несогласные вообще с постановлениями Ефесского собора подвергаются: клирики — низложению, миряне — лишению общения (6–е пр.). В некоторых сборниках присоединяется, как 7–е правило, постановление по делу Харисия и, как 8–е — по делу Регина. Решены были собором, неизвестно в каких заседаниях, и некоторые другие дела (об Евстафий Памфилийском, о мессалианах, о фракийских епископах).
Что касается епископов, бывших с Иоанном, то, отвечая на послание императора от 29 июня, они тоже находили произнесенное ими против Кирилла и Мемнона осуждение вполне правильным, но соглашались на пересмотр дела на соборе с тем, чтобы он состоял из митрополитов с двумя лишь епископами при каждом из них (об этом просил еще Несторий до 22 июня). В дальнейших письмах они просили при этом, чтобы собор был где — либо поближе ко двору, в самом Константинополе или в Никомидии. На Мемнона они жаловались за испытываемые от него в Ефесе стеснения, а именно — недопущение их в храмы. На их стороне, однако, были сановники, и противники их в свою очередь, жаловались на препятствия, какие встретили от последних в своих сношениях со столицей. Кирилл писал к некоторым близким к нему лицам в Константинополе, и между ними к известному авве Далматию, от 24–25 июня, и должен был отправить послание, чтобы оно дошло по назначению, с принявшим вид нищего монахом, который скрыл письмо в своем посохе. Письмо получено было в Константинополе лишь 15–20 июля, и результатом было обращение к императору в торжественной процессии константинопольских монахов, с Далматием во главе, в течение 48 лет до этого времени не выходившим из своего монастыря. Император позволил после этого представителям собора явиться к себе. У восточных посредником при сношениях с императором был комит Ириней, отправленный в Константинополь с письмом и здесь дававший в присутствии императора и сановников объяснения наряду с прибывшими за три дня до этого послами Кирилла; настроение при дворе стало заметно изменяться не в пользу уже Нестория, когда явился еще его враг и синкелл Кирилла Иоанн. Но и Кирилла с Мемноном здесь пока еще не считали правыми.
Для примирения спорных сторон в придворных кругах придумана была своеобразная мера: признав действительным отлучения как Нестория, так и Кирилла и Мемнона (хотя они исходили от противоположных партий) и удалив их от собора, предложить прочим епископам обсудить недоумения и достигнуть единодушия. С посланием императора такого содержания был командирован в Ефес в начале августа комит Иоанн. Иоанну удалось собрать у себя всех епископов и прочитать (Нестория и Кирилла при этом, после многих споров и шума, пришлось удалить, Мемнон не пришел, сославшись на болезнь) указ императора: названные лица были взяты затем под стражу. Само собой понятно, что подобная мера ни к чему не могла привести. Отцы собора поспешили разъяснить в своем послании ее непоследовательность и просили сами и через посредство константинопольского клира освободить Кирилла и Мемнона из заключения, так как они подверглись ему без всяких оснований. Антиохийцы со своей стороны хотя, по — видимому, не ходатайствовали за Нестория (он был поручен Кандидиану), но примириться с противниками не находили возможным, так как принятые последними анафематизмы Кирилла считали еретическими. По требованию императора они, впрочем, представили теперь исповедание, где говорилось о едином Христе, Господе и Сыне и Пресвятая Дева называлась Богородицей; но это исповедание принималось не всеми.
Решено было прибегнуть к другой мере. Объявленным через комита Иоанна декретом император повелевал каждой стороне выбрать по восемь делегатов и прислать в Константинополь для диспута в его присутствии; потом местом собрания назначен был Халкидон (из опасения волнений со стороны монахов). В состав делегации от православных вошли: легаты папы Филипп и Аркадий, Ювеналий, Флавиан Филиппийский, Фирм Кесарие — Каппадокийский, Феодот Анкирский, Акакий Мелитинский, Евоптий Птолемаидский (в Африке). От восточных были избраны: Иоанн Антиохийский, Иоанн Дамасский, Имерий Никомидийский, Павел Эмесский, Макарий Лаодикийский, Апрингий Халкидонский, Феодорит Киррский и Элладий Птолемаидский (в Финикии). Первым дана была от избравших их письменная инструкция — требовать анафематствования Нестория и его учения и освобождения Кирилла и Мемнона; вторым было внушено добиваться осуждения анафематизмов Кирилла. Совещания начались после 11 сентября; было до пяти конференций, но подробности о них мало известны. Каждая сторона, во всяком случае, оставалась при своем мнении. Восточные при этом могли убедиться, что император уже не хочет и слышать о Несторий, которому еще 3 сентября приказано было удалиться на покой. Но и Кирилл пока находился в заключении, и его собора император не признавал Вселенским.
